Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	1245889	1246101	213	9 [0]	[0] 26	ycgR	protein involved in flagellar function

CACGCGGAAAAACTCCTGACTGACAAACTGTCTTTGGTTTATCGGTCACAGTTAACAAAACTTAA  >  W3110S.gb/1246102‑1246166 |                                                                 cACGCGGAAAAACTCCTGACTGACAAACTGTCTTTGGTTTATCGGTCACAGTTAACAAAACTTaa  <  1:1869641/65‑1 (MQ=255) cACGCGGAAAAACTCCTGACTGACAAACTGTCTTTGGTTTATCGGTCACAGTTAACAAAACTTaa  <  1:948994/65‑1 (MQ=255) cACGCGGAAAAACTCCTGACTGACAAACTGTCTTTGGTTTATCGGTCACAGTTAACAAAACTTaa  <  1:925972/65‑1 (MQ=255) cACGCGGAAAAACTCCTGACTGACAAACTGTCTTTGGTTTATCGGTCACAGTTAACAAAACTTaa  <  1:907320/65‑1 (MQ=255) cACGCGGAAAAACTCCTGACTGACAAACTGTCTTTGGTTTATCGGTCACAGTTAACAAAACTTaa  <  1:729653/65‑1 (MQ=255) cACGCGGAAAAACTCCTGACTGACAAACTGTCTTTGGTTTATCGGTCACAGTTAACAAAACTTaa  <  1:669226/65‑1 (MQ=255) cACGCGGAAAAACTCCTGACTGACAAACTGTCTTTGGTTTATCGGTCACAGTTAACAAAACTTaa  <  1:665468/65‑1 (MQ=255) cACGCGGAAAAACTCCTGACTGACAAACTGTCTTTGGTTTATCGGTCACAGTTAACAAAACTTaa  <  1:615192/65‑1 (MQ=255) cACGCGGAAAAACTCCTGACTGACAAACTGTCTTTGGTTTATCGGTCACAGTTAACAAAACTTaa  <  1:53356/65‑1 (MQ=255) cACGCGGAAAAACTCCTGACTGACAAACTGTCTTTGGTTTATCGGTCACAGTTAACAAAACTTaa  <  1:504525/65‑1 (MQ=255) cACGCGGAAAAACTCCTGACTGACAAACTGTCTTTGGTTTATCGGTCACAGTTAACAAAACTTaa  <  1:468627/65‑1 (MQ=255) cACGCGGAAAAACTCCTGACTGACAAACTGTCTTTGGTTTATCGGTCACAGTTAACAAAACTTaa  <  1:325214/65‑1 (MQ=255) cACGCGGAAAAACTCCTGACTGACAAACTGTCTTTGGTTTATCGGTCACAGTTAACAAAACTTaa  <  1:252807/65‑1 (MQ=255) cACGCGGAAAAACTCCTGACTGACAAACTGTCTTTGGTTTATCGGTCACAGTTAACAAAACTTaa  <  1:1098848/65‑1 (MQ=255) cACGCGGAAAAACTCCTGACTGACAAACTGTCTTTGGTTTATCGGTCACAGTTAACAAAACTTaa  <  1:1819941/65‑1 (MQ=255) cACGCGGAAAAACTCCTGACTGACAAACTGTCTTTGGTTTATCGGTCACAGTTAACAAAACTTaa  <  1:1813180/65‑1 (MQ=255) cACGCGGAAAAACTCCTGACTGACAAACTGTCTTTGGTTTATCGGTCACAGTTAACAAAACTTaa  <  1:1588563/65‑1 (MQ=255) cACGCGGAAAAACTCCTGACTGACAAACTGTCTTTGGTTTATCGGTCACAGTTAACAAAACTTaa  <  1:1566297/65‑1 (MQ=255) cACGCGGAAAAACTCCTGACTGACAAACTGTCTTTGGTTTATCGGTCACAGTTAACAAAACTTaa  <  1:1556534/65‑1 (MQ=255) cACGCGGAAAAACTCCTGACTGACAAACTGTCTTTGGTTTATCGGTCACAGTTAACAAAACTTaa  <  1:1533914/65‑1 (MQ=255) cACGCGGAAAAACTCCTGACTGACAAACTGTCTTTGGTTTATCGGTCACAGTTAACAAAACTTaa  <  1:1479733/65‑1 (MQ=255) cACGCGGAAAAACTCCTGACTGACAAACTGTCTTTGGTTTATCGGTCACAGTTAACAAAACTTaa  <  1:1345899/65‑1 (MQ=255) cACGCGGAAAAACTCCTGACTGACAAACTGTCTTTGGTTTATCGGTCACAGTTAACAAAACTTaa  <  1:1313486/65‑1 (MQ=255) cACGCGGAAAAACTCCTGACTGACAAACTGTCTTTGGTTTATCGGTCACAGTTAACAAAACTTaa  <  1:128956/65‑1 (MQ=255) cACGCGGAAAAACTCCTGACTGACAAACTGTCTTTGGTTTATCGGTCACAGTTAACAAAACTTaa  <  1:1159585/65‑1 (MQ=255) cACGCGGAAAAACTCCTGACTGACAAACTGTCTTTGGTTTATCGGTCACAGTTAACAAAACTTaa  <  1:1149131/65‑1 (MQ=255) |                                                                 CACGCGGAAAAACTCCTGACTGACAAACTGTCTTTGGTTTATCGGTCACAGTTAACAAAACTTAA  >  W3110S.gb/1246102‑1246166

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑