Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	3838718	3838735	18	116 [0]	[0] 78	rfaJ	UDP‑D‑glucose:(galactosyl)lipopolysaccharide glucosyltransferase

AGAGCAATGTACTTCCGTTTATTTGCATTTCAATTATTGGGTTTAACGCTTGATCGTTTGCTTTAT  >  W3110S.gb/3838736‑3838801 |                                                                  agagCAATGTACTTCCGTTTATTTGCATTTCAATTATTGGGTTTAACGCTTGATCGTTTGCttt    >  1:353573/1‑64 (MQ=255) agagCAATGTACTTCCGTTTATTTGCATTTCAATTATTGGGTTTAACGCTTGATCGTTTGCttt    >  1:1606465/1‑64 (MQ=255) agagCAATGTACTTCCGTTTATTTGCATTTCAATTATTGGGTTTAACGCTTGATCGTTTGCTTTa   >  1:338370/1‑65 (MQ=255) agagCAATGTACTTCCGTTTATTTGCATTTCAATTATTGGGTTTAACGCTTGATCGTTTGCTTTa   >  1:482263/1‑65 (MQ=255) agagCAATGTACTTCCGTTTATTTGCATTTCAATTATTGGGTTTAACGCTTGATCGTTTGCTTTa   >  1:464718/1‑65 (MQ=255) agagCAATGTACTTCCGTTTATTTGCATTTCAATTATTGGGTTTAACGCTTGATCGTTTGCTTTa   >  1:463578/1‑65 (MQ=255) agagCAATGTACTTCCGTTTATTTGCATTTCAATTATTGGGTTTAACGCTTGATCGTTTGCTTTa   >  1:393064/1‑65 (MQ=255) agagCAATGTACTTCCGTTTATTTGCATTTCAATTATTGGGTTTAACGCTTGATCGTTTGCTTTa   >  1:380214/1‑65 (MQ=255) agagCAATGTACTTCCGTTTATTTGCATTTCAATTATTGGGTTTAACGCTTGATCGTTTGCTTTa   >  1:347650/1‑65 (MQ=255) agagCAATGTACTTCCGTTTATTTGCATTTCAATTATTGGGTTTAACGCTTGATCGTTTGCTTTa   >  1:340037/1‑65 (MQ=255) agagCAATGTACTTCCGTTTATTTGCATTTCAATTATTGGGTTTAACGCTTGATCGTTTGCTTTa   >  1:50021/1‑65 (MQ=255) agagCAATGTACTTCCGTTTATTTGCATTTCAATTATTGGGTTTAACGCTTGATCGTTTGCTTTa   >  1:311696/1‑65 (MQ=255) agagCAATGTACTTCCGTTTATTTGCATTTCAATTATTGGGTTTAACGCTTGATCGTTTGCTTTa   >  1:297368/1‑65 (MQ=255) agagCAATGTACTTCCGTTTATTTGCATTTCAATTATTGGGTTTAACGCTTGATCGTTTGCTTTa   >  1:253590/1‑65 (MQ=255) agagCAATGTACTTCCGTTTATTTGCATTTCAATTATTGGGTTTAACGCTTGATCGTTTGCTTTa   >  1:243162/1‑65 (MQ=255) agagCAATGTACTTCCGTTTATTTGCATTTCAATTATTGGGTTTAACGCTTGATCGTTTGCTTTa   >  1:200895/1‑65 (MQ=255) agagCAATGTACTTCCGTTTATTTGCATTTCAATTATTGGGTTTAACGCTTGATCGTTTGCTTTa   >  1:195418/1‑65 (MQ=255) agagCAATGTACTTCCGTTTATTTGCATTTCAATTATTGGGTTTAACGCTTGATCGTTTGCTTTa   >  1:1881277/1‑65 (MQ=255) agagCAATGTACTTCCGTTTATTTGCATTTCAATTATTGGGTTTAACGCTTGATCGTTTGCTTTa   >  1:1857245/1‑65 (MQ=255) agagCAATGTACTTCCGTTTATTTGCATTTCAATTATTGGGTTTAACGCTTGATCGTTTGCTTTa   >  1:1006995/1‑65 (MQ=255) agagCAATGTACTTCCGTTTATTTGCATTTCAATTATTGGGTTTAACGCTTGATCGTTTGCTTTa   >  1:674084/1‑65 (MQ=255) agagCAATGTACTTCCGTTTATTTGCATTTCAATTATTGGGTTTAACGCTTGATCGTTTGCTTTa   >  1:977499/1‑65 (MQ=255) agagCAATGTACTTCCGTTTATTTGCATTTCAATTATTGGGTTTAACGCTTGATCGTTTGCTTTa   >  1:960109/1‑65 (MQ=255) agagCAATGTACTTCCGTTTATTTGCATTTCAATTATTGGGTTTAACGCTTGATCGTTTGCTTTa   >  1:957475/1‑65 (MQ=255) agagCAATGTACTTCCGTTTATTTGCATTTCAATTATTGGGTTTAACGCTTGATCGTTTGCTTTa   >  1:891650/1‑65 (MQ=255) agagCAATGTACTTCCGTTTATTTGCATTTCAATTATTGGGTTTAACGCTTGATCGTTTGCTTTa   >  1:832414/1‑65 (MQ=255) agagCAATGTACTTCCGTTTATTTGCATTTCAATTATTGGGTTTAACGCTTGATCGTTTGCTTTa   >  1:831285/1‑65 (MQ=255) agagCAATGTACTTCCGTTTATTTGCATTTCAATTATTGGGTTTAACGCTTGATCGTTTGCTTTa   >  1:823820/1‑65 (MQ=255) agagCAATGTACTTCCGTTTATTTGCATTTCAATTATTGGGTTTAACGCTTGATCGTTTGCTTTa   >  1:756041/1‑65 (MQ=255) agagCAATGTACTTCCGTTTATTTGCATTTCAATTATTGGGTTTAACGCTTGATCGTTTGCTTTa   >  1:708858/1‑65 (MQ=255) agagCAATGTACTTCCGTTTATTTGCATTTCAATTATTGGGTTTAACGCTTGATCGTTTGCTTTa   >  1:1839722/1‑65 (MQ=255) agagCAATGTACTTCCGTTTATTTGCATTTCAATTATTGGGTTTAACGCTTGATCGTTTGCTTTa   >  1:646525/1‑65 (MQ=255) agagCAATGTACTTCCGTTTATTTGCATTTCAATTATTGGGTTTAACGCTTGATCGTTTGCTTTa   >  1:640561/1‑65 (MQ=255) agagCAATGTACTTCCGTTTATTTGCATTTCAATTATTGGGTTTAACGCTTGATCGTTTGCTTTa   >  1:62406/1‑65 (MQ=255) agagCAATGTACTTCCGTTTATTTGCATTTCAATTATTGGGTTTAACGCTTGATCGTTTGCTTTa   >  1:571340/1‑65 (MQ=255) agagCAATGTACTTCCGTTTATTTGCATTTCAATTATTGGGTTTAACGCTTGATCGTTTGCTTTa   >  1:562188/1‑65 (MQ=255) agagCAATGTACTTCCGTTTATTTGCATTTCAATTATTGGGTTTAACGCTTGATCGTTTGCTTTa   >  1:54302/1‑65 (MQ=255) agagCAATGTACTTCCGTTTATTTGCATTTCAATTATTGGGTTTAACGCTTGATCGTTTGCTTTa   >  1:530180/1‑65 (MQ=255) agagCAATGTACTTCCGTTTATTTGCATTTCAATTATTGGGTTTAACGCTTGATCGTTTGCTTTa   >  1:508207/1‑65 (MQ=255) agagCAATGTACTTCCGTTTATTTGCATTTCAATTATTGGGTTTAACGCTTGATCGTTTGCTTTa   >  1:1172819/1‑65 (MQ=255) agagCAATGTACTTCCGTTTATTTGCATTTCAATTATTGGGTTTAACGCTTGATCGTTTGCTTTa   >  1:1374184/1‑65 (MQ=255) agagCAATGTACTTCCGTTTATTTGCATTTCAATTATTGGGTTTAACGCTTGATCGTTTGCTTTa   >  1:1309676/1‑65 (MQ=255) agagCAATGTACTTCCGTTTATTTGCATTTCAATTATTGGGTTTAACGCTTGATCGTTTGCTTTa   >  1:1284368/1‑65 (MQ=255) agagCAATGTACTTCCGTTTATTTGCATTTCAATTATTGGGTTTAACGCTTGATCGTTTGCTTTa   >  1:1241845/1‑65 (MQ=255) agagCAATGTACTTCCGTTTATTTGCATTTCAATTATTGGGTTTAACGCTTGATCGTTTGCTTTa   >  1:1235881/1‑65 (MQ=255) agagCAATGTACTTCCGTTTATTTGCATTTCAATTATTGGGTTTAACGCTTGATCGTTTGCTTTa   >  1:121786/1‑65 (MQ=255) agagCAATGTACTTCCGTTTATTTGCATTTCAATTATTGGGTTTAACGCTTGATCGTTTGCTTTa   >  1:120255/1‑65 (MQ=255) agagCAATGTACTTCCGTTTATTTGCATTTCAATTATTGGGTTTAACGCTTGATCGTTTGCTTTa   >  1:1197981/1‑65 (MQ=255) agagCAATGTACTTCCGTTTATTTGCATTTCAATTATTGGGTTTAACGCTTGATCGTTTGCTTTa   >  1:1836954/1‑65 (MQ=255) agagCAATGTACTTCCGTTTATTTGCATTTCAATTATTGGGTTTAACGCTTGATCGTTTGCTTTa   >  1:1164833/1‑65 (MQ=255) agagCAATGTACTTCCGTTTATTTGCATTTCAATTATTGGGTTTAACGCTTGATCGTTTGCTTTa   >  1:1162864/1‑65 (MQ=255) agagCAATGTACTTCCGTTTATTTGCATTTCAATTATTGGGTTTAACGCTTGATCGTTTGCTTTa   >  1:1162850/1‑65 (MQ=255) agagCAATGTACTTCCGTTTATTTGCATTTCAATTATTGGGTTTAACGCTTGATCGTTTGCTTTa   >  1:1154824/1‑65 (MQ=255) agagCAATGTACTTCCGTTTATTTGCATTTCAATTATTGGGTTTAACGCTTGATCGTTTGCTTTa   >  1:1095183/1‑65 (MQ=255) agagCAATGTACTTCCGTTTATTTGCATTTCAATTATTGGGTTTAACGCTTGATCGTTTGCTTTa   >  1:1057077/1‑65 (MQ=255) agagCAATGTACTTCCGTTTATTTGCATTTCAATTATTGGGTTTAACGCTTGATCGTTTGCTTTa   >  1:1028414/1‑65 (MQ=255) agagCAATGTACTTCCGTTTATTTGCATTTCAATTATTGGGTTTAACGCTTGATCGTTTGCTTTa   >  1:101112/1‑65 (MQ=255) agagCAATGTACTTCCGTTTATTTGCATTTCAATTATTGGGTTTAACGCTTGATCGTTTGCTTTa   >  1:1630186/1‑65 (MQ=255) agagCAATGTACTTCCGTTTATTTGCATTTCAATTATTGGGTTTAACGCTTGATCGTTTGCTTTa   >  1:1838503/1‑65 (MQ=255) agagCAATGTACTTCCGTTTATTTGCATTTCAATTATTGGGTTTAACGCTTGATCGTTTGCTTTa   >  1:1833997/1‑65 (MQ=255) agagCAATGTACTTCCGTTTATTTGCATTTCAATTATTGGGTTTAACGCTTGATCGTTTGCTTTa   >  1:1801378/1‑65 (MQ=255) agagCAATGTACTTCCGTTTATTTGCATTTCAATTATTGGGTTTAACGCTTGATCGTTTGCTTTa   >  1:1725334/1‑65 (MQ=255) agagCAATGTACTTCCGTTTATTTGCATTTCAATTATTGGGTTTAACGCTTGATCGTTTGCTTTa   >  1:1700916/1‑65 (MQ=255) agagCAATGTACTTCCGTTTATTTGCATTTCAATTATTGGGTTTAACGCTTGATCGTTTGCTTTa   >  1:1695893/1‑65 (MQ=255) agagCAATGTACTTCCGTTTATTTGCATTTCAATTATTGGGTTTAACGCTTGATCGTTTGCTTTa   >  1:1669696/1‑65 (MQ=255) agagCAATGTACTTCCGTTTATTTGCATTTCAATTATTGGGTTTAACGCTTGATCGTTTGCTTTa   >  1:1649453/1‑65 (MQ=255) agagCAATGTACTTCCGTTTATTTGCATTTCAATTATTGGGTTTAACGCTTGATCGTTTGCTTTa   >  1:1473052/1‑65 (MQ=255) agagCAATGTACTTCCGTTTATTTGCATTTCAATTATTGGGTTTAACGCTTGATCGTTTGCTTTa   >  1:161507/1‑65 (MQ=255) agagCAATGTACTTCCGTTTATTTGCATTTCAATTATTGGGTTTAACGCTTGATCGTTTGCTTTa   >  1:1609635/1‑65 (MQ=255) agagCAATGTACTTCCGTTTATTTGCATTTCAATTATTGGGTTTAACGCTTGATCGTTTGCTTTa   >  1:1597160/1‑65 (MQ=255) agagCAATGTACTTCCGTTTATTTGCATTTCAATTATTGGGTTTAACGCTTGATCGTTTGCTTTa   >  1:1562036/1‑65 (MQ=255) agagCAATGTACTTCCGTTTATTTGCATTTCAATTATTGGGTTTAACGCTTGATCGTTTGCTTTa   >  1:155266/1‑65 (MQ=255) agagCAATGTACTTCCGTTTATTTGCATTTCAATTATTGGGTTTAACGCTTGATCGTTTGCTTTa   >  1:154863/1‑65 (MQ=255) agagCAATGTACTTCCGTTTATTTGCATTTCAATTATTGGGTTTAACGCTTGATCGTTTGCTTTa   >  1:1507572/1‑65 (MQ=255) agagCAATGTACTTCCGTTTATTTGCATTTCAATTATTGGGTTTAACGCTTGATCGTTTGCTTTa   >  1:1477933/1‑65 (MQ=255) agagCAATGTACTTCCGTTTATTTGCATTTCAATTATTGGGTTTAACGCTTGATCGCTTGCTTTa   >  1:1411576/1‑65 (MQ=255) agagCAATGTACTTCCGTTTATTTGCATTTCAATTATTGGATTTAACGCTTGATCGTTTGCTTTa   >  1:789563/1‑65 (MQ=255) agagCAATGTACTTCCGTTTATTTGCATTTCAA‑TATTGGGTTTAACGCTTGATCGTTTGCTTTAt  >  1:876373/1‑65 (MQ=255) |                                                                  AGAGCAATGTACTTCCGTTTATTTGCATTTCAATTATTGGGTTTAACGCTTGATCGTTTGCTTTAT  >  W3110S.gb/3838736‑3838801

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑