Missing coverage evidence...
   seq id start end size ←reads reads→ gene description
* * ÷ W3110S.gb 2472445 2472644 200 143 [0] [0] 42 intS predicted prophage CPS‑53 integrase

Only 100 of 143 total aligned reads displayed.

CCTTGAAATTCAGGATATTGAGCCGATGCAACTGCTGGAAGTAATCCGCAGGTTTGAAGATCGCG  >  W3110S.gb/2472380‑2472444
                                                                |
ccTTGAAATTCAGGATATTGTGCCGATGCAACTGCTGGAAGTAATCCGCAGGTTTGAAGATcgcg  <  1:62922/65‑1 (MQ=255)
ccTTGAAATTCAGGATATTGAGCCGATGCAACTGCTGGAAGTAATCCGCAGGTTTGAAGATcgcg  <  1:312310/65‑1 (MQ=255)
ccTTGAAATTCAGGATATTGAGCCGATGCAACTGCTGGAAGTAATCCGCAGGTTTGAAGATcgcg  <  1:580251/65‑1 (MQ=255)
ccTTGAAATTCAGGATATTGAGCCGATGCAACTGCTGGAAGTAATCCGCAGGTTTGAAGATcgcg  <  1:521690/65‑1 (MQ=255)
ccTTGAAATTCAGGATATTGAGCCGATGCAACTGCTGGAAGTAATCCGCAGGTTTGAAGATcgcg  <  1:484216/65‑1 (MQ=255)
ccTTGAAATTCAGGATATTGAGCCGATGCAACTGCTGGAAGTAATCCGCAGGTTTGAAGATcgcg  <  1:473892/65‑1 (MQ=255)
ccTTGAAATTCAGGATATTGAGCCGATGCAACTGCTGGAAGTAATCCGCAGGTTTGAAGATcgcg  <  1:42245/65‑1 (MQ=255)
ccTTGAAATTCAGGATATTGAGCCGATGCAACTGCTGGAAGTAATCCGCAGGTTTGAAGATcgcg  <  1:401175/65‑1 (MQ=255)
ccTTGAAATTCAGGATATTGAGCCGATGCAACTGCTGGAAGTAATCCGCAGGTTTGAAGATcgcg  <  1:370437/65‑1 (MQ=255)
ccTTGAAATTCAGGATATTGAGCCGATGCAACTGCTGGAAGTAATCCGCAGGTTTGAAGATcgcg  <  1:342868/65‑1 (MQ=255)
ccTTGAAATTCAGGATATTGAGCCGATGCAACTGCTGGAAGTAATCCGCAGGTTTGAAGATcgcg  <  1:327325/65‑1 (MQ=255)
ccTTGAAATTCAGGATATTGAGCCGATGCAACTGCTGGAAGTAATCCGCAGGTTTGAAGATcgcg  <  1:324323/65‑1 (MQ=255)
ccTTGAAATTCAGGATATTGAGCCGATGCAACTGCTGGAAGTAATCCGCAGGTTTGAAGATcgcg  <  1:580365/65‑1 (MQ=255)
ccTTGAAATTCAGGATATTGAGCCGATGCAACTGCTGGAAGTAATCCGCAGGTTTGAAGATcgcg  <  1:3090/65‑1 (MQ=255)
ccTTGAAATTCAGGATATTGAGCCGATGCAACTGCTGGAAGTAATCCGCAGGTTTGAAGATcgcg  <  1:277114/65‑1 (MQ=255)
ccTTGAAATTCAGGATATTGAGCCGATGCAACTGCTGGAAGTAATCCGCAGGTTTGAAGATcgcg  <  1:250168/65‑1 (MQ=255)
ccTTGAAATTCAGGATATTGAGCCGATGCAACTGCTGGAAGTAATCCGCAGGTTTGAAGATcgcg  <  1:247148/65‑1 (MQ=255)
ccTTGAAATTCAGGATATTGAGCCGATGCAACTGCTGGAAGTAATCCGCAGGTTTGAAGATcgcg  <  1:197867/65‑1 (MQ=255)
ccTTGAAATTCAGGATATTGAGCCGATGCAACTGCTGGAAGTAATCCGCAGGTTTGAAGATcgcg  <  1:190635/65‑1 (MQ=255)
ccTTGAAATTCAGGATATTGAGCCGATGCAACTGCTGGAAGTAATCCGCAGGTTTGAAGATcgcg  <  1:1868614/65‑1 (MQ=255)
ccTTGAAATTCAGGATATTGAGCCGATGCAACTGCTGGAAGTAATCCGCAGGTTTGAAGATcgcg  <  1:1001743/65‑1 (MQ=255)
ccTTGAAATTCAGGATATTGAGCCGATGCAACTGCTGGAAGTAATCCGCAGGTTTGAAGATcgcg  <  1:185016/65‑1 (MQ=255)
ccTTGAAATTCAGGATATTGAGCCGATGCAACTGCTGGAAGTAATCCGCAGGTTTGAAGATcgcg  <  1:1833767/65‑1 (MQ=255)
ccTTGAAATTCAGGATATTGAGCCGATGCAACTGCTGGAAGTAATCCGCAGGTTTGAAGATcgcg  <  1:1808310/65‑1 (MQ=255)
ccTTGAAATTCAGGATATTGAGCCGATGCAACTGCTGGAAGTAATCCGCAGGTTTGAAGATcgcg  <  1:707698/65‑1 (MQ=255)
ccTTGAAATTCAGGATATTGAGCCGATGCAACTGCTGGAAGTAATCCGCAGGTTTGAAGATcgcg  <  1:957547/65‑1 (MQ=255)
ccTTGAAATTCAGGATATTGAGCCGATGCAACTGCTGGAAGTAATCCGCAGGTTTGAAGATcgcg  <  1:953088/65‑1 (MQ=255)
ccTTGAAATTCAGGATATTGAGCCGATGCAACTGCTGGAAGTAATCCGCAGGTTTGAAGATcgcg  <  1:903253/65‑1 (MQ=255)
ccTTGAAATTCAGGATATTGAGCCGATGCAACTGCTGGAAGTAATCCGCAGGTTTGAAGATcgcg  <  1:891974/65‑1 (MQ=255)
ccTTGAAATTCAGGATATTGAGCCGATGCAACTGCTGGAAGTAATCCGCAGGTTTGAAGATcgcg  <  1:890248/65‑1 (MQ=255)
ccTTGAAATTCAGGATATTGAGCCGATGCAACTGCTGGAAGTAATCCGCAGGTTTGAAGATcgcg  <  1:884799/65‑1 (MQ=255)
ccTTGAAATTCAGGATATTGAGCCGATGCAACTGCTGGAAGTAATCCGCAGGTTTGAAGATcgcg  <  1:882936/65‑1 (MQ=255)
ccTTGAAATTCAGGATATTGAGCCGATGCAACTGCTGGAAGTAATCCGCAGGTTTGAAGATcgcg  <  1:837320/65‑1 (MQ=255)
ccTTGAAATTCAGGATATTGAGCCGATGCAACTGCTGGAAGTAATCCGCAGGTTTGAAGATcgcg  <  1:816630/65‑1 (MQ=255)
ccTTGAAATTCAGGATATTGAGCCGATGCAACTGCTGGAAGTAATCCGCAGGTTTGAAGATcgcg  <  1:779403/65‑1 (MQ=255)
ccTTGAAATTCAGGATATTGAGCCGATGCAACTGCTGGAAGTAATCCGCAGGTTTGAAGATcgcg  <  1:1855166/65‑1 (MQ=255)
ccTTGAAATTCAGGATATTGAGCCGATGCAACTGCTGGAAGTAATCCGCAGGTTTGAAGATcgcg  <  1:687044/65‑1 (MQ=255)
ccTTGAAATTCAGGATATTGAGCCGATGCAACTGCTGGAAGTAATCCGCAGGTTTGAAGATcgcg  <  1:67606/65‑1 (MQ=255)
ccTTGAAATTCAGGATATTGAGCCGATGCAACTGCTGGAAGTAATCCGCAGGTTTGAAGATcgcg  <  1:675169/65‑1 (MQ=255)
ccTTGAAATTCAGGATATTGAGCCGATGCAACTGCTGGAAGTAATCCGCAGGTTTGAAGATcgcg  <  1:672143/65‑1 (MQ=255)
ccTTGAAATTCAGGATATTGAGCCGATGCAACTGCTGGAAGTAATCCGCAGGTTTGAAGATcgcg  <  1:656167/65‑1 (MQ=255)
ccTTGAAATTCAGGATATTGAGCCGATGCAACTGCTGGAAGTAATCCGCAGGTTTGAAGATcgcg  <  1:641359/65‑1 (MQ=255)
ccTTGAAATTCAGGATATTGAGCCGATGCAACTGCTGGAAGTAATCCGCAGGTTTGAAGATcgcg  <  1:629584/65‑1 (MQ=255)
ccTTGAAATTCAGGATATTGAGCCGATGCAACTGCTGGAAGTAATCCGCAGGTTTGAAGATcgcg  <  1:62114/65‑1 (MQ=255)
ccTTGAAATTCAGGATATTGAGCCGATGCAACTGCTGGAAGTAATCCGCAGGTTTGAAGATcgcg  <  1:603585/65‑1 (MQ=255)
ccTTGAAATTCAGGATATTGAGCCGATGCAACTGCTGGAAGTAATCCGCAGGTTTGAAGATcgcg  <  1:590611/65‑1 (MQ=255)
ccTTGAAATTCAGGATATTGAGCCGATGCAACTGCTGGAAGTAATCCGCAGGTTTGAAGATcgcg  <  1:1274952/65‑1 (MQ=255)
ccTTGAAATTCAGGATATTGAGCCGATGCAACTGCTGGAAGTAATCCGCAGGTTTGAAGATcgcg  <  1:1474018/65‑1 (MQ=255)
ccTTGAAATTCAGGATATTGAGCCGATGCAACTGCTGGAAGTAATCCGCAGGTTTGAAGATcgcg  <  1:1453992/65‑1 (MQ=255)
ccTTGAAATTCAGGATATTGAGCCGATGCAACTGCTGGAAGTAATCCGCAGGTTTGAAGATcgcg  <  1:1430478/65‑1 (MQ=255)
ccTTGAAATTCAGGATATTGAGCCGATGCAACTGCTGGAAGTAATCCGCAGGTTTGAAGATcgcg  <  1:1776225/65‑1 (MQ=255)
ccTTGAAATTCAGGATATTGAGCCGATGCAACTGCTGGAAGTAATCCGCAGGTTTGAAGATcgcg  <  1:1402421/65‑1 (MQ=255)
ccTTGAAATTCAGGATATTGAGCCGATGCAACTGCTGGAAGTAATCCGCAGGTTTGAAGATcgcg  <  1:1345850/65‑1 (MQ=255)
ccTTGAAATTCAGGATATTGAGCCGATGCAACTGCTGGAAGTAATCCGCAGGTTTGAAGATcgcg  <  1:133947/65‑1 (MQ=255)
ccTTGAAATTCAGGATATTGAGCCGATGCAACTGCTGGAAGTAATCCGCAGGTTTGAAGATcgcg  <  1:1334686/65‑1 (MQ=255)
ccTTGAAATTCAGGATATTGAGCCGATGCAACTGCTGGAAGTAATCCGCAGGTTTGAAGATcgcg  <  1:1292658/65‑1 (MQ=255)
ccTTGAAATTCAGGATATTGAGCCGATGCAACTGCTGGAAGTAATCCGCAGGTTTGAAGATcgcg  <  1:127815/65‑1 (MQ=255)
ccTTGAAATTCAGGATATTGAGCCGATGCAACTGCTGGAAGTAATCCGCAGGTTTGAAGATcgcg  <  1:1430209/65‑1 (MQ=255)
ccTTGAAATTCAGGATATTGAGCCGATGCAACTGCTGGAAGTAATCCGCAGGTTTGAAGATcgcg  <  1:1245630/65‑1 (MQ=255)
ccTTGAAATTCAGGATATTGAGCCGATGCAACTGCTGGAAGTAATCCGCAGGTTTGAAGATcgcg  <  1:122852/65‑1 (MQ=255)
ccTTGAAATTCAGGATATTGAGCCGATGCAACTGCTGGAAGTAATCCGCAGGTTTGAAGATcgcg  <  1:1195520/65‑1 (MQ=255)
ccTTGAAATTCAGGATATTGAGCCGATGCAACTGCTGGAAGTAATCCGCAGGTTTGAAGATcgcg  <  1:1156511/65‑1 (MQ=255)
ccTTGAAATTCAGGATATTGAGCCGATGCAACTGCTGGAAGTAATCCGCAGGTTTGAAGATcgcg  <  1:1104964/65‑1 (MQ=255)
ccTTGAAATTCAGGATATTGAGCCGATGCAACTGCTGGAAGTAATCCGCAGGTTTGAAGATcgcg  <  1:1036032/65‑1 (MQ=255)
ccTTGAAATTCAGGATATTGAGCCGATGCAACTGCTGGAAGTAATCCGCAGGTTTGAAGATcgcg  <  1:102849/65‑1 (MQ=255)
ccTTGAAATTCAGGATATTGAGCCGATGCAACTGCTGGAAGTAATCCGCAGGTTTGAAGATcgcg  <  1:1023923/65‑1 (MQ=255)
ccTTGAAATTCAGGATATTGAGCCGATGCAACTGCTGGAAGTAATCCGCAGGTTTGAAGATcgcg  <  1:101367/65‑1 (MQ=255)
ccTTGAAATTCAGGATATTGAGCCGATGCAACTGCTGGAAGTAATCCGCAGGTTTGAAGATcgcg  <  1:1008939/65‑1 (MQ=255)
ccTTGAAATTCAGGATATTGAGCCGATGCAACTGCTGGAAGTAATCCGCAGGTTTGAAGATcgcg  <  1:1643423/65‑1 (MQ=255)
ccTTGAAATTCAGGATATTGAGCCGATGCAACTGCTGGAAGTAATCCGCAGGTTTGAAGATcgcg  <  1:1766914/65‑1 (MQ=255)
ccTTGAAATTCAGGATATTGAGCCGATGCAACTGCTGGAAGTAATCCGCAGGTTTGAAGATcgcg  <  1:175981/65‑1 (MQ=255)
ccTTGAAATTCAGGATATTGAGCCGATGCAACTGCTGGAAGTAATCCGCAGGTTTGAAGATcgcg  <  1:1754591/65‑1 (MQ=255)
ccTTGAAATTCAGGATATTGAGCCGATGCAACTGCTGGAAGTAATCCGCAGGTTTGAAGATcgcg  <  1:1746521/65‑1 (MQ=255)
ccTTGAAATTCAGGATATTGAGCCGATGCAACTGCTGGAAGTAATCCGCAGGTTTGAAGATcgcg  <  1:1735888/65‑1 (MQ=255)
ccTTGAAATTCAGGATATTGAGCCGATGCAACTGCTGGAAGTAATCCGCAGGTTTGAAGATcgcg  <  1:1726079/65‑1 (MQ=255)
ccTTGAAATTCAGGATATTGAGCCGATGCAACTGCTGGAAGTAATCCGCAGGTTTGAAGATcgcg  <  1:1703654/65‑1 (MQ=255)
ccTTGAAATTCAGGATATTGAGCCGATGCAACTGCTGGAAGTAATCCGCAGGTTTGAAGATcgcg  <  1:1642493/65‑1 (MQ=255)
ccTTGAAATTCAGGATATTGAGCCGATGCAACTGCTGGAAGTAATCCGCAGGTTTGAAGATcgcg  <  1:1615843/65‑1 (MQ=255)
ccTTGAAATTCAGGATATTGAGCCGATGCAACTGCTGGAAGTAATCCGCAGGTTTGAAGATcgcg  <  1:1566377/65‑1 (MQ=255)
ccTTGAAATTCAGGATATTGAGCCGATGCAACTGCTGGAAGTAATCCGCAGGTTTGAAGATcgcg  <  1:152390/65‑1 (MQ=255)
ccTTGAAATTCAGGATATTGAGCCGATGCAACTGCTGGAAGTAATCCGCAGGTTTGAAGATcgcg  <  1:15007/65‑1 (MQ=255)
ccTTGAAATTCAGGATATTGAGCCGATGCAACTGCTGGAAGTAATCCGCAGGTTTGAAGATcgcg  <  1:1521961/65‑1 (MQ=255)
ccTTGAAATTCAGGATATTGAGCCGATGCAACTGCTGGAAGTAATCCGCAGGTTTGAAGATcgcg  <  1:1510932/65‑1 (MQ=255)
 cTTGAAATTCAGGATATTGAGCCGATGCAACTGCTGGAAGTAATCCGCAGGTTTGAAGATcgcg  <  1:1706627/64‑1 (MQ=255)
 cTTGAAATTCAGGATATTGAGCCGATGCAACTGCTGGAAGTAATCCGCAGGTTTGAAGATcgcg  <  1:424886/64‑1 (MQ=255)
 cTTGAAATTCAGGATATTGAGCCGATGCAACTGCTGGAAGTAATCCGCAGGTTTGAAGATcgcg  <  1:148376/64‑1 (MQ=255)
 cTTGAAATTCAGGATATTGAGCCGATGCAACTGCTGGAAGTAATCCGCAGGTTTGAAGATcgcg  <  1:913324/64‑1 (MQ=255)
 cTTGAAATTCAGGATATTGAGCCGATGCAACTGCTGGAAGTAATCCGCAGGTTTGAAGATcgcg  <  1:359299/64‑1 (MQ=255)
 cTTGAAATTCAGGATATTGAGCCGATGCAACTGCTGGAAGTAATCCGCAGGTTTGAAGATcgcg  <  1:1041100/64‑1 (MQ=255)
 cTTGAAATTCAGGATATTGAGCCGATGCAACTGCTGGAAGTAATCCGCAGGTTTGAAGATcgcg  <  1:883906/64‑1 (MQ=255)
 cTTGAAATTCAGGATATTGAGCCGATGCAACTGCTGGAAGTAATCCGCAGGTTTGAAGATcgcg  <  1:1132344/64‑1 (MQ=255)
 cTTGAAATTCAGGATATTGAGCCGATGCAACTGCTGGAAGTAATCCGCAGGTTTGAAGATcgcg  <  1:1321523/64‑1 (MQ=255)
 cTTGAAATTCAGGATATTGAGCCGATGCAACTGCTGGAAGTAATCCGCAGGTTTGAAGATcgcg  <  1:232868/64‑1 (MQ=255)
 cTTGAAATTCAGGATATTGAGCCGATGCAACTGCTGGAAGTAATCCGCAGGTTTGAAGATcgcg  <  1:1207933/64‑1 (MQ=255)
 cTTGAAATTCAGGATATTGAGCCGATGCAACTGCTGGAAGTAATCCGCAGGTTTGAAGATcgcg  <  1:1211785/64‑1 (MQ=255)
 cTTGAAATTCAGGATATTGAGCCGATGCAACTGCTGGAAGTAATCCGCAGGTTTGAAGATcgcg  <  1:1475530/64‑1 (MQ=255)
 cTTGAAATTCAGGATATTGAGCCGATGCAACTGCTGGAAGTAATCCGCAGGTTTGAAGATcgcg  <  1:285390/64‑1 (MQ=255)
 cTTGAAATTCAGGATATTGAGCCGATGCAACTGCTGGAAGTAATCCGCAGGTTTGAAGATcgcg  <  1:632822/64‑1 (MQ=255)
 cTTAAAATTCAGGATATTGAGCCGATGCAACTGCTGGAAGTAATCCGCAGGTTTGAAGATcgcg  <  1:1308454/64‑1 (MQ=255)
                   gAGCCGATGCAACTGCTGGAAGTAATCCGCAGGTTTGAAGATcgcg  <  1:34016/46‑1 (MQ=255)
                                                                |
CCTTGAAATTCAGGATATTGAGCCGATGCAACTGCTGGAAGTAATCCGCAGGTTTGAAGATCGCG  >  W3110S.gb/2472380‑2472444

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑