Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	2099610	2099655	46	49 [0]	[0] 2	cld	regulator of length of O‑antigen component of lipopolysaccharide chains

GGTAATTGCCTTTTTCGGGCTATCACGACGAATAGGTAACATCGGTTTCATCACATAACGGTAAG  >  W3110S.gb/2099545‑2099609                                                                 | ggTAATTGCCTTTTTCTGGCTATCACGACGAATAGGTAACATCGGTTTCATCACATAACGGTAAg  <  1:1221503/65‑1 (MQ=255) ggTAATTGCCTTTTTCGGGCTATCACGACGAATAGGTAACATCGGTTTCATCACATAACGGTAAg  <  1:605692/65‑1 (MQ=255) ggTAATTGCCTTTTTCGGGCTATCACGACGAATAGGTAACATCGGTTTCATCACATAACGGTAAg  <  1:349962/65‑1 (MQ=255) ggTAATTGCCTTTTTCGGGCTATCACGACGAATAGGTAACATCGGTTTCATCACATAACGGTAAg  <  1:350979/65‑1 (MQ=255) ggTAATTGCCTTTTTCGGGCTATCACGACGAATAGGTAACATCGGTTTCATCACATAACGGTAAg  <  1:351618/65‑1 (MQ=255) ggTAATTGCCTTTTTCGGGCTATCACGACGAATAGGTAACATCGGTTTCATCACATAACGGTAAg  <  1:379777/65‑1 (MQ=255) ggTAATTGCCTTTTTCGGGCTATCACGACGAATAGGTAACATCGGTTTCATCACATAACGGTAAg  <  1:400909/65‑1 (MQ=255) ggTAATTGCCTTTTTCGGGCTATCACGACGAATAGGTAACATCGGTTTCATCACATAACGGTAAg  <  1:406502/65‑1 (MQ=255) ggTAATTGCCTTTTTCGGGCTATCACGACGAATAGGTAACATCGGTTTCATCACATAACGGTAAg  <  1:421489/65‑1 (MQ=255) ggTAATTGCCTTTTTCGGGCTATCACGACGAATAGGTAACATCGGTTTCATCACATAACGGTAAg  <  1:452366/65‑1 (MQ=255) ggTAATTGCCTTTTTCGGGCTATCACGACGAATAGGTAACATCGGTTTCATCACATAACGGTAAg  <  1:458400/65‑1 (MQ=255) ggTAATTGCCTTTTTCGGGCTATCACGACGAATAGGTAACATCGGTTTCATCACATAACGGTAAg  <  1:522614/65‑1 (MQ=255) ggTAATTGCCTTTTTCGGGCTATCACGACGAATAGGTAACATCGGTTTCATCACATAACGGTAAg  <  1:53485/65‑1 (MQ=255) ggTAATTGCCTTTTTCGGGCTATCACGACGAATAGGTAACATCGGTTTCATCACATAACGGTAAg  <  1:599648/65‑1 (MQ=255) ggTAATTGCCTTTTTCGGGCTATCACGACGAATAGGTAACATCGGTTTCATCACATAACGGTAAg  <  1:348057/65‑1 (MQ=255) ggTAATTGCCTTTTTCGGGCTATCACGACGAATAGGTAACATCGGTTTCATCACATAACGGTAAg  <  1:605924/65‑1 (MQ=255) ggTAATTGCCTTTTTCGGGCTATCACGACGAATAGGTAACATCGGTTTCATCACATAACGGTAAg  <  1:65415/65‑1 (MQ=255) ggTAATTGCCTTTTTCGGGCTATCACGACGAATAGGTAACATCGGTTTCATCACATAACGGTAAg  <  1:759586/65‑1 (MQ=255) ggTAATTGCCTTTTTCGGGCTATCACGACGAATAGGTAACATCGGTTTCATCACATAACGGTAAg  <  1:785782/65‑1 (MQ=255) ggTAATTGCCTTTTTCGGGCTATCACGACGAATAGGTAACATCGGTTTCATCACATAACGGTAAg  <  1:813833/65‑1 (MQ=255) ggTAATTGCCTTTTTCGGGCTATCACGACGAATAGGTAACATCGGTTTCATCACATAACGGTAAg  <  1:816226/65‑1 (MQ=255) ggTAATTGCCTTTTTCGGGCTATCACGACGAATAGGTAACATCGGTTTCATCACATAACGGTAAg  <  1:883723/65‑1 (MQ=255) ggTAATTGCCTTTTTCGGGCTATCACGACGAATAGGTAACATCGGTTTCATCACATAACGGTAAg  <  1:885470/65‑1 (MQ=255) ggTAATTGCCTTTTTCGGGCTATCACGACGAATAGGTAACATCGGTTTCATCACATAACGGTAAg  <  1:892374/65‑1 (MQ=255) ggTAATTGCCTTTTTCGGGCTATCACGACGAATAGGTAACATCGGTTTCATCACATAACGGTAAg  <  1:924663/65‑1 (MQ=255) ggTAATTGCCTTTTTCGGGCTATCACGACGAATAGGTAACATCGGTTTCATCACATAACGGTAAg  <  1:206522/65‑1 (MQ=255) ggTAATTGCCTTTTTCGGGCTATCACGACGAATAGGTAACATCGGTTTCATCACATAACGGTAAg  <  1:1034690/65‑1 (MQ=255) ggTAATTGCCTTTTTCGGGCTATCACGACGAATAGGTAACATCGGTTTCATCACATAACGGTAAg  <  1:109664/65‑1 (MQ=255) ggTAATTGCCTTTTTCGGGCTATCACGACGAATAGGTAACATCGGTTTCATCACATAACGGTAAg  <  1:1139398/65‑1 (MQ=255) ggTAATTGCCTTTTTCGGGCTATCACGACGAATAGGTAACATCGGTTTCATCACATAACGGTAAg  <  1:1150186/65‑1 (MQ=255) ggTAATTGCCTTTTTCGGGCTATCACGACGAATAGGTAACATCGGTTTCATCACATAACGGTAAg  <  1:116239/65‑1 (MQ=255) ggTAATTGCCTTTTTCGGGCTATCACGACGAATAGGTAACATCGGTTTCATCACATAACGGTAAg  <  1:122263/65‑1 (MQ=255) ggTAATTGCCTTTTTCGGGCTATCACGACGAATAGGTAACATCGGTTTCATCACATAACGGTAAg  <  1:1253385/65‑1 (MQ=255) ggTAATTGCCTTTTTCGGGCTATCACGACGAATAGGTAACATCGGTTTCATCACATAACGGTAAg  <  1:1253391/65‑1 (MQ=255) ggTAATTGCCTTTTTCGGGCTATCACGACGAATAGGTAACATCGGTTTCATCACATAACGGTAAg  <  1:1302240/65‑1 (MQ=255) ggTAATTGCCTTTTTCGGGCTATCACGACGAATAGGTAACATCGGTTTCATCACATAACGGTAAg  <  1:1315394/65‑1 (MQ=255) ggTAATTGCCTTTTTCGGGCTATCACGACGAATAGGTAACATCGGTTTCATCACATAACGGTAAg  <  1:1535320/65‑1 (MQ=255) ggTAATTGCCTTTTTCGGGCTATCACGACGAATAGGTAACATCGGTTTCATCACATAACGGTAAg  <  1:1553531/65‑1 (MQ=255) ggTAATTGCCTTTTTCGGGCTATCACGACGAATAGGTAACATCGGTTTCATCACATAACGGTAAg  <  1:1578435/65‑1 (MQ=255) ggTAATTGCCTTTTTCGGGCTATCACGACGAATAGGTAACATCGGTTTCATCACATAACGGTAAg  <  1:1607831/65‑1 (MQ=255) ggTAATTGCCTTTTTCGGGCTATCACGACGAATAGGTAACATCGGTTTCATCACATAACGGTAAg  <  1:1807200/65‑1 (MQ=255) ggTAATTGCCTTTTTCGGGCTATCACGACGAATAGGTAACATCGGTTTCATCACATAACGGTAAg  <  1:201708/65‑1 (MQ=255) ggTAATTGCCTTTTTCGGGCTATCACGACGAATAGGTAACATCGGTTTCATCACATAACGGTAAg  <  1:1007070/65‑1 (MQ=255)  gTAATTGCCTTTTTCGGGCTATCACGACGAATAGGTAACATCGGTTTCATCACATACCGGTAAg  <  1:1193043/64‑1 (MQ=255)  gTAATTGCCTTTTTCGGGCTATCACGACGAATAGGTAACATCGGTTTCATCACATAACGGTAAg  <  1:762219/64‑1 (MQ=255)  gTAATTGCCTTTTTCGGGCTATCACGACGAATAGGTAACATCGGTTTCATCACATAACGGTAAg  <  1:1710212/64‑1 (MQ=255)  gTAATTGCCTTTTTCGGGCTATCACGACGAATAGGTAACATCGGTTTCATCACATAACGGTAAg  <  1:1067378/64‑1 (MQ=255)  gTAATTGCCTTTTTCGGGCTATCACGACGAATAGGTAACATCGGTTTCATCACATAACGGTAAg  <  1:1067270/64‑1 (MQ=255)  gTAATTGCCTTTTTCGGGCTATCACGACGAATAGGTAACATCGGTTTCATCACATAACGGTAAg  <  1:1018178/64‑1 (MQ=255)                                                                 | GGTAATTGCCTTTTTCGGGCTATCACGACGAATAGGTAACATCGGTTTCATCACATAACGGTAAG  >  W3110S.gb/2099545‑2099609

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑