Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	4040620	4040662	43	26 [0]	[0] 87	rpoH/livJ	RNA polymerase, sigma 32 (sigma H) factor/leucine/isoleucine/valine transporter subunit

CTGCTAAAGCACGGGTAGTCATGCATAAAACGAAATAAAGTGCTGAAAAACAACATCACAACACA  >  W3110S.gb/4040663‑4040727 |                                                                 ctgctAAAGCACGGGTAGTCATGCATAAAACGAAATAAAGTGCTGAAAAACAACATCACAacaca  <  1:408092/65‑1 (MQ=255) ctgctAAAGCACGGGTAGTCATGCATAAAACGAAATAAAGTGCTGAAAAACAACATCACAacaca  <  1:612029/65‑1 (MQ=255) ctgctAAAGCACGGGTAGTCATGCATAAAACGAAATAAAGTGCTGAAAAACAACATCACAacaca  <  1:610583/65‑1 (MQ=255) ctgctAAAGCACGGGTAGTCATGCATAAAACGAAATAAAGTGCTGAAAAACAACATCACAacaca  <  1:596054/65‑1 (MQ=255) ctgctAAAGCACGGGTAGTCATGCATAAAACGAAATAAAGTGCTGAAAAACAACATCACAacaca  <  1:589044/65‑1 (MQ=255) ctgctAAAGCACGGGTAGTCATGCATAAAACGAAATAAAGTGCTGAAAAACAACATCACAacaca  <  1:561128/65‑1 (MQ=255) ctgctAAAGCACGGGTAGTCATGCATAAAACGAAATAAAGTGCTGAAAAACAACATCACAacaca  <  1:544850/65‑1 (MQ=255) ctgctAAAGCACGGGTAGTCATGCATAAAACGAAATAAAGTGCTGAAAAACAACATCACAacaca  <  1:542781/65‑1 (MQ=255) ctgctAAAGCACGGGTAGTCATGCATAAAACGAAATAAAGTGCTGAAAAACAACATCACAacaca  <  1:512056/65‑1 (MQ=255) ctgctAAAGCACGGGTAGTCATGCATAAAACGAAATAAAGTGCTGAAAAACAACATCACAacaca  <  1:440667/65‑1 (MQ=255) ctgctAAAGCACGGGTAGTCATGCATAAAACGAAATAAAGTGCTGAAAAACAACATCACAacaca  <  1:423513/65‑1 (MQ=255) ctgctAAAGCACGGGTAGTCATGCATAAAACGAAATAAAGTGCTGAAAAACAACATCACAacaca  <  1:617291/65‑1 (MQ=255) ctgctAAAGCACGGGTAGTCATGCATAAAACGAAATAAAGTGCTGAAAAACAACATCACAacaca  <  1:393139/65‑1 (MQ=255) ctgctAAAGCACGGGTAGTCATGCATAAAACGAAATAAAGTGCTGAAAAACAACATCACAacaca  <  1:38976/65‑1 (MQ=255) ctgctAAAGCACGGGTAGTCATGCATAAAACGAAATAAAGTGCTGAAAAACAACATCACAacaca  <  1:389746/65‑1 (MQ=255) ctgctAAAGCACGGGTAGTCATGCATAAAACGAAATAAAGTGCTGAAAAACAACATCACAacaca  <  1:389204/65‑1 (MQ=255) ctgctAAAGCACGGGTAGTCATGCATAAAACGAAATAAAGTGCTGAAAAACAACATCACAacaca  <  1:365296/65‑1 (MQ=255) ctgctAAAGCACGGGTAGTCATGCATAAAACGAAATAAAGTGCTGAAAAACAACATCACAacaca  <  1:306048/65‑1 (MQ=255) ctgctAAAGCACGGGTAGTCATGCATAAAACGAAATAAAGTGCTGAAAAACAACATCACAacaca  <  1:286754/65‑1 (MQ=255) ctgctAAAGCACGGGTAGTCATGCATAAAACGAAATAAAGTGCTGAAAAACAACATCACAacaca  <  1:247181/65‑1 (MQ=255) ctgctAAAGCACGGGTAGTCATGCATAAAACGAAATAAAGTGCTGAAAAACAACATCACAacaca  <  1:199158/65‑1 (MQ=255) ctgctAAAGCACGGGTAGTCATGCATAAAACGAAATAAAGTGCTGAAAAACAACATCACAacaca  <  1:1853734/65‑1 (MQ=255) ctgctAAAGCACGGGTAGTCATGCATAAAACGAAATAAAGTGCTGAAAAACAACATCACAacaca  <  1:809225/65‑1 (MQ=255) ctgctAAAGCACGGGTAGTCATGCATAAAACGAAATAAAGTGCTGAAAAACAACATCACAacaca  <  1:922814/65‑1 (MQ=255) ctgctAAAGCACGGGTAGTCATGCATAAAACGAAATAAAGTGCTGAAAAACAACATCACAacaca  <  1:896680/65‑1 (MQ=255) ctgctAAAGCACGGGTAGTCATGCATAAAACGAAATAAAGTGCTGAAAAACAACATCACAacaca  <  1:887610/65‑1 (MQ=255) ctgctAAAGCACGGGTAGTCATGCATAAAACGAAATAAAGTGCTGAAAAACAACATCACAacaca  <  1:88681/65‑1 (MQ=255) ctgctAAAGCACGGGTAGTCATGCATAAAACGAAATAAAGTGCTGAAAAACAACATCACAacaca  <  1:857969/65‑1 (MQ=255) ctgctAAAGCACGGGTAGTCATGCATAAAACGAAATAAAGTGCTGAAAAACAACATCACAacaca  <  1:852825/65‑1 (MQ=255) ctgctAAAGCACGGGTAGTCATGCATAAAACGAAATAAAGTGCTGAAAAACAACATCACAacaca  <  1:85279/65‑1 (MQ=255) ctgctAAAGCACGGGTAGTCATGCATAAAACGAAATAAAGTGCTGAAAAACAACATCACAacaca  <  1:845157/65‑1 (MQ=255) ctgctAAAGCACGGGTAGTCATGCATAAAACGAAATAAAGTGCTGAAAAACAACATCACAacaca  <  1:831533/65‑1 (MQ=255) ctgctAAAGCACGGGTAGTCATGCATAAAACGAAATAAAGTGCTGAAAAACAACATCACAacaca  <  1:829252/65‑1 (MQ=255) ctgctAAAGCACGGGTAGTCATGCATAAAACGAAATAAAGTGCTGAAAAACAACATCACAacaca  <  1:1847463/65‑1 (MQ=255) ctgctAAAGCACGGGTAGTCATGCATAAAACGAAATAAAGTGCTGAAAAACAACATCACAacaca  <  1:802639/65‑1 (MQ=255) ctgctAAAGCACGGGTAGTCATGCATAAAACGAAATAAAGTGCTGAAAAACAACATCACAacaca  <  1:784493/65‑1 (MQ=255) ctgctAAAGCACGGGTAGTCATGCATAAAACGAAATAAAGTGCTGAAAAACAACATCACAacaca  <  1:783729/65‑1 (MQ=255) ctgctAAAGCACGGGTAGTCATGCATAAAACGAAATAAAGTGCTGAAAAACAACATCACAacaca  <  1:780572/65‑1 (MQ=255) ctgctAAAGCACGGGTAGTCATGCATAAAACGAAATAAAGTGCTGAAAAACAACATCACAacaca  <  1:721908/65‑1 (MQ=255) ctgctAAAGCACGGGTAGTCATGCATAAAACGAAATAAAGTGCTGAAAAACAACATCACAacaca  <  1:718916/65‑1 (MQ=255) ctgctAAAGCACGGGTAGTCATGCATAAAACGAAATAAAGTGCTGAAAAACAACATCACAacaca  <  1:706413/65‑1 (MQ=255) ctgctAAAGCACGGGTAGTCATGCATAAAACGAAATAAAGTGCTGAAAAACAACATCACAacaca  <  1:678998/65‑1 (MQ=255) ctgctAAAGCACGGGTAGTCATGCATAAAACGAAATAAAGTGCTGAAAAACAACATCACAacaca  <  1:672752/65‑1 (MQ=255) ctgctAAAGCACGGGTAGTCATGCATAAAACGAAATAAAGTGCTGAAAAACAACATCACAacaca  <  1:670684/65‑1 (MQ=255) ctgctAAAGCACGGGTAGTCATGCATAAAACGAAATAAAGTGCTGAAAAACAACATCACAacaca  <  1:1318982/65‑1 (MQ=255) ctgctAAAGCACGGGTAGTCATGCATAAAACGAAATAAAGTGCTGAAAAACAACATCACAacaca  <  1:1435003/65‑1 (MQ=255) ctgctAAAGCACGGGTAGTCATGCATAAAACGAAATAAAGTGCTGAAAAACAACATCACAacaca  <  1:1433737/65‑1 (MQ=255) ctgctAAAGCACGGGTAGTCATGCATAAAACGAAATAAAGTGCTGAAAAACAACATCACAacaca  <  1:143305/65‑1 (MQ=255) ctgctAAAGCACGGGTAGTCATGCATAAAACGAAATAAAGTGCTGAAAAACAACATCACAacaca  <  1:1429511/65‑1 (MQ=255) ctgctAAAGCACGGGTAGTCATGCATAAAACGAAATAAAGTGCTGAAAAACAACATCACAacaca  <  1:1398270/65‑1 (MQ=255) ctgctAAAGCACGGGTAGTCATGCATAAAACGAAATAAAGTGCTGAAAAACAACATCACAacaca  <  1:137894/65‑1 (MQ=255) ctgctAAAGCACGGGTAGTCATGCATAAAACGAAATAAAGTGCTGAAAAACAACATCACAacaca  <  1:1377166/65‑1 (MQ=255) ctgctAAAGCACGGGTAGTCATGCATAAAACGAAATAAAGTGCTGAAAAACAACATCACAacaca  <  1:1351900/65‑1 (MQ=255) ctgctAAAGCACGGGTAGTCATGCATAAAACGAAATAAAGTGCTGAAAAACAACATCACAacaca  <  1:1347167/65‑1 (MQ=255) ctgctAAAGCACGGGTAGTCATGCATAAAACGAAATAAAGTGCTGAAAAACAACATCACAacaca  <  1:1340664/65‑1 (MQ=255) ctgctAAAGCACGGGTAGTCATGCATAAAACGAAATAAAGTGCTGAAAAACAACATCACAacaca  <  1:1456236/65‑1 (MQ=255) ctgctAAAGCACGGGTAGTCATGCATAAAACGAAATAAAGTGCTGAAAAACAACATCACAacaca  <  1:131419/65‑1 (MQ=255) ctgctAAAGCACGGGTAGTCATGCATAAAACGAAATAAAGTGCTGAAAAACAACATCACAacaca  <  1:1278185/65‑1 (MQ=255) ctgctAAAGCACGGGTAGTCATGCATAAAACGAAATAAAGTGCTGAAAAACAACATCACAacaca  <  1:1272646/65‑1 (MQ=255) ctgctAAAGCACGGGTAGTCATGCATAAAACGAAATAAAGTGCTGAAAAACAACATCACAacaca  <  1:1257897/65‑1 (MQ=255) ctgctAAAGCACGGGTAGTCATGCATAAAACGAAATAAAGTGCTGAAAAACAACATCACAacaca  <  1:124731/65‑1 (MQ=255) ctgctAAAGCACGGGTAGTCATGCATAAAACGAAATAAAGTGCTGAAAAACAACATCACAacaca  <  1:1132692/65‑1 (MQ=255) ctgctAAAGCACGGGTAGTCATGCATAAAACGAAATAAAGTGCTGAAAAACAACATCACAacaca  <  1:1096381/65‑1 (MQ=255) ctgctAAAGCACGGGTAGTCATGCATAAAACGAAATAAAGTGCTGAAAAACAACATCACAacaca  <  1:1074695/65‑1 (MQ=255) ctgctAAAGCACGGGTAGTCATGCATAAAACGAAATAAAGTGCTGAAAAACAACATCACAacaca  <  1:1050666/65‑1 (MQ=255) ctgctAAAGCACGGGTAGTCATGCATAAAACGAAATAAAGTGCTGAAAAACAACATCACAacaca  <  1:1041692/65‑1 (MQ=255) ctgctAAAGCACGGGTAGTCATGCATAAAACGAAATAAAGTGCTGAAAAACAACATCACAacaca  <  1:1594899/65‑1 (MQ=255) ctgctAAAGCACGGGTAGTCATGCATAAAACGAAATAAAGTGCTGAAAAACAACATCACAacaca  <  1:1784627/65‑1 (MQ=255) ctgctAAAGCACGGGTAGTCATGCATAAAACGAAATAAAGTGCTGAAAAACAACATCACAacaca  <  1:1779469/65‑1 (MQ=255) ctgctAAAGCACGGGTAGTCATGCATAAAACGAAATAAAGTGCTGAAAAACAACATCACAacaca  <  1:1779145/65‑1 (MQ=255) ctgctAAAGCACGGGTAGTCATGCATAAAACGAAATAAAGTGCTGAAAAACAACATCACAacaca  <  1:1778520/65‑1 (MQ=255) ctgctAAAGCACGGGTAGTCATGCATAAAACGAAATAAAGTGCTGAAAAACAACATCACAacaca  <  1:1764392/65‑1 (MQ=255) ctgctAAAGCACGGGTAGTCATGCATAAAACGAAATAAAGTGCTGAAAAACAACATCACAacaca  <  1:1761769/65‑1 (MQ=255) ctgctAAAGCACGGGTAGTCATGCATAAAACGAAATAAAGTGCTGAAAAACAACATCACAacaca  <  1:1692030/65‑1 (MQ=255) ctgctAAAGCACGGGTAGTCATGCATAAAACGAAATAAAGTGCTGAAAAACAACATCACAacaca  <  1:1671201/65‑1 (MQ=255) ctgctAAAGCACGGGTAGTCATGCATAAAACGAAATAAAGTGCTGAAAAACAACATCACAacaca  <  1:167117/65‑1 (MQ=255) ctgctAAAGCACGGGTAGTCATGCATAAAACGAAATAAAGTGCTGAAAAACAACATCACAacaca  <  1:1639087/65‑1 (MQ=255) ctgctAAAGCACGGGTAGTCATGCATAAAACGAAATAAAGTGCTGAAAAACAACATCACAacaca  <  1:1040770/65‑1 (MQ=255) ctgctAAAGCACGGGTAGTCATGCATAAAACGAAATAAAGTGCTGAAAAACAACATCACAacaca  <  1:1585564/65‑1 (MQ=255) ctgctAAAGCACGGGTAGTCATGCATAAAACGAAATAAAGTGCTGAAAAACAACATCACAacaca  <  1:1573942/65‑1 (MQ=255) ctgctAAAGCACGGGTAGTCATGCATAAAACGAAATAAAGTGCTGAAAAACAACATCACAacaca  <  1:1571205/65‑1 (MQ=255) ctgctAAAGCACGGGTAGTCATGCATAAAACGAAATAAAGTGCTGAAAAACAACATCACAacaca  <  1:156227/65‑1 (MQ=255) ctgctAAAGCACGGGTAGTCATGCATAAAACGAAATAAAGTGCTGAAAAACAACATCACAacaca  <  1:1551136/65‑1 (MQ=255) ctgctAAAGCACGGGTAGTCATGCATAAAACGAAATAAAGTGCTGAAAAACAACATCACAacaca  <  1:1547907/65‑1 (MQ=255) ctgctAAAGCACGGGTAGTCATGCATAAAACGAAATAAAGTGCTGAAAAACAACATCACAacaca  <  1:1543408/65‑1 (MQ=255) ctgctAAAGCACGGGTAGTCATGCATAAAACGAAATAAAGTGCTGAAAAACAACATCACAacaca  <  1:1536356/65‑1 (MQ=255) ctgctAAAGCACGGGTAGTCATGCATAAAACGAAATAAAGTGCTGAAAAACAACATCACAacaca  <  1:1467653/65‑1 (MQ=255) |                                                                 CTGCTAAAGCACGGGTAGTCATGCATAAAACGAAATAAAGTGCTGAAAAACAACATCACAACACA  >  W3110S.gb/4040663‑4040727

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑