Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	1979757	1979894	138	43 [0]	[0] 84	flhD	DNA‑binding transcriptional dual regulator with FlhC

GGTGGCTGTCAAAACGGAAGTGACAAACCAGTTGATTGGTTTCTGCCAGCTTAACCATTTGC  >  W3110S.gb/1979695‑1979756                                                              | ggtggCTGTCAAAACTGAAGTGACAAACCAGTTGATTGGTTTCTGCCAGCTTAACCATTTGc  >  1:28035/1‑62 (MQ=255) ggtggCTGTCAAAACGTAAGTGACAAACCAGTTGATTGGTTTCTGCCAGCTTAACCATTTGc  >  1:519929/1‑62 (MQ=255) ggtggCTGTCAAAACGGAAGTGACAAAGCAGTTGATTGGTTTCTGCCAGCTTAACCATTTGc  >  1:300452/1‑62 (MQ=255) ggtggCTGTCAAAACGGAAGTGACAAACCAGTTGATTGGTTTCTGCCAGCTTAACCATTTGc  >  1:603098/1‑62 (MQ=255) ggtggCTGTCAAAACGGAAGTGACAAACCAGTTGATTGGTTTCTGCCAGCTTAACCATTTGc  >  1:302649/1‑62 (MQ=255) ggtggCTGTCAAAACGGAAGTGACAAACCAGTTGATTGGTTTCTGCCAGCTTAACCATTTGc  >  1:338381/1‑62 (MQ=255) ggtggCTGTCAAAACGGAAGTGACAAACCAGTTGATTGGTTTCTGCCAGCTTAACCATTTGc  >  1:425066/1‑62 (MQ=255) ggtggCTGTCAAAACGGAAGTGACAAACCAGTTGATTGGTTTCTGCCAGCTTAACCATTTGc  >  1:446592/1‑62 (MQ=255) ggtggCTGTCAAAACGGAAGTGACAAACCAGTTGATTGGTTTCTGCCAGCTTAACCATTTGc  >  1:509693/1‑62 (MQ=255) ggtggCTGTCAAAACGGAAGTGACAAACCAGTTGATTGGTTTCTGCCAGCTTAACCATTTGc  >  1:518493/1‑62 (MQ=255) ggtggCTGTCAAAACGGAAGTGACAAACCAGTTGATTGGTTTCTGCCAGCTTAACCATTTGc  >  1:543471/1‑62 (MQ=255) ggtggCTGTCAAAACGGAAGTGACAAACCAGTTGATTGGTTTCTGCCAGCTTAACCATTTGc  >  1:556749/1‑62 (MQ=255) ggtggCTGTCAAAACGGAAGTGACAAACCAGTTGATTGGTTTCTGCCAGCTTAACCATTTGc  >  1:997456/1‑62 (MQ=255) ggtggCTGTCAAAACGGAAGTGACAAACCAGTTGATTGGTTTCTGCCAGCTTAACCATTTGc  >  1:604628/1‑62 (MQ=255) ggtggCTGTCAAAACGGAAGTGACAAACCAGTTGATTGGTTTCTGCCAGCTTAACCATTTGc  >  1:669632/1‑62 (MQ=255) ggtggCTGTCAAAACGGAAGTGACAAACCAGTTGATTGGTTTCTGCCAGCTTAACCATTTGc  >  1:689948/1‑62 (MQ=255) ggtggCTGTCAAAACGGAAGTGACAAACCAGTTGATTGGTTTCTGCCAGCTTAACCATTTGc  >  1:69442/1‑62 (MQ=255) ggtggCTGTCAAAACGGAAGTGACAAACCAGTTGATTGGTTTCTGCCAGCTTAACCATTTGc  >  1:708379/1‑62 (MQ=255) ggtggCTGTCAAAACGGAAGTGACAAACCAGTTGATTGGTTTCTGCCAGCTTAACCATTTGc  >  1:720207/1‑62 (MQ=255) ggtggCTGTCAAAACGGAAGTGACAAACCAGTTGATTGGTTTCTGCCAGCTTAACCATTTGc  >  1:849713/1‑62 (MQ=255) ggtggCTGTCAAAACGGAAGTGACAAACCAGTTGATTGGTTTCTGCCAGCTTAACCATTTGc  >  1:867530/1‑62 (MQ=255) ggtggCTGTCAAAACGGAAGTGACAAACCAGTTGATTGGTTTCTGCCAGCTTAACCATTTGc  >  1:975945/1‑62 (MQ=255) ggtggCTGTCAAAACGGAAGTGACAAACCAGTTGATTGGTTTCTGCCAGCTTAACCATTTGc  >  1:1068919/1‑62 (MQ=255) ggtggCTGTCAAAACGGAAGTGACAAACCAGTTGATTGGTTTCTGCCAGCTTAACCATTTGc  >  1:1314373/1‑62 (MQ=255) ggtggCTGTCAAAACGGAAGTGACAAACCAGTTGATTGGTTTCTGCCAGCTTAACCATTTGc  >  1:1108571/1‑62 (MQ=255) ggtggCTGTCAAAACGGAAGTGACAAACCAGTTGATTGGTTTCTGCCAGCTTAACCATTTGc  >  1:1113993/1‑62 (MQ=255) ggtggCTGTCAAAACGGAAGTGACAAACCAGTTGATTGGTTTCTGCCAGCTTAACCATTTGc  >  1:1154620/1‑62 (MQ=255) ggtggCTGTCAAAACGGAAGTGACAAACCAGTTGATTGGTTTCTGCCAGCTTAACCATTTGc  >  1:1184077/1‑62 (MQ=255) ggtggCTGTCAAAACGGAAGTGACAAACCAGTTGATTGGTTTCTGCCAGCTTAACCATTTGc  >  1:1189928/1‑62 (MQ=255) ggtggCTGTCAAAACGGAAGTGACAAACCAGTTGATTGGTTTCTGCCAGCTTAACCATTTGc  >  1:1204596/1‑62 (MQ=255) ggtggCTGTCAAAACGGAAGTGACAAACCAGTTGATTGGTTTCTGCCAGCTTAACCATTTGc  >  1:1214326/1‑62 (MQ=255) ggtggCTGTCAAAACGGAAGTGACAAACCAGTTGATTGGTTTCTGCCAGCTTAACCATTTGc  >  1:1263348/1‑62 (MQ=255) ggtggCTGTCAAAACGGAAGTGACAAACCAGTTGATTGGTTTCTGCCAGCTTAACCATTTGc  >  1:1295038/1‑62 (MQ=255) ggtggCTGTCAAAACGGAAGTGACAAACCAGTTGATTGGTTTCTGCCAGCTTAACCATTTGc  >  1:258871/1‑62 (MQ=255) ggtggCTGTCAAAACGGAAGTGACAAACCAGTTGATTGGTTTCTGCCAGCTTAACCATTTGc  >  1:1317102/1‑62 (MQ=255) ggtggCTGTCAAAACGGAAGTGACAAACCAGTTGATTGGTTTCTGCCAGCTTAACCATTTGc  >  1:1329382/1‑62 (MQ=255) ggtggCTGTCAAAACGGAAGTGACAAACCAGTTGATTGGTTTCTGCCAGCTTAACCATTTGc  >  1:1386522/1‑62 (MQ=255) ggtggCTGTCAAAACGGAAGTGACAAACCAGTTGATTGGTTTCTGCCAGCTTAACCATTTGc  >  1:1439290/1‑62 (MQ=255) ggtggCTGTCAAAACGGAAGTGACAAACCAGTTGATTGGTTTCTGCCAGCTTAACCATTTGc  >  1:1720899/1‑62 (MQ=255) ggtggCTGTCAAAACGGAAGTGACAAACCAGTTGATTGGTTTCTGCCAGCTTAACCATTTGc  >  1:176756/1‑62 (MQ=255) ggtggCTGTCAAAACGGAAGTGACAAACCAGTTGATTGGTTTCTGCCAGCTTAACCATTTGc  >  1:1769624/1‑62 (MQ=255) ggtggCTGTCAAAACGGAAGTGACAAACCAGTTGATTGGTTTCTGCCAGCTTAACCATTTGc  >  1:1802808/1‑62 (MQ=255) ggtggCTGTCAAAACGGAAGTGACAAACCAGTTGATTGGTTTCTGCCAGCTTAACCATTTGc  >  1:183547/1‑62 (MQ=255)                                                              | GGTGGCTGTCAAAACGGAAGTGACAAACCAGTTGATTGGTTTCTGCCAGCTTAACCATTTGC  >  W3110S.gb/1979695‑1979756

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑