Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	1023827	1023941	115	2 [0]	[0] 67	yccS	predicted inner membrane protein

TCAGCAATGCACCGAAGGCAATTGTTGCATAGCGTTGACCCAGACCGCCGAGCAAAATGAAGCCG  >  W3110S.gb/1023942‑1024006 |                                                                 tCAGCAATGCACCGAAGGCAATTGTTGCATAGCGTTGACCCAGACCGCCGAGCAAAATGAAGCCg  <  1:429113/65‑1 (MQ=255) tCAGCAATGCACCGAAGGCAATTGTTGCATAGCGTTGACCCAGACCGCCGAGCAAAATGAAGCCg  <  1:589941/65‑1 (MQ=255) tCAGCAATGCACCGAAGGCAATTGTTGCATAGCGTTGACCCAGACCGCCGAGCAAAATGAAGCCg  <  1:555421/65‑1 (MQ=255) tCAGCAATGCACCGAAGGCAATTGTTGCATAGCGTTGACCCAGACCGCCGAGCAAAATGAAGCCg  <  1:540519/65‑1 (MQ=255) tCAGCAATGCACCGAAGGCAATTGTTGCATAGCGTTGACCCAGACCGCCGAGCAAAATGAAGCCg  <  1:537074/65‑1 (MQ=255) tCAGCAATGCACCGAAGGCAATTGTTGCATAGCGTTGACCCAGACCGCCGAGCAAAATGAAGCCg  <  1:514230/65‑1 (MQ=255) tCAGCAATGCACCGAAGGCAATTGTTGCATAGCGTTGACCCAGACCGCCGAGCAAAATGAAGCCg  <  1:512153/65‑1 (MQ=255) tCAGCAATGCACCGAAGGCAATTGTTGCATAGCGTTGACCCAGACCGCCGAGCAAAATGAAGCCg  <  1:497264/65‑1 (MQ=255) tCAGCAATGCACCGAAGGCAATTGTTGCATAGCGTTGACCCAGACCGCCGAGCAAAATGAAGCCg  <  1:454241/65‑1 (MQ=255) tCAGCAATGCACCGAAGGCAATTGTTGCATAGCGTTGACCCAGACCGCCGAGCAAAATGAAGCCg  <  1:591717/65‑1 (MQ=255) tCAGCAATGCACCGAAGGCAATTGTTGCATAGCGTTGACCCAGACCGCCGAGCAAAATGAAGCCg  <  1:419073/65‑1 (MQ=255) tCAGCAATGCACCGAAGGCAATTGTTGCATAGCGTTGACCCAGACCGCCGAGCAAAATGAAGCCg  <  1:417873/65‑1 (MQ=255) tCAGCAATGCACCGAAGGCAATTGTTGCATAGCGTTGACCCAGACCGCCGAGCAAAATGAAGCCg  <  1:416957/65‑1 (MQ=255) tCAGCAATGCACCGAAGGCAATTGTTGCATAGCGTTGACCCAGACCGCCGAGCAAAATGAAGCCg  <  1:393944/65‑1 (MQ=255) tCAGCAATGCACCGAAGGCAATTGTTGCATAGCGTTGACCCAGACCGCCGAGCAAAATGAAGCCg  <  1:372664/65‑1 (MQ=255) tCAGCAATGCACCGAAGGCAATTGTTGCATAGCGTTGACCCAGACCGCCGAGCAAAATGAAGCCg  <  1:3704/65‑1 (MQ=255) tCAGCAATGCACCGAAGGCAATTGTTGCATAGCGTTGACCCAGACCGCCGAGCAAAATGAAGCCg  <  1:358117/65‑1 (MQ=255) tCAGCAATGCACCGAAGGCAATTGTTGCATAGCGTTGACCCAGACCGCCGAGCAAAATGAAGCCg  <  1:855320/65‑1 (MQ=255) tCAGCAATGCACCGAAGGCAATTGTTGCATAGCGTTGACCCAGACCGCCGAGCAAAATGAAGCCg  <  1:979229/65‑1 (MQ=255) tCAGCAATGCACCGAAGGCAATTGTTGCATAGCGTTGACCCAGACCGCCGAGCAAAATGAAGCCg  <  1:967912/65‑1 (MQ=255) tCAGCAATGCACCGAAGGCAATTGTTGCATAGCGTTGACCCAGACCGCCGAGCAAAATGAAGCCg  <  1:965670/65‑1 (MQ=255) tCAGCAATGCACCGAAGGCAATTGTTGCATAGCGTTGACCCAGACCGCCGAGCAAAATGAAGCCg  <  1:952157/65‑1 (MQ=255) tCAGCAATGCACCGAAGGCAATTGTTGCATAGCGTTGACCCAGACCGCCGAGCAAAATGAAGCCg  <  1:950918/65‑1 (MQ=255) tCAGCAATGCACCGAAGGCAATTGTTGCATAGCGTTGACCCAGACCGCCGAGCAAAATGAAGCCg  <  1:89395/65‑1 (MQ=255) tCAGCAATGCACCGAAGGCAATTGTTGCATAGCGTTGACCCAGACCGCCGAGCAAAATGAAGCCg  <  1:879753/65‑1 (MQ=255) tCAGCAATGCACCGAAGGCAATTGTTGCATAGCGTTGACCCAGACCGCCGAGCAAAATGAAGCCg  <  1:864228/65‑1 (MQ=255) tCAGCAATGCACCGAAGGCAATTGTTGCATAGCGTTGACCCAGACCGCCGAGCAAAATGAAGCCg  <  1:316425/65‑1 (MQ=255) tCAGCAATGCACCGAAGGCAATTGTTGCATAGCGTTGACCCAGACCGCCGAGCAAAATGAAGCCg  <  1:852774/65‑1 (MQ=255) tCAGCAATGCACCGAAGGCAATTGTTGCATAGCGTTGACCCAGACCGCCGAGCAAAATGAAGCCg  <  1:851402/65‑1 (MQ=255) tCAGCAATGCACCGAAGGCAATTGTTGCATAGCGTTGACCCAGACCGCCGAGCAAAATGAAGCCg  <  1:812287/65‑1 (MQ=255) tCAGCAATGCACCGAAGGCAATTGTTGCATAGCGTTGACCCAGACCGCCGAGCAAAATGAAGCCg  <  1:793019/65‑1 (MQ=255) tCAGCAATGCACCGAAGGCAATTGTTGCATAGCGTTGACCCAGACCGCCGAGCAAAATGAAGCCg  <  1:754811/65‑1 (MQ=255) tCAGCAATGCACCGAAGGCAATTGTTGCATAGCGTTGACCCAGACCGCCGAGCAAAATGAAGCCg  <  1:612264/65‑1 (MQ=255) tCAGCAATGCACCGAAGGCAATTGTTGCATAGCGTTGACCCAGACCGCCGAGCAAAATGAAGCCg  <  1:594148/65‑1 (MQ=255) tCAGCAATGCACCGAAGGCAATTGTTGCATAGCGTTGACCCAGACCGCCGAGCAAAATGAAGCCg  <  1:1469974/65‑1 (MQ=255) tCAGCAATGCACCGAAGGCAATTGTTGCATAGCGTTGACCCAGACCGCCGAGCAAAATGAAGCCg  <  1:1038401/65‑1 (MQ=255) tCAGCAATGCACCGAAGGCAATTGTTGCATAGCGTTGACCCAGACCGCCGAGCAAAATGAAGCCg  <  1:1039161/65‑1 (MQ=255) tCAGCAATGCACCGAAGGCAATTGTTGCATAGCGTTGACCCAGACCGCCGAGCAAAATGAAGCCg  <  1:1046101/65‑1 (MQ=255) tCAGCAATGCACCGAAGGCAATTGTTGCATAGCGTTGACCCAGACCGCCGAGCAAAATGAAGCCg  <  1:1068972/65‑1 (MQ=255) tCAGCAATGCACCGAAGGCAATTGTTGCATAGCGTTGACCCAGACCGCCGAGCAAAATGAAGCCg  <  1:1149299/65‑1 (MQ=255) tCAGCAATGCACCGAAGGCAATTGTTGCATAGCGTTGACCCAGACCGCCGAGCAAAATGAAGCCg  <  1:117851/65‑1 (MQ=255) tCAGCAATGCACCGAAGGCAATTGTTGCATAGCGTTGACCCAGACCGCCGAGCAAAATGAAGCCg  <  1:1263385/65‑1 (MQ=255) tCAGCAATGCACCGAAGGCAATTGTTGCATAGCGTTGACCCAGACCGCCGAGCAAAATGAAGCCg  <  1:1315728/65‑1 (MQ=255) tCAGCAATGCACCGAAGGCAATTGTTGCATAGCGTTGACCCAGACCGCCGAGCAAAATGAAGCCg  <  1:1333014/65‑1 (MQ=255) tCAGCAATGCACCGAAGGCAATTGTTGCATAGCGTTGACCCAGACCGCCGAGCAAAATGAAGCCg  <  1:1337948/65‑1 (MQ=255) tCAGCAATGCACCGAAGGCAATTGTTGCATAGCGTTGACCCAGACCGCCGAGCAAAATGAAGCCg  <  1:1378742/65‑1 (MQ=255) tCAGCAATGCACCGAAGGCAATTGTTGCATAGCGTTGACCCAGACCGCCGAGCAAAATGAAGCCg  <  1:139575/65‑1 (MQ=255) tCAGCAATGCACCGAAGGCAATTGTTGCATAGCGTTGACCCAGACCGCCGAGCAAAATGAAGCCg  <  1:1429370/65‑1 (MQ=255) tCAGCAATGCACCGAAGGCAATTGTTGCATAGCGTTGACCCAGACCGCCGAGCAAAATGAAGCCg  <  1:1466861/65‑1 (MQ=255) tCAGCAATGCACCGAAGGCAATTGTTGCATAGCGTTGACCCAGACCGCCGAGCAAAATGAAGCCg  <  1:1467591/65‑1 (MQ=255) tCAGCAATGCACCGAAGGCAATTGTTGCATAGCGTTGACCCAGACCGCCGAGCAAAATGAAGCCg  <  1:1593821/65‑1 (MQ=255) tCAGCAATGCACCGAAGGCAATTGTTGCATAGCGTTGACCCAGACCGCCGAGCAAAATGAAGCCg  <  1:284365/65‑1 (MQ=255) tCAGCAATGCACCGAAGGCAATTGTTGCATAGCGTTGACCCAGACCGCCGAGCAAAATGAAGCCg  <  1:197448/65‑1 (MQ=255) tCAGCAATGCACCGAAGGCAATTGTTGCATAGCGTTGACCCAGACCGCCGAGCAAAATGAAGCCg  <  1:1871500/65‑1 (MQ=255) tCAGCAATGCACCGAAGGCAATTGTTGCATAGCGTTGACCCAGACCGCCGAGCAAAATGAAGCCg  <  1:1846539/65‑1 (MQ=255) tCAGCAATGCACCGAAGGCAATTGTTGCATAGCGTTGACCCAGACCGCCGAGCAAAATGAAGCCg  <  1:180460/65‑1 (MQ=255) tCAGCAATGCACCGAAGGCAATTGTTGCATAGCGTTGACCCAGACCGCCGAGCAAAATGAAGCCg  <  1:1661341/65‑1 (MQ=255) tCAGCAATGCACCGAAGGCAATTGTTGCATAGCGTTGACCCAGACCGCCGAGCAAAATGAAGCCg  <  1:1638942/65‑1 (MQ=255) tCAGCAATGCACCGAAGGCAATTGTTGCATAGCGTTGACCCAGACCGCCGAGCAAAATGAAGCCg  <  1:1604069/65‑1 (MQ=255) tCAGCAATGCACCGAAGGCAATTGTTGCATAGCGTTGACCCAGACCGCCGAGCAAAATGAAGCCg  <  1:1031405/65‑1 (MQ=255) tCAGCAATGCACCGAAGGCAATTGTTGCATAGCGTTGACCCAGACCGCCGAGCAAAATGAAGCCg  <  1:1592827/65‑1 (MQ=255) tCAGCAATGCACCGAAGGCAATTGTTGCATAGCGTTGACCCAGACCGCCGAGCAAAATGAAGCCg  <  1:1540057/65‑1 (MQ=255) tCAGCAATGCACCGAAGGCAATTGTTGCATAGCGTTGACCCAGACCGCCGAGCAAAATGAAGCCg  <  1:1536329/65‑1 (MQ=255) tCAGCAATGCACCGAAGGCAATTGTTGCATAGCGTTGACCCAGACCGCCGAGCAAAATGAAGCCg  <  1:1500918/65‑1 (MQ=255) tCAGCAATGCACCGAAGGCAATTGTTGCATAGCGTTGACCCAGACCGCCGAGCAAAATGAAGCCg  <  1:1475712/65‑1 (MQ=255) tCAGCAATGCACCGAAGGCAATTGTTGCATAGCGTTGACCCAGACCGCCGAGCAAAATGAAGCCg  <  1:147447/65‑1 (MQ=255) tCACCAATGCACCGAAGGCAATTGTTGCATAGCGTTGACCCAGACCGCCGAGCAAAATGAAGCCg  <  1:1458472/65‑1 (MQ=255) |                                                                 TCAGCAATGCACCGAAGGCAATTGTTGCATAGCGTTGACCCAGACCGCCGAGCAAAATGAAGCCG  >  W3110S.gb/1023942‑1024006

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑