Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	558456	558693	238	74 [0]	[0] 64	sfmC	pilin chaperone, periplasmic

TGTTCATAATCCATCACCTTTTTATGTCACCCTGGTTAACTTACAAGTGGGCAGCCAAAAGTTG  >  W3110S.gb/558694‑558757 |                                                                tGTTCATAATCCATCACCTTTTTATGTCACCCTGGTTACCTTAc                      >  1:1489848/1‑44 (MQ=255) tGTTCATAATCCATCACCTTTTTATGTCACCCTGGTTAACTTa                       >  1:1494706/1‑43 (MQ=255) tGTTCATAATCCATCACCTTTTTATGTCACCCTGGTTAACTTACAAGTGGGCAGCCAAAAGtt   >  1:1685524/1‑63 (MQ=255) tGTTCATAATCCATCACCTTTTTATGTCACCCTGGTTAACTTACAAGTGGGCAGCCAAAAGtt   >  1:1734159/1‑63 (MQ=255) tGTTCATAATCCATCACCTTTTTATGTCACCCTGGTTAACTTACAAGTGGGCAGCCAAAAGtt   >  1:1292283/1‑63 (MQ=255) tGTTCATAATCCATCACCTTTTTATGTCACCCTGGTTAACTTACAAGTGGGCAGCCAAAAGTTg  >  1:516630/1‑64 (MQ=255) tGTTCATAATCCATCACCTTTTTATGTCACCCTGGTTAACTTACAAGTGGGCAGCCAAAAGTTg  >  1:589083/1‑64 (MQ=255) tGTTCATAATCCATCACCTTTTTATGTCACCCTGGTTAACTTACAAGTGGGCAGCCAAAAGTTg  >  1:576628/1‑64 (MQ=255) tGTTCATAATCCATCACCTTTTTATGTCACCCTGGTTAACTTACAAGTGGGCAGCCAAAAGTTg  >  1:556469/1‑64 (MQ=255) tGTTCATAATCCATCACCTTTTTATGTCACCCTGGTTAACTTACAAGTGGGCAGCCAAAAGTTg  >  1:548820/1‑64 (MQ=255) tGTTCATAATCCATCACCTTTTTATGTCACCCTGGTTAACTTACAAGTGGGCAGCCAAAAGTTg  >  1:52338/1‑64 (MQ=255) tGTTCATAATCCATCACCTTTTTATGTCACCCTGGTTAACTTACAAGTGGGCAGCCAAAAGTTg  >  1:612836/1‑64 (MQ=255) tGTTCATAATCCATCACCTTTTTATGTCACCCTGGTTAACTTACAAGTGGGCAGCCAAAAGTTg  >  1:407360/1‑64 (MQ=255) tGTTCATAATCCATCACCTTTTTATGTCACCCTGGTTAACTTACAAGTGGGCAGCCAAAAGTTg  >  1:33374/1‑64 (MQ=255) tGTTCATAATCCATCACCTTTTTATGTCACCCTGGTTAACTTACAAGTGGGCAGCCAAAAGTTg  >  1:314883/1‑64 (MQ=255) tGTTCATAATCCATCACCTTTTTATGTCACCCTGGTTAACTTACAAGTGGGCAGCCAAAAGTTg  >  1:313542/1‑64 (MQ=255) tGTTCATAATCCATCACCTTTTTATGTCACCCTGGTTAACTTACAAGTGGGCAGCCAAAAGTTg  >  1:289823/1‑64 (MQ=255) tGTTCATAATCCATCACCTTTTTATGTCACCCTGGTTAACTTACAAGTGGGCAGCCAAAAGTTg  >  1:262305/1‑64 (MQ=255) tGTTCATAATCCATCACCTTTTTATGTCACCCTGGTTAACTTACAAGTGGGCAGCCAAAAGTTg  >  1:259318/1‑64 (MQ=255) tGTTCATAATCCATCACCTTTTTATGTCACCCTGGTTAACTTACAAGTGGGCAGCCAAAAGTTg  >  1:589961/1‑64 (MQ=255) tGTTCATAATCCATCACCTTTTTATGTCACCCTGGTTAACTTACAAGTGGGCAGCCAAAAGTTg  >  1:223263/1‑64 (MQ=255) tGTTCATAATCCATCACCTTTTTATGTCACCCTGGTTAACTTACAAGTGGGCAGCCAAAAGTTg  >  1:675034/1‑64 (MQ=255) tGTTCATAATCCATCACCTTTTTATGTCACCCTGGTTAACTTACAAGTGGGCAGCCAAAAGTTg  >  1:691148/1‑64 (MQ=255) tGTTCATAATCCATCACCTTTTTATGTCACCCTGGTTAACTTACAAGTGGGCAGCCAAAAGTTg  >  1:703203/1‑64 (MQ=255) tGTTCATAATCCATCACCTTTTTATGTCACCCTGGTTAACTTACAAGTGGGCAGCCAAAAGTTg  >  1:775456/1‑64 (MQ=255) tGTTCATAATCCATCACCTTTTTATGTCACCCTGGTTAACTTACAAGTGGGCAGCCAAAAGTTg  >  1:79921/1‑64 (MQ=255) tGTTCATAATCCATCACCTTTTTATGTCACCCTGGTTAACTTACAAGTGGGCAGCCAAAAGTTg  >  1:800682/1‑64 (MQ=255) tGTTCATAATCCATCACCTTTTTATGTCACCCTGGTTAACTTACAAGTGGGCAGCCAAAAGTTg  >  1:811820/1‑64 (MQ=255) tGTTCATAATCCATCACCTTTTTATGTCACCCTGGTTAACTTACAAGTGGGCAGCCAAAAGTTg  >  1:836490/1‑64 (MQ=255) tGTTCATAATCCATCACCTTTTTATGTCACCCTGGTTAACTTACAAGTGGGCAGCCAAAAGTTg  >  1:845817/1‑64 (MQ=255) tGTTCATAATCCATCACCTTTTTATGTCACCCTGGTTAACTTACAAGTGGGCAGCCAAAAGTTg  >  1:856466/1‑64 (MQ=255) tGTTCATAATCCATCACCTTTTTATGTCACCCTGGTTAACTTACAAGTGGGCAGCCAAAAGTTg  >  1:85916/1‑64 (MQ=255) tGTTCATAATCCATCACCTTTTTATGTCACCCTGGTTAACTTACAAGTGGGCAGCCAAAAGTTg  >  1:88272/1‑64 (MQ=255) tGTTCATAATCCATCACCTTTTTATGTCACCCTGGTTAACTTACAAGTGGGCAGCCAAAAGTTg  >  1:948417/1‑64 (MQ=255) tGTTCATAATCCATCACCTTTTTATGTCACCCTGGTTAACTTACAAGTGGGCAGCCAAAAGTTg  >  1:241448/1‑64 (MQ=255) tGTTCATAATCCATCACCTTTTTATGTCACCCTGGTTAACTTACAAGTGGGCAGCCAAAAGTTg  >  1:1105921/1‑64 (MQ=255) tGTTCATAATCCATCACCTTTTTATGTCACCCTGGTTAACTTACAAGTGGGCAGCCAAAAGTTg  >  1:1268955/1‑64 (MQ=255) tGTTCATAATCCATCACCTTTTTATGTCACCCTGGTTAACTTACAAGTGGGCAGCCAAAAGTTg  >  1:1270622/1‑64 (MQ=255) tGTTCATAATCCATCACCTTTTTATGTCACCCTGGTTAACTTACAAGTGGGCAGCCAAAAGTTg  >  1:1288296/1‑64 (MQ=255) tGTTCATAATCCATCACCTTTTTATGTCACCCTGGTTAACTTACAAGTGGGCAGCCAAAAGTTg  >  1:1409336/1‑64 (MQ=255) tGTTCATAATCCATCACCTTTTTATGTCACCCTGGTTAACTTACAAGTGGGCAGCCAAAAGTTg  >  1:1417834/1‑64 (MQ=255) tGTTCATAATCCATCACCTTTTTATGTCACCCTGGTTAACTTACAAGTGGGCAGCCAAAAGTTg  >  1:1449204/1‑64 (MQ=255) tGTTCATAATCCATCACCTTTTTATGTCACCCTGGTTAACTTACAAGTGGGCAGCCAAAAGTTg  >  1:1461087/1‑64 (MQ=255) tGTTCATAATCCATCACCTTTTTATGTCACCCTGGTTAACTTACAAGTGGGCAGCCAAAAGTTg  >  1:1500933/1‑64 (MQ=255) tGTTCATAATCCATCACCTTTTTATGTCACCCTGGTTAACTTACAAGTGGGCAGCCAAAAGTTg  >  1:153725/1‑64 (MQ=255) tGTTCATAATCCATCACCTTTTTATGTCACCCTGGTTAACTTACAAGTGGGCAGCCAAAAGTTg  >  1:1539777/1‑64 (MQ=255) tGTTCATAATCCATCACCTTTTTATGTCACCCTGGTTAACTTACAAGTGGGCAGCCAAAAGTTg  >  1:1557489/1‑64 (MQ=255) tGTTCATAATCCATCACCTTTTTATGTCACCCTGGTTAACTTACAAGTGGGCAGCCAAAAGTTg  >  1:1633404/1‑64 (MQ=255) tGTTCATAATCCATCACCTTTTTATGTCACCCTGGTTAACTTACAAGTGGGCAGCCAAAAGTTg  >  1:1647422/1‑64 (MQ=255) tGTTCATAATCCATCACCTTTTTATGTCACCCTGGTTAACTTACAAGTGGGCAGCCAAAAGTTg  >  1:167872/1‑64 (MQ=255) tGTTCATAATCCATCACCTTTTTATGTCACCCTGGTTAACTTACAAGTGGGCAGCCAAAAGTTg  >  1:1727027/1‑64 (MQ=255) tGTTCATAATCCATCACCTTTTTATGTCACCCTGGTTAACTTACAAGTGGGCAGCCAAAAGTTg  >  1:1748385/1‑64 (MQ=255) tGTTCATAATCCATCACCTTTTTATGTCACCCTGGTTAACTTACAAGTGGGCAGCCAAAAGTTg  >  1:1752281/1‑64 (MQ=255) tGTTCATAATCCATCACCTTTTTATGTCACCCTGGTTAACTTACAAGTGGGCAGCCAAAAGTTg  >  1:1762015/1‑64 (MQ=255) tGTTCATAATCCATCACCTTTTTATGTCACCCTGGTTAACTTACAAGTGGGCAGCCAAAAGTTg  >  1:1776637/1‑64 (MQ=255) tGTTCATAATCCATCACCTTTTTATGTCACCCTGGTTAACTTACAAGTGGGCAGCCAAAAGTTg  >  1:1789892/1‑64 (MQ=255) tGTTCATAATCCATCACCTTTTTATGTCACCCTGGTTAACTTACAAGTGGGCAGCCAAAAGTTg  >  1:1837103/1‑64 (MQ=255) tGTTCATAATCCATCACCTTTTTATGTCACCCTGGTTAACTTACAAGTGGGCAGCCAAAAGTTg  >  1:1840026/1‑64 (MQ=255) tGTTCATAATCCATCACCTTTTTATGTCACCCTGGTTAACTTACAAGTGGGCAGCCAAAAGTTg  >  1:195489/1‑64 (MQ=255) tGTTCATAATCCATCACCTTTTTATGTCACCCTGGTTAACTTACAAGTGGGCAGCCAAAAGTTg  >  1:196323/1‑64 (MQ=255) tGTTCATAATCCATCACCTTTTTATGTCACCCTGGTTAACTTACAAGTGGGCAGCCAAAAGTTg  >  1:109478/1‑64 (MQ=255) tGTTCATAATCCATCACCTTTTTATGTCACCCTGGTTAACTTACAAGTGGGCAGCCAAAAGTTg  >  1:255050/1‑64 (MQ=255) tGTTCATAATCCATCACCGTTTTATGTCACCCTGGTTAACTTACAAGTGGGCAGCCAAAAg     >  1:109499/1‑61 (MQ=255) tGTTCATAATCAATCACCTTTTTATGTCACCCTGGTTAACTTACAAGTGGGCAGCCAAAAGTTg  >  1:677340/1‑64 (MQ=255) |                                                                TGTTCATAATCCATCACCTTTTTATGTCACCCTGGTTAACTTACAAGTGGGCAGCCAAAAGTTG  >  W3110S.gb/558694‑558757

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑