Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	27142	28107	966	86 [0]	[0] 40	[ispH]–[rihC]	[ispH],[rihC]

CGGTTGCCTGGGCAAGCCAGCCAATGTACAGGTGGCATTGGATCTG  >  W3110S.gb/28108‑28153 |                                              cGGTTGCCTGGGCAAGCCAGCCAATGTACAGGTGGCATTGGATCtt  >  1:59025/1‑45 (MQ=255) cGGTTGCCTGGGCAAGCCAGCCAATGTACAGGTGGCATTGGATCTg  >  1:7109/1‑46 (MQ=255) cGGTTGCCTGGGCAAGCCAGCCAATGTACAGGTGGCATTGGATCTg  >  1:1113362/1‑46 (MQ=255) cGGTTGCCTGGGCAAGCCAGCCAATGTACAGGTGGCATTGGATCTg  >  1:380379/1‑46 (MQ=255) cGGTTGCCTGGGCAAGCCAGCCAATGTACAGGTGGCATTGGATCTg  >  1:404243/1‑46 (MQ=255) cGGTTGCCTGGGCAAGCCAGCCAATGTACAGGTGGCATTGGATCTg  >  1:477652/1‑46 (MQ=255) cGGTTGCCTGGGCAAGCCAGCCAATGTACAGGTGGCATTGGATCTg  >  1:478009/1‑46 (MQ=255) cGGTTGCCTGGGCAAGCCAGCCAATGTACAGGTGGCATTGGATCTg  >  1:478372/1‑46 (MQ=255) cGGTTGCCTGGGCAAGCCAGCCAATGTACAGGTGGCATTGGATCTg  >  1:562739/1‑46 (MQ=255) cGGTTGCCTGGGCAAGCCAGCCAATGTACAGGTGGCATTGGATCTg  >  1:594578/1‑46 (MQ=255) cGGTTGCCTGGGCAAGCCAGCCAATGTACAGGTGGCATTGGATCTg  >  1:365159/1‑46 (MQ=255) cGGTTGCCTGGGCAAGCCAGCCAATGTACAGGTGGCATTGGATCTg  >  1:73166/1‑46 (MQ=255) cGGTTGCCTGGGCAAGCCAGCCAATGTACAGGTGGCATTGGATCTg  >  1:732259/1‑46 (MQ=255) cGGTTGCCTGGGCAAGCCAGCCAATGTACAGGTGGCATTGGATCTg  >  1:79221/1‑46 (MQ=255) cGGTTGCCTGGGCAAGCCAGCCAATGTACAGGTGGCATTGGATCTg  >  1:858190/1‑46 (MQ=255) cGGTTGCCTGGGCAAGCCAGCCAATGTACAGGTGGCATTGGATCTg  >  1:867949/1‑46 (MQ=255) cGGTTGCCTGGGCAAGCCAGCCAATGTACAGGTGGCATTGGATCTg  >  1:887862/1‑46 (MQ=255) cGGTTGCCTGGGCAAGCCAGCCAATGTACAGGTGGCATTGGATCTg  >  1:893007/1‑46 (MQ=255) cGGTTGCCTGGGCAAGCCAGCCAATGTACAGGTGGCATTGGATCTg  >  1:933145/1‑46 (MQ=255) cGGTTGCCTGGGCAAGCCAGCCAATGTACAGGTGGCATTGGATCTg  >  1:966229/1‑46 (MQ=255) cGGTTGCCTGGGCAAGCCAGCCAATGTACAGGTGGCATTGGATCTg  >  1:1602414/1‑46 (MQ=255) cGGTTGCCTGGGCAAGCCAGCCAATGTACAGGTGGCATTGGATCTg  >  1:1302682/1‑46 (MQ=255) cGGTTGCCTGGGCAAGCCAGCCAATGTACAGGTGGCATTGGATCTg  >  1:1386508/1‑46 (MQ=255) cGGTTGCCTGGGCAAGCCAGCCAATGTACAGGTGGCATTGGATCTg  >  1:1394676/1‑46 (MQ=255) cGGTTGCCTGGGCAAGCCAGCCAATGTACAGGTGGCATTGGATCTg  >  1:1491279/1‑46 (MQ=255) cGGTTGCCTGGGCAAGCCAGCCAATGTACAGGTGGCATTGGATCTg  >  1:1504976/1‑46 (MQ=255) cGGTTGCCTGGGCAAGCCAGCCAATGTACAGGTGGCATTGGATCTg  >  1:1561976/1‑46 (MQ=255) cGGTTGCCTGGGCAAGCCAGCCAATGTACAGGTGGCATTGGATCTg  >  1:1574358/1‑46 (MQ=255) cGGTTGCCTGGGCAAGCCAGCCAATGTACAGGTGGCATTGGATCTg  >  1:1592527/1‑46 (MQ=255) cGGTTGCCTGGGCAAGCCAGCCAATGTACAGGTGGCATTGGATCTg  >  1:306321/1‑46 (MQ=255) cGGTTGCCTGGGCAAGCCAGCCAATGTACAGGTGGCATTGGATCTg  >  1:1631450/1‑46 (MQ=255) cGGTTGCCTGGGCAAGCCAGCCAATGTACAGGTGGCATTGGATCTg  >  1:1637460/1‑46 (MQ=255) cGGTTGCCTGGGCAAGCCAGCCAATGTACAGGTGGCATTGGATCTg  >  1:1648978/1‑46 (MQ=255) cGGTTGCCTGGGCAAGCCAGCCAATGTACAGGTGGCATTGGATCTg  >  1:1700700/1‑46 (MQ=255) cGGTTGCCTGGGCAAGCCAGCCAATGTACAGGTGGCATTGGATCTg  >  1:1777492/1‑46 (MQ=255) cGGTTGCCTGGGCAAGCCAGCCAATGTACAGGTGGCATTGGATCTg  >  1:242588/1‑46 (MQ=255) cGGTTGCCTGGGCAAGCCAGCCAATGTACAGGTGGCATTGGATCTg  >  1:247996/1‑46 (MQ=255) cGGTTGCCTGGGCAAGCCAGCCAATGTACAGGTGGCATTGGATCTg  >  1:264188/1‑46 (MQ=255) cGGTTGCCTGGGCAAGCCAGCCAATGTACAGGTGGCATTGGATCTg  >  1:278071/1‑46 (MQ=255) cGGTTGCCTGGGCAAGCCAGCCAATCTACAGGTGGCATTGGATCTg  >  1:78767/1‑46 (MQ=255) |                                              CGGTTGCCTGGGCAAGCCAGCCAATGTACAGGTGGCATTGGATCTG  >  W3110S.gb/28108‑28153

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑