Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	2003463	2003473	11	38 [0]	[1] 2	fliA	RNA polymerase, sigma 28 (sigma F) factor

TACTGTCCAGTAGTTGTTGTAGCGGGTTTTCTCGCTGATGATCATCAGTAACCAGTTCGATGCTA  >  W3110S.gb/2003398‑2003462                                                                 | tACTGTCCAGTAGTTGTTGTAGCGGGTTTTCTCGCTGATGATCATCAGTAACCAGTTCGATGCTa  <  1:7566/65‑1 (MQ=255) tACTGTCCAGTAGTTGTTGTAGCGGGTTTTCTCGCTGATGATCATCAGTAACCAGTTCGATGCTa  <  1:1004476/65‑1 (MQ=255) tACTGTCCAGTAGTTGTTGTAGCGGGTTTTCTCGCTGATGATCATCAGTAACCAGTTCGATGCTa  <  1:387145/65‑1 (MQ=255) tACTGTCCAGTAGTTGTTGTAGCGGGTTTTCTCGCTGATGATCATCAGTAACCAGTTCGATGCTa  <  1:440260/65‑1 (MQ=255) tACTGTCCAGTAGTTGTTGTAGCGGGTTTTCTCGCTGATGATCATCAGTAACCAGTTCGATGCTa  <  1:454287/65‑1 (MQ=255) tACTGTCCAGTAGTTGTTGTAGCGGGTTTTCTCGCTGATGATCATCAGTAACCAGTTCGATGCTa  <  1:484340/65‑1 (MQ=255) tACTGTCCAGTAGTTGTTGTAGCGGGTTTTCTCGCTGATGATCATCAGTAACCAGTTCGATGCTa  <  1:509050/65‑1 (MQ=255) tACTGTCCAGTAGTTGTTGTAGCGGGTTTTCTCGCTGATGATCATCAGTAACCAGTTCGATGCTa  <  1:584374/65‑1 (MQ=255) tACTGTCCAGTAGTTGTTGTAGCGGGTTTTCTCGCTGATGATCATCAGTAACCAGTTCGATGCTa  <  1:629739/65‑1 (MQ=255) tACTGTCCAGTAGTTGTTGTAGCGGGTTTTCTCGCTGATGATCATCAGTAACCAGTTCGATGCTa  <  1:648507/65‑1 (MQ=255) tACTGTCCAGTAGTTGTTGTAGCGGGTTTTCTCGCTGATGATCATCAGTAACCAGTTCGATGCTa  <  1:303264/65‑1 (MQ=255) tACTGTCCAGTAGTTGTTGTAGCGGGTTTTCTCGCTGATGATCATCAGTAACCAGTTCGATGCTa  <  1:764229/65‑1 (MQ=255) tACTGTCCAGTAGTTGTTGTAGCGGGTTTTCTCGCTGATGATCATCAGTAACCAGTTCGATGCTa  <  1:793486/65‑1 (MQ=255) tACTGTCCAGTAGTTGTTGTAGCGGGTTTTCTCGCTGATGATCATCAGTAACCAGTTCGATGCTa  <  1:796980/65‑1 (MQ=255) tACTGTCCAGTAGTTGTTGTAGCGGGTTTTCTCGCTGATGATCATCAGTAACCAGTTCGATGCTa  <  1:822137/65‑1 (MQ=255) tACTGTCCAGTAGTTGTTGTAGCGGGTTTTCTCGCTGATGATCATCAGTAACCAGTTCGATGCTa  <  1:846904/65‑1 (MQ=255) tACTGTCCAGTAGTTGTTGTAGCGGGTTTTCTCGCTGATGATCATCAGTAACCAGTTCGATGCTa  <  1:89401/65‑1 (MQ=255) tACTGTCCAGTAGTTGTTGTAGCGGGTTTTCTCGCTGATGATCATCAGTAACCAGTTCGATGCTa  <  1:91857/65‑1 (MQ=255) tACTGTCCAGTAGTTGTTGTAGCGGGTTTTCTCGCTGATGATCATCAGTAACCAGTTCGATGCTa  <  1:963544/65‑1 (MQ=255) tACTGTCCAGTAGTTGTTGTAGCGGGTTTTCTCGCTGATGATCATCAGTAACCAGTTCGATGCTa  <  1:1672090/65‑1 (MQ=255) tACTGTCCAGTAGTTGTTGTAGCGGGTTTTCTCGCTGATGATCATCAGTAACCAGTTCGATGCTa  <  1:1004629/65‑1 (MQ=255) tACTGTCCAGTAGTTGTTGTAGCGGGTTTTCTCGCTGATGATCATCAGTAACCAGTTCGATGCTa  <  1:1100553/65‑1 (MQ=255) tACTGTCCAGTAGTTGTTGTAGCGGGTTTTCTCGCTGATGATCATCAGTAACCAGTTCGATGCTa  <  1:1388210/65‑1 (MQ=255) tACTGTCCAGTAGTTGTTGTAGCGGGTTTTCTCGCTGATGATCATCAGTAACCAGTTCGATGCTa  <  1:1504541/65‑1 (MQ=255) tACTGTCCAGTAGTTGTTGTAGCGGGTTTTCTCGCTGATGATCATCAGTAACCAGTTCGATGCTa  <  1:1521587/65‑1 (MQ=255) tACTGTCCAGTAGTTGTTGTAGCGGGTTTTCTCGCTGATGATCATCAGTAACCAGTTCGATGCTa  <  1:1530483/65‑1 (MQ=255) tACTGTCCAGTAGTTGTTGTAGCGGGTTTTCTCGCTGATGATCATCAGTAACCAGTTCGATGCTa  <  1:1596543/65‑1 (MQ=255) tACTGTCCAGTAGTTGTTGTAGCGGGTTTTCTCGCTGATGATCATCAGTAACCAGTTCGATGCTa  <  1:1653218/65‑1 (MQ=255) tACTGTCCAGTAGTTGTTGTAGCGGGTTTTCTCGCTGATGATCATCAGTAACCAGTTCGATGCTa  <  1:254418/65‑1 (MQ=255) tACTGTCCAGTAGTTGTTGTAGCGGGTTTTCTCGCTGATGATCATCAGTAACCAGTTCGATGCTa  <  1:1685823/65‑1 (MQ=255) tACTGTCCAGTAGTTGTTGTAGCGGGTTTTCTCGCTGATGATCATCAGTAACCAGTTCGATGCTa  <  1:1708741/65‑1 (MQ=255) tACTGTCCAGTAGTTGTTGTAGCGGGTTTTCTCGCTGATGATCATCAGTAACCAGTTCGATGCTa  <  1:1708989/65‑1 (MQ=255) tACTGTCCAGTAGTTGTTGTAGCGGGTTTTCTCGCTGATGATCATCAGTAACCAGTTCGATGCTa  <  1:201333/65‑1 (MQ=255) tACTGTCCAGTAGTTGTTGTAGCGGGTTTTCTCGCTGATGATCATCAGTAACCAGTTCGATGCTa  <  1:225446/65‑1 (MQ=255) tACTGTCCAGTAGTTGTTGTAGCGGGTTTTCTCGCTGATGATCATCAGTAACCAGTTCGATGCTa  <  1:237666/65‑1 (MQ=255)  aCTGTCCAGTAGTTGTTGTAGCGGGTTTTCTCGCTGATGATCATCAGTAACCAGTTCGATGCTa  <  1:1806529/64‑1 (MQ=255)                     aGCGGGTTTTCTCGCTGATGATCATCAGTAACCAGTTCGATGCTa  <  1:211394/45‑1 (MQ=255)                       cGGGTTTTCTCGCTGATGATCATCAGTAACCAGTTCGATGCTa  <  1:91844/43‑1 (MQ=255)                                                                 | TACTGTCCAGTAGTTGTTGTAGCGGGTTTTCTCGCTGATGATCATCAGTAACCAGTTCGATGCTA  >  W3110S.gb/2003398‑2003462

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑