Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	3843160	3843194	35	6 [0]	[0] 14	rfaL	O‑antigen ligase

AACGCAGAATACCAAATTAAATCAAGCAAGCCTATTAAAAATATAGAAAGGGGAAGAATAAGGT  >  W3110S.gb/3843195‑3843258 |                                                                aaCGCAGAATACCAAATTAAATCAAGCAAGCCTATTAAAAATATAGAAAGGGGAAGAATAAGGt  <  1:1064593/64‑1 (MQ=255) aaCGCAGAATACCAAATTAAATCAAGCAAGCCTATTAAAAATATAGAAAGGGGAAGAATAAGGt  <  1:11774/64‑1 (MQ=255) aaCGCAGAATACCAAATTAAATCAAGCAAGCCTATTAAAAATATAGAAAGGGGAAGAATAAGGt  <  1:1491090/64‑1 (MQ=255) aaCGCAGAATACCAAATTAAATCAAGCAAGCCTATTAAAAATATAGAAAGGGGAAGAATAAGGt  <  1:1640477/64‑1 (MQ=255) aaCGCAGAATACCAAATTAAATCAAGCAAGCCTATTAAAAATATAGAAAGGGGAAGAATAAGGt  <  1:1640706/64‑1 (MQ=255) aaCGCAGAATACCAAATTAAATCAAGCAAGCCTATTAAAAATATAGAAAGGGGAAGAATAAGGt  <  1:1706942/64‑1 (MQ=255) aaCGCAGAATACCAAATTAAATCAAGCAAGCCTATTAAAAATATAGAAAGGGGAAGAATAAGGt  <  1:1771547/64‑1 (MQ=255) aaCGCAGAATACCAAATTAAATCAAGCAAGCCTATTAAAAATATAGAAAGGGGAAGAATAAGGt  <  1:1772707/64‑1 (MQ=255) aaCGCAGAATACCAAATTAAATCAAGCAAGCCTATTAAAAATATAGAAAGGGGAAGAATAAGGt  <  1:1836320/64‑1 (MQ=255) aaCGCAGAATACCAAATTAAATCAAGCAAGCCTATTAAAAATATAGAAAGGGGAAGAATAAGGt  <  1:1876780/64‑1 (MQ=255) aaCGCAGAATACCAAATTAAATCAAGCAAGCCTATTAAAAATATAGAAAGGGGAAGAATAAGGt  <  1:226807/64‑1 (MQ=255) aaCGCAGAATACCAAATTAAATCAAGCAAGCCTATTAAAAATATAGAAAGGGGAAGAATAAGGt  <  1:300458/64‑1 (MQ=255) aaCGCAGAATACCAAATTAAATCAAGCAAGCCTATTAAAAATATAGAAAGGGGAAGAATAAGGt  <  1:443974/64‑1 (MQ=255) aaCGCAGAATACCAAATTAAATCAAGCAAGCCTATTAAAAATATAGAAAGGGGAAGAATAAGGt  <  1:76602/64‑1 (MQ=255) |                                                                AACGCAGAATACCAAATTAAATCAAGCAAGCCTATTAAAAATATAGAAAGGGGAAGAATAAGGT  >  W3110S.gb/3843195‑3843258

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑