Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	2369812	2369817	6	60 [0]	[0] 22	ais	conserved hypothetical protein

CCATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAA  >  W3110S.gb/2369749‑2369811                                                               | ccATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACTCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCaa  <  1:1179174/63‑1 (MQ=255) ccATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCaa  <  1:615050/63‑1 (MQ=255) ccATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCaa  <  1:1003349/63‑1 (MQ=255) ccATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCaa  <  1:265580/63‑1 (MQ=255) ccATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCaa  <  1:317319/63‑1 (MQ=255) ccATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCaa  <  1:333488/63‑1 (MQ=255) ccATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCaa  <  1:38427/63‑1 (MQ=255) ccATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCaa  <  1:411094/63‑1 (MQ=255) ccATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCaa  <  1:430/63‑1 (MQ=255) ccATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCaa  <  1:462222/63‑1 (MQ=255) ccATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCaa  <  1:472698/63‑1 (MQ=255) ccATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCaa  <  1:489189/63‑1 (MQ=255) ccATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCaa  <  1:552563/63‑1 (MQ=255) ccATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCaa  <  1:59493/63‑1 (MQ=255) ccATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCaa  <  1:594953/63‑1 (MQ=255) ccATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCaa  <  1:596325/63‑1 (MQ=255) ccATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCaa  <  1:220602/63‑1 (MQ=255) ccATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCaa  <  1:641414/63‑1 (MQ=255) ccATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCaa  <  1:685030/63‑1 (MQ=255) ccATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCaa  <  1:71531/63‑1 (MQ=255) ccATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCaa  <  1:715841/63‑1 (MQ=255) ccATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCaa  <  1:724728/63‑1 (MQ=255) ccATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCaa  <  1:733234/63‑1 (MQ=255) ccATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCaa  <  1:758385/63‑1 (MQ=255) ccATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCaa  <  1:758833/63‑1 (MQ=255) ccATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCaa  <  1:781538/63‑1 (MQ=255) ccATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCaa  <  1:79643/63‑1 (MQ=255) ccATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCaa  <  1:804786/63‑1 (MQ=255) ccATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCaa  <  1:831425/63‑1 (MQ=255) ccATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCaa  <  1:841683/63‑1 (MQ=255) ccATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCaa  <  1:1442990/63‑1 (MQ=255) ccATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCaa  <  1:104688/63‑1 (MQ=255) ccATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCaa  <  1:1056594/63‑1 (MQ=255) ccATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCaa  <  1:1087041/63‑1 (MQ=255) ccATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCaa  <  1:1235174/63‑1 (MQ=255) ccATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCaa  <  1:1250948/63‑1 (MQ=255) ccATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCaa  <  1:1284760/63‑1 (MQ=255) ccATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCaa  <  1:1308745/63‑1 (MQ=255) ccATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCaa  <  1:1320309/63‑1 (MQ=255) ccATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCaa  <  1:1321095/63‑1 (MQ=255) ccATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCaa  <  1:135678/63‑1 (MQ=255) ccATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCaa  <  1:1405277/63‑1 (MQ=255) ccATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCaa  <  1:1408459/63‑1 (MQ=255) ccATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCaa  <  1:213066/63‑1 (MQ=255) ccATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCaa  <  1:1454638/63‑1 (MQ=255) ccATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCaa  <  1:1459254/63‑1 (MQ=255) ccATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCaa  <  1:1476602/63‑1 (MQ=255) ccATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCaa  <  1:1484400/63‑1 (MQ=255) ccATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCaa  <  1:1486003/63‑1 (MQ=255) ccATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCaa  <  1:1508764/63‑1 (MQ=255) ccATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCaa  <  1:1586301/63‑1 (MQ=255) ccATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCaa  <  1:158788/63‑1 (MQ=255) ccATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCaa  <  1:1671316/63‑1 (MQ=255) ccATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCaa  <  1:1798978/63‑1 (MQ=255) ccATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCaa  <  1:1843514/63‑1 (MQ=255) ccATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCaa  <  1:202199/63‑1 (MQ=255) ccATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCaa  <  1:207298/63‑1 (MQ=255) ccATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGACAGGCaa  <  1:1055674/63‑1 (MQ=255) ccATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCCTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCaa  <  1:642458/63‑1 (MQ=255)  cATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCaa  <  1:394670/62‑1 (MQ=255)                                                               | CCATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAA  >  W3110S.gb/2369749‑2369811

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑