Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	4591319	4591476	158	40 [0]	[0] 43	hsdR	endonuclease R

AATATTTAAGGCCCATAACATCTCATCTTAGCTTTCTGTACCTTTCCGGGCAATGACCACGGTCA  >  W3110S.gb/4591477‑4591541 |                                                                 aaTATTTAAGGCCCATAATATCTCATCTTAGCTTTCTGTACCTTTCCGGGCAATGACCACGGTca  <  1:1334699/65‑1 (MQ=255) aaTATTTAAGGCCCATAACATCTCATCTTAGCTTTCTGTACCTTTCCGGGCAATGACCACGGTca  <  1:496907/65‑1 (MQ=255) aaTATTTAAGGCCCATAACATCTCATCTTAGCTTTCTGTACCTTTCCGGGCAATGACCACGGTca  <  1:1822753/65‑1 (MQ=255) aaTATTTAAGGCCCATAACATCTCATCTTAGCTTTCTGTACCTTTCCGGGCAATGACCACGGTca  <  1:1982/65‑1 (MQ=255) aaTATTTAAGGCCCATAACATCTCATCTTAGCTTTCTGTACCTTTCCGGGCAATGACCACGGTca  <  1:212849/65‑1 (MQ=255) aaTATTTAAGGCCCATAACATCTCATCTTAGCTTTCTGTACCTTTCCGGGCAATGACCACGGTca  <  1:228916/65‑1 (MQ=255) aaTATTTAAGGCCCATAACATCTCATCTTAGCTTTCTGTACCTTTCCGGGCAATGACCACGGTca  <  1:233587/65‑1 (MQ=255) aaTATTTAAGGCCCATAACATCTCATCTTAGCTTTCTGTACCTTTCCGGGCAATGACCACGGTca  <  1:304366/65‑1 (MQ=255) aaTATTTAAGGCCCATAACATCTCATCTTAGCTTTCTGTACCTTTCCGGGCAATGACCACGGTca  <  1:314642/65‑1 (MQ=255) aaTATTTAAGGCCCATAACATCTCATCTTAGCTTTCTGTACCTTTCCGGGCAATGACCACGGTca  <  1:330843/65‑1 (MQ=255) aaTATTTAAGGCCCATAACATCTCATCTTAGCTTTCTGTACCTTTCCGGGCAATGACCACGGTca  <  1:451834/65‑1 (MQ=255) aaTATTTAAGGCCCATAACATCTCATCTTAGCTTTCTGTACCTTTCCGGGCAATGACCACGGTca  <  1:488779/65‑1 (MQ=255) aaTATTTAAGGCCCATAACATCTCATCTTAGCTTTCTGTACCTTTCCGGGCAATGACCACGGTca  <  1:1798869/65‑1 (MQ=255) aaTATTTAAGGCCCATAACATCTCATCTTAGCTTTCTGTACCTTTCCGGGCAATGACCACGGTca  <  1:550773/65‑1 (MQ=255) aaTATTTAAGGCCCATAACATCTCATCTTAGCTTTCTGTACCTTTCCGGGCAATGACCACGGTca  <  1:586511/65‑1 (MQ=255) aaTATTTAAGGCCCATAACATCTCATCTTAGCTTTCTGTACCTTTCCGGGCAATGACCACGGTca  <  1:593479/65‑1 (MQ=255) aaTATTTAAGGCCCATAACATCTCATCTTAGCTTTCTGTACCTTTCCGGGCAATGACCACGGTca  <  1:632625/65‑1 (MQ=255) aaTATTTAAGGCCCATAACATCTCATCTTAGCTTTCTGTACCTTTCCGGGCAATGACCACGGTca  <  1:633431/65‑1 (MQ=255) aaTATTTAAGGCCCATAACATCTCATCTTAGCTTTCTGTACCTTTCCGGGCAATGACCACGGTca  <  1:75393/65‑1 (MQ=255) aaTATTTAAGGCCCATAACATCTCATCTTAGCTTTCTGTACCTTTCCGGGCAATGACCACGGTca  <  1:882256/65‑1 (MQ=255) aaTATTTAAGGCCCATAACATCTCATCTTAGCTTTCTGTACCTTTCCGGGCAATGACCACGGTca  <  1:898659/65‑1 (MQ=255) aaTATTTAAGGCCCATAACATCTCATCTTAGCTTTCTGTACCTTTCCGGGCAATGACCACGGTca  <  1:970214/65‑1 (MQ=255) aaTATTTAAGGCCCATAACATCTCATCTTAGCTTTCTGTACCTTTCCGGGCAATGACCACGGTca  <  1:1441334/65‑1 (MQ=255) aaTATTTAAGGCCCATAACATCTCATCTTAGCTTTCTGTACCTTTCCGGGCAATGACCACGGTca  <  1:1059008/65‑1 (MQ=255) aaTATTTAAGGCCCATAACATCTCATCTTAGCTTTCTGTACCTTTCCGGGCAATGACCACGGTca  <  1:1090301/65‑1 (MQ=255) aaTATTTAAGGCCCATAACATCTCATCTTAGCTTTCTGTACCTTTCCGGGCAATGACCACGGTca  <  1:1169197/65‑1 (MQ=255) aaTATTTAAGGCCCATAACATCTCATCTTAGCTTTCTGTACCTTTCCGGGCAATGACCACGGTca  <  1:1187285/65‑1 (MQ=255) aaTATTTAAGGCCCATAACATCTCATCTTAGCTTTCTGTACCTTTCCGGGCAATGACCACGGTca  <  1:1208660/65‑1 (MQ=255) aaTATTTAAGGCCCATAACATCTCATCTTAGCTTTCTGTACCTTTCCGGGCAATGACCACGGTca  <  1:1223561/65‑1 (MQ=255) aaTATTTAAGGCCCATAACATCTCATCTTAGCTTTCTGTACCTTTCCGGGCAATGACCACGGTca  <  1:1319912/65‑1 (MQ=255) aaTATTTAAGGCCCATAACATCTCATCTTAGCTTTCTGTACCTTTCCGGGCAATGACCACGGTca  <  1:1352799/65‑1 (MQ=255) aaTATTTAAGGCCCATAACATCTCATCTTAGCTTTCTGTACCTTTCCGGGCAATGACCACGGTca  <  1:138869/65‑1 (MQ=255) aaTATTTAAGGCCCATAACATCTCATCTTAGCTTTCTGTACCTTTCCGGGCAATGACCACGGTca  <  1:1393380/65‑1 (MQ=255) aaTATTTAAGGCCCATAACATCTCATCTTAGCTTTCTGTACCTTTCCGGGCAATGACCACGGTca  <  1:1820516/65‑1 (MQ=255) aaTATTTAAGGCCCATAACATCTCATCTTAGCTTTCTGTACCTTTCCGGGCAATGACCACGGTca  <  1:1547920/65‑1 (MQ=255) aaTATTTAAGGCCCATAACATCTCATCTTAGCTTTCTGTACCTTTCCGGGCAATGACCACGGTca  <  1:1566338/65‑1 (MQ=255) aaTATTTAAGGCCCATAACATCTCATCTTAGCTTTCTGTACCTTTCCGGGCAATGACCACGGTca  <  1:1568541/65‑1 (MQ=255) aaTATTTAAGGCCCATAACATCTCATCTTAGCTTTCTGTACCTTTCCGGGCAATGACCACGGTca  <  1:1607053/65‑1 (MQ=255) aaTATTTAAGGCCCATAACATCTCATCTTAGCTTTCTGTACCTTTCCGGGCAATGACCACGGTca  <  1:1632175/65‑1 (MQ=255) aaTATTTAAGGCCCATAACATCTCATCTTAGCTTTCTGTACCTTTCCGGGCAATGACCACGGTca  <  1:1684688/65‑1 (MQ=255) aaTATTTAAGGCCCATAACATCTCATCTTAGCTTTCTGTACCTTTCCGGGCAATGACCACGGTca  <  1:1751939/65‑1 (MQ=255) aaTATTTAAGGCCCATAACATCTCATCTTAGCTTTCTGTACCTTTCCGGGCAATGACCACGGTca  <  1:1794529/65‑1 (MQ=255) aaTATTTAAGGCCCATAACATCTCATCTTAGCTTTCTGTACCTTTCCGGGCAATGACCACGGTca  <  1:1030854/65‑1 (MQ=255) |                                                                 AATATTTAAGGCCCATAACATCTCATCTTAGCTTTCTGTACCTTTCCGGGCAATGACCACGGTCA  >  W3110S.gb/4591477‑4591541

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑