Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	2017068	2017226	159	54 [0]	[0] 19	fliG	flagellar motor switching and energizing component

ATCAACGCCAACGATTATCTGCGCTCGGTATTGGTCAAAGCTCTGGGTGAAGAACGTGCCGCCAG  >  W3110S.gb/2017227‑2017291 |                                                                 atCAACGCCAACGATTATCTGCGCTCGGTATTGGTCAAAGCTCTGGGTGAAGAACg           >  1:567893/1‑56 (MQ=255) atCAACGCCAACGATTATCTGCGCTCGGTATTGGTCAAAGCTCTGGGTGAAGAACGTgcc       >  1:1784759/1‑60 (MQ=255) atCAACGCCAACGATTATCTGCGCTCGGTATTGGTCAAAGCTCTGGGTGAAGAACGTGCCGCCa   >  1:970933/1‑64 (MQ=255) atCAACGCCAACGATTATCTGCGCTCGGTATTGGTCAAAGCTCTGGGTGAAGAACGTGCCGCCa   >  1:1403911/1‑64 (MQ=255) atCAACGCCAACGATTATCTGCGCTCGGTATTGGTCAAAGCTCTGGGTGAAGAACGTGCCGCCa   >  1:642538/1‑64 (MQ=255) atCAACGCCAACGATTATCTGCGCTCGGTATTGGTCAAAGCTCTGGGTGAAGAACGTGCCGCCa   >  1:1117044/1‑64 (MQ=255) atCAACGCCAACGATTATCTGCGCTCGGTATTGGTCAAAGCTCTGGGTGAAGAACGTGCCGCCa   >  1:340251/1‑64 (MQ=255) atCAACGCCAACGATTATCTGCGCTCGGTATTGGTCAAAGCTCTGGGTGAAGAACGTGCCGCCAg  >  1:1811192/1‑65 (MQ=255) atCAACGCCAACGATTATCTGCGCTCGGTATTGGTCAAAGCTCTGGGTGAAGAACGTGCCGCCAg  >  1:95035/1‑65 (MQ=255) atCAACGCCAACGATTATCTGCGCTCGGTATTGGTCAAAGCTCTGGGTGAAGAACGTGCCGCCAg  >  1:706543/1‑65 (MQ=255) atCAACGCCAACGATTATCTGCGCTCGGTATTGGTCAAAGCTCTGGGTGAAGAACGTGCCGCCAg  >  1:535000/1‑65 (MQ=255) atCAACGCCAACGATTATCTGCGCTCGGTATTGGTCAAAGCTCTGGGTGAAGAACGTGCCGCCAg  >  1:498553/1‑65 (MQ=255) atCAACGCCAACGATTATCTGCGCTCGGTATTGGTCAAAGCTCTGGGTGAAGAACGTGCCGCCAg  >  1:23080/1‑65 (MQ=255) atCAACGCCAACGATTATCTGCGCTCGGTATTGGTCAAAGCTCTGGGTGAAGAACGTGCCGCCAg  >  1:168925/1‑65 (MQ=255) atCAACGCCAACGATTATCTGCGCTCGGTATTGGTCAAAGCTCTGGGTGAAGAACGTGCCGCCAg  >  1:1680546/1‑65 (MQ=255) atCAACGCCAACGATTATCTGCGCTCGGTATTGGTCAAAGCTCTGGGTGAAGAACGTGCCGCCAg  >  1:1645794/1‑65 (MQ=255) atCAACGCCAACGATTATCTGCGCTCGGTATTGGTCAAAGCTCTGGGTGAAGAACGTGCCGCCAg  >  1:1252358/1‑65 (MQ=255) atCAACGCCAACGATTATCTGCGCTCGGTATTGGTCAAAGCTCTGGGTGAAGAACGTGCCGCCAg  >  1:1176520/1‑65 (MQ=255) atCAACGCCAACGATTATCTGCGCTCGGTATTGGTCAAAGCTCTGGGTGAAGAACGTGCCGCCAg  >  1:1141409/1‑65 (MQ=255) |                                                                 ATCAACGCCAACGATTATCTGCGCTCGGTATTGGTCAAAGCTCTGGGTGAAGAACGTGCCGCCAG  >  W3110S.gb/2017227‑2017291

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑