Missing coverage evidence...
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CAGCCAACACGGTTAGGTCCGTAACGGTTCTGGAACAGACCCAGCAGGCGACGTTCGCCAAAGCT  >  W3110S.gb/2401952‑2402016                                                                 | cAGCCAACACGGTTAGGTCCGTAACGGTTCTGGAACAGACCCAGCAGGCGACGTTCGCCAAAGCt  <  1:580392/65‑1 (MQ=255) cAGCCAACACGGTTAGGTCCGTAACGGTTCTGGAACAGACCCAGCAGGCGACGTTCGCCAAAGCt  <  1:1000176/65‑1 (MQ=255) cAGCCAACACGGTTAGGTCCGTAACGGTTCTGGAACAGACCCAGCAGGCGACGTTCGCCAAAGCt  <  1:287320/65‑1 (MQ=255) cAGCCAACACGGTTAGGTCCGTAACGGTTCTGGAACAGACCCAGCAGGCGACGTTCGCCAAAGCt  <  1:308504/65‑1 (MQ=255) cAGCCAACACGGTTAGGTCCGTAACGGTTCTGGAACAGACCCAGCAGGCGACGTTCGCCAAAGCt  <  1:313376/65‑1 (MQ=255) cAGCCAACACGGTTAGGTCCGTAACGGTTCTGGAACAGACCCAGCAGGCGACGTTCGCCAAAGCt  <  1:322412/65‑1 (MQ=255) cAGCCAACACGGTTAGGTCCGTAACGGTTCTGGAACAGACCCAGCAGGCGACGTTCGCCAAAGCt  <  1:344508/65‑1 (MQ=255) cAGCCAACACGGTTAGGTCCGTAACGGTTCTGGAACAGACCCAGCAGGCGACGTTCGCCAAAGCt  <  1:486489/65‑1 (MQ=255) cAGCCAACACGGTTAGGTCCGTAACGGTTCTGGAACAGACCCAGCAGGCGACGTTCGCCAAAGCt  <  1:550925/65‑1 (MQ=255) cAGCCAACACGGTTAGGTCCGTAACGGTTCTGGAACAGACCCAGCAGGCGACGTTCGCCAAAGCt  <  1:565381/65‑1 (MQ=255) cAGCCAACACGGTTAGGTCCGTAACGGTTCTGGAACAGACCCAGCAGGCGACGTTCGCCAAAGCt  <  1:231922/65‑1 (MQ=255) cAGCCAACACGGTTAGGTCCGTAACGGTTCTGGAACAGACCCAGCAGGCGACGTTCGCCAAAGCt  <  1:681506/65‑1 (MQ=255) cAGCCAACACGGTTAGGTCCGTAACGGTTCTGGAACAGACCCAGCAGGCGACGTTCGCCAAAGCt  <  1:703991/65‑1 (MQ=255) cAGCCAACACGGTTAGGTCCGTAACGGTTCTGGAACAGACCCAGCAGGCGACGTTCGCCAAAGCt  <  1:707073/65‑1 (MQ=255) cAGCCAACACGGTTAGGTCCGTAACGGTTCTGGAACAGACCCAGCAGGCGACGTTCGCCAAAGCt  <  1:746037/65‑1 (MQ=255) cAGCCAACACGGTTAGGTCCGTAACGGTTCTGGAACAGACCCAGCAGGCGACGTTCGCCAAAGCt  <  1:798872/65‑1 (MQ=255) cAGCCAACACGGTTAGGTCCGTAACGGTTCTGGAACAGACCCAGCAGGCGACGTTCGCCAAAGCt  <  1:904339/65‑1 (MQ=255) cAGCCAACACGGTTAGGTCCGTAACGGTTCTGGAACAGACCCAGCAGGCGACGTTCGCCAAAGCt  <  1:970369/65‑1 (MQ=255) cAGCCAACACGGTTAGGTCCGTAACGGTTCTGGAACAGACCCAGCAGGCGACGTTCGCCAAAGCt  <  1:972447/65‑1 (MQ=255) cAGCCAACACGGTTAGGTCCGTAACGGTTCTGGAACAGACCCAGCAGGCGACGTTCGCCAAAGCt  <  1:1510996/65‑1 (MQ=255) cAGCCAACACGGTTAGGTCCGTAACGGTTCTGGAACAGACCCAGCAGGCGACGTTCGCCAAAGCt  <  1:104816/65‑1 (MQ=255) cAGCCAACACGGTTAGGTCCGTAACGGTTCTGGAACAGACCCAGCAGGCGACGTTCGCCAAAGCt  <  1:1075080/65‑1 (MQ=255) cAGCCAACACGGTTAGGTCCGTAACGGTTCTGGAACAGACCCAGCAGGCGACGTTCGCCAAAGCt  <  1:1163357/65‑1 (MQ=255) cAGCCAACACGGTTAGGTCCGTAACGGTTCTGGAACAGACCCAGCAGGCGACGTTCGCCAAAGCt  <  1:1163814/65‑1 (MQ=255) cAGCCAACACGGTTAGGTCCGTAACGGTTCTGGAACAGACCCAGCAGGCGACGTTCGCCAAAGCt  <  1:1217525/65‑1 (MQ=255) cAGCCAACACGGTTAGGTCCGTAACGGTTCTGGAACAGACCCAGCAGGCGACGTTCGCCAAAGCt  <  1:1287768/65‑1 (MQ=255) cAGCCAACACGGTTAGGTCCGTAACGGTTCTGGAACAGACCCAGCAGGCGACGTTCGCCAAAGCt  <  1:1378984/65‑1 (MQ=255) cAGCCAACACGGTTAGGTCCGTAACGGTTCTGGAACAGACCCAGCAGGCGACGTTCGCCAAAGCt  <  1:1431348/65‑1 (MQ=255) cAGCCAACACGGTTAGGTCCGTAACGGTTCTGGAACAGACCCAGCAGGCGACGTTCGCCAAAGCt  <  1:221480/65‑1 (MQ=255) cAGCCAACACGGTTAGGTCCGTAACGGTTCTGGAACAGACCCAGCAGGCGACGTTCGCCAAAGCt  <  1:1529180/65‑1 (MQ=255) cAGCCAACACGGTTAGGTCCGTAACGGTTCTGGAACAGACCCAGCAGGCGACGTTCGCCAAAGCt  <  1:1554778/65‑1 (MQ=255) cAGCCAACACGGTTAGGTCCGTAACGGTTCTGGAACAGACCCAGCAGGCGACGTTCGCCAAAGCt  <  1:1633995/65‑1 (MQ=255) cAGCCAACACGGTTAGGTCCGTAACGGTTCTGGAACAGACCCAGCAGGCGACGTTCGCCAAAGCt  <  1:1697351/65‑1 (MQ=255) cAGCCAACACGGTTAGGTCCGTAACGGTTCTGGAACAGACCCAGCAGGCGACGTTCGCCAAAGCt  <  1:1713929/65‑1 (MQ=255) cAGCCAACACGGTTAGGTCCGTAACGGTTCTGGAACAGACCCAGCAGGCGACGTTCGCCAAAGCt  <  1:1737192/65‑1 (MQ=255) cAGCCAACACGGTTAGGTCCGTAACGGTTCTGGAACAGACCCAGCAGGCGACGTTCGCCAAAGCt  <  1:1795179/65‑1 (MQ=255) cAGCCAACACGGTTAGGTCCGTAACGGTTCTGGAACAGACCCAGCAGGCGACGTTCGCCAAAGCt  <  1:1869621/65‑1 (MQ=255)            gTTAGGTCCGTAACGGTTCTGGAACAGACCCAGCAGGCGACGTTCGCCAAAGCt  <  1:785181/54‑1 (MQ=255)                                                                 | CAGCCAACACGGTTAGGTCCGTAACGGTTCTGGAACAGACCCAGCAGGCGACGTTCGCCAAAGCT  >  W3110S.gb/2401952‑2402016

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑