Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	356389	356398	10	10 [0]	[0] 95	codA	cytosine deaminase

GCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGCAGATTAACGATGGCCTGAATTTAATCACCCAC  >  W3110S.gb/356399‑356462 |                                                                gCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGCAGATTa                            >  1:1730503/1‑38 (MQ=255) gCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGCAGATTAACg                         >  1:1633649/1‑41 (MQ=255) gCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGCAGATTAACGATTGCCTGAATTTAATcacccac  >  1:1089230/1‑64 (MQ=255) gCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGCAGATTAACGATGGCCTGaa               >  1:633328/1‑51 (MQ=255) gCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGCAGATTAACGATGGCCTGAAttt            >  1:258501/1‑54 (MQ=255) gCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGCAGATTAACGATGGCCTGAATTTAAt         >  1:1777659/1‑57 (MQ=255) gCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGCAGATTAACGATGGCCTGAATTTAAt         >  1:722364/1‑57 (MQ=255) gCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGCAGATTAACGATGGCCTGAATTTAATcacccac  >  1:305877/1‑64 (MQ=255) gCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGCAGATTAACGATGGCCTGAATTTAATcacccac  >  1:452544/1‑64 (MQ=255) gCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGCAGATTAACGATGGCCTGAATTTAATcacccac  >  1:440018/1‑64 (MQ=255) gCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGCAGATTAACGATGGCCTGAATTTAATcacccac  >  1:429962/1‑64 (MQ=255) gCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGCAGATTAACGATGGCCTGAATTTAATcacccac  >  1:425394/1‑64 (MQ=255) gCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGCAGATTAACGATGGCCTGAATTTAATcacccac  >  1:415313/1‑64 (MQ=255) gCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGCAGATTAACGATGGCCTGAATTTAATcacccac  >  1:408577/1‑64 (MQ=255) gCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGCAGATTAACGATGGCCTGAATTTAATcacccac  >  1:376436/1‑64 (MQ=255) gCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGCAGATTAACGATGGCCTGAATTTAATcacccac  >  1:34303/1‑64 (MQ=255) gCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGCAGATTAACGATGGCCTGAATTTAATcacccac  >  1:334320/1‑64 (MQ=255) gCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGCAGATTAACGATGGCCTGAATTTAATcacccac  >  1:61938/1‑64 (MQ=255) gCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGCAGATTAACGATGGCCTGAATTTAATcacccac  >  1:279311/1‑64 (MQ=255) gCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGCAGATTAACGATGGCCTGAATTTAATcacccac  >  1:261140/1‑64 (MQ=255) gCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGCAGATTAACGATGGCCTGAATTTAATcacccac  >  1:253135/1‑64 (MQ=255) gCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGCAGATTAACGATGGCCTGAATTTAATcacccac  >  1:249798/1‑64 (MQ=255) gCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGCAGATTAACGATGGCCTGAATTTAATcacccac  >  1:242293/1‑64 (MQ=255) gCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGCAGATTAACGATGGCCTGAATTTAATcacccac  >  1:1885647/1‑64 (MQ=255) gCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGCAGATTAACGATGGCCTGAATTTAATcacccac  >  1:1860019/1‑64 (MQ=255) gCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGCAGATTAACGATGGCCTGAATTTAATcacccac  >  1:182976/1‑64 (MQ=255) gCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGCAGATTAACGATGGCCTGAATTTAATcacccac  >  1:783254/1‑64 (MQ=255) gCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGCAGATTAACGATGGCCTGAATTTAATcacccac  >  1:1016862/1‑64 (MQ=255) gCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGCAGATTAACGATGGCCTGAATTTAATcacccac  >  1:982642/1‑64 (MQ=255) gCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGCAGATTAACGATGGCCTGAATTTAATcacccac  >  1:972364/1‑64 (MQ=255) gCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGCAGATTAACGATGGCCTGAATTTAATcacccac  >  1:96798/1‑64 (MQ=255) gCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGCAGATTAACGATGGCCTGAATTTAATcacccac  >  1:965437/1‑64 (MQ=255) gCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGCAGATTAACGATGGCCTGAATTTAATcacccac  >  1:914115/1‑64 (MQ=255) gCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGCAGATTAACGATGGCCTGAATTTAATcacccac  >  1:913443/1‑64 (MQ=255) gCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGCAGATTAACGATGGCCTGAATTTAATcacccac  >  1:834607/1‑64 (MQ=255) gCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGCAGATTAACGATGGCCTGAATTTAATcacccac  >  1:812374/1‑64 (MQ=255) gCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGCAGATTAACGATGGCCTGAATTTAATcacccac  >  1:806492/1‑64 (MQ=255) gCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGCAGATTAACGATGGCCTGAATTTAATcacccac  >  1:796782/1‑64 (MQ=255) gCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGCAGATTAACGATGGCCTGAATTTAATcacccac  >  1:538128/1‑64 (MQ=255) gCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGCAGATTAACGATGGCCTGAATTTAATcacccac  >  1:742385/1‑64 (MQ=255) gCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGCAGATTAACGATGGCCTGAATTTAATcacccac  >  1:737484/1‑64 (MQ=255) gCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGCAGATTAACGATGGCCTGAATTTAATcacccac  >  1:727022/1‑64 (MQ=255) gCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGCAGATTAACGATGGCCTGAATTTAATcacccac  >  1:725537/1‑64 (MQ=255) gCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGCAGATTAACGATGGCCTGAATTTAATcacccac  >  1:686944/1‑64 (MQ=255) gCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGCAGATTAACGATGGCCTGAATTTAATcacccac  >  1:679492/1‑64 (MQ=255) gCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGCAGATTAACGATGGCCTGAATTTAATcacccac  >  1:668431/1‑64 (MQ=255) gCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGCAGATTAACGATGGCCTGAATTTAATcacccac  >  1:644396/1‑64 (MQ=255) gCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGCAGATTAACGATGGCCTGAATTTAATcacccac  >  1:983980/1‑64 (MQ=255) gCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGCAGATTAACGATGGCCTGAATTTAATcacccac  >  1:611263/1‑64 (MQ=255) gCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGCAGATTAACGATGGCCTGAATTTAATcacccac  >  1:1204943/1‑64 (MQ=255) gCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGCAGATTAACGATGGCCTGAATTTAATcacccac  >  1:1410528/1‑64 (MQ=255) gCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGCAGATTAACGATGGCCTGAATTTAATcacccac  >  1:1817189/1‑64 (MQ=255) gCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGCAGATTAACGATGGCCTGAATTTAATcacccac  >  1:1373020/1‑64 (MQ=255) gCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGCAGATTAACGATGGCCTGAATTTAATcacccac  >  1:1361347/1‑64 (MQ=255) gCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGCAGATTAACGATGGCCTGAATTTAATcacccac  >  1:1355037/1‑64 (MQ=255) gCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGCAGATTAACGATGGCCTGAATTTAATcacccac  >  1:1351165/1‑64 (MQ=255) gCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGCAGATTAACGATGGCCTGAATTTAATcacccac  >  1:1343998/1‑64 (MQ=255) gCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGCAGATTAACGATGGCCTGAATTTAATcacccac  >  1:1326465/1‑64 (MQ=255) gCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGCAGATTAACGATGGCCTGAATTTAATcacccac  >  1:1268664/1‑64 (MQ=255) gCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGCAGATTAACGATGGCCTGAATTTAATcacccac  >  1:1222751/1‑64 (MQ=255) gCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGCAGATTAACGATGGCCTGAATTTAATcacccac  >  1:1390422/1‑64 (MQ=255) gCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGCAGATTAACGATGGCCTGAATTTAATcacccac  >  1:1201803/1‑64 (MQ=255) gCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGCAGATTAACGATGGCCTGAATTTAATcacccac  >  1:1194514/1‑64 (MQ=255) gCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGCAGATTAACGATGGCCTGAATTTAATcacccac  >  1:1189418/1‑64 (MQ=255) gCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGCAGATTAACGATGGCCTGAATTTAATcacccac  >  1:1187469/1‑64 (MQ=255) gCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGCAGATTAACGATGGCCTGAATTTAATcacccac  >  1:1162725/1‑64 (MQ=255) gCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGCAGATTAACGATGGCCTGAATTTAATcacccac  >  1:1148629/1‑64 (MQ=255) gCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGCAGATTAACGATGGCCTGAATTTAATcacccac  >  1:1100041/1‑64 (MQ=255) gCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGCAGATTAACGATGGCCTGAATTTAATcacccac  >  1:105746/1‑64 (MQ=255) gCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGCAGATTAACGATGGCCTGAATTTAATcacccac  >  1:1047725/1‑64 (MQ=255) gCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGCAGATTAACGATGGCCTGAATTTAATcacccac  >  1:1034205/1‑64 (MQ=255) gCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGCAGATTAACGATGGCCTGAATTTAATcacccac  >  1:1643774/1‑64 (MQ=255) gCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGCAGATTAACGATGGCCTGAATTTAATcacccac  >  1:1774620/1‑64 (MQ=255) gCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGCAGATTAACGATGGCCTGAATTTAATcacccac  >  1:1746411/1‑64 (MQ=255) gCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGCAGATTAACGATGGCCTGAATTTAATcacccac  >  1:1739633/1‑64 (MQ=255) gCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGCAGATTAACGATGGCCTGAATTTAATcacccac  >  1:1738432/1‑64 (MQ=255) gCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGCAGATTAACGATGGCCTGAATTTAATcacccac  >  1:1716327/1‑64 (MQ=255) gCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGCAGATTAACGATGGCCTGAATTTAATcacccac  >  1:1713230/1‑64 (MQ=255) gCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGCAGATTAACGATGGCCTGAATTTAATcacccac  >  1:1703198/1‑64 (MQ=255) gCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGCAGATTAACGATGGCCTGAATTTAATcacccac  >  1:1689937/1‑64 (MQ=255) gCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGCAGATTAACGATGGCCTGAATTTAATcacccac  >  1:1680306/1‑64 (MQ=255) gCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGCAGATTAACGATGGCCTGAATTTAATcacccac  >  1:1667016/1‑64 (MQ=255) gCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGCAGATTAACGATGGCCTGAATTTAATcacccac  >  1:1448577/1‑64 (MQ=255) gCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGCAGATTAACGATGGCCTGAATTTAATcacccac  >  1:1634100/1‑64 (MQ=255) gCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGCAGATTAACGATGGCCTGAATTTAATcacccac  >  1:160574/1‑64 (MQ=255) gCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGCAGATTAACGATGGCCTGAATTTAATcacccac  >  1:153495/1‑64 (MQ=255) gCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGCAGATTAACGATGGCCTGAATTTAATcacccac  >  1:1522063/1‑64 (MQ=255) gCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGCAGATTAACGATGGCCTGAATTTAATcacccac  >  1:1482753/1‑64 (MQ=255) gCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGCAGATTAACGATGGCCTGAATTTAATcacccac  >  1:1464196/1‑64 (MQ=255) gCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGCAGATTAACGATGGCCTGAATTTAATcaccca   >  1:344355/1‑63 (MQ=255) gCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGCAGATTAACGATGGCCTGAATTTAATcaccca   >  1:1489233/1‑63 (MQ=255) gCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGCAGATTAACGATGGCCTGAATTTAATaacccac  >  1:1480372/1‑64 (MQ=255) gCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGCAAATTAACGATGGCCTGAATTTAATcacccac  >  1:852607/1‑64 (MQ=255) gCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGAAGATTAACGATGGCCTGAATTTAATcacccac  >  1:1325513/1‑64 (MQ=255) gCTGCATGTATGCCAGTTGAAGGGCTACCGGCAGATTAACGATGGCCTGAATTTAATca       >  1:1292520/1‑59 (MQ=255) |                                                                GCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGCAGATTAACGATGGCCTGAATTTAATCACCCAC  >  W3110S.gb/356399‑356462

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑