Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	671132	671136	5	84 [0]	[0] 86	holA	DNA polymerase III, delta subunit

CTGCGTCTGACTTAAGCGATTTAACGCCTCGCCCATCATGCCCCGGCGGTTCTGCCATACCCGAT  >  W3110S.gb/671137‑671201 |                                                                 cTGCGTCTGACTTAAGCGATTTAACGCCTCGCCcat                               >  1:566652/1‑36 (MQ=255) cTGCGTCTGACTTAAGCGATTTAACGCCTCGCCCATCATGCCCCGGCGGt                 >  1:1139179/1‑50 (MQ=255) cTGCGTCTGACTTAAGCGATTTAACGCCTCGCCCATCATGCCCCGGCGGTTCTGCCATa        >  1:215613/1‑59 (MQ=255) cTGCGTCTGACTTAAGCGATTTAACGCCTCGCCCATCATGCCCCGGCGGTTCTGCCATACCCGa   >  1:103135/1‑64 (MQ=255) cTGCGTCTGACTTAAGCGATTTAACGCCTCGCCCATCATGCCCCGGCGGTTCTGCCATACCCGa   >  1:1712734/1‑64 (MQ=255) cTGCGTCTGACTTAAGCGATTTAACGCCTCGCCCATCATGCCCCGGCGGTTCTGCCATACCCGAt  >  1:308505/1‑65 (MQ=255) cTGCGTCTGACTTAAGCGATTTAACGCCTCGCCCATCATGCCCCGGCGGTTCTGCCATACCCGAt  >  1:42568/1‑65 (MQ=255) cTGCGTCTGACTTAAGCGATTTAACGCCTCGCCCATCATGCCCCGGCGGTTCTGCCATACCCGAt  >  1:409737/1‑65 (MQ=255) cTGCGTCTGACTTAAGCGATTTAACGCCTCGCCCATCATGCCCCGGCGGTTCTGCCATACCCGAt  >  1:405097/1‑65 (MQ=255) cTGCGTCTGACTTAAGCGATTTAACGCCTCGCCCATCATGCCCCGGCGGTTCTGCCATACCCGAt  >  1:37231/1‑65 (MQ=255) cTGCGTCTGACTTAAGCGATTTAACGCCTCGCCCATCATGCCCCGGCGGTTCTGCCATACCCGAt  >  1:361290/1‑65 (MQ=255) cTGCGTCTGACTTAAGCGATTTAACGCCTCGCCCATCATGCCCCGGCGGTTCTGCCATACCCGAt  >  1:336824/1‑65 (MQ=255) cTGCGTCTGACTTAAGCGATTTAACGCCTCGCCCATCATGCCCCGGCGGTTCTGCCATACCCGAt  >  1:332713/1‑65 (MQ=255) cTGCGTCTGACTTAAGCGATTTAACGCCTCGCCCATCATGCCCCGGCGGTTCTGCCATACCCGAt  >  1:332179/1‑65 (MQ=255) cTGCGTCTGACTTAAGCGATTTAACGCCTCGCCCATCATGCCCCGGCGGTTCTGCCATACCCGAt  >  1:327266/1‑65 (MQ=255) cTGCGTCTGACTTAAGCGATTTAACGCCTCGCCCATCATGCCCCGGCGGTTCTGCCATACCCGAt  >  1:316981/1‑65 (MQ=255) cTGCGTCTGACTTAAGCGATTTAACGCCTCGCCCATCATGCCCCGGCGGTTCTGCCATACCCGAt  >  1:501616/1‑65 (MQ=255) cTGCGTCTGACTTAAGCGATTTAACGCCTCGCCCATCATGCCCCGGCGGTTCTGCCATACCCGAt  >  1:306377/1‑65 (MQ=255) cTGCGTCTGACTTAAGCGATTTAACGCCTCGCCCATCATGCCCCGGCGGTTCTGCCATACCCGAt  >  1:256659/1‑65 (MQ=255) cTGCGTCTGACTTAAGCGATTTAACGCCTCGCCCATCATGCCCCGGCGGTTCTGCCATACCCGAt  >  1:207074/1‑65 (MQ=255) cTGCGTCTGACTTAAGCGATTTAACGCCTCGCCCATCATGCCCCGGCGGTTCTGCCATACCCGAt  >  1:1858886/1‑65 (MQ=255) cTGCGTCTGACTTAAGCGATTTAACGCCTCGCCCATCATGCCCCGGCGGTTCTGCCATACCCGAt  >  1:1843331/1‑65 (MQ=255) cTGCGTCTGACTTAAGCGATTTAACGCCTCGCCCATCATGCCCCGGCGGTTCTGCCATACCCGAt  >  1:1795192/1‑65 (MQ=255) cTGCGTCTGACTTAAGCGATTTAACGCCTCGCCCATCATGCCCCGGCGGTTCTGCCATACCCGAt  >  1:631834/1‑65 (MQ=255) cTGCGTCTGACTTAAGCGATTTAACGCCTCGCCCATCATGCCCCGGCGGTTCTGCCATACCCGAt  >  1:987595/1‑65 (MQ=255) cTGCGTCTGACTTAAGCGATTTAACGCCTCGCCCATCATGCCCCGGCGGTTCTGCCATACCCGAt  >  1:984086/1‑65 (MQ=255) cTGCGTCTGACTTAAGCGATTTAACGCCTCGCCCATCATGCCCCGGCGGTTCTGCCATACCCGAt  >  1:966017/1‑65 (MQ=255) cTGCGTCTGACTTAAGCGATTTAACGCCTCGCCCATCATGCCCCGGCGGTTCTGCCATACCCGAt  >  1:923490/1‑65 (MQ=255) cTGCGTCTGACTTAAGCGATTTAACGCCTCGCCCATCATGCCCCGGCGGTTCTGCCATACCCGAt  >  1:889831/1‑65 (MQ=255) cTGCGTCTGACTTAAGCGATTTAACGCCTCGCCCATCATGCCCCGGCGGTTCTGCCATACCCGAt  >  1:831154/1‑65 (MQ=255) cTGCGTCTGACTTAAGCGATTTAACGCCTCGCCCATCATGCCCCGGCGGTTCTGCCATACCCGAt  >  1:738160/1‑65 (MQ=255) cTGCGTCTGACTTAAGCGATTTAACGCCTCGCCCATCATGCCCCGGCGGTTCTGCCATACCCGAt  >  1:688505/1‑65 (MQ=255) cTGCGTCTGACTTAAGCGATTTAACGCCTCGCCCATCATGCCCCGGCGGTTCTGCCATACCCGAt  >  1:649916/1‑65 (MQ=255) cTGCGTCTGACTTAAGCGATTTAACGCCTCGCCCATCATGCCCCGGCGGTTCTGCCATACCCGAt  >  1:479918/1‑65 (MQ=255) cTGCGTCTGACTTAAGCGATTTAACGCCTCGCCCATCATGCCCCGGCGGTTCTGCCATACCCGAt  >  1:605203/1‑65 (MQ=255) cTGCGTCTGACTTAAGCGATTTAACGCCTCGCCCATCATGCCCCGGCGGTTCTGCCATACCCGAt  >  1:594158/1‑65 (MQ=255) cTGCGTCTGACTTAAGCGATTTAACGCCTCGCCCATCATGCCCCGGCGGTTCTGCCATACCCGAt  >  1:568474/1‑65 (MQ=255) cTGCGTCTGACTTAAGCGATTTAACGCCTCGCCCATCATGCCCCGGCGGTTCTGCCATACCCGAt  >  1:558418/1‑65 (MQ=255) cTGCGTCTGACTTAAGCGATTTAACGCCTCGCCCATCATGCCCCGGCGGTTCTGCCATACCCGAt  >  1:550303/1‑65 (MQ=255) cTGCGTCTGACTTAAGCGATTTAACGCCTCGCCCATCATGCCCCGGCGGTTCTGCCATACCCGAt  >  1:518866/1‑65 (MQ=255) cTGCGTCTGACTTAAGCGATTTAACGCCTCGCCCATCATGCCCCGGCGGTTCTGCCATACCCGAt  >  1:506251/1‑65 (MQ=255) cTGCGTCTGACTTAAGCGATTTAACGCCTCGCCCATCATGCCCCGGCGGTTCTGCCATACCCGAt  >  1:1760617/1‑65 (MQ=255) cTGCGTCTGACTTAAGCGATTTAACGCCTCGCCCATCATGCCCCGGCGGTTCTGCCATACCCGAt  >  1:483791/1‑65 (MQ=255) cTGCGTCTGACTTAAGCGATTTAACGCCTCGCCCATCATGCCCCGGCGGTTCTGCCATACCCGAt  >  1:1102473/1‑65 (MQ=255) cTGCGTCTGACTTAAGCGATTTAACGCCTCGCCCATCATGCCCCGGCGGTTCTGCCATACCCGAt  >  1:1485324/1‑65 (MQ=255) cTGCGTCTGACTTAAGCGATTTAACGCCTCGCCCATCATGCCCCGGCGGTTCTGCCATACCCGAt  >  1:1084875/1‑65 (MQ=255) cTGCGTCTGACTTAAGCGATTTAACGCCTCGCCCATCATGCCCCGGCGGTTCTGCCATACCCGAt  >  1:1009474/1‑65 (MQ=255) cTGCGTCTGACTTAAGCGATTTAACGCCTCGCCCATCATGCCCCGGCGGTTCTGCCATACCCGAt  >  1:1466275/1‑65 (MQ=255) cTGCGTCTGACTTAAGCGATTTAACGCCTCGCCCATCATGCCCCGGCGGTTCTGCCATACCCGAt  >  1:1440530/1‑65 (MQ=255) cTGCGTCTGACTTAAGCGATTTAACGCCTCGCCCATCATGCCCCGGCGGTTCTGCCATACCCGAt  >  1:1435933/1‑65 (MQ=255) cTGCGTCTGACTTAAGCGATTTAACGCCTCGCCCATCATGCCCCGGCGGTTCTGCCATACCCGAt  >  1:1432470/1‑65 (MQ=255) cTGCGTCTGACTTAAGCGATTTAACGCCTCGCCCATCATGCCCCGGCGGTTCTGCCATACCCGAt  >  1:1425508/1‑65 (MQ=255) cTGCGTCTGACTTAAGCGATTTAACGCCTCGCCCATCATGCCCCGGCGGTTCTGCCATACCCGAt  >  1:1495130/1‑65 (MQ=255) cTGCGTCTGACTTAAGCGATTTAACGCCTCGCCCATCATGCCCCGGCGGTTCTGCCATACCCGAt  >  1:1109879/1‑65 (MQ=255) cTGCGTCTGACTTAAGCGATTTAACGCCTCGCCCATCATGCCCCGGCGGTTCTGCCATACCCGAt  >  1:1302922/1‑65 (MQ=255) cTGCGTCTGACTTAAGCGATTTAACGCCTCGCCCATCATGCCCCGGCGGTTCTGCCATACCCGAt  >  1:1173770/1‑65 (MQ=255) cTGCGTCTGACTTAAGCGATTTAACGCCTCGCCCATCATGCCCCGGCGGTTCTGCCATACCCGAt  >  1:1299147/1‑65 (MQ=255) cTGCGTCTGACTTAAGCGATTTAACGCCTCGCCCATCATGCCCCGGCGGTTCTGCCATACCCGAt  >  1:1289891/1‑65 (MQ=255) cTGCGTCTGACTTAAGCGATTTAACGCCTCGCCCATCATGCCCCGGCGGTTCTGCCATACCCGAt  >  1:1273853/1‑65 (MQ=255) cTGCGTCTGACTTAAGCGATTTAACGCCTCGCCCATCATGCCCCGGCGGTTCTGCCATACCCGAt  >  1:1252696/1‑65 (MQ=255) cTGCGTCTGACTTAAGCGATTTAACGCCTCGCCCATCATGCCCCGGCGGTTCTGCCATACCCGAt  >  1:1198672/1‑65 (MQ=255) cTGCGTCTGACTTAAGCGATTTAACGCCTCGCCCATCATGCCCCGGCGGTTCTGCCATACCCGAt  >  1:1585584/1‑65 (MQ=255) cTGCGTCTGACTTAAGCGATTTAACGCCTCGCCCATCATGCCCCGGCGGTTCTGCCATACCCGAt  >  1:1017497/1‑65 (MQ=255) cTGCGTCTGACTTAAGCGATTTAACGCCTCGCCCATCATGCCCCGGCGGTTCTGCCATACCCGAt  >  1:1728348/1‑65 (MQ=255) cTGCGTCTGACTTAAGCGATTTAACGCCTCGCCCATCATGCCCCGGCGGTTCTGCCATACCCGAt  >  1:1721231/1‑65 (MQ=255) cTGCGTCTGACTTAAGCGATTTAACGCCTCGCCCATCATGCCCCGGCGGTTCTGCCATACCCGAt  >  1:1716100/1‑65 (MQ=255) cTGCGTCTGACTTAAGCGATTTAACGCCTCGCCCATCATGCCCCGGCGGTTCTGCCATACCCGAt  >  1:1715873/1‑65 (MQ=255) cTGCGTCTGACTTAAGCGATTTAACGCCTCGCCCATCATGCCCCGGCGGTTCTGCCATACCCGAt  >  1:1045734/1‑65 (MQ=255) cTGCGTCTGACTTAAGCGATTTAACGCCTCGCCCATCATGCCCCGGCGGTTCTGCCATACCCGAt  >  1:1668613/1‑65 (MQ=255) cTGCGTCTGACTTAAGCGATTTAACGCCTCGCCCATCATGCCCCGGCGGTTCTGCCATACCCGAt  >  1:1055656/1‑65 (MQ=255) cTGCGTCTGACTTAAGCGATTTAACGCCTCGCCCATCATGCCCCGGCGGTTCTGCCATACCCGAt  >  1:1578301/1‑65 (MQ=255) cTGCGTCTGACTTAAGCGATTTAACGCCTCGCCCATCATGCCCCGGCGGTTCTGCCATACCCGAt  >  1:1572672/1‑65 (MQ=255) cTGCGTCTGACTTAAGCGATTTAACGCCTCGCCCATCATGCCCCGGCGGTTCTGCCATACCCGAt  >  1:1570644/1‑65 (MQ=255) cTGCGTCTGACTTAAGCGATTTAACGCCTCGCCCATCATGCCCCGGCGGTTCTGCCATACCCGAt  >  1:1561922/1‑65 (MQ=255) cTGCGTCTGACTTAAGCGATTTAACGCCTCGCCCATCATGCCCCGGCGGTTCTGCCATACCCGAt  >  1:1541296/1‑65 (MQ=255) cTGCGTCTGACTTAAGCGATTTAACGCCTCGCCCATCATGCCCCGGCGGTTCTGCCATACCCGAt  >  1:1538997/1‑65 (MQ=255) cTGCGTCTGACTTAAGCGATTTAACGCCTCGCCCATCATGCCCCGGCGGTTCTGCCATACCCGAt  >  1:1533444/1‑65 (MQ=255) cTGCGTCTGACTTAAGCGATTTAACGCCTCGCCCATCATGCCCCGGCGGTTCTGCCATACCCGAt  >  1:1517697/1‑65 (MQ=255) cTGCGTCTGACTTAAGCGATTTAACGCCTCGCCCATCATGCCCCGGCGGTTCTGCCATACACGAt  >  1:464023/1‑65 (MQ=255) cTGCGTCTGACTTAAGCGATTTAACGCCTCGCCCATCATGCCCCGGCGGTTCTGCAATACCCGAt  >  1:1770559/1‑65 (MQ=255) cTGCGTCTGACTTAAGCGATTTAACGCCTCACCCATCATGCCCCGGCGGTTCTGCCATACCCGAt  >  1:1404283/1‑65 (MQ=255) cTGCGTCTGACTTAAGCGATTTAACGCCTCACCCATCATGCCCCGGCGGTTCTGCCATACCCGAt  >  1:1406435/1‑65 (MQ=255) cTGCGTCTGACTTAAGCGATTTAACGCCACGCCCATCATGCCCCGGCGGTTCTGCCATACCCGAt  >  1:1656502/1‑65 (MQ=255) cTGCGTCTGACTTAAGCGATGTAAAGCCTCGCCCCTCATGcac                        >  1:1710430/1‑41 (MQ=25) cTGCGTCTGACTTAACCGATTTAACGCCTCGCCCATCATGccc                        >  1:442082/1‑43 (MQ=255) cTGAGTCTGACTTAAGCGATTTAACGCCTCGCCCATCATGCACCGGCGGTTCTGCCATACCCGAt  >  1:1300442/1‑65 (MQ=255) |                                                                 CTGCGTCTGACTTAAGCGATTTAACGCCTCGCCCATCATGCCCCGGCGGTTCTGCCATACCCGAT  >  W3110S.gb/671137‑671201

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑