Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	3213480	3213498	19	14 [0]	[1] 77	rpoD	RNA polymerase, sigma 70 (sigma D) factor

GTCACCCGAGCCGTTCTGAAGTGCTGCGTAGCTTCCTGGACGATTAATCGGTAGGCCGGATCAG  >  W3110S.gb/3213498‑3213561  |                                                               gTCACCCGAGCCGTTCTGAAGTGCTGCGTAGCTTCCTGGACGATTAATCGGTAGGCCGGATCAg  <  1:981635/64‑1 (MQ=255)  tCACCCGAGCCGTTCTGAAGTGCTGCGTAGCTTCCTGGACGATTAATCGGTTGGCCGGATCAg  <  1:1574746/63‑1 (MQ=255)  tCACCCGAGCCGTTCTGAAGTGCTGCGTAGCTTCCTGGACGATTAATCGGTAGGCCGGATCAg  <  1:577154/63‑1 (MQ=255)  tCACCCGAGCCGTTCTGAAGTGCTGCGTAGCTTCCTGGACGATTAATCGGTAGGCCGGATCAg  <  1:65322/63‑1 (MQ=255)  tCACCCGAGCCGTTCTGAAGTGCTGCGTAGCTTCCTGGACGATTAATCGGTAGGCCGGATCAg  <  1:64848/63‑1 (MQ=255)  tCACCCGAGCCGTTCTGAAGTGCTGCGTAGCTTCCTGGACGATTAATCGGTAGGCCGGATCAg  <  1:637357/63‑1 (MQ=255)  tCACCCGAGCCGTTCTGAAGTGCTGCGTAGCTTCCTGGACGATTAATCGGTAGGCCGGATCAg  <  1:616365/63‑1 (MQ=255)  tCACCCGAGCCGTTCTGAAGTGCTGCGTAGCTTCCTGGACGATTAATCGGTAGGCCGGATCAg  <  1:614087/63‑1 (MQ=255)  tCACCCGAGCCGTTCTGAAGTGCTGCGTAGCTTCCTGGACGATTAATCGGTAGGCCGGATCAg  <  1:606390/63‑1 (MQ=255)  tCACCCGAGCCGTTCTGAAGTGCTGCGTAGCTTCCTGGACGATTAATCGGTAGGCCGGATCAg  <  1:594914/63‑1 (MQ=255)  tCACCCGAGCCGTTCTGAAGTGCTGCGTAGCTTCCTGGACGATTAATCGGTAGGCCGGATCAg  <  1:58505/63‑1 (MQ=255)  tCACCCGAGCCGTTCTGAAGTGCTGCGTAGCTTCCTGGACGATTAATCGGTAGGCCGGATCAg  <  1:719886/63‑1 (MQ=255)  tCACCCGAGCCGTTCTGAAGTGCTGCGTAGCTTCCTGGACGATTAATCGGTAGGCCGGATCAg  <  1:575709/63‑1 (MQ=255)  tCACCCGAGCCGTTCTGAAGTGCTGCGTAGCTTCCTGGACGATTAATCGGTAGGCCGGATCAg  <  1:54642/63‑1 (MQ=255)  tCACCCGAGCCGTTCTGAAGTGCTGCGTAGCTTCCTGGACGATTAATCGGTAGGCCGGATCAg  <  1:511597/63‑1 (MQ=255)  tCACCCGAGCCGTTCTGAAGTGCTGCGTAGCTTCCTGGACGATTAATCGGTAGGCCGGATCAg  <  1:456934/63‑1 (MQ=255)  tCACCCGAGCCGTTCTGAAGTGCTGCGTAGCTTCCTGGACGATTAATCGGTAGGCCGGATCAg  <  1:455359/63‑1 (MQ=255)  tCACCCGAGCCGTTCTGAAGTGCTGCGTAGCTTCCTGGACGATTAATCGGTAGGCCGGATCAg  <  1:444365/63‑1 (MQ=255)  tCACCCGAGCCGTTCTGAAGTGCTGCGTAGCTTCCTGGACGATTAATCGGTAGGCCGGATCAg  <  1:444143/63‑1 (MQ=255)  tCACCCGAGCCGTTCTGAAGTGCTGCGTAGCTTCCTGGACGATTAATCGGTAGGCCGGATCAg  <  1:387891/63‑1 (MQ=255)  tCACCCGAGCCGTTCTGAAGTGCTGCGTAGCTTCCTGGACGATTAATCGGTAGGCCGGATCAg  <  1:895596/63‑1 (MQ=255)  tCACCCGAGCCGTTCTGAAGTGCTGCGTAGCTTCCTGGACGATTAATCGGTAGGCCGGATCAg  <  1:994331/63‑1 (MQ=255)  tCACCCGAGCCGTTCTGAAGTGCTGCGTAGCTTCCTGGACGATTAATCGGTAGGCCGGATCAg  <  1:989182/63‑1 (MQ=255)  tCACCCGAGCCGTTCTGAAGTGCTGCGTAGCTTCCTGGACGATTAATCGGTAGGCCGGATCAg  <  1:977686/63‑1 (MQ=255)  tCACCCGAGCCGTTCTGAAGTGCTGCGTAGCTTCCTGGACGATTAATCGGTAGGCCGGATCAg  <  1:957125/63‑1 (MQ=255)  tCACCCGAGCCGTTCTGAAGTGCTGCGTAGCTTCCTGGACGATTAATCGGTAGGCCGGATCAg  <  1:933758/63‑1 (MQ=255)  tCACCCGAGCCGTTCTGAAGTGCTGCGTAGCTTCCTGGACGATTAATCGGTAGGCCGGATCAg  <  1:931536/63‑1 (MQ=255)  tCACCCGAGCCGTTCTGAAGTGCTGCGTAGCTTCCTGGACGATTAATCGGTAGGCCGGATCAg  <  1:921533/63‑1 (MQ=255)  tCACCCGAGCCGTTCTGAAGTGCTGCGTAGCTTCCTGGACGATTAATCGGTAGGCCGGATCAg  <  1:916387/63‑1 (MQ=255)  tCACCCGAGCCGTTCTGAAGTGCTGCGTAGCTTCCTGGACGATTAATCGGTAGGCCGGATCAg  <  1:913915/63‑1 (MQ=255)  tCACCCGAGCCGTTCTGAAGTGCTGCGTAGCTTCCTGGACGATTAATCGGTAGGCCGGATCAg  <  1:658554/63‑1 (MQ=255)  tCACCCGAGCCGTTCTGAAGTGCTGCGTAGCTTCCTGGACGATTAATCGGTAGGCCGGATCAg  <  1:87399/63‑1 (MQ=255)  tCACCCGAGCCGTTCTGAAGTGCTGCGTAGCTTCCTGGACGATTAATCGGTAGGCCGGATCAg  <  1:857464/63‑1 (MQ=255)  tCACCCGAGCCGTTCTGAAGTGCTGCGTAGCTTCCTGGACGATTAATCGGTAGGCCGGATCAg  <  1:835199/63‑1 (MQ=255)  tCACCCGAGCCGTTCTGAAGTGCTGCGTAGCTTCCTGGACGATTAATCGGTAGGCCGGATCAg  <  1:786237/63‑1 (MQ=255)  tCACCCGAGCCGTTCTGAAGTGCTGCGTAGCTTCCTGGACGATTAATCGGTAGGCCGGATCAg  <  1:784643/63‑1 (MQ=255)  tCACCCGAGCCGTTCTGAAGTGCTGCGTAGCTTCCTGGACGATTAATCGGTAGGCCGGATCAg  <  1:74188/63‑1 (MQ=255)  tCACCCGAGCCGTTCTGAAGTGCTGCGTAGCTTCCTGGACGATTAATCGGTAGGCCGGATCAg  <  1:727809/63‑1 (MQ=255)  tCACCCGAGCCGTTCTGAAGTGCTGCGTAGCTTCCTGGACGATTAATCGGTAGGCCGGATCAg  <  1:1023366/63‑1 (MQ=255)  tCACCCGAGCCGTTCTGAAGTGCTGCGTAGCTTCCTGGACGATTAATCGGTAGGCCGGATCAg  <  1:1321498/63‑1 (MQ=255)  tCACCCGAGCCGTTCTGAAGTGCTGCGTAGCTTCCTGGACGATTAATCGGTAGGCCGGATCAg  <  1:1484695/63‑1 (MQ=255)  tCACCCGAGCCGTTCTGAAGTGCTGCGTAGCTTCCTGGACGATTAATCGGTAGGCCGGATCAg  <  1:1463000/63‑1 (MQ=255)  tCACCCGAGCCGTTCTGAAGTGCTGCGTAGCTTCCTGGACGATTAATCGGTAGGCCGGATCAg  <  1:1442308/63‑1 (MQ=255)  tCACCCGAGCCGTTCTGAAGTGCTGCGTAGCTTCCTGGACGATTAATCGGTAGGCCGGATCAg  <  1:1439615/63‑1 (MQ=255)  tCACCCGAGCCGTTCTGAAGTGCTGCGTAGCTTCCTGGACGATTAATCGGTAGGCCGGATCAg  <  1:1438703/63‑1 (MQ=255)  tCACCCGAGCCGTTCTGAAGTGCTGCGTAGCTTCCTGGACGATTAATCGGTAGGCCGGATCAg  <  1:1422653/63‑1 (MQ=255)  tCACCCGAGCCGTTCTGAAGTGCTGCGTAGCTTCCTGGACGATTAATCGGTAGGCCGGATCAg  <  1:1418173/63‑1 (MQ=255)  tCACCCGAGCCGTTCTGAAGTGCTGCGTAGCTTCCTGGACGATTAATCGGTAGGCCGGATCAg  <  1:1370814/63‑1 (MQ=255)  tCACCCGAGCCGTTCTGAAGTGCTGCGTAGCTTCCTGGACGATTAATCGGTAGGCCGGATCAg  <  1:1353561/63‑1 (MQ=255)  tCACCCGAGCCGTTCTGAAGTGCTGCGTAGCTTCCTGGACGATTAATCGGTAGGCCGGATCAg  <  1:1513380/63‑1 (MQ=255)  tCACCCGAGCCGTTCTGAAGTGCTGCGTAGCTTCCTGGACGATTAATCGGTAGGCCGGATCAg  <  1:1309629/63‑1 (MQ=255)  tCACCCGAGCCGTTCTGAAGTGCTGCGTAGCTTCCTGGACGATTAATCGGTAGGCCGGATCAg  <  1:1230596/63‑1 (MQ=255)  tCACCCGAGCCGTTCTGAAGTGCTGCGTAGCTTCCTGGACGATTAATCGGTAGGCCGGATCAg  <  1:1063778/63‑1 (MQ=255)  tCACCCGAGCCGTTCTGAAGTGCTGCGTAGCTTCCTGGACGATTAATCGGTAGGCCGGATCAg  <  1:1057498/63‑1 (MQ=255)  tCACCCGAGCCGTTCTGAAGTGCTGCGTAGCTTCCTGGACGATTAATCGGTAGGCCGGATCAg  <  1:1048023/63‑1 (MQ=255)  tCACCCGAGCCGTTCTGAAGTGCTGCGTAGCTTCCTGGACGATTAATCGGTAGGCCGGATCAg  <  1:1043335/63‑1 (MQ=255)  tCACCCGAGCCGTTCTGAAGTGCTGCGTAGCTTCCTGGACGATTAATCGGTAGGCCGGATCAg  <  1:1028469/63‑1 (MQ=255)  tCACCCGAGCCGTTCTGAAGTGCTGCGTAGCTTCCTGGACGATTAATCGGTAGGCCGGATCAg  <  1:100778/63‑1 (MQ=255)  tCACCCGAGCCGTTCTGAAGTGCTGCGTAGCTTCCTGGACGATTAATCGGTAGGCCGGATCAg  <  1:1541176/63‑1 (MQ=255)  tCACCCGAGCCGTTCTGAAGTGCTGCGTAGCTTCCTGGACGATTAATCGGTAGGCCGGATCAg  <  1:341387/63‑1 (MQ=255)  tCACCCGAGCCGTTCTGAAGTGCTGCGTAGCTTCCTGGACGATTAATCGGTAGGCCGGATCAg  <  1:314751/63‑1 (MQ=255)  tCACCCGAGCCGTTCTGAAGTGCTGCGTAGCTTCCTGGACGATTAATCGGTAGGCCGGATCAg  <  1:297162/63‑1 (MQ=255)  tCACCCGAGCCGTTCTGAAGTGCTGCGTAGCTTCCTGGACGATTAATCGGTAGGCCGGATCAg  <  1:243729/63‑1 (MQ=255)  tCACCCGAGCCGTTCTGAAGTGCTGCGTAGCTTCCTGGACGATTAATCGGTAGGCCGGATCAg  <  1:234780/63‑1 (MQ=255)  tCACCCGAGCCGTTCTGAAGTGCTGCGTAGCTTCCTGGACGATTAATCGGTAGGCCGGATCAg  <  1:221315/63‑1 (MQ=255)  tCACCCGAGCCGTTCTGAAGTGCTGCGTAGCTTCCTGGACGATTAATCGGTAGGCCGGATCAg  <  1:212704/63‑1 (MQ=255)  tCACCCGAGCCGTTCTGAAGTGCTGCGTAGCTTCCTGGACGATTAATCGGTAGGCCGGATCAg  <  1:1877838/63‑1 (MQ=255)  tCACCCGAGCCGTTCTGAAGTGCTGCGTAGCTTCCTGGACGATTAATCGGTAGGCCGGATCAg  <  1:1809239/63‑1 (MQ=255)  tCACCCGAGCCGTTCTGAAGTGCTGCGTAGCTTCCTGGACGATTAATCGGTAGGCCGGATCAg  <  1:1744829/63‑1 (MQ=255)  tCACCCGAGCCGTTCTGAAGTGCTGCGTAGCTTCCTGGACGATTAATCGGTAGGCCGGATCAg  <  1:1714702/63‑1 (MQ=255)  tCACCCGAGCCGTTCTGAAGTGCTGCGTAGCTTCCTGGACGATTAATCGGTAGGCCGGATCAg  <  1:1691697/63‑1 (MQ=255)  tCACCCGAGCCGTTCTGAAGTGCTGCGTAGCTTCCTGGACGATTAATCGGTAGGCCGGATCAg  <  1:165027/63‑1 (MQ=255)  tCACCCGAGCCGTTCTGAAGTGCTGCGTAGCTTCCTGGACGATTAATCGGTAGGCCGGATCAg  <  1:1614778/63‑1 (MQ=255)  tCACCCGAGCCGTTCTGAAGTGCTGCGTAGCTTCCTGGACGATTAATCGGTAGGCCGGATCAg  <  1:1544942/63‑1 (MQ=255)  tCACCCGAGCCGTTCTGAAGTGCTGCGTAGCTTCCTGGACGATTAATCGGTAGGCCGGATCAg  <  1:345284/63‑1 (MQ=255)  tCACCCGAGCCGTTCTGAAGTGCTGCGTAGCCTCCTGGACGATTAATCGGTAGGCCGGATCAg  <  1:341704/63‑1 (MQ=255)  tCACCCGAGCCGTTCTGAAGTGCTGCATAGCTTCCTGGACGATTAATCGGTAGGCCGGATCAg  <  1:1762966/63‑1 (MQ=255)  |                                                               GTCACCCGAGCCGTTCTGAAGTGCTGCGTAGCTTCCTGGACGATTAATCGGTAGGCCGGATCAG  >  W3110S.gb/3213498‑3213561

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑