Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	3315925	3316464	540	39 [0]	[0] 35	nusA	transcription termination/antitermination L factor

TCCATGGTGTGTTTATCTTCATCCACCACGATAGAAGCAACGTCTGCCGGTGCCATTGCGTTAAT  >  W3110S.gb/3316465‑3316529 |                                                                 tCCATGGTGTGTTTATCTTCATCCACCACGTTAGAAGCAACGTCTGCCGGTGCCATTGCGTTAAt  <  1:1023412/65‑1 (MQ=255) tCCATGGTGTGTTTATCTTCATCCACCACGATAGAAGCAACGTCTGCCGGTGCCATTGCGTTAAt  <  1:616900/65‑1 (MQ=255) tCCATGGTGTGTTTATCTTCATCCACCACGATAGAAGCAACGTCTGCCGGTGCCATTGCGTTAAt  <  1:1873894/65‑1 (MQ=255) tCCATGGTGTGTTTATCTTCATCCACCACGATAGAAGCAACGTCTGCCGGTGCCATTGCGTTAAt  <  1:211551/65‑1 (MQ=255) tCCATGGTGTGTTTATCTTCATCCACCACGATAGAAGCAACGTCTGCCGGTGCCATTGCGTTAAt  <  1:292960/65‑1 (MQ=255) tCCATGGTGTGTTTATCTTCATCCACCACGATAGAAGCAACGTCTGCCGGTGCCATTGCGTTAAt  <  1:395758/65‑1 (MQ=255) tCCATGGTGTGTTTATCTTCATCCACCACGATAGAAGCAACGTCTGCCGGTGCCATTGCGTTAAt  <  1:438270/65‑1 (MQ=255) tCCATGGTGTGTTTATCTTCATCCACCACGATAGAAGCAACGTCTGCCGGTGCCATTGCGTTAAt  <  1:507108/65‑1 (MQ=255) tCCATGGTGTGTTTATCTTCATCCACCACGATAGAAGCAACGTCTGCCGGTGCCATTGCGTTAAt  <  1:527128/65‑1 (MQ=255) tCCATGGTGTGTTTATCTTCATCCACCACGATAGAAGCAACGTCTGCCGGTGCCATTGCGTTAAt  <  1:1833993/65‑1 (MQ=255) tCCATGGTGTGTTTATCTTCATCCACCACGATAGAAGCAACGTCTGCCGGTGCCATTGCGTTAAt  <  1:651114/65‑1 (MQ=255) tCCATGGTGTGTTTATCTTCATCCACCACGATAGAAGCAACGTCTGCCGGTGCCATTGCGTTAAt  <  1:696450/65‑1 (MQ=255) tCCATGGTGTGTTTATCTTCATCCACCACGATAGAAGCAACGTCTGCCGGTGCCATTGCGTTAAt  <  1:844463/65‑1 (MQ=255) tCCATGGTGTGTTTATCTTCATCCACCACGATAGAAGCAACGTCTGCCGGTGCCATTGCGTTAAt  <  1:858038/65‑1 (MQ=255) tCCATGGTGTGTTTATCTTCATCCACCACGATAGAAGCAACGTCTGCCGGTGCCATTGCGTTAAt  <  1:88808/65‑1 (MQ=255) tCCATGGTGTGTTTATCTTCATCCACCACGATAGAAGCAACGTCTGCCGGTGCCATTGCGTTAAt  <  1:931289/65‑1 (MQ=255) tCCATGGTGTGTTTATCTTCATCCACCACGATAGAAGCAACGTCTGCCGGTGCCATTGCGTTAAt  <  1:932971/65‑1 (MQ=255) tCCATGGTGTGTTTATCTTCATCCACCACGATAGAAGCAACGTCTGCCGGTGCCATTGCGTTAAt  <  1:941519/65‑1 (MQ=255) tCCATGGTGTGTTTATCTTCATCCACCACGATAGAAGCAACGTCTGCCGGTGCCATTGCGTTAAt  <  1:1531266/65‑1 (MQ=255) tCCATGGTGTGTTTATCTTCATCCACCACGATAGAAGCAACGTCTGCCGGTGCCATTGCGTTAAt  <  1:1030475/65‑1 (MQ=255) tCCATGGTGTGTTTATCTTCATCCACCACGATAGAAGCAACGTCTGCCGGTGCCATTGCGTTAAt  <  1:118398/65‑1 (MQ=255) tCCATGGTGTGTTTATCTTCATCCACCACGATAGAAGCAACGTCTGCCGGTGCCATTGCGTTAAt  <  1:1378383/65‑1 (MQ=255) tCCATGGTGTGTTTATCTTCATCCACCACGATAGAAGCAACGTCTGCCGGTGCCATTGCGTTAAt  <  1:1495772/65‑1 (MQ=255) tCCATGGTGTGTTTATCTTCATCCACCACGATAGAAGCAACGTCTGCCGGTGCCATTGCGTTAAt  <  1:1524719/65‑1 (MQ=255) tCCATGGTGTGTTTATCTTCATCCACCACGATAGAAGCAACGTCTGCCGGTGCCATTGCGTTAAt  <  1:1783739/65‑1 (MQ=255) tCCATGGTGTGTTTATCTTCATCCACCACGATAGAAGCAACGTCTGCCGGTGCCATTGCGTTAAt  <  1:153738/65‑1 (MQ=255) tCCATGGTGTGTTTATCTTCATCCACCACGATAGAAGCAACGTCTGCCGGTGCCATTGCGTTAAt  <  1:1583836/65‑1 (MQ=255) tCCATGGTGTGTTTATCTTCATCCACCACGATAGAAGCAACGTCTGCCGGTGCCATTGCGTTAAt  <  1:1646226/65‑1 (MQ=255) tCCATGGTGTGTTTATCTTCATCCACCACGATAGAAGCAACGTCTGCCGGTGCCATTGCGTTAAt  <  1:1649152/65‑1 (MQ=255) tCCATGGTGTGTTTATCTTCATCCACCACGATAGAAGCAACGTCTGCCGGTGCCATTGCGTTAAt  <  1:1721902/65‑1 (MQ=255) tCCATGGTGTGTTTATCTTCATCCACCACGATAGAAGCAACGTCTGCCGGTGCCATTGCGTTAAt  <  1:1728368/65‑1 (MQ=255) tCCATGGTGTGTTTATCTTCATCCACCACGATAGAAGCAACGTCTGCCGGTGCCATTGCGTTAAt  <  1:1753997/65‑1 (MQ=255) tCCATGGTGTGTTTATCTTCATCCACCACGATAGAAGCAACGTCTGCCGGAGCCATTGCGTTAAt  <  1:1077265/65‑1 (MQ=255) tCCATGGTGTGTTTATCTTCAACCACCACAATAGAAGCAACGTCTGCCGGTGCCATTGCGTTAAt  <  1:763074/65‑1 (MQ=255) tCCATGGGGTGTTTATCTTCATCCACCACGATAGAAGCAACGTCTGCCGGTGCCATTGCGTTAAt  <  1:1228438/65‑1 (MQ=255) |                                                                 TCCATGGTGTGTTTATCTTCATCCACCACGATAGAAGCAACGTCTGCCGGTGCCATTGCGTTAAT  >  W3110S.gb/3316465‑3316529

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑