Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	1140361	1140526	166	72 [1]	[0] 51	flgK	flagellar hook‑filament junction protein 1

AGGGGCGTCACCTAACAATCTGCTGGATCAACGCGATCAACTGGTGAGCGAATTAAACCAGATTG  >  W3110S.gb/1140527‑1140591 |                                                                 aGGGGCGTCACCTAACAATCTGCTGGATCAACGCGATCAACTGGTGAGCGAATTAAACCAGAttg  <  1:637679/65‑1 (MQ=255) aGGGGCGTCACCTAACAATCTGCTGGATCAACGCGATCAACTGGTGAGCGAATTAAACCAGAttg  <  1:213952/65‑1 (MQ=255) aGGGGCGTCACCTAACAATCTGCTGGATCAACGCGATCAACTGGTGAGCGAATTAAACCAGAttg  <  1:23584/65‑1 (MQ=255) aGGGGCGTCACCTAACAATCTGCTGGATCAACGCGATCAACTGGTGAGCGAATTAAACCAGAttg  <  1:256202/65‑1 (MQ=255) aGGGGCGTCACCTAACAATCTGCTGGATCAACGCGATCAACTGGTGAGCGAATTAAACCAGAttg  <  1:337838/65‑1 (MQ=255) aGGGGCGTCACCTAACAATCTGCTGGATCAACGCGATCAACTGGTGAGCGAATTAAACCAGAttg  <  1:364649/65‑1 (MQ=255) aGGGGCGTCACCTAACAATCTGCTGGATCAACGCGATCAACTGGTGAGCGAATTAAACCAGAttg  <  1:384859/65‑1 (MQ=255) aGGGGCGTCACCTAACAATCTGCTGGATCAACGCGATCAACTGGTGAGCGAATTAAACCAGAttg  <  1:447682/65‑1 (MQ=255) aGGGGCGTCACCTAACAATCTGCTGGATCAACGCGATCAACTGGTGAGCGAATTAAACCAGAttg  <  1:448091/65‑1 (MQ=255) aGGGGCGTCACCTAACAATCTGCTGGATCAACGCGATCAACTGGTGAGCGAATTAAACCAGAttg  <  1:486591/65‑1 (MQ=255) aGGGGCGTCACCTAACAATCTGCTGGATCAACGCGATCAACTGGTGAGCGAATTAAACCAGAttg  <  1:492637/65‑1 (MQ=255) aGGGGCGTCACCTAACAATCTGCTGGATCAACGCGATCAACTGGTGAGCGAATTAAACCAGAttg  <  1:498764/65‑1 (MQ=255) aGGGGCGTCACCTAACAATCTGCTGGATCAACGCGATCAACTGGTGAGCGAATTAAACCAGAttg  <  1:637113/65‑1 (MQ=255) aGGGGCGTCACCTAACAATCTGCTGGATCAACGCGATCAACTGGTGAGCGAATTAAACCAGAttg  <  1:1857967/65‑1 (MQ=255) aGGGGCGTCACCTAACAATCTGCTGGATCAACGCGATCAACTGGTGAGCGAATTAAACCAGAttg  <  1:75045/65‑1 (MQ=255) aGGGGCGTCACCTAACAATCTGCTGGATCAACGCGATCAACTGGTGAGCGAATTAAACCAGAttg  <  1:752458/65‑1 (MQ=255) aGGGGCGTCACCTAACAATCTGCTGGATCAACGCGATCAACTGGTGAGCGAATTAAACCAGAttg  <  1:764456/65‑1 (MQ=255) aGGGGCGTCACCTAACAATCTGCTGGATCAACGCGATCAACTGGTGAGCGAATTAAACCAGAttg  <  1:767435/65‑1 (MQ=255) aGGGGCGTCACCTAACAATCTGCTGGATCAACGCGATCAACTGGTGAGCGAATTAAACCAGAttg  <  1:772682/65‑1 (MQ=255) aGGGGCGTCACCTAACAATCTGCTGGATCAACGCGATCAACTGGTGAGCGAATTAAACCAGAttg  <  1:784601/65‑1 (MQ=255) aGGGGCGTCACCTAACAATCTGCTGGATCAACGCGATCAACTGGTGAGCGAATTAAACCAGAttg  <  1:803763/65‑1 (MQ=255) aGGGGCGTCACCTAACAATCTGCTGGATCAACGCGATCAACTGGTGAGCGAATTAAACCAGAttg  <  1:895696/65‑1 (MQ=255) aGGGGCGTCACCTAACAATCTGCTGGATCAACGCGATCAACTGGTGAGCGAATTAAACCAGAttg  <  1:89594/65‑1 (MQ=255) aGGGGCGTCACCTAACAATCTGCTGGATCAACGCGATCAACTGGTGAGCGAATTAAACCAGAttg  <  1:916659/65‑1 (MQ=255) aGGGGCGTCACCTAACAATCTGCTGGATCAACGCGATCAACTGGTGAGCGAATTAAACCAGAttg  <  1:98996/65‑1 (MQ=255) aGGGGCGTCACCTAACAATCTGCTGGATCAACGCGATCAACTGGTGAGCGAATTAAACCAGAttg  <  1:1438769/65‑1 (MQ=255) aGGGGCGTCACCTAACAATCTGCTGGATCAACGCGATCAACTGGTGAGCGAATTAAACCAGAttg  <  1:1014331/65‑1 (MQ=255) aGGGGCGTCACCTAACAATCTGCTGGATCAACGCGATCAACTGGTGAGCGAATTAAACCAGAttg  <  1:1042385/65‑1 (MQ=255) aGGGGCGTCACCTAACAATCTGCTGGATCAACGCGATCAACTGGTGAGCGAATTAAACCAGAttg  <  1:1057335/65‑1 (MQ=255) aGGGGCGTCACCTAACAATCTGCTGGATCAACGCGATCAACTGGTGAGCGAATTAAACCAGAttg  <  1:1064761/65‑1 (MQ=255) aGGGGCGTCACCTAACAATCTGCTGGATCAACGCGATCAACTGGTGAGCGAATTAAACCAGAttg  <  1:1086596/65‑1 (MQ=255) aGGGGCGTCACCTAACAATCTGCTGGATCAACGCGATCAACTGGTGAGCGAATTAAACCAGAttg  <  1:1164525/65‑1 (MQ=255) aGGGGCGTCACCTAACAATCTGCTGGATCAACGCGATCAACTGGTGAGCGAATTAAACCAGAttg  <  1:1334597/65‑1 (MQ=255) aGGGGCGTCACCTAACAATCTGCTGGATCAACGCGATCAACTGGTGAGCGAATTAAACCAGAttg  <  1:1348611/65‑1 (MQ=255) aGGGGCGTCACCTAACAATCTGCTGGATCAACGCGATCAACTGGTGAGCGAATTAAACCAGAttg  <  1:1362498/65‑1 (MQ=255) aGGGGCGTCACCTAACAATCTGCTGGATCAACGCGATCAACTGGTGAGCGAATTAAACCAGAttg  <  1:1383383/65‑1 (MQ=255) aGGGGCGTCACCTAACAATCTGCTGGATCAACGCGATCAACTGGTGAGCGAATTAAACCAGAttg  <  1:1400700/65‑1 (MQ=255) aGGGGCGTCACCTAACAATCTGCTGGATCAACGCGATCAACTGGTGAGCGAATTAAACCAGAttg  <  1:1433819/65‑1 (MQ=255) aGGGGCGTCACCTAACAATCTGCTGGATCAACGCGATCAACTGGTGAGCGAATTAAACCAGAttg  <  1:1013339/65‑1 (MQ=255) aGGGGCGTCACCTAACAATCTGCTGGATCAACGCGATCAACTGGTGAGCGAATTAAACCAGAttg  <  1:1454167/65‑1 (MQ=255) aGGGGCGTCACCTAACAATCTGCTGGATCAACGCGATCAACTGGTGAGCGAATTAAACCAGAttg  <  1:1497790/65‑1 (MQ=255) aGGGGCGTCACCTAACAATCTGCTGGATCAACGCGATCAACTGGTGAGCGAATTAAACCAGAttg  <  1:1587002/65‑1 (MQ=255) aGGGGCGTCACCTAACAATCTGCTGGATCAACGCGATCAACTGGTGAGCGAATTAAACCAGAttg  <  1:1624403/65‑1 (MQ=255) aGGGGCGTCACCTAACAATCTGCTGGATCAACGCGATCAACTGGTGAGCGAATTAAACCAGAttg  <  1:1646524/65‑1 (MQ=255) aGGGGCGTCACCTAACAATCTGCTGGATCAACGCGATCAACTGGTGAGCGAATTAAACCAGAttg  <  1:1728009/65‑1 (MQ=255) aGGGGCGTCACCTAACAATCTGCTGGATCAACGCGATCAACTGGTGAGCGAATTAAACCAGAttg  <  1:1729404/65‑1 (MQ=255) aGGGGCGTCACCTAACAATCTGCTGGATCAACGCGATCAACTGGTGAGCGAATTAAACCAGAttg  <  1:1769032/65‑1 (MQ=255) aGGGGCGTCACCTAACAATCTGCTGGATCAACGCGATCAACTGGTGAGCGAATTAAACCAGAttg  <  1:1778297/65‑1 (MQ=255) aGGGGCGTCACCTAACAATCTGCTGGATCAACGCGATCAACTGGTGAGCGAATTAAACCAGAttg  <  1:1834031/65‑1 (MQ=255) aGGGGCGTCACCTAACAATCTGCTGGATCAACGCGATCAACTGGTGAGCGAAATAAACCAGAttg  <  1:234744/65‑1 (MQ=255) aGGGGCGGCACCTAACAATCTGCTGGATCAACGCGATCAACTGGTGAGCGAATTAAACCAGAttg  <  1:1447467/65‑1 (MQ=255) |                                                                 AGGGGCGTCACCTAACAATCTGCTGGATCAACGCGATCAACTGGTGAGCGAATTAAACCAGATTG  >  W3110S.gb/1140527‑1140591

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑