Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	2354040	2354043	4	82 [0]	[0] 41	inaA	conserved hypothetical protein

GAATGAAACAGATGATGCGTCATGCGCTTTACATACAGCTTTTTGCCGTTGCGCTCGACGCATT  >  W3110S.gb/2353976‑2354039                                                                | taaTGAAACAGATGATTCGTCATGCGCTTTACATACAGCTTATTGGCGTTGCGCTCGAGGCAtt  <  1:333660/63‑1 (MQ=255) gAATGAAACGGATGATGCGTCATGCGCTTTACATACAGCTTTTTGCCGTTGCGCTCGACGCAtt  <  1:209385/64‑1 (MQ=255) gAATGAAACAGATGATGCGTCATGCGCTTTACATACAGCTTTTTGCCGTTGCGCTCGACGCAtt  <  1:633262/64‑1 (MQ=255) gAATGAAACAGATGATGCGTCATGCGCTTTACATACAGCTTTTTGCCGTTGCGCTCGACGCAtt  <  1:642140/64‑1 (MQ=255) gAATGAAACAGATGATGCGTCATGCGCTTTACATACAGCTTTTTGCCGTTGCGCTCGACGCAtt  <  1:615215/64‑1 (MQ=255) gAATGAAACAGATGATGCGTCATGCGCTTTACATACAGCTTTTTGCCGTTGCGCTCGACGCAtt  <  1:572387/64‑1 (MQ=255) gAATGAAACAGATGATGCGTCATGCGCTTTACATACAGCTTTTTGCCGTTGCGCTCGACGCAtt  <  1:537302/64‑1 (MQ=255) gAATGAAACAGATGATGCGTCATGCGCTTTACATACAGCTTTTTGCCGTTGCGCTCGACGCAtt  <  1:448164/64‑1 (MQ=255) gAATGAAACAGATGATGCGTCATGCGCTTTACATACAGCTTTTTGCCGTTGCGCTCGACGCAtt  <  1:448122/64‑1 (MQ=255) gAATGAAACAGATGATGCGTCATGCGCTTTACATACAGCTTTTTGCCGTTGCGCTCGACGCAtt  <  1:435560/64‑1 (MQ=255) gAATGAAACAGATGATGCGTCATGCGCTTTACATACAGCTTTTTGCCGTTGCGCTCGACGCAtt  <  1:421961/64‑1 (MQ=255) gAATGAAACAGATGATGCGTCATGCGCTTTACATACAGCTTTTTGCCGTTGCGCTCGACGCAtt  <  1:341091/64‑1 (MQ=255) gAATGAAACAGATGATGCGTCATGCGCTTTACATACAGCTTTTTGCCGTTGCGCTCGACGCAtt  <  1:32617/64‑1 (MQ=255) gAATGAAACAGATGATGCGTCATGCGCTTTACATACAGCTTTTTGCCGTTGCGCTCGACGCAtt  <  1:308665/64‑1 (MQ=255) gAATGAAACAGATGATGCGTCATGCGCTTTACATACAGCTTTTTGCCGTTGCGCTCGACGCAtt  <  1:284055/64‑1 (MQ=255) gAATGAAACAGATGATGCGTCATGCGCTTTACATACAGCTTTTTGCCGTTGCGCTCGACGCAtt  <  1:228850/64‑1 (MQ=255) gAATGAAACAGATGATGCGTCATGCGCTTTACATACAGCTTTTTGCCGTTGCGCTCGACGCAtt  <  1:1029049/64‑1 (MQ=255) gAATGAAACAGATGATGCGTCATGCGCTTTACATACAGCTTTTTGCCGTTGCGCTCGACGCAtt  <  1:1844993/64‑1 (MQ=255) gAATGAAACAGATGATGCGTCATGCGCTTTACATACAGCTTTTTGCCGTTGCGCTCGACGCAtt  <  1:1809688/64‑1 (MQ=255) gAATGAAACAGATGATGCGTCATGCGCTTTACATACAGCTTTTTGCCGTTGCGCTCGACGCAtt  <  1:759842/64‑1 (MQ=255) gAATGAAACAGATGATGCGTCATGCGCTTTACATACAGCTTTTTGCCGTTGCGCTCGACGCAtt  <  1:994467/64‑1 (MQ=255) gAATGAAACAGATGATGCGTCATGCGCTTTACATACAGCTTTTTGCCGTTGCGCTCGACGCAtt  <  1:980130/64‑1 (MQ=255) gAATGAAACAGATGATGCGTCATGCGCTTTACATACAGCTTTTTGCCGTTGCGCTCGACGCAtt  <  1:970783/64‑1 (MQ=255) gAATGAAACAGATGATGCGTCATGCGCTTTACATACAGCTTTTTGCCGTTGCGCTCGACGCAtt  <  1:955014/64‑1 (MQ=255) gAATGAAACAGATGATGCGTCATGCGCTTTACATACAGCTTTTTGCCGTTGCGCTCGACGCAtt  <  1:882640/64‑1 (MQ=255) gAATGAAACAGATGATGCGTCATGCGCTTTACATACAGCTTTTTGCCGTTGCGCTCGACGCAtt  <  1:829072/64‑1 (MQ=255) gAATGAAACAGATGATGCGTCATGCGCTTTACATACAGCTTTTTGCCGTTGCGCTCGACGCAtt  <  1:82832/64‑1 (MQ=255) gAATGAAACAGATGATGCGTCATGCGCTTTACATACAGCTTTTTGCCGTTGCGCTCGACGCAtt  <  1:827252/64‑1 (MQ=255) gAATGAAACAGATGATGCGTCATGCGCTTTACATACAGCTTTTTGCCGTTGCGCTCGACGCAtt  <  1:806960/64‑1 (MQ=255) gAATGAAACAGATGATGCGTCATGCGCTTTACATACAGCTTTTTGCCGTTGCGCTCGACGCAtt  <  1:201220/64‑1 (MQ=255) gAATGAAACAGATGATGCGTCATGCGCTTTACATACAGCTTTTTGCCGTTGCGCTCGACGCAtt  <  1:758571/64‑1 (MQ=255) gAATGAAACAGATGATGCGTCATGCGCTTTACATACAGCTTTTTGCCGTTGCGCTCGACGCAtt  <  1:695392/64‑1 (MQ=255) gAATGAAACAGATGATGCGTCATGCGCTTTACATACAGCTTTTTGCCGTTGCGCTCGACGCAtt  <  1:683553/64‑1 (MQ=255) gAATGAAACAGATGATGCGTCATGCGCTTTACATACAGCTTTTTGCCGTTGCGCTCGACGCAtt  <  1:683140/64‑1 (MQ=255) gAATGAAACAGATGATGCGTCATGCGCTTTACATACAGCTTTTTGCCGTTGCGCTCGACGCAtt  <  1:680185/64‑1 (MQ=255) gAATGAAACAGATGATGCGTCATGCGCTTTACATACAGCTTTTTGCCGTTGCGCTCGACGCAtt  <  1:666299/64‑1 (MQ=255) gAATGAAACAGATGATGCGTCATGCGCTTTACATACAGCTTTTTGCCGTTGCGCTCGACGCAtt  <  1:651078/64‑1 (MQ=255) gAATGAAACAGATGATGCGTCATGCGCTTTACATACAGCTTTTTGCCGTTGCGCTCGACGCAtt  <  1:648953/64‑1 (MQ=255) gAATGAAACAGATGATGCGTCATGCGCTTTACATACAGCTTTTTGCCGTTGCGCTCGACGCAtt  <  1:128730/64‑1 (MQ=255) gAATGAAACAGATGATGCGTCATGCGCTTTACATACAGCTTTTTGCCGTTGCGCTCGACGCAtt  <  1:143147/64‑1 (MQ=255) gAATGAAACAGATGATGCGTCATGCGCTTTACATACAGCTTTTTGCCGTTGCGCTCGACGCAtt  <  1:1424028/64‑1 (MQ=255) gAATGAAACAGATGATGCGTCATGCGCTTTACATACAGCTTTTTGCCGTTGCGCTCGACGCAtt  <  1:1714715/64‑1 (MQ=255) gAATGAAACAGATGATGCGTCATGCGCTTTACATACAGCTTTTTGCCGTTGCGCTCGACGCAtt  <  1:1378496/64‑1 (MQ=255) gAATGAAACAGATGATGCGTCATGCGCTTTACATACAGCTTTTTGCCGTTGCGCTCGACGCAtt  <  1:1376287/64‑1 (MQ=255) gAATGAAACAGATGATGCGTCATGCGCTTTACATACAGCTTTTTGCCGTTGCGCTCGACGCAtt  <  1:1337557/64‑1 (MQ=255) gAATGAAACAGATGATGCGTCATGCGCTTTACATACAGCTTTTTGCCGTTGCGCTCGACGCAtt  <  1:1317260/64‑1 (MQ=255) gAATGAAACAGATGATGCGTCATGCGCTTTACATACAGCTTTTTGCCGTTGCGCTCGACGCAtt  <  1:1297367/64‑1 (MQ=255) gAATGAAACAGATGATGCGTCATGCGCTTTACATACAGCTTTTTGCCGTTGCGCTCGACGCAtt  <  1:1401198/64‑1 (MQ=255) gAATGAAACAGATGATGCGTCATGCGCTTTACATACAGCTTTTTGCCGTTGCGCTCGACGCAtt  <  1:1287034/64‑1 (MQ=255) gAATGAAACAGATGATGCGTCATGCGCTTTACATACAGCTTTTTGCCGTTGCGCTCGACGCAtt  <  1:1282868/64‑1 (MQ=255) gAATGAAACAGATGATGCGTCATGCGCTTTACATACAGCTTTTTGCCGTTGCGCTCGACGCAtt  <  1:1197268/64‑1 (MQ=255) gAATGAAACAGATGATGCGTCATGCGCTTTACATACAGCTTTTTGCCGTTGCGCTCGACGCAtt  <  1:1170551/64‑1 (MQ=255) gAATGAAACAGATGATGCGTCATGCGCTTTACATACAGCTTTTTGCCGTTGCGCTCGACGCAtt  <  1:1154972/64‑1 (MQ=255) gAATGAAACAGATGATGCGTCATGCGCTTTACATACAGCTTTTTGCCGTTGCGCTCGACGCAtt  <  1:115481/64‑1 (MQ=255) gAATGAAACAGATGATGCGTCATGCGCTTTACATACAGCTTTTTGCCGTTGCGCTCGACGCAtt  <  1:1086339/64‑1 (MQ=255) gAATGAAACAGATGATGCGTCATGCGCTTTACATACAGCTTTTTGCCGTTGCGCTCGACGCAtt  <  1:1062232/64‑1 (MQ=255) gAATGAAACAGATGATGCGTCATGCGCTTTACATACAGCTTTTTGCCGTTGCGCTCGACGCAtt  <  1:1686645/64‑1 (MQ=255) gAATGAAACAGATGATGCGTCATGCGCTTTACATACAGCTTTTTGCCGTTGCGCTCGACGCAtt  <  1:1569035/64‑1 (MQ=255) gAATGAAACAGATGATGCGTCATGCGCTTTACATACAGCTTTTTGCCGTTGCGCTCGACGCAtt  <  1:156372/64‑1 (MQ=255) gAATGAAACAGATGATGCGTCATGCGCTTTACATACAGCTTTTTGCCGTTGCGCTCGACGCAtt  <  1:1559874/64‑1 (MQ=255) gAATGAAACAGATGATGCGTCATGCGCTTTACATACAGCTTTTTGCCGTTGCGCTCGACGCAtt  <  1:1548153/64‑1 (MQ=255) gAATGAAACAGATGATGCGTCATGCGCTTTACATACAGCTTTTTGCCGTTGCGCTCGACGCAtt  <  1:1526592/64‑1 (MQ=255) gAATGAAACAGATGATGCGTCATGCGCTTTACATACAGCTTTTTGCCGTTGCGCTCGACGCAtt  <  1:1600717/64‑1 (MQ=255) gAATGAAACAGATGATGCGTCATGCGCTTTACATACAGCTTTTTGCCGTTGCGCTCGACGCAtt  <  1:1521735/64‑1 (MQ=255) gAATGAAACAGATGATGCGTCATGCGCTTTACATACAGCTTTTTGCCGTTGCGCTCGACGCAtt  <  1:1520219/64‑1 (MQ=255) gAATGAAACAGATGATGCGTCATGCGCTTTACATACAGCTTTTTGCCGTTGCGCTCGACGCAtt  <  1:1658532/64‑1 (MQ=255) gAATGAAACAGATGATGCGTCATGCGCTTTACATACAGCTTTTTGCCGTTGCGCTCGACGCAtt  <  1:1487844/64‑1 (MQ=255) gAATGAAACAGATGATGCGTCATGCGCTTTACATACAGCTTTTTGCCGTTGCGCTCGACGCAtt  <  1:145344/64‑1 (MQ=255) gAATGAAACAGATGATGCGTCATGCGCTTTACATACAGCTTTTTGCCGTTGCGCTCGACGCAtt  <  1:1447473/64‑1 (MQ=255) gAATGAAACAGATGATGCGTCATGCGCTTTACATACAGCTTTTTGCCGTTGCGCTCGACGCAtt  <  1:1432408/64‑1 (MQ=255) gAATGAAACAGATGATGCGTCATGCGCTTTACATACAGCCTTTTGCCGTTGCGCTCGACGCAtt  <  1:1462911/64‑1 (MQ=255)  aaTGAAACAGATGATGCGTCATGCGCTTTACATACAGCTTTTTGCCGTTGCGCTCGACGCAtt  <  1:1328682/63‑1 (MQ=255)  aaTGAAACAGATGATGCGTCATGCGCTTTACATACAGCTTTTTGCCGTTGCGCTCGACGCAtt  <  1:1096547/63‑1 (MQ=255)          aGATGATGCGTCATGCGCTTTACATACAGCTTTTTGCCGTTGCGCTCGACGCAtt  <  1:1511189/55‑1 (MQ=255)           gatgatGCGTCATGCGCTTTACATACAGCTTTTTGCCGTTGCGCTCGACGCAtt  <  1:1181594/54‑1 (MQ=255)              gatgCGTCATGCGCTTTACATACAGCTTTTTGCCGTTGCGCTCGACGCAtt  <  1:610153/51‑1 (MQ=255)                 gCGTCATGCGCTTTACATACAGCTTTTTGCCGTTGCGCTCGACGCAtt  <  1:652949/48‑1 (MQ=255)                 gCGTCATGCGCTTTACATACAGCTTTTTGCCGTTGCGCTCGACGCAtt  <  1:607866/48‑1 (MQ=255)                     cATGCGCTTTACATACAGCTTTTTGCCGTTGCGCTCGACGCAtt  <  1:96494/44‑1 (MQ=255)                      aTGCGCTTTACATACAGCTTTTTGCCGTTGCGCTCGACGCAtt  <  1:32988/43‑1 (MQ=255)                        gcgcTTTACATACAGCTTTTTGCCGTTGCGCTCGACGCAtt  <  1:1349514/41‑1 (MQ=255)                             ttACATACAGCTTTTTGCCGTTGCGCTCGACGCAtt  <  1:910867/36‑1 (MQ=255)                                                                | GAATGAAACAGATGATGCGTCATGCGCTTTACATACAGCTTTTTGCCGTTGCGCTCGACGCATT  >  W3110S.gb/2353976‑2354039

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑