Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	2326071	2326096	26	76 [1]	[0] 117	atoS	sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with AtoC

AAGAAATCGATTCAATTAACAAAGTTATTCAGCAATTGCTCGAATTTTCACGTCCACGCCACAGTCAATGGCAAC  >  W3110S.gb/2326007‑2326081                                                                |            aaGAAATCGATTCAATTAACAAAGTTATTCAGCAATTGCTCGAATTTTCACGTCCCCGCCACAg             >  1:186730/1‑64 (MQ=255) aaGAAATCGATTCAATTAACAAAGTTATTCAGCAATTGCTCGAATTTTCACGTCCACGCCACAg             >  1:577279/1‑64 (MQ=255) aaGAAATCGATTCAATTAACAAAGTTATTCAGCAATTGCTCGAATTTTCACGTCCACGCCACAg             >  1:711931/1‑64 (MQ=255) aaGAAATCGATTCAATTAACAAAGTTATTCAGCAATTGCTCGAATTTTCACGTCCACGCCACAg             >  1:708707/1‑64 (MQ=255) aaGAAATCGATTCAATTAACAAAGTTATTCAGCAATTGCTCGAATTTTCACGTCCACGCCACAg             >  1:697983/1‑64 (MQ=255) aaGAAATCGATTCAATTAACAAAGTTATTCAGCAATTGCTCGAATTTTCACGTCCACGCCACAg             >  1:697606/1‑64 (MQ=255) aaGAAATCGATTCAATTAACAAAGTTATTCAGCAATTGCTCGAATTTTCACGTCCACGCCACAg             >  1:626761/1‑64 (MQ=255) aaGAAATCGATTCAATTAACAAAGTTATTCAGCAATTGCTCGAATTTTCACGTCCACGCCACAg             >  1:609815/1‑64 (MQ=255) aaGAAATCGATTCAATTAACAAAGTTATTCAGCAATTGCTCGAATTTTCACGTCCACGCCACAg             >  1:607160/1‑64 (MQ=255) aaGAAATCGATTCAATTAACAAAGTTATTCAGCAATTGCTCGAATTTTCACGTCCACGCCACAg             >  1:605869/1‑64 (MQ=255) aaGAAATCGATTCAATTAACAAAGTTATTCAGCAATTGCTCGAATTTTCACGTCCACGCCACAg             >  1:59890/1‑64 (MQ=255) aaGAAATCGATTCAATTAACAAAGTTATTCAGCAATTGCTCGAATTTTCACGTCCACGCCACAg             >  1:737015/1‑64 (MQ=255) aaGAAATCGATTCAATTAACAAAGTTATTCAGCAATTGCTCGAATTTTCACGTCCACGCCACAg             >  1:428524/1‑64 (MQ=255) aaGAAATCGATTCAATTAACAAAGTTATTCAGCAATTGCTCGAATTTTCACGTCCACGCCACAg             >  1:410570/1‑64 (MQ=255) aaGAAATCGATTCAATTAACAAAGTTATTCAGCAATTGCTCGAATTTTCACGTCCACGCCACAg             >  1:346030/1‑64 (MQ=255) aaGAAATCGATTCAATTAACAAAGTTATTCAGCAATTGCTCGAATTTTCACGTCCACGCCACAg             >  1:318750/1‑64 (MQ=255) aaGAAATCGATTCAATTAACAAAGTTATTCAGCAATTGCTCGAATTTTCACGTCCACGCCACAg             >  1:317099/1‑64 (MQ=255) aaGAAATCGATTCAATTAACAAAGTTATTCAGCAATTGCTCGAATTTTCACGTCCACGCCACAg             >  1:294075/1‑64 (MQ=255) aaGAAATCGATTCAATTAACAAAGTTATTCAGCAATTGCTCGAATTTTCACGTCCACGCCACAg             >  1:286370/1‑64 (MQ=255) aaGAAATCGATTCAATTAACAAAGTTATTCAGCAATTGCTCGAATTTTCACGTCCACGCCACAg             >  1:264874/1‑64 (MQ=255) aaGAAATCGATTCAATTAACAAAGTTATTCAGCAATTGCTCGAATTTTCACGTCCACGCCACAg             >  1:854706/1‑64 (MQ=255) aaGAAATCGATTCAATTAACAAAGTTATTCAGCAATTGCTCGAATTTTCACGTCCACGCCACAg             >  1:992047/1‑64 (MQ=255) aaGAAATCGATTCAATTAACAAAGTTATTCAGCAATTGCTCGAATTTTCACGTCCACGCCACAg             >  1:975499/1‑64 (MQ=255) aaGAAATCGATTCAATTAACAAAGTTATTCAGCAATTGCTCGAATTTTCACGTCCACGCCACAg             >  1:923052/1‑64 (MQ=255) aaGAAATCGATTCAATTAACAAAGTTATTCAGCAATTGCTCGAATTTTCACGTCCACGCCACAg             >  1:905698/1‑64 (MQ=255) aaGAAATCGATTCAATTAACAAAGTTATTCAGCAATTGCTCGAATTTTCACGTCCACGCCACAg             >  1:893177/1‑64 (MQ=255) aaGAAATCGATTCAATTAACAAAGTTATTCAGCAATTGCTCGAATTTTCACGTCCACGCCACAg             >  1:887826/1‑64 (MQ=255) aaGAAATCGATTCAATTAACAAAGTTATTCAGCAATTGCTCGAATTTTCACGTCCACGCCACAg             >  1:878965/1‑64 (MQ=255) aaGAAATCGATTCAATTAACAAAGTTATTCAGCAATTGCTCGAATTTTCACGTCCACGCCACAg             >  1:877955/1‑64 (MQ=255) aaGAAATCGATTCAATTAACAAAGTTATTCAGCAATTGCTCGAATTTTCACGTCCACGCCACAg             >  1:856330/1‑64 (MQ=255) aaGAAATCGATTCAATTAACAAAGTTATTCAGCAATTGCTCGAATTTTCACGTCCACGCCACAg             >  1:246335/1‑64 (MQ=255) aaGAAATCGATTCAATTAACAAAGTTATTCAGCAATTGCTCGAATTTTCACGTCCACGCCACAg             >  1:851399/1‑64 (MQ=255) aaGAAATCGATTCAATTAACAAAGTTATTCAGCAATTGCTCGAATTTTCACGTCCACGCCACAg             >  1:848396/1‑64 (MQ=255) aaGAAATCGATTCAATTAACAAAGTTATTCAGCAATTGCTCGAATTTTCACGTCCACGCCACAg             >  1:83473/1‑64 (MQ=255) aaGAAATCGATTCAATTAACAAAGTTATTCAGCAATTGCTCGAATTTTCACGTCCACGCCACAg             >  1:812548/1‑64 (MQ=255) aaGAAATCGATTCAATTAACAAAGTTATTCAGCAATTGCTCGAATTTTCACGTCCACGCCACAg             >  1:806559/1‑64 (MQ=255) aaGAAATCGATTCAATTAACAAAGTTATTCAGCAATTGCTCGAATTTTCACGTCCACGCCACAg             >  1:760442/1‑64 (MQ=255) aaGAAATCGATTCAATTAACAAAGTTATTCAGCAATTGCTCGAATTTTCACGTCCACGCCACAg             >  1:753758/1‑64 (MQ=255) aaGAAATCGATTCAATTAACAAAGTTATTCAGCAATTGCTCGAATTTTCACGTCCACGCCACAg             >  1:744248/1‑64 (MQ=255) aaGAAATCGATTCAATTAACAAAGTTATTCAGCAATTGCTCGAATTTTCACGTCCACGCCACAg             >  1:1183134/1‑64 (MQ=255) aaGAAATCGATTCAATTAACAAAGTTATTCAGCAATTGCTCGAATTTTCACGTCCACGCCACAg             >  1:1467523/1‑64 (MQ=255) aaGAAATCGATTCAATTAACAAAGTTATTCAGCAATTGCTCGAATTTTCACGTCCACGCCACAg             >  1:1431133/1‑64 (MQ=255) aaGAAATCGATTCAATTAACAAAGTTATTCAGCAATTGCTCGAATTTTCACGTCCACGCCACAg             >  1:1371977/1‑64 (MQ=255) aaGAAATCGATTCAATTAACAAAGTTATTCAGCAATTGCTCGAATTTTCACGTCCACGCCACAg             >  1:1331923/1‑64 (MQ=255) aaGAAATCGATTCAATTAACAAAGTTATTCAGCAATTGCTCGAATTTTCACGTCCACGCCACAg             >  1:1330949/1‑64 (MQ=255) aaGAAATCGATTCAATTAACAAAGTTATTCAGCAATTGCTCGAATTTTCACGTCCACGCCACAg             >  1:132252/1‑64 (MQ=255) aaGAAATCGATTCAATTAACAAAGTTATTCAGCAATTGCTCGAATTTTCACGTCCACGCCACAg             >  1:1313301/1‑64 (MQ=255) aaGAAATCGATTCAATTAACAAAGTTATTCAGCAATTGCTCGAATTTTCACGTCCACGCCACAg             >  1:1254339/1‑64 (MQ=255) aaGAAATCGATTCAATTAACAAAGTTATTCAGCAATTGCTCGAATTTTCACGTCCACGCCACAg             >  1:150760/1‑64 (MQ=255) aaGAAATCGATTCAATTAACAAAGTTATTCAGCAATTGCTCGAATTTTCACGTCCACGCCACAg             >  1:1182866/1‑64 (MQ=255) aaGAAATCGATTCAATTAACAAAGTTATTCAGCAATTGCTCGAATTTTCACGTCCACGCCACAg             >  1:1164750/1‑64 (MQ=255) aaGAAATCGATTCAATTAACAAAGTTATTCAGCAATTGCTCGAATTTTCACGTCCACGCCACAg             >  1:1143035/1‑64 (MQ=255) aaGAAATCGATTCAATTAACAAAGTTATTCAGCAATTGCTCGAATTTTCACGTCCACGCCACAg             >  1:1135117/1‑64 (MQ=255) aaGAAATCGATTCAATTAACAAAGTTATTCAGCAATTGCTCGAATTTTCACGTCCACGCCACAg             >  1:1105922/1‑64 (MQ=255) aaGAAATCGATTCAATTAACAAAGTTATTCAGCAATTGCTCGAATTTTCACGTCCACGCCACAg             >  1:1084009/1‑64 (MQ=255) aaGAAATCGATTCAATTAACAAAGTTATTCAGCAATTGCTCGAATTTTCACGTCCACGCCACAg             >  1:1072867/1‑64 (MQ=255) aaGAAATCGATTCAATTAACAAAGTTATTCAGCAATTGCTCGAATTTTCACGTCCACGCCACAg             >  1:1040897/1‑64 (MQ=255) aaGAAATCGATTCAATTAACAAAGTTATTCAGCAATTGCTCGAATTTTCACGTCCACGCCACAg             >  1:180958/1‑64 (MQ=255) aaGAAATCGATTCAATTAACAAAGTTATTCAGCAATTGCTCGAATTTTCACGTCCACGCCACAg             >  1:233064/1‑64 (MQ=255) aaGAAATCGATTCAATTAACAAAGTTATTCAGCAATTGCTCGAATTTTCACGTCCACGCCACAg             >  1:218521/1‑64 (MQ=255) aaGAAATCGATTCAATTAACAAAGTTATTCAGCAATTGCTCGAATTTTCACGTCCACGCCACAg             >  1:209788/1‑64 (MQ=255) aaGAAATCGATTCAATTAACAAAGTTATTCAGCAATTGCTCGAATTTTCACGTCCACGCCACAg             >  1:205077/1‑64 (MQ=255) aaGAAATCGATTCAATTAACAAAGTTATTCAGCAATTGCTCGAATTTTCACGTCCACGCCACAg             >  1:193508/1‑64 (MQ=255) aaGAAATCGATTCAATTAACAAAGTTATTCAGCAATTGCTCGAATTTTCACGTCCACGCCACAg             >  1:1853967/1‑64 (MQ=255) aaGAAATCGATTCAATTAACAAAGTTATTCAGCAATTGCTCGAATTTTCACGTCCACGCCACAg             >  1:184171/1‑64 (MQ=255) aaGAAATCGATTCAATTAACAAAGTTATTCAGCAATTGCTCGAATTTTCACGTCCACGCCACAg             >  1:1833832/1‑64 (MQ=255) aaGAAATCGATTCAATTAACAAAGTTATTCAGCAATTGCTCGAATTTTCACGTCCACGCCACAg             >  1:1006935/1‑64 (MQ=255) aaGAAATCGATTCAATTAACAAAGTTATTCAGCAATTGCTCGAATTTTCACGTCCACGCCACAg             >  1:1762523/1‑64 (MQ=255) aaGAAATCGATTCAATTAACAAAGTTATTCAGCAATTGCTCGAATTTTCACGTCCACGCCACAg             >  1:1708587/1‑64 (MQ=255) aaGAAATCGATTCAATTAACAAAGTTATTCAGCAATTGCTCGAATTTTCACGTCCACGCCACAg             >  1:1697539/1‑64 (MQ=255) aaGAAATCGATTCAATTAACAAAGTTATTCAGCAATTGCTCGAATTTTCACGTCCACGCCACAg             >  1:1676353/1‑64 (MQ=255) aaGAAATCGATTCAATTAACAAAGTTATTCAGCAATTGCTCGAATTTTCACGTCCACGCCACAg             >  1:1585124/1‑64 (MQ=255) aaGAAATCGATTCAATTAACAAAGTTATTCAGCAATTGCTCGAATTTTCACGTCCACGCCACAg             >  1:1561734/1‑64 (MQ=255) aaGAAATCGATTCAATTAACAAAGTTATTCAGCAATTGCTCGAATTTTCACGTCCACGCCACAg             >  1:152212/1‑64 (MQ=255) aaGAAATCGATTCAATTAACAAAGTTATTCAGCAATTGCACGAATTTTCACGTCCACGCCACAg             >  1:105712/1‑64 (MQ=255)                              cAGCAATTGCTCGAATTTTCACGTCCACGCCACAGTCAATGGcaac  >  1:1598284/1‑46 (MQ=255)                                                                |            AAGAAATCGATTCAATTAACAAAGTTATTCAGCAATTGCTCGAATTTTCACGTCCACGCCACAGTCAATGGCAAC  >  W3110S.gb/2326007‑2326081

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑