Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	1653840	1653849	10	11 [0]	[0] 29	intQ	predicted defective integrase

CTTGGATGGGAGGACATAGATCTGAAAAATGGAACAATGATG  >  W3110S.gb/1653850‑1653891 |                                          cTTGGATGGGAGGACATAGATCTGAAAAATGGAACAatgatg  >  1:311174/1‑42 (MQ=255) cTTGGATGGGAGGACATAGATCTGAAAAATGGAACAatgatg  >  1:879809/1‑42 (MQ=255) cTTGGATGGGAGGACATAGATCTGAAAAATGGAACAatgatg  >  1:828501/1‑42 (MQ=255) cTTGGATGGGAGGACATAGATCTGAAAAATGGAACAatgatg  >  1:821113/1‑42 (MQ=255) cTTGGATGGGAGGACATAGATCTGAAAAATGGAACAatgatg  >  1:78493/1‑42 (MQ=255) cTTGGATGGGAGGACATAGATCTGAAAAATGGAACAatgatg  >  1:776953/1‑42 (MQ=255) cTTGGATGGGAGGACATAGATCTGAAAAATGGAACAatgatg  >  1:739025/1‑42 (MQ=255) cTTGGATGGGAGGACATAGATCTGAAAAATGGAACAatgatg  >  1:666175/1‑42 (MQ=255) cTTGGATGGGAGGACATAGATCTGAAAAATGGAACAatgatg  >  1:657029/1‑42 (MQ=255) cTTGGATGGGAGGACATAGATCTGAAAAATGGAACAatgatg  >  1:567766/1‑42 (MQ=255) cTTGGATGGGAGGACATAGATCTGAAAAATGGAACAatgatg  >  1:466696/1‑42 (MQ=255) cTTGGATGGGAGGACATAGATCTGAAAAATGGAACAatgatg  >  1:386136/1‑42 (MQ=255) cTTGGATGGGAGGACATAGATCTGAAAAATGGAACAatgatg  >  1:369525/1‑42 (MQ=255) cTTGGATGGGAGGACATAGATCTGAAAAATGGAACAatgatg  >  1:353360/1‑42 (MQ=255) cTTGGATGGGAGGACATAGATCTGAAAAATGGAACAatgatg  >  1:351311/1‑42 (MQ=255) cTTGGATGGGAGGACATAGATCTGAAAAATGGAACAatgatg  >  1:1071480/1‑42 (MQ=255) cTTGGATGGGAGGACATAGATCTGAAAAATGGAACAatgatg  >  1:218719/1‑42 (MQ=255) cTTGGATGGGAGGACATAGATCTGAAAAATGGAACAatgatg  >  1:1842334/1‑42 (MQ=255) cTTGGATGGGAGGACATAGATCTGAAAAATGGAACAatgatg  >  1:1769003/1‑42 (MQ=255) cTTGGATGGGAGGACATAGATCTGAAAAATGGAACAatgatg  >  1:1733211/1‑42 (MQ=255) cTTGGATGGGAGGACATAGATCTGAAAAATGGAACAatgatg  >  1:1716473/1‑42 (MQ=255) cTTGGATGGGAGGACATAGATCTGAAAAATGGAACAatgatg  >  1:1664639/1‑42 (MQ=255) cTTGGATGGGAGGACATAGATCTGAAAAATGGAACAatgatg  >  1:153812/1‑42 (MQ=255) cTTGGATGGGAGGACATAGATCTGAAAAATGGAACAatgatg  >  1:1403464/1‑42 (MQ=255) cTTGGATGGGAGGACATAGATCTGAAAAATGGAACAatgatg  >  1:1272478/1‑42 (MQ=255) cTTGGATGGGAGGACATAGATCTGAAAAATGGAACAatgatg  >  1:1257943/1‑42 (MQ=255) cTTGGATGGGAGGACATAGATCTGAAAAATGGAACAatgatg  >  1:1184542/1‑42 (MQ=255) cTTGGATGGGAGGACATAGATCTGAAAAATGGAACAatgatg  >  1:115182/1‑42 (MQ=255) cTTGGATGGGAGGACATAGATCTGAAAAATGGAACAatgatg  >  1:109885/1‑42 (MQ=255) |                                          CTTGGATGGGAGGACATAGATCTGAAAAATGGAACAATGATG  >  W3110S.gb/1653850‑1653891

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑