Missing coverage evidence...
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*	*	÷	W3110S.gb	2019088	2019089	2	42 [0]	[0] 49	fliI	flagellum‑specific ATP synthase

GCTCGGTCCGGCGTTATTAGGTCGCGTTCTGGACGGCAGCGGTAAACCGCTCGATGGCCTGCCCT  >  W3110S.gb/2019023‑2019087                                                                 | gCTCGGTCCGGCGTTATTAGGTCGCGTTCTGGCCGGCAGCGGTAAACCGCTCGATGGCCTGCCCt  >  1:472354/1‑65 (MQ=255) gCTCGGTCCGGCGTTATTAGGTCGCGTTCTGGACGGCAGCGGTAAGCCGCTCGATGGCCTGCCCt  >  1:565293/1‑65 (MQ=255) gCTCGGTCCGGCGTTATTAGGTCGCGTTCTGGACGGCAGCGGTAAACCGCTCGATGGCCTGCCCt  >  1:261859/1‑65 (MQ=255) gCTCGGTCCGGCGTTATTAGGTCGCGTTCTGGACGGCAGCGGTAAACCGCTCGATGGCCTGCCCt  >  1:1823545/1‑65 (MQ=255) gCTCGGTCCGGCGTTATTAGGTCGCGTTCTGGACGGCAGCGGTAAACCGCTCGATGGCCTGCCCt  >  1:281092/1‑65 (MQ=255) gCTCGGTCCGGCGTTATTAGGTCGCGTTCTGGACGGCAGCGGTAAACCGCTCGATGGCCTGCCCt  >  1:413087/1‑65 (MQ=255) gCTCGGTCCGGCGTTATTAGGTCGCGTTCTGGACGGCAGCGGTAAACCGCTCGATGGCCTGCCCt  >  1:420895/1‑65 (MQ=255) gCTCGGTCCGGCGTTATTAGGTCGCGTTCTGGACGGCAGCGGTAAACCGCTCGATGGCCTGCCCt  >  1:426710/1‑65 (MQ=255) gCTCGGTCCGGCGTTATTAGGTCGCGTTCTGGACGGCAGCGGTAAACCGCTCGATGGCCTGCCCt  >  1:520137/1‑65 (MQ=255) gCTCGGTCCGGCGTTATTAGGTCGCGTTCTGGACGGCAGCGGTAAACCGCTCGATGGCCTGCCCt  >  1:537191/1‑65 (MQ=255) gCTCGGTCCGGCGTTATTAGGTCGCGTTCTGGACGGCAGCGGTAAACCGCTCGATGGCCTGCCCt  >  1:538837/1‑65 (MQ=255) gCTCGGTCCGGCGTTATTAGGTCGCGTTCTGGACGGCAGCGGTAAACCGCTCGATGGCCTGCCCt  >  1:557634/1‑65 (MQ=255) gCTCGGTCCGGCGTTATTAGGTCGCGTTCTGGACGGCAGCGGTAAACCGCTCGATGGCCTGCCCt  >  1:598227/1‑65 (MQ=255) gCTCGGTCCGGCGTTATTAGGTCGCGTTCTGGACGGCAGCGGTAAACCGCTCGATGGCCTGCCCt  >  1:612601/1‑65 (MQ=255) gCTCGGTCCGGCGTTATTAGGTCGCGTTCTGGACGGCAGCGGTAAACCGCTCGATGGCCTGCCCt  >  1:619300/1‑65 (MQ=255) gCTCGGTCCGGCGTTATTAGGTCGCGTTCTGGACGGCAGCGGTAAACCGCTCGATGGCCTGCCCt  >  1:714703/1‑65 (MQ=255) gCTCGGTCCGGCGTTATTAGGTCGCGTTCTGGACGGCAGCGGTAAACCGCTCGATGGCCTGCCCt  >  1:717560/1‑65 (MQ=255) gCTCGGTCCGGCGTTATTAGGTCGCGTTCTGGACGGCAGCGGTAAACCGCTCGATGGCCTGCCCt  >  1:763477/1‑65 (MQ=255) gCTCGGTCCGGCGTTATTAGGTCGCGTTCTGGACGGCAGCGGTAAACCGCTCGATGGCCTGCCCt  >  1:921957/1‑65 (MQ=255) gCTCGGTCCGGCGTTATTAGGTCGCGTTCTGGACGGCAGCGGTAAACCGCTCGATGGCCTGCCCt  >  1:926467/1‑65 (MQ=255) gCTCGGTCCGGCGTTATTAGGTCGCGTTCTGGACGGCAGCGGTAAACCGCTCGATGGCCTGCCCt  >  1:985514/1‑65 (MQ=255) gCTCGGTCCGGCGTTATTAGGTCGCGTTCTGGACGGCAGCGGTAAACCGCTCGATGGCCTGCCCt  >  1:1535526/1‑65 (MQ=255) gCTCGGTCCGGCGTTATTAGGTCGCGTTCTGGACGGCAGCGGTAAACCGCTCGATGGCCTGCCCt  >  1:1121093/1‑65 (MQ=255) gCTCGGTCCGGCGTTATTAGGTCGCGTTCTGGACGGCAGCGGTAAACCGCTCGATGGCCTGCCCt  >  1:1122383/1‑65 (MQ=255) gCTCGGTCCGGCGTTATTAGGTCGCGTTCTGGACGGCAGCGGTAAACCGCTCGATGGCCTGCCCt  >  1:1158942/1‑65 (MQ=255) gCTCGGTCCGGCGTTATTAGGTCGCGTTCTGGACGGCAGCGGTAAACCGCTCGATGGCCTGCCCt  >  1:1174147/1‑65 (MQ=255) gCTCGGTCCGGCGTTATTAGGTCGCGTTCTGGACGGCAGCGGTAAACCGCTCGATGGCCTGCCCt  >  1:1198394/1‑65 (MQ=255) gCTCGGTCCGGCGTTATTAGGTCGCGTTCTGGACGGCAGCGGTAAACCGCTCGATGGCCTGCCCt  >  1:1221938/1‑65 (MQ=255) gCTCGGTCCGGCGTTATTAGGTCGCGTTCTGGACGGCAGCGGTAAACCGCTCGATGGCCTGCCCt  >  1:1240928/1‑65 (MQ=255) gCTCGGTCCGGCGTTATTAGGTCGCGTTCTGGACGGCAGCGGTAAACCGCTCGATGGCCTGCCCt  >  1:1260156/1‑65 (MQ=255) gCTCGGTCCGGCGTTATTAGGTCGCGTTCTGGACGGCAGCGGTAAACCGCTCGATGGCCTGCCCt  >  1:1268307/1‑65 (MQ=255) gCTCGGTCCGGCGTTATTAGGTCGCGTTCTGGACGGCAGCGGTAAACCGCTCGATGGCCTGCCCt  >  1:1380868/1‑65 (MQ=255) gCTCGGTCCGGCGTTATTAGGTCGCGTTCTGGACGGCAGCGGTAAACCGCTCGATGGCCTGCCCt  >  1:1073468/1‑65 (MQ=255) gCTCGGTCCGGCGTTATTAGGTCGCGTTCTGGACGGCAGCGGTAAACCGCTCGATGGCCTGCCCt  >  1:1549886/1‑65 (MQ=255) gCTCGGTCCGGCGTTATTAGGTCGCGTTCTGGACGGCAGCGGTAAACCGCTCGATGGCCTGCCCt  >  1:1594974/1‑65 (MQ=255) gCTCGGTCCGGCGTTATTAGGTCGCGTTCTGGACGGCAGCGGTAAACCGCTCGATGGCCTGCCCt  >  1:1595521/1‑65 (MQ=255) gCTCGGTCCGGCGTTATTAGGTCGCGTTCTGGACGGCAGCGGTAAACCGCTCGATGGCCTGCCCt  >  1:1602561/1‑65 (MQ=255) gCTCGGTCCGGCGTTATTAGGTCGCGTTCTGGACGGCAGCGGTAAACCGCTCGATGGCCTGCCCt  >  1:1622544/1‑65 (MQ=255) gCTCGGTCCGGCGTTATTAGGTCGCGTTCTGGACGGCAGCGGTAAACCGCTCGATGGCCTGCCCt  >  1:1687103/1‑65 (MQ=255) gCTCGGTCCGGCGTTATTAGGTCGCGTTCTGGACGGCAGCGGTAAACCGCTCGATGGCCTGCCCt  >  1:1740237/1‑65 (MQ=255) gCTCGGTCCGGCGTTATTAGGTCGCGTTCTGGACGGCAGCGGTAAACCGCTCGATGGCCTGCCCt  >  1:1751088/1‑65 (MQ=255) gCTCGGTCCGGCGTTATTAGGTCGCGTTCTGGACGGCAGCGGTAAACCGCTCGATGGCCTGCCCt  >  1:1810146/1‑65 (MQ=255)                                                                 | GCTCGGTCCGGCGTTATTAGGTCGCGTTCTGGACGGCAGCGGTAAACCGCTCGATGGCCTGCCCT  >  W3110S.gb/2019023‑2019087

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑