Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	1245060	1245161	102	11 [0]	[0] 22	emtA	lytic murein endotransglycosylase E

AAGGTACTGCAATATGCGCTGGTGGTGTCATACGCTAACGGGGCAGGTGCGCTGCTACGGACTT  >  W3110S.gb/1245162‑1245225 |                                                                aaGGTACTGCAATATGCGCTGGTGGTGTCATACGCTAACGGGGCAGGTGCGCTGCTACGGACtt  <  1:1520077/64‑1 (MQ=255) aaGGTACTGCAATATGCGCTGGTGGTGTCATACGCTAACGGGGCAGGTGCGCTGCTACGGACtt  <  1:996521/64‑1 (MQ=255) aaGGTACTGCAATATGCGCTGGTGGTGTCATACGCTAACGGGGCAGGTGCGCTGCTACGGACtt  <  1:962560/64‑1 (MQ=255) aaGGTACTGCAATATGCGCTGGTGGTGTCATACGCTAACGGGGCAGGTGCGCTGCTACGGACtt  <  1:75496/64‑1 (MQ=255) aaGGTACTGCAATATGCGCTGGTGGTGTCATACGCTAACGGGGCAGGTGCGCTGCTACGGACtt  <  1:393329/64‑1 (MQ=255) aaGGTACTGCAATATGCGCTGGTGGTGTCATACGCTAACGGGGCAGGTGCGCTGCTACGGACtt  <  1:230774/64‑1 (MQ=255) aaGGTACTGCAATATGCGCTGGTGGTGTCATACGCTAACGGGGCAGGTGCGCTGCTACGGACtt  <  1:21833/64‑1 (MQ=255) aaGGTACTGCAATATGCGCTGGTGGTGTCATACGCTAACGGGGCAGGTGCGCTGCTACGGACtt  <  1:187165/64‑1 (MQ=255) aaGGTACTGCAATATGCGCTGGTGGTGTCATACGCTAACGGGGCAGGTGCGCTGCTACGGACtt  <  1:1755960/64‑1 (MQ=255) aaGGTACTGCAATATGCGCTGGTGGTGTCATACGCTAACGGGGCAGGTGCGCTGCTACGGACtt  <  1:1678552/64‑1 (MQ=255) aaGGTACTGCAATATGCGCTGGTGGTGTCATACGCTAACGGGGCAGGTGCGCTGCTACGGACtt  <  1:1593309/64‑1 (MQ=255) aaGGTACTGCAATATGCGCTGGTGGTGTCATACGCTAACGGGGCAGGTGCGCTGCTACGGACtt  <  1:1044068/64‑1 (MQ=255) aaGGTACTGCAATATGCGCTGGTGGTGTCATACGCTAACGGGGCAGGTGCGCTGCTACGGACtt  <  1:1511898/64‑1 (MQ=255) aaGGTACTGCAATATGCGCTGGTGGTGTCATACGCTAACGGGGCAGGTGCGCTGCTACGGACtt  <  1:1433198/64‑1 (MQ=255) aaGGTACTGCAATATGCGCTGGTGGTGTCATACGCTAACGGGGCAGGTGCGCTGCTACGGACtt  <  1:1432769/64‑1 (MQ=255) aaGGTACTGCAATATGCGCTGGTGGTGTCATACGCTAACGGGGCAGGTGCGCTGCTACGGACtt  <  1:1381282/64‑1 (MQ=255) aaGGTACTGCAATATGCGCTGGTGGTGTCATACGCTAACGGGGCAGGTGCGCTGCTACGGACtt  <  1:138/64‑1 (MQ=255) aaGGTACTGCAATATGCGCTGGTGGTGTCATACGCTAACGGGGCAGGTGCGCTGCTACGGACtt  <  1:1270689/64‑1 (MQ=255) aaGGTACTGCAATATGCGCTGGTGGTGTCATACGCTAACGGGGCAGGTGCGCTGCTACGGACtt  <  1:1239220/64‑1 (MQ=255) aaGGTACTGCAATATGCGCTGGTGGTGTCATACGCTAACGGGGCAGGTGCGCTGCTACGGACtt  <  1:1190280/64‑1 (MQ=255) aaGGTACTGCAATATGCGCTGGTGGTGTCATACGCTAACGGGGCAGGTGCGCTGCTACGGACtt  <  1:1165162/64‑1 (MQ=255) aaGGTACTGCAATATGCGCTGGTGGTGTCATACGCTAACGGGGCAGGTGCGCTGCTACGGACtt  <  1:1157123/64‑1 (MQ=255) |                                                                AAGGTACTGCAATATGCGCTGGTGGTGTCATACGCTAACGGGGCAGGTGCGCTGCTACGGACTT  >  W3110S.gb/1245162‑1245225

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑