Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	2108370	2108459	90	109 [0]	[0] 57	wbbH	O‑antigen polymerase

CATTTGTTGGCAAACCCACCCACACAAATTCTTTATGCAACGACATAGAGACTCCACCTGTTAAT  >  W3110S.gb/2108460‑2108524 |                                                                 cATTTGTTGGCAAACCCCCCCACACAAATTCTTTATGCAACGACATAGAGACTCCACCTGTTAAt  >  1:1078053/1‑65 (MQ=255) cATTTGTTGGCAAACCCACCCACACAAATTCTTTATGTAACGACATAGAGACTCCACCTGTTAAt  >  1:1252861/1‑65 (MQ=255) cATTTGTTGGCAAACCCACCCACACAAATTCTTTATGCAACGa                        >  1:905107/1‑43 (MQ=255) cATTTGTTGGCAAACCCACCCACACAAATTCTTTATGCAACGACATAGAGACTCCACCTGTTaa   >  1:187863/1‑64 (MQ=255) cATTTGTTGGCAAACCCACCCACACAAATTCTTTATGCAACGACATAGAGACTCCACCTGTTaa   >  1:394510/1‑64 (MQ=255) cATTTGTTGGCAAACCCACCCACACAAATTCTTTATGCAACGACATAGAGACTCCACCTGTTa    >  1:1830674/1‑63 (MQ=255) cATTTGTTGGCAAACCCACCCACACAAATTCTTTATGCAACGACATAGAGACTCCACCTGTTAAt  >  1:480767/1‑65 (MQ=255) cATTTGTTGGCAAACCCACCCACACAAATTCTTTATGCAACGACATAGAGACTCCACCTGTTAAt  >  1:21120/1‑65 (MQ=255) cATTTGTTGGCAAACCCACCCACACAAATTCTTTATGCAACGACATAGAGACTCCACCTGTTAAt  >  1:215042/1‑65 (MQ=255) cATTTGTTGGCAAACCCACCCACACAAATTCTTTATGCAACGACATAGAGACTCCACCTGTTAAt  >  1:257558/1‑65 (MQ=255) cATTTGTTGGCAAACCCACCCACACAAATTCTTTATGCAACGACATAGAGACTCCACCTGTTAAt  >  1:296122/1‑65 (MQ=255) cATTTGTTGGCAAACCCACCCACACAAATTCTTTATGCAACGACATAGAGACTCCACCTGTTAAt  >  1:328134/1‑65 (MQ=255) cATTTGTTGGCAAACCCACCCACACAAATTCTTTATGCAACGACATAGAGACTCCACCTGTTAAt  >  1:336283/1‑65 (MQ=255) cATTTGTTGGCAAACCCACCCACACAAATTCTTTATGCAACGACATAGAGACTCCACCTGTTAAt  >  1:37471/1‑65 (MQ=255) cATTTGTTGGCAAACCCACCCACACAAATTCTTTATGCAACGACATAGAGACTCCACCTGTTAAt  >  1:39522/1‑65 (MQ=255) cATTTGTTGGCAAACCCACCCACACAAATTCTTTATGCAACGACATAGAGACTCCACCTGTTAAt  >  1:400002/1‑65 (MQ=255) cATTTGTTGGCAAACCCACCCACACAAATTCTTTATGCAACGACATAGAGACTCCACCTGTTAAt  >  1:431227/1‑65 (MQ=255) cATTTGTTGGCAAACCCACCCACACAAATTCTTTATGCAACGACATAGAGACTCCACCTGTTAAt  >  1:46739/1‑65 (MQ=255) cATTTGTTGGCAAACCCACCCACACAAATTCTTTATGCAACGACATAGAGACTCCACCTGTTAAt  >  1:1017781/1‑65 (MQ=255) cATTTGTTGGCAAACCCACCCACACAAATTCTTTATGCAACGACATAGAGACTCCACCTGTTAAt  >  1:56706/1‑65 (MQ=255) cATTTGTTGGCAAACCCACCCACACAAATTCTTTATGCAACGACATAGAGACTCCACCTGTTAAt  >  1:600240/1‑65 (MQ=255) cATTTGTTGGCAAACCCACCCACACAAATTCTTTATGCAACGACATAGAGACTCCACCTGTTAAt  >  1:720010/1‑65 (MQ=255) cATTTGTTGGCAAACCCACCCACACAAATTCTTTATGCAACGACATAGAGACTCCACCTGTTAAt  >  1:761137/1‑65 (MQ=255) cATTTGTTGGCAAACCCACCCACACAAATTCTTTATGCAACGACATAGAGACTCCACCTGTTAAt  >  1:782226/1‑65 (MQ=255) cATTTGTTGGCAAACCCACCCACACAAATTCTTTATGCAACGACATAGAGACTCCACCTGTTAAt  >  1:806935/1‑65 (MQ=255) cATTTGTTGGCAAACCCACCCACACAAATTCTTTATGCAACGACATAGAGACTCCACCTGTTAAt  >  1:8241/1‑65 (MQ=255) cATTTGTTGGCAAACCCACCCACACAAATTCTTTATGCAACGACATAGAGACTCCACCTGTTAAt  >  1:853231/1‑65 (MQ=255) cATTTGTTGGCAAACCCACCCACACAAATTCTTTATGCAACGACATAGAGACTCCACCTGTTAAt  >  1:889401/1‑65 (MQ=255) cATTTGTTGGCAAACCCACCCACACAAATTCTTTATGCAACGACATAGAGACTCCACCTGTTAAt  >  1:932331/1‑65 (MQ=255) cATTTGTTGGCAAACCCACCCACACAAATTCTTTATGCAACGACATAGAGACTCCACCTGTTAAt  >  1:1645134/1‑65 (MQ=255) cATTTGTTGGCAAACCCACCCACACAAATTCTTTATGCAACGACATAGAGACTCCACCTGTTAAt  >  1:1005570/1‑65 (MQ=255) cATTTGTTGGCAAACCCACCCACACAAATTCTTTATGCAACGACATAGAGACTCCACCTGTTAAt  >  1:1046358/1‑65 (MQ=255) cATTTGTTGGCAAACCCACCCACACAAATTCTTTATGCAACGACATAGAGACTCCACCTGTTAAt  >  1:1058503/1‑65 (MQ=255) cATTTGTTGGCAAACCCACCCACACAAATTCTTTATGCAACGACATAGAGACTCCACCTGTTAAt  >  1:1064328/1‑65 (MQ=255) cATTTGTTGGCAAACCCACCCACACAAATTCTTTATGCAACGACATAGAGACTCCACCTGTTAAt  >  1:1105210/1‑65 (MQ=255) cATTTGTTGGCAAACCCACCCACACAAATTCTTTATGCAACGACATAGAGACTCCACCTGTTAAt  >  1:1148043/1‑65 (MQ=255) cATTTGTTGGCAAACCCACCCACACAAATTCTTTATGCAACGACATAGAGACTCCACCTGTTAAt  >  1:1148090/1‑65 (MQ=255) cATTTGTTGGCAAACCCACCCACACAAATTCTTTATGCAACGACATAGAGACTCCACCTGTTAAt  >  1:1167071/1‑65 (MQ=255) cATTTGTTGGCAAACCCACCCACACAAATTCTTTATGCAACGACATAGAGACTCCACCTGTTAAt  >  1:1198852/1‑65 (MQ=255) cATTTGTTGGCAAACCCACCCACACAAATTCTTTATGCAACGACATAGAGACTCCACCTGTTAAt  >  1:1200334/1‑65 (MQ=255) cATTTGTTGGCAAACCCACCCACACAAATTCTTTATGCAACGACATAGAGACTCCACCTGTTAAt  >  1:1287883/1‑65 (MQ=255) cATTTGTTGGCAAACCCACCCACACAAATTCTTTATGCAACGACATAGAGACTCCACCTGTTAAt  >  1:1333874/1‑65 (MQ=255) cATTTGTTGGCAAACCCACCCACACAAATTCTTTATGCAACGACATAGAGACTCCACCTGTTAAt  >  1:1347979/1‑65 (MQ=255) cATTTGTTGGCAAACCCACCCACACAAATTCTTTATGCAACGACATAGAGACTCCACCTGTTAAt  >  1:1355752/1‑65 (MQ=255) cATTTGTTGGCAAACCCACCCACACAAATTCTTTATGCAACGACATAGAGACTCCACCTGTTAAt  >  1:1363257/1‑65 (MQ=255) cATTTGTTGGCAAACCCACCCACACAAATTCTTTATGCAACGACATAGAGACTCCACCTGTTAAt  >  1:137404/1‑65 (MQ=255) cATTTGTTGGCAAACCCACCCACACAAATTCTTTATGCAACGACATAGAGACTCCACCTGTTAAt  >  1:1412415/1‑65 (MQ=255) cATTTGTTGGCAAACCCACCCACACAAATTCTTTATGCAACGACATAGAGACTCCACCTGTTAAt  >  1:143575/1‑65 (MQ=255) cATTTGTTGGCAAACCCACCCACACAAATTCTTTATGCAACGACATAGAGACTCCACCTGTTAAt  >  1:1499232/1‑65 (MQ=255) cATTTGTTGGCAAACCCACCCACACAAATTCTTTATGCAACGACATAGAGACTCCACCTGTTAAt  >  1:1521501/1‑65 (MQ=255) cATTTGTTGGCAAACCCACCCACACAAATTCTTTATGCAACGACATAGAGACTCCACCTGTTAAt  >  1:1523129/1‑65 (MQ=255) cATTTGTTGGCAAACCCACCCACACAAATTCTTTATGCAACGACATAGAGACTCCACCTGTTAAt  >  1:1531397/1‑65 (MQ=255) cATTTGTTGGCAAACCCACCCACACAAATTCTTTATGCAACGACATAGAGACTCCACCTGTTAAt  >  1:1536036/1‑65 (MQ=255) cATTTGTTGGCAAACCCACCCACACAAATTCTTTATGCAACGACATAGAGACTCCACCTGTTAAt  >  1:1565917/1‑65 (MQ=255) cATTTGTTGGCAAACCCACCCACACAAATTCTTTATGCAACGACATAGAGACTCCACCTGTTAAt  >  1:1783530/1‑65 (MQ=255) cATTTGTTGGCAAACCCACCCACACAAATTCTTTATGCAACGACATAGAGACTCCACCAGTTAAt  >  1:963639/1‑65 (MQ=255) cATTTGTTGGCAAAACCACCCACACAAATTCTTTATGCAACGACATAGAGACTCCACCTGTTaa   >  1:1115473/1‑64 (MQ=255) |                                                                 CATTTGTTGGCAAACCCACCCACACAAATTCTTTATGCAACGACATAGAGACTCCACCTGTTAAT  >  W3110S.gb/2108460‑2108524

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑