Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	2471923	2471942	20	354 [0]	[0] 49	argW/intS	tRNA‑Arg/predicted prophage CPS‑53 integrase

GACGGGTAAAAAGTGGATAAAATAATTTTACCCACCGGATTTTTACCCATGCTCACCGTTA  >  W3110S.gb/2471943‑2472003 |                                                             gACGGGTAAAAAGTGGATAAAATAATTTTACCCCCCGGATTTTTACCCATGCTCACCGTTa  >  1:383099/1‑61 (MQ=255) gACGGGTAAAAAGTGGATAAAATAATTTTACCCAcc                           >  1:752538/1‑36 (MQ=255) gACGGGTAAAAAGTGGATAAAATAATTTTACCCACCg                          >  1:498602/1‑37 (MQ=255) gACGGGTAAAAAGTGGATAAAATAATTTTACCCACCGGa                        >  1:1881980/1‑39 (MQ=255) gACGGGTAAAAAGTGGATAAAATAATTTTACCCACCGGATTTTTa                  >  1:1031075/1‑45 (MQ=255) gACGGGTAAAAAGTGGATAAAATAATTTTACCCACCGGATTTTTACTCATGCTCACCGTTa  >  1:892387/1‑61 (MQ=255) gACGGGTAAAAAGTGGATAAAATAATTTTACCCACCGGATTTTTACCCATGCTCa        >  1:579485/1‑55 (MQ=255) gACGGGTAAAAAGTGGATAAAATAATTTTACCCACCGGATTTTTACCCATGCTCACCGTTa  >  1:634045/1‑61 (MQ=255) gACGGGTAAAAAGTGGATAAAATAATTTTACCCACCGGATTTTTACCCATGCTCACCGTTa  >  1:414414/1‑61 (MQ=255) gACGGGTAAAAAGTGGATAAAATAATTTTACCCACCGGATTTTTACCCATGCTCACCGTTa  >  1:432139/1‑61 (MQ=255) gACGGGTAAAAAGTGGATAAAATAATTTTACCCACCGGATTTTTACCCATGCTCACCGTTa  >  1:49011/1‑61 (MQ=255) gACGGGTAAAAAGTGGATAAAATAATTTTACCCACCGGATTTTTACCCATGCTCACCGTTa  >  1:524121/1‑61 (MQ=255) gACGGGTAAAAAGTGGATAAAATAATTTTACCCACCGGATTTTTACCCATGCTCACCGTTa  >  1:593501/1‑61 (MQ=255) gACGGGTAAAAAGTGGATAAAATAATTTTACCCACCGGATTTTTACCCATGCTCACCGTTa  >  1:609751/1‑61 (MQ=255) gACGGGTAAAAAGTGGATAAAATAATTTTACCCACCGGATTTTTACCCATGCTCACCGTTa  >  1:611805/1‑61 (MQ=255) gACGGGTAAAAAGTGGATAAAATAATTTTACCCACCGGATTTTTACCCATGCTCACCGTTa  >  1:385784/1‑61 (MQ=255) gACGGGTAAAAAGTGGATAAAATAATTTTACCCACCGGATTTTTACCCATGCTCACCGTTa  >  1:654448/1‑61 (MQ=255) gACGGGTAAAAAGTGGATAAAATAATTTTACCCACCGGATTTTTACCCATGCTCACCGTTa  >  1:687621/1‑61 (MQ=255) gACGGGTAAAAAGTGGATAAAATAATTTTACCCACCGGATTTTTACCCATGCTCACCGTTa  >  1:736752/1‑61 (MQ=255) gACGGGTAAAAAGTGGATAAAATAATTTTACCCACCGGATTTTTACCCATGCTCACCGTTa  >  1:741982/1‑61 (MQ=255) gACGGGTAAAAAGTGGATAAAATAATTTTACCCACCGGATTTTTACCCATGCTCACCGTTa  >  1:768201/1‑61 (MQ=255) gACGGGTAAAAAGTGGATAAAATAATTTTACCCACCGGATTTTTACCCATGCTCACCGTTa  >  1:915669/1‑61 (MQ=255) gACGGGTAAAAAGTGGATAAAATAATTTTACCCACCGGATTTTTACCCATGCTCACCGTTa  >  1:938491/1‑61 (MQ=255) gACGGGTAAAAAGTGGATAAAATAATTTTACCCACCGGATTTTTACCCATGCTCACCGTTa  >  1:970529/1‑61 (MQ=255) gACGGGTAAAAAGTGGATAAAATAATTTTACCCACCGGATTTTTACCCATGCTCACCGTTa  >  1:98567/1‑61 (MQ=255) gACGGGTAAAAAGTGGATAAAATAATTTTACCCACCGGATTTTTACCCATGCTCACCGTTa  >  1:99530/1‑61 (MQ=255) gACGGGTAAAAAGTGGATAAAATAATTTTACCCACCGGATTTTTACCCATGCTCACCGTTa  >  1:154717/1‑61 (MQ=255) gACGGGTAAAAAGTGGATAAAATAATTTTACCCACCGGATTTTTACCCATGCTCACCGTTa  >  1:1084666/1‑61 (MQ=255) gACGGGTAAAAAGTGGATAAAATAATTTTACCCACCGGATTTTTACCCATGCTCACCGTTa  >  1:117709/1‑61 (MQ=255) gACGGGTAAAAAGTGGATAAAATAATTTTACCCACCGGATTTTTACCCATGCTCACCGTTa  >  1:1236178/1‑61 (MQ=255) gACGGGTAAAAAGTGGATAAAATAATTTTACCCACCGGATTTTTACCCATGCTCACCGTTa  >  1:1349482/1‑61 (MQ=255) gACGGGTAAAAAGTGGATAAAATAATTTTACCCACCGGATTTTTACCCATGCTCACCGTTa  >  1:1391326/1‑61 (MQ=255) gACGGGTAAAAAGTGGATAAAATAATTTTACCCACCGGATTTTTACCCATGCTCACCGTTa  >  1:1417480/1‑61 (MQ=255) gACGGGTAAAAAGTGGATAAAATAATTTTACCCACCGGATTTTTACCCATGCTCACCGTTa  >  1:1426624/1‑61 (MQ=255) gACGGGTAAAAAGTGGATAAAATAATTTTACCCACCGGATTTTTACCCATGCTCACCGTTa  >  1:1444017/1‑61 (MQ=255) gACGGGTAAAAAGTGGATAAAATAATTTTACCCACCGGATTTTTACCCATGCTCACCGTTa  >  1:1509201/1‑61 (MQ=255) gACGGGTAAAAAGTGGATAAAATAATTTTACCCACCGGATTTTTACCCATGCTCACCGTTa  >  1:394451/1‑61 (MQ=255) gACGGGTAAAAAGTGGATAAAATAATTTTACCCACCGGATTTTTACCCATGCTCACCGTTa  >  1:1636340/1‑61 (MQ=255) gACGGGTAAAAAGTGGATAAAATAATTTTACCCACCGGATTTTTACCCATGCTCACCGTTa  >  1:1637391/1‑61 (MQ=255) gACGGGTAAAAAGTGGATAAAATAATTTTACCCACCGGATTTTTACCCATGCTCACCGTTa  >  1:1639817/1‑61 (MQ=255) gACGGGTAAAAAGTGGATAAAATAATTTTACCCACCGGATTTTTACCCATGCTCACCGTTa  >  1:1659437/1‑61 (MQ=255) gACGGGTAAAAAGTGGATAAAATAATTTTACCCACCGGATTTTTACCCATGCTCACCGTTa  >  1:1671324/1‑61 (MQ=255) gACGGGTAAAAAGTGGATAAAATAATTTTACCCACCGGATTTTTACCCATGCTCACCGTTa  >  1:1688209/1‑61 (MQ=255) gACGGGTAAAAAGTGGATAAAATAATTTTACCCACCGGATTTTTACCCATGCTCACCGTTa  >  1:201387/1‑61 (MQ=255) gACGGGTAAAAAGTGGATAAAATAATTTTACCCACCGGATTTTTACCCATGCTCACCGTTa  >  1:310997/1‑61 (MQ=255) gACGGGTAAAAAGTGGATAAAATAATTTTACCCACCGGATTTTTACCCATGCTCACCGTTa  >  1:313660/1‑61 (MQ=255) gACGGGTAAAAAGTGGATAAAATAATTTTACCCACCGGATTTTTACCCATGCTCACCGTTa  >  1:367698/1‑61 (MQ=255) gACGGGTAAAAAGTGGATAAAATAATTTTACCCACCGGATTTTTACCCATGCTCACCGGTa  >  1:1222355/1‑61 (MQ=255) gACGGGTAAAAAGTGGATAAAATAATTTTACCCACCGGATTTTTACCCATGCTCAACGTTa  >  1:938552/1‑61 (MQ=255) |                                                             GACGGGTAAAAAGTGGATAAAATAATTTTACCCACCGGATTTTTACCCATGCTCACCGTTA  >  W3110S.gb/2471943‑2472003

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑