Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	2075645	2075667	23	47 [0]	[0] 25	flu	antigen 43 (Ag43) phase‑variable biofilm formation autotransporter

ATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACAGGCTGCAGGCCGGTGCCTT  >  W3110S.gb/2075668‑2075732 |                                                                 aTTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCTGGGGAACAGGCTGCAGGCCGGTGCCtt  <  1:1075535/65‑1 (MQ=255) aTTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACAGGCTGCAGGCCTGTGCCtt  <  1:647942/65‑1 (MQ=255) aTTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACAGGCTGCAGGCCGGTGCCtt  <  1:1783879/65‑1 (MQ=255) aTTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACAGGCTGCAGGCCGGTGCCtt  <  1:785821/65‑1 (MQ=255) aTTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACAGGCTGCAGGCCGGTGCCtt  <  1:764249/65‑1 (MQ=255) aTTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACAGGCTGCAGGCCGGTGCCtt  <  1:75299/65‑1 (MQ=255) aTTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACAGGCTGCAGGCCGGTGCCtt  <  1:630529/65‑1 (MQ=255) aTTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACAGGCTGCAGGCCGGTGCCtt  <  1:493806/65‑1 (MQ=255) aTTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACAGGCTGCAGGCCGGTGCCtt  <  1:343952/65‑1 (MQ=255) aTTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACAGGCTGCAGGCCGGTGCCtt  <  1:298887/65‑1 (MQ=255) aTTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACAGGCTGCAGGCCGGTGCCtt  <  1:28687/65‑1 (MQ=255) aTTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACAGGCTGCAGGCCGGTGCCtt  <  1:263487/65‑1 (MQ=255) aTTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACAGGCTGCAGGCCGGTGCCtt  <  1:1837735/65‑1 (MQ=255) aTTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACAGGCTGCAGGCCGGTGCCtt  <  1:1834738/65‑1 (MQ=255) aTTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACAGGCTGCAGGCCGGTGCCtt  <  1:1754572/65‑1 (MQ=255) aTTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACAGGCTGCAGGCCGGTGCCtt  <  1:1594210/65‑1 (MQ=255) aTTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACAGGCTGCAGGCCGGTGCCtt  <  1:158666/65‑1 (MQ=255) aTTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACAGGCTGCAGGCCGGTGCCtt  <  1:1577963/65‑1 (MQ=255) aTTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACAGGCTGCAGGCCGGTGCCtt  <  1:149902/65‑1 (MQ=255) aTTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACAGGCTGCAGGCCGGTGCCtt  <  1:1373768/65‑1 (MQ=255) aTTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACAGGCTGCAGGCCGGTGCCtt  <  1:1364760/65‑1 (MQ=255) aTTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACAGGCTGCAGGCCGGTGCCtt  <  1:1360621/65‑1 (MQ=255) aTTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACAGGCTGCAGGCCGGTGCCtt  <  1:1317480/65‑1 (MQ=255) aTTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACAGGCTGCAGGCCGGTGCCtt  <  1:1173319/65‑1 (MQ=255) aTTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACAGGCTGCAGGCCGGTGCCtc  <  1:1118728/65‑2 (MQ=255) |                                                                 ATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACAGGCTGCAGGCCGGTGCCTT  >  W3110S.gb/2075668‑2075732

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑