Missing coverage evidence...
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TCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGT  >  W3110S.gb/4380931‑4380993 |                                                               tctctcGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGc                    >  1:1255904/1‑45 (MQ=255) tctctcGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGc                    >  1:597284/1‑45 (MQ=255) tctctcGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCCCCATCACTTATTCAGGt  >  1:1746559/1‑63 (MQ=255) tctctcGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAgg   >  1:380268/1‑62 (MQ=255) tctctcGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAgg   >  1:715891/1‑62 (MQ=255) tctctcGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGt  >  1:796450/1‑63 (MQ=255) tctctcGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGt  >  1:494236/1‑63 (MQ=255) tctctcGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGt  >  1:582154/1‑63 (MQ=255) tctctcGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGt  >  1:68119/1‑63 (MQ=255) tctctcGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGt  >  1:771862/1‑63 (MQ=255) tctctcGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGt  >  1:253347/1‑63 (MQ=255) tctctcGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGt  >  1:800028/1‑63 (MQ=255) tctctcGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGt  >  1:876752/1‑63 (MQ=255) tctctcGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGt  >  1:898981/1‑63 (MQ=255) tctctcGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGt  >  1:952714/1‑63 (MQ=255) tctctcGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGt  >  1:975177/1‑63 (MQ=255) tctctcGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGt  >  1:990583/1‑63 (MQ=255) tctctcGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGt  >  1:373987/1‑63 (MQ=255) tctctcGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGt  >  1:1032994/1‑63 (MQ=255) tctctcGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGt  >  1:1817518/1‑63 (MQ=255) tctctcGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGt  >  1:1776271/1‑63 (MQ=255) tctctcGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGt  >  1:163610/1‑63 (MQ=255) tctctcGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGt  >  1:1627608/1‑63 (MQ=255) tctctcGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGt  >  1:161305/1‑63 (MQ=255) tctctcGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGt  >  1:1505637/1‑63 (MQ=255) tctctcGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGt  >  1:1473341/1‑63 (MQ=255) tctctcGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGt  >  1:1362844/1‑63 (MQ=255) tctctcGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGt  >  1:1353149/1‑63 (MQ=255) tctctcGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGt  >  1:126507/1‑63 (MQ=255) tctctcGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGt  >  1:1179620/1‑63 (MQ=255) tctctcGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGt  >  1:1091046/1‑63 (MQ=255) tctctcGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCAGCACTTATTCAggg  >  1:175909/1‑62 (MQ=255) |                                                               TCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGT  >  W3110S.gb/4380931‑4380993

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑