Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	4405242	4405555	314	140 [1]	[1] 82	[hfq]–[hflX]	[hfq],[hflX]

GAAGCTGTCAAAGCGACGGGTGCTTCGGTCGTTCTTTTTGACCATGCCCTGAGCCCGGCGCAAGAG  >  W3110S.gb/4405555‑4405620  |                                                                 gAAGCTGTCAAAGCGACGGGTGCTTCGGTCGTTCTTTTTGACCATG‑CCTGAGCCCGGCGCAagag  <  1:1298300/65‑1 (MQ=255)  aaGCTGTCAAAGCGACGGGTGCTTCGGTCGTTCTTTTTGACCATGCCCTGAGCCCGGCGCAagag  <  1:545354/65‑1 (MQ=255)  aaGCTGTCAAAGCGACGGGTGCTTCGGTCGTTCTTTTTGACCATGCCCTGAGCCCGGCGCAagag  <  1:563084/65‑1 (MQ=255)  aaGCTGTCAAAGCGACGGGTGCTTCGGTCGTTCTTTTTGACCATGCCCTGAGCCCGGCGCAagag  <  1:537243/65‑1 (MQ=255)  aaGCTGTCAAAGCGACGGGTGCTTCGGTCGTTCTTTTTGACCATGCCCTGAGCCCGGCGCAagag  <  1:536945/65‑1 (MQ=255)  aaGCTGTCAAAGCGACGGGTGCTTCGGTCGTTCTTTTTGACCATGCCCTGAGCCCGGCGCAagag  <  1:536052/65‑1 (MQ=255)  aaGCTGTCAAAGCGACGGGTGCTTCGGTCGTTCTTTTTGACCATGCCCTGAGCCCGGCGCAagag  <  1:529078/65‑1 (MQ=255)  aaGCTGTCAAAGCGACGGGTGCTTCGGTCGTTCTTTTTGACCATGCCCTGAGCCCGGCGCAagag  <  1:513247/65‑1 (MQ=255)  aaGCTGTCAAAGCGACGGGTGCTTCGGTCGTTCTTTTTGACCATGCCCTGAGCCCGGCGCAagag  <  1:445163/65‑1 (MQ=255)  aaGCTGTCAAAGCGACGGGTGCTTCGGTCGTTCTTTTTGACCATGCCCTGAGCCCGGCGCAagag  <  1:392958/65‑1 (MQ=255)  aaGCTGTCAAAGCGACGGGTGCTTCGGTCGTTCTTTTTGACCATGCCCTGAGCCCGGCGCAagag  <  1:389516/65‑1 (MQ=255)  aaGCTGTCAAAGCGACGGGTGCTTCGGTCGTTCTTTTTGACCATGCCCTGAGCCCGGCGCAagag  <  1:354842/65‑1 (MQ=255)  aaGCTGTCAAAGCGACGGGTGCTTCGGTCGTTCTTTTTGACCATGCCCTGAGCCCGGCGCAagag  <  1:352260/65‑1 (MQ=255)  aaGCTGTCAAAGCGACGGGTGCTTCGGTCGTTCTTTTTGACCATGCCCTGAGCCCGGCGCAagag  <  1:349419/65‑1 (MQ=255)  aaGCTGTCAAAGCGACGGGTGCTTCGGTCGTTCTTTTTGACCATGCCCTGAGCCCGGCGCAagag  <  1:349232/65‑1 (MQ=255)  aaGCTGTCAAAGCGACGGGTGCTTCGGTCGTTCTTTTTGACCATGCCCTGAGCCCGGCGCAagag  <  1:311044/65‑1 (MQ=255)  aaGCTGTCAAAGCGACGGGTGCTTCGGTCGTTCTTTTTGACCATGCCCTGAGCCCGGCGCAagag  <  1:301129/65‑1 (MQ=255)  aaGCTGTCAAAGCGACGGGTGCTTCGGTCGTTCTTTTTGACCATGCCCTGAGCCCGGCGCAagag  <  1:257969/65‑1 (MQ=255)  aaGCTGTCAAAGCGACGGGTGCTTCGGTCGTTCTTTTTGACCATGCCCTGAGCCCGGCGCAagag  <  1:252697/65‑1 (MQ=255)  aaGCTGTCAAAGCGACGGGTGCTTCGGTCGTTCTTTTTGACCATGCCCTGAGCCCGGCGCAagag  <  1:246001/65‑1 (MQ=255)  aaGCTGTCAAAGCGACGGGTGCTTCGGTCGTTCTTTTTGACCATGCCCTGAGCCCGGCGCAagag  <  1:1002010/65‑1 (MQ=255)  aaGCTGTCAAAGCGACGGGTGCTTCGGTCGTTCTTTTTGACCATGCCCTGAGCCCGGCGCAagag  <  1:80711/65‑1 (MQ=255)  aaGCTGTCAAAGCGACGGGTGCTTCGGTCGTTCTTTTTGACCATGCCCTGAGCCCGGCGCAagag  <  1:996576/65‑1 (MQ=255)  aaGCTGTCAAAGCGACGGGTGCTTCGGTCGTTCTTTTTGACCATGCCCTGAGCCCGGCGCAagag  <  1:952375/65‑1 (MQ=255)  aaGCTGTCAAAGCGACGGGTGCTTCGGTCGTTCTTTTTGACCATGCCCTGAGCCCGGCGCAagag  <  1:895704/65‑1 (MQ=255)  aaGCTGTCAAAGCGACGGGTGCTTCGGTCGTTCTTTTTGACCATGCCCTGAGCCCGGCGCAagag  <  1:8857/65‑1 (MQ=255)  aaGCTGTCAAAGCGACGGGTGCTTCGGTCGTTCTTTTTGACCATGCCCTGAGCCCGGCGCAagag  <  1:869482/65‑1 (MQ=255)  aaGCTGTCAAAGCGACGGGTGCTTCGGTCGTTCTTTTTGACCATGCCCTGAGCCCGGCGCAagag  <  1:852629/65‑1 (MQ=255)  aaGCTGTCAAAGCGACGGGTGCTTCGGTCGTTCTTTTTGACCATGCCCTGAGCCCGGCGCAagag  <  1:852344/65‑1 (MQ=255)  aaGCTGTCAAAGCGACGGGTGCTTCGGTCGTTCTTTTTGACCATGCCCTGAGCCCGGCGCAagag  <  1:842011/65‑1 (MQ=255)  aaGCTGTCAAAGCGACGGGTGCTTCGGTCGTTCTTTTTGACCATGCCCTGAGCCCGGCGCAagag  <  1:809672/65‑1 (MQ=255)  aaGCTGTCAAAGCGACGGGTGCTTCGGTCGTTCTTTTTGACCATGCCCTGAGCCCGGCGCAagag  <  1:235273/65‑1 (MQ=255)  aaGCTGTCAAAGCGACGGGTGCTTCGGTCGTTCTTTTTGACCATGCCCTGAGCCCGGCGCAagag  <  1:758558/65‑1 (MQ=255)  aaGCTGTCAAAGCGACGGGTGCTTCGGTCGTTCTTTTTGACCATGCCCTGAGCCCGGCGCAagag  <  1:745416/65‑1 (MQ=255)  aaGCTGTCAAAGCGACGGGTGCTTCGGTCGTTCTTTTTGACCATGCCCTGAGCCCGGCGCAagag  <  1:68743/65‑1 (MQ=255)  aaGCTGTCAAAGCGACGGGTGCTTCGGTCGTTCTTTTTGACCATGCCCTGAGCCCGGCGCAagag  <  1:670271/65‑1 (MQ=255)  aaGCTGTCAAAGCGACGGGTGCTTCGGTCGTTCTTTTTGACCATGCCCTGAGCCCGGCGCAagag  <  1:637246/65‑1 (MQ=255)  aaGCTGTCAAAGCGACGGGTGCTTCGGTCGTTCTTTTTGACCATGCCCTGAGCCCGGCGCAagag  <  1:615159/65‑1 (MQ=255)  aaGCTGTCAAAGCGACGGGTGCTTCGGTCGTTCTTTTTGACCATGCCCTGAGCCCGGCGCAagag  <  1:612848/65‑1 (MQ=255)  aaGCTGTCAAAGCGACGGGTGCTTCGGTCGTTCTTTTTGACCATGCCCTGAGCCCGGCGCAagag  <  1:603438/65‑1 (MQ=255)  aaGCTGTCAAAGCGACGGGTGCTTCGGTCGTTCTTTTTGACCATGCCCTGAGCCCGGCGCAagag  <  1:1291231/65‑1 (MQ=255)  aaGCTGTCAAAGCGACGGGTGCTTCGGTCGTTCTTTTTGACCATGCCCTGAGCCCGGCGCAagag  <  1:1443357/65‑1 (MQ=255)  aaGCTGTCAAAGCGACGGGTGCTTCGGTCGTTCTTTTTGACCATGCCCTGAGCCCGGCGCAagag  <  1:1412639/65‑1 (MQ=255)  aaGCTGTCAAAGCGACGGGTGCTTCGGTCGTTCTTTTTGACCATGCCCTGAGCCCGGCGCAagag  <  1:1395478/65‑1 (MQ=255)  aaGCTGTCAAAGCGACGGGTGCTTCGGTCGTTCTTTTTGACCATGCCCTGAGCCCGGCGCAagag  <  1:1394184/65‑1 (MQ=255)  aaGCTGTCAAAGCGACGGGTGCTTCGGTCGTTCTTTTTGACCATGCCCTGAGCCCGGCGCAagag  <  1:1391027/65‑1 (MQ=255)  aaGCTGTCAAAGCGACGGGTGCTTCGGTCGTTCTTTTTGACCATGCCCTGAGCCCGGCGCAagag  <  1:1381923/65‑1 (MQ=255)  aaGCTGTCAAAGCGACGGGTGCTTCGGTCGTTCTTTTTGACCATGCCCTGAGCCCGGCGCAagag  <  1:1371694/65‑1 (MQ=255)  aaGCTGTCAAAGCGACGGGTGCTTCGGTCGTTCTTTTTGACCATGCCCTGAGCCCGGCGCAagag  <  1:1346589/65‑1 (MQ=255)  aaGCTGTCAAAGCGACGGGTGCTTCGGTCGTTCTTTTTGACCATGCCCTGAGCCCGGCGCAagag  <  1:1340955/65‑1 (MQ=255)  aaGCTGTCAAAGCGACGGGTGCTTCGGTCGTTCTTTTTGACCATGCCCTGAGCCCGGCGCAagag  <  1:1520282/65‑1 (MQ=255)  aaGCTGTCAAAGCGACGGGTGCTTCGGTCGTTCTTTTTGACCATGCCCTGAGCCCGGCGCAagag  <  1:125237/65‑1 (MQ=255)  aaGCTGTCAAAGCGACGGGTGCTTCGGTCGTTCTTTTTGACCATGCCCTGAGCCCGGCGCAagag  <  1:12003/65‑1 (MQ=255)  aaGCTGTCAAAGCGACGGGTGCTTCGGTCGTTCTTTTTGACCATGCCCTGAGCCCGGCGCAagag  <  1:118342/65‑1 (MQ=255)  aaGCTGTCAAAGCGACGGGTGCTTCGGTCGTTCTTTTTGACCATGCCCTGAGCCCGGCGCAagag  <  1:1144389/65‑1 (MQ=255)  aaGCTGTCAAAGCGACGGGTGCTTCGGTCGTTCTTTTTGACCATGCCCTGAGCCCGGCGCAagag  <  1:1132195/65‑1 (MQ=255)  aaGCTGTCAAAGCGACGGGTGCTTCGGTCGTTCTTTTTGACCATGCCCTGAGCCCGGCGCAagag  <  1:1104277/65‑1 (MQ=255)  aaGCTGTCAAAGCGACGGGTGCTTCGGTCGTTCTTTTTGACCATGCCCTGAGCCCGGCGCAagag  <  1:1049659/65‑1 (MQ=255)  aaGCTGTCAAAGCGACGGGTGCTTCGGTCGTTCTTTTTGACCATGCCCTGAGCCCGGCGCAagag  <  1:1004800/65‑1 (MQ=255)  aaGCTGTCAAAGCGACGGGTGCTTCGGTCGTTCTTTTTGACCATGCCCTGAGCCCGGCGCAagag  <  1:1624375/65‑1 (MQ=255)  aaGCTGTCAAAGCGACGGGTGCTTCGGTCGTTCTTTTTGACCATGCCCTGAGCCCGGCGCAagag  <  1:1835919/65‑1 (MQ=255)  aaGCTGTCAAAGCGACGGGTGCTTCGGTCGTTCTTTTTGACCATGCCCTGAGCCCGGCGCAagag  <  1:1830442/65‑1 (MQ=255)  aaGCTGTCAAAGCGACGGGTGCTTCGGTCGTTCTTTTTGACCATGCCCTGAGCCCGGCGCAagag  <  1:1816374/65‑1 (MQ=255)  aaGCTGTCAAAGCGACGGGTGCTTCGGTCGTTCTTTTTGACCATGCCCTGAGCCCGGCGCAagag  <  1:1791944/65‑1 (MQ=255)  aaGCTGTCAAAGCGACGGGTGCTTCGGTCGTTCTTTTTGACCATGCCCTGAGCCCGGCGCAagag  <  1:1790664/65‑1 (MQ=255)  aaGCTGTCAAAGCGACGGGTGCTTCGGTCGTTCTTTTTGACCATGCCCTGAGCCCGGCGCAagag  <  1:1738783/65‑1 (MQ=255)  aaGCTGTCAAAGCGACGGGTGCTTCGGTCGTTCTTTTTGACCATGCCCTGAGCCCGGCGCAagag  <  1:1859459/65‑1 (MQ=255)  aaGCTGTCAAAGCGACGGGTGCTTCGGTCGTTCTTTTTGACCATGCCCTGAGCCCGGCGCAagag  <  1:1690652/65‑1 (MQ=255)  aaGCTGTCAAAGCGACGGGTGCTTCGGTCGTTCTTTTTGACCATGCCCTGAGCCCGGCGCAagag  <  1:1631437/65‑1 (MQ=255)  aaGCTGTCAAAGCGACGGGTGCTTCGGTCGTTCTTTTTGACCATGCCCTGAGCCCGGCGCAagag  <  1:1613987/65‑1 (MQ=255)  aaGCTGTCAAAGCGACGGGTGCTTCGGTCGTTCTTTTTGACCATGCCCTGAGCCCGGCGCAagag  <  1:15578/65‑1 (MQ=255)  aaGCTGTCAAAGCGACGGGTGCTTCGGTCGTTCTTTTTGACCATGCCCTGAGCCCGGCGCAagag  <  1:1556274/65‑1 (MQ=255)  aaGCTGTCAAAGCGACGGGTGCTTCGGTCGTTCTTTTTGACCATGCCCTGAGCCCGGCGCAagag  <  1:1544160/65‑1 (MQ=255)  aaGCTGTCAAAGCGACGGGTGCTTCGGTCGTTCTTTTTGACCATGCCCTGAGCCCGGCGCAagag  <  1:1868392/65‑1 (MQ=255)  aaGCTGTCAAAGCGACGGGTGCTTCGGTCGTTCTTTTTGACCATGCCCTGAGCCCGGCGCAagag  <  1:1539822/65‑1 (MQ=255)  aaGCTGTCAAAGCGACGGGTGCTTCGGTCGTTCTTTTTGACCATGCCCTGAGCCCGGCGCAagag  <  1:222712/65‑1 (MQ=255)  aaGCTGTCAAAGCGACGGGTGCTTCGGTCGTTCTTTTTGACCATGCCCTGAGCCCGGCGCAagag  <  1:1522769/65‑1 (MQ=255)  aaGCTGTCAAAGCGACGGGTGCTTCGGGCGTTCTTTTTGACCATGCCCTGAGCCCGGCGCAagag  <  1:562124/65‑1 (MQ=255)  aaGCTGTCAAAGCGACGGGTGCTTCGGGCGTTCTTTTTGACCATGCCCTGAGCCCGGCGCAagag  <  1:228005/65‑1 (MQ=255)  aaGCTGTCAAAGCGACGGGTGCGTCGGTCGTTCTTTTTGACCATGCCCTGAGCCCGGCGCAagag  <  1:770283/65‑1 (MQ=255)  aaGCTGTCAAAGCGACGGGTGCGTCGGTCGTTCTTTTTGACCATGCCCTGAGCCCGGCGCAagag  <  1:225840/65‑1 (MQ=255)  aaGCTGTCAAAGCGACGGGTGCATCGGGCGTTCTTTTTGACCATGCCCTGAGCCCGGCGCAagag  <  1:603594/65‑1 (MQ=255)  |                                                                 GAAGCTGTCAAAGCGACGGGTGCTTCGGTCGTTCTTTTTGACCATGCCCTGAGCCCGGCGCAAGAG  >  W3110S.gb/4405555‑4405620

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑