Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	1210952	1211027	76	68 [0]	[0] 60	stfE	ECK1143:JW5172:b1157; e14 prophage region; predicted side tail fiber protein fragment

CACCACGTAAATCAGGCAATTTATTTGTCGGATAAGCCTTTGCCAGTTCCGGGTATTC  >  W3110S.gb/1211028‑1211085 |                                                          caccacGTAAATCAGGCAATTTATTTGTCGGATAAGCTTTTGCCAGTTCCGGGTAttc  >  1:871137/1‑58 (MQ=255) caccacGTAAATCAGGCAATTTATTTGTCGGATAAGCCTTTGCCAGTTCCGGGt      >  1:1263789/1‑54 (MQ=255) caccacGTAAATCAGGCAATTTATTTGTCGGATAAGCCTTTGCCAGTTCCGGGTAttc  >  1:396763/1‑58 (MQ=255) caccacGTAAATCAGGCAATTTATTTGTCGGATAAGCCTTTGCCAGTTCCGGGTAttc  >  1:654860/1‑58 (MQ=255) caccacGTAAATCAGGCAATTTATTTGTCGGATAAGCCTTTGCCAGTTCCGGGTAttc  >  1:609688/1‑58 (MQ=255) caccacGTAAATCAGGCAATTTATTTGTCGGATAAGCCTTTGCCAGTTCCGGGTAttc  >  1:591621/1‑58 (MQ=255) caccacGTAAATCAGGCAATTTATTTGTCGGATAAGCCTTTGCCAGTTCCGGGTAttc  >  1:514846/1‑58 (MQ=255) caccacGTAAATCAGGCAATTTATTTGTCGGATAAGCCTTTGCCAGTTCCGGGTAttc  >  1:462936/1‑58 (MQ=255) caccacGTAAATCAGGCAATTTATTTGTCGGATAAGCCTTTGCCAGTTCCGGGTAttc  >  1:447009/1‑58 (MQ=255) caccacGTAAATCAGGCAATTTATTTGTCGGATAAGCCTTTGCCAGTTCCGGGTAttc  >  1:430683/1‑58 (MQ=255) caccacGTAAATCAGGCAATTTATTTGTCGGATAAGCCTTTGCCAGTTCCGGGTAttc  >  1:714363/1‑58 (MQ=255) caccacGTAAATCAGGCAATTTATTTGTCGGATAAGCCTTTGCCAGTTCCGGGTAttc  >  1:372658/1‑58 (MQ=255) caccacGTAAATCAGGCAATTTATTTGTCGGATAAGCCTTTGCCAGTTCCGGGTAttc  >  1:30617/1‑58 (MQ=255) caccacGTAAATCAGGCAATTTATTTGTCGGATAAGCCTTTGCCAGTTCCGGGTAttc  >  1:290416/1‑58 (MQ=255) caccacGTAAATCAGGCAATTTATTTGTCGGATAAGCCTTTGCCAGTTCCGGGTAttc  >  1:26845/1‑58 (MQ=255) caccacGTAAATCAGGCAATTTATTTGTCGGATAAGCCTTTGCCAGTTCCGGGTAttc  >  1:223409/1‑58 (MQ=255) caccacGTAAATCAGGCAATTTATTTGTCGGATAAGCCTTTGCCAGTTCCGGGTAttc  >  1:213944/1‑58 (MQ=255) caccacGTAAATCAGGCAATTTATTTGTCGGATAAGCCTTTGCCAGTTCCGGGTAttc  >  1:68098/1‑58 (MQ=255) caccacGTAAATCAGGCAATTTATTTGTCGGATAAGCCTTTGCCAGTTCCGGGTAttc  >  1:1863566/1‑58 (MQ=255) caccacGTAAATCAGGCAATTTATTTGTCGGATAAGCCTTTGCCAGTTCCGGGTAttc  >  1:737345/1‑58 (MQ=255) caccacGTAAATCAGGCAATTTATTTGTCGGATAAGCCTTTGCCAGTTCCGGGTAttc  >  1:743021/1‑58 (MQ=255) caccacGTAAATCAGGCAATTTATTTGTCGGATAAGCCTTTGCCAGTTCCGGGTAttc  >  1:743963/1‑58 (MQ=255) caccacGTAAATCAGGCAATTTATTTGTCGGATAAGCCTTTGCCAGTTCCGGGTAttc  >  1:770044/1‑58 (MQ=255) caccacGTAAATCAGGCAATTTATTTGTCGGATAAGCCTTTGCCAGTTCCGGGTAttc  >  1:78256/1‑58 (MQ=255) caccacGTAAATCAGGCAATTTATTTGTCGGATAAGCCTTTGCCAGTTCCGGGTAttc  >  1:837315/1‑58 (MQ=255) caccacGTAAATCAGGCAATTTATTTGTCGGATAAGCCTTTGCCAGTTCCGGGTAttc  >  1:8585/1‑58 (MQ=255) caccacGTAAATCAGGCAATTTATTTGTCGGATAAGCCTTTGCCAGTTCCGGGTAttc  >  1:907725/1‑58 (MQ=255) caccacGTAAATCAGGCAATTTATTTGTCGGATAAGCCTTTGCCAGTTCCGGGTAttc  >  1:929123/1‑58 (MQ=255) caccacGTAAATCAGGCAATTTATTTGTCGGATAAGCCTTTGCCAGTTCCGGGTAttc  >  1:931428/1‑58 (MQ=255) caccacGTAAATCAGGCAATTTATTTGTCGGATAAGCCTTTGCCAGTTCCGGGTAttc  >  1:971435/1‑58 (MQ=255) caccacGTAAATCAGGCAATTTATTTGTCGGATAAGCCTTTGCCAGTTCCGGGTAttc  >  1:980339/1‑58 (MQ=255) caccacGTAAATCAGGCAATTTATTTGTCGGATAAGCCTTTGCCAGTTCCGGGTAttc  >  1:1415353/1‑58 (MQ=255) caccacGTAAATCAGGCAATTTATTTGTCGGATAAGCCTTTGCCAGTTCCGGGTAttc  >  1:1087658/1‑58 (MQ=255) caccacGTAAATCAGGCAATTTATTTGTCGGATAAGCCTTTGCCAGTTCCGGGTAttc  >  1:1091083/1‑58 (MQ=255) caccacGTAAATCAGGCAATTTATTTGTCGGATAAGCCTTTGCCAGTTCCGGGTAttc  >  1:1172054/1‑58 (MQ=255) caccacGTAAATCAGGCAATTTATTTGTCGGATAAGCCTTTGCCAGTTCCGGGTAttc  >  1:1178365/1‑58 (MQ=255) caccacGTAAATCAGGCAATTTATTTGTCGGATAAGCCTTTGCCAGTTCCGGGTAttc  >  1:1195084/1‑58 (MQ=255) caccacGTAAATCAGGCAATTTATTTGTCGGATAAGCCTTTGCCAGTTCCGGGTAttc  >  1:1234200/1‑58 (MQ=255) caccacGTAAATCAGGCAATTTATTTGTCGGATAAGCCTTTGCCAGTTCCGGGTAttc  >  1:1249062/1‑58 (MQ=255) caccacGTAAATCAGGCAATTTATTTGTCGGATAAGCCTTTGCCAGTTCCGGGTAttc  >  1:1270707/1‑58 (MQ=255) caccacGTAAATCAGGCAATTTATTTGTCGGATAAGCCTTTGCCAGTTCCGGGTAttc  >  1:1300714/1‑58 (MQ=255) caccacGTAAATCAGGCAATTTATTTGTCGGATAAGCCTTTGCCAGTTCCGGGTAttc  >  1:1301613/1‑58 (MQ=255) caccacGTAAATCAGGCAATTTATTTGTCGGATAAGCCTTTGCCAGTTCCGGGTAttc  >  1:1385954/1‑58 (MQ=255) caccacGTAAATCAGGCAATTTATTTGTCGGATAAGCCTTTGCCAGTTCCGGGTAttc  >  1:1412342/1‑58 (MQ=255) caccacGTAAATCAGGCAATTTATTTGTCGGATAAGCCTTTGCCAGTTCCGGGTAttc  >  1:1070302/1‑58 (MQ=255) caccacGTAAATCAGGCAATTTATTTGTCGGATAAGCCTTTGCCAGTTCCGGGTAttc  >  1:1427978/1‑58 (MQ=255) caccacGTAAATCAGGCAATTTATTTGTCGGATAAGCCTTTGCCAGTTCCGGGTAttc  >  1:1450964/1‑58 (MQ=255) caccacGTAAATCAGGCAATTTATTTGTCGGATAAGCCTTTGCCAGTTCCGGGTAttc  >  1:1516966/1‑58 (MQ=255) caccacGTAAATCAGGCAATTTATTTGTCGGATAAGCCTTTGCCAGTTCCGGGTAttc  >  1:1543564/1‑58 (MQ=255) caccacGTAAATCAGGCAATTTATTTGTCGGATAAGCCTTTGCCAGTTCCGGGTAttc  >  1:1586170/1‑58 (MQ=255) caccacGTAAATCAGGCAATTTATTTGTCGGATAAGCCTTTGCCAGTTCCGGGTAttc  >  1:1638404/1‑58 (MQ=255) caccacGTAAATCAGGCAATTTATTTGTCGGATAAGCCTTTGCCAGTTCCGGGTAttc  >  1:1745998/1‑58 (MQ=255) caccacGTAAATCAGGCAATTTATTTGTCGGATAAGCCTTTGCCAGTTCCGGGTAttc  >  1:176068/1‑58 (MQ=255) caccacGTAAATCAGGCAATTTATTTGTCGGATAAGCCTTTGCCAGTTCCGGGTAttc  >  1:18071/1‑58 (MQ=255) caccacGTAAATCAGGCAATTTATTTGTCGGATAAGCCTTTGCCAGTTCCGGGTAttc  >  1:1809561/1‑58 (MQ=255) caccacGTAAATCAGGCAATTTATTTGTCGGATAAGCCTTTGCCAGTTCCGGGTAttc  >  1:1830915/1‑58 (MQ=255) caccacGTAAATCAGGCAATTTATTTGTCGGATAAGCCTTTGCCAGTTCCGGGTAtt   >  1:1420740/1‑57 (MQ=255) caccacGTAAATCAGGCAATTTATTTGTCGGATAAGCCTTTGCCAGTTCCGGGTAtt   >  1:1679537/1‑57 (MQ=255) caccacGTAAATCAGGCAATTTATTTGTCGGATAAGCCTTTGCCAGTTCCGGGTAtt   >  1:1088673/1‑57 (MQ=255) caccacGTAAATAAGGCAATTTATTTGTCGGATAAGCCTTTGCCAGTTCCGGGTAttc  >  1:1251461/1‑58 (MQ=255) |                                                          CACCACGTAAATCAGGCAATTTATTTGTCGGATAAGCCTTTGCCAGTTCCGGGTATTC  >  W3110S.gb/1211028‑1211085

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑