Missing coverage evidence...
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CCCCGTCGCCACGCTCTTTCTGTGCCCGTGCGCAGCGGTTCGGAAGTGGGGTTCCCGCAGAGCCT  >  W3110S.gb/3354499‑3354563 |                                                                 ccccGTCGCCACGCTCTTTCTGTGCCCGTGCGCAGCGGTTCGGAAGTgggg                >  1:1139410/1‑51 (MQ=255) ccccGTCGCCACGCTCTTTCTGTGCCCGTGCGCAGCGGTTCGGAAGTGGGGTTCCCGCag       >  1:1468561/1‑60 (MQ=255) ccccGTCGCCACGCTCTTTCTGTGCCCGTGCGCAGCGGTTCGGAAGTGGGGTTCCCGCAGCGCCt  >  1:283610/1‑65 (MQ=255) ccccGTCGCCACGCTCTTTCTGTGCCCGTGCGCAGCGGTTCGGAAGTGGGGTTCCCGCAGAGccg  >  1:656945/1‑64 (MQ=255) ccccGTCGCCACGCTCTTTCTGTGCCCGTGCGCAGCGGTTCGGAAGTGGGGTTCCCGCAGAGcc   >  1:40647/1‑64 (MQ=255) ccccGTCGCCACGCTCTTTCTGTGCCCGTGCGCAGCGGTTCGGAAGTGGGGTTCCCGCAGAGcc   >  1:1003576/1‑64 (MQ=255) ccccGTCGCCACGCTCTTTCTGTGCCCGTGCGCAGCGGTTCGGAAGTGGGGTTCCCGCAGAGcc   >  1:1692096/1‑64 (MQ=255) ccccGTCGCCACGCTCTTTCTGTGCCCGTGCGCAGCGGTTCGGAAGTGGGGTTCCCGCAGAGCCt  >  1:356674/1‑65 (MQ=255) ccccGTCGCCACGCTCTTTCTGTGCCCGTGCGCAGCGGTTCGGAAGTGGGGTTCCCGCAGAGCCt  >  1:290028/1‑65 (MQ=255) ccccGTCGCCACGCTCTTTCTGTGCCCGTGCGCAGCGGTTCGGAAGTGGGGTTCCCGCAGAGCCt  >  1:455581/1‑65 (MQ=255) ccccGTCGCCACGCTCTTTCTGTGCCCGTGCGCAGCGGTTCGGAAGTGGGGTTCCCGCAGAGCCt  >  1:490883/1‑65 (MQ=255) ccccGTCGCCACGCTCTTTCTGTGCCCGTGCGCAGCGGTTCGGAAGTGGGGTTCCCGCAGAGCCt  >  1:529562/1‑65 (MQ=255) ccccGTCGCCACGCTCTTTCTGTGCCCGTGCGCAGCGGTTCGGAAGTGGGGTTCCCGCAGAGCCt  >  1:531516/1‑65 (MQ=255) ccccGTCGCCACGCTCTTTCTGTGCCCGTGCGCAGCGGTTCGGAAGTGGGGTTCCCGCAGAGCCt  >  1:550587/1‑65 (MQ=255) ccccGTCGCCACGCTCTTTCTGTGCCCGTGCGCAGCGGTTCGGAAGTGGGGTTCCCGCAGAGCCt  >  1:592314/1‑65 (MQ=255) ccccGTCGCCACGCTCTTTCTGTGCCCGTGCGCAGCGGTTCGGAAGTGGGGTTCCCGCAGAGCCt  >  1:676612/1‑65 (MQ=255) ccccGTCGCCACGCTCTTTCTGTGCCCGTGCGCAGCGGTTCGGAAGTGGGGTTCCCGCAGAGCCt  >  1:762506/1‑65 (MQ=255) ccccGTCGCCACGCTCTTTCTGTGCCCGTGCGCAGCGGTTCGGAAGTGGGGTTCCCGCAGAGCCt  >  1:776824/1‑65 (MQ=255) ccccGTCGCCACGCTCTTTCTGTGCCCGTGCGCAGCGGTTCGGAAGTGGGGTTCCCGCAGAGCCt  >  1:816309/1‑65 (MQ=255) ccccGTCGCCACGCTCTTTCTGTGCCCGTGCGCAGCGGTTCGGAAGTGGGGTTCCCGCAGAGCCt  >  1:868845/1‑65 (MQ=255) ccccGTCGCCACGCTCTTTCTGTGCCCGTGCGCAGCGGTTCGGAAGTGGGGTTCCCGCAGAGCCt  >  1:921448/1‑65 (MQ=255) ccccGTCGCCACGCTCTTTCTGTGCCCGTGCGCAGCGGTTCGGAAGTGGGGTTCCCGCAGAGCCt  >  1:928871/1‑65 (MQ=255) ccccGTCGCCACGCTCTTTCTGTGCCCGTGCGCAGCGGTTCGGAAGTGGGGTTCCCGCAGAGCCt  >  1:97557/1‑65 (MQ=255) ccccGTCGCCACGCTCTTTCTGTGCCCGTGCGCAGCGGTTCGGAAGTGGGGTTCCCGCAGAGCCt  >  1:1461106/1‑65 (MQ=255) ccccGTCGCCACGCTCTTTCTGTGCCCGTGCGCAGCGGTTCGGAAGTGGGGTTCCCGCAGAGCCt  >  1:1091553/1‑65 (MQ=255) ccccGTCGCCACGCTCTTTCTGTGCCCGTGCGCAGCGGTTCGGAAGTGGGGTTCCCGCAGAGCCt  >  1:1247887/1‑65 (MQ=255) ccccGTCGCCACGCTCTTTCTGTGCCCGTGCGCAGCGGTTCGGAAGTGGGGTTCCCGCAGAGCCt  >  1:1253847/1‑65 (MQ=255) ccccGTCGCCACGCTCTTTCTGTGCCCGTGCGCAGCGGTTCGGAAGTGGGGTTCCCGCAGAGCCt  >  1:1262341/1‑65 (MQ=255) ccccGTCGCCACGCTCTTTCTGTGCCCGTGCGCAGCGGTTCGGAAGTGGGGTTCCCGCAGAGCCt  >  1:1304998/1‑65 (MQ=255) ccccGTCGCCACGCTCTTTCTGTGCCCGTGCGCAGCGGTTCGGAAGTGGGGTTCCCGCAGAGCCt  >  1:1327998/1‑65 (MQ=255) ccccGTCGCCACGCTCTTTCTGTGCCCGTGCGCAGCGGTTCGGAAGTGGGGTTCCCGCAGAGCCt  >  1:1390488/1‑65 (MQ=255) ccccGTCGCCACGCTCTTTCTGTGCCCGTGCGCAGCGGTTCGGAAGTGGGGTTCCCGCAGAGCCt  >  1:1447680/1‑65 (MQ=255) ccccGTCGCCACGCTCTTTCTGTGCCCGTGCGCAGCGGTTCGGAAGTGGGGTTCCCGCAGAGCCt  >  1:335527/1‑65 (MQ=255) ccccGTCGCCACGCTCTTTCTGTGCCCGTGCGCAGCGGTTCGGAAGTGGGGTTCCCGCAGAGCCt  >  1:1587086/1‑65 (MQ=255) ccccGTCGCCACGCTCTTTCTGTGCCCGTGCGCAGCGGTTCGGAAGTGGGGTTCCCGCAGAGCCt  >  1:159846/1‑65 (MQ=255) ccccGTCGCCACGCTCTTTCTGTGCCCGTGCGCAGCGGTTCGGAAGTGGGGTTCCCGCAGAGCCt  >  1:1604481/1‑65 (MQ=255) ccccGTCGCCACGCTCTTTCTGTGCCCGTGCGCAGCGGTTCGGAAGTGGGGTTCCCGCAGAGCCt  >  1:1613658/1‑65 (MQ=255) ccccGTCGCCACGCTCTTTCTGTGCCCGTGCGCAGCGGTTCGGAAGTGGGGTTCCCGCAGAGCCt  >  1:1748307/1‑65 (MQ=255) ccccGTCGCCACGCTCTTTCTGTGCCCGTGCGCAGCGGTTCGGAAGTGGGGTTCCCGCAGAGCCt  >  1:19171/1‑65 (MQ=255) ccccGTCGCCACGCTCTTTCTGTGCCCGTGCGCAGCGGTTCGGAAGTGGGGTTCCCGCAGAGCCt  >  1:313855/1‑65 (MQ=255) |                                                                 CCCCGTCGCCACGCTCTTTCTGTGCCCGTGCGCAGCGGTTCGGAAGTGGGGTTCCCGCAGAGCCT  >  W3110S.gb/3354499‑3354563

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑