| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 1,331,994 | 0 | C | T | 56.8% | 37.3 / 158.3 | 118 | Q317* (CAG→TAG) | sohB | predicted inner membrane peptidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/51); new base T (0/67); total (0/118) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.85e-04 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 118 total aligned reads displayed.
CCTGATGGAAGGCCGTGAAGTGGTCAATGTACGCTATATGCAGCGTAAACGACTCATTGACCG > W3110S.gb/1331954‑1332016 | ccTGATGTAAGGCCGTGAAGTGGTCAATGTACGCTATATGCAGCGTAAACGACTCATTGACCg < 1:1465293/63‑1 (MQ=255)ccTGATGGAAGGCCGTGAAGTGGTCAATGTACGCTATATGTAGCGTAAACGACTCATTGACCg < 1:1487581/63‑1 (MQ=255)ccTGATGGAAGGCCGTGAAGTGGTCAATGTACGCTATATGTAGCGTAAACGACTCATTGACCg < 1:1365472/63‑1 (MQ=255)ccTGATGGAAGGCCGTGAAGTGGTCAATGTACGCTATATGTAGCGTAAACGACTCATTGACCg < 1:479223/63‑1 (MQ=255)ccTGATGGAAGGCCGTGAAGTGGTCAATGTACGCTATATGTAGCGTAAACGACTCATTGACCg < 1:886460/63‑1 (MQ=255)ccTGATGGAAGGCCGTGAAGTGGTCAATGTACGCTATATGTAGCGTAAACGACTCATTGACCg < 1:1399717/63‑1 (MQ=255)ccTGATGGAAGGCCGTGAAGTGGTCAATGTACGCTATATGTAGCGTAAACGACTCATTGACCg < 1:1419336/63‑1 (MQ=255)ccTGATGGAAGGCCGTGAAGTGGTCAATGTACGCTATATGTAGCGTAAACGACTCATTGACCg < 1:803281/63‑1 (MQ=255)ccTGATGGAAGGCCGTGAAGTGGTCAATGTACGCTATATGTAGCGTAAACGACTCATTGACCg < 1:171540/63‑1 (MQ=255)ccTGATGGAAGGCCGTGAAGTGGTCAATGTACGCTATATGTAGCGTAAACGACTCATTGACCg < 1:1484109/63‑1 (MQ=255)ccTGATGGAAGGCCGTGAAGTGGTCAATGTACGCTATATGTAGCGTAAACGACTCATTGACCg < 1:1708845/63‑1 (MQ=255)ccTGATGGAAGGCCGTGAAGTGGTCAATGTACGCTATATGTAGCGTAAACGACTCATTGACCg < 1:1318424/63‑1 (MQ=255)ccTGATGGAAGGCCGTGAAGTGGTCAATGTACGCTATATGTAGCGTAAACGACTCATTGACCg < 1:790506/63‑1 (MQ=255)ccTGATGGAAGGCCGTGAAGTGGTCAATGTACGCTATATGTAGCGTAAACGACTCATTGACCg < 1:65932/63‑1 (MQ=255)ccTGATGGAAGGCCGTGAAGTGGTCAATGTACGCTATATGTAGCGTAAACGACTCATTGACCg < 1:1538801/63‑1 (MQ=255)ccTGATGGAAGGCCGTGAAGTGGTCAATGTACGCTATATGTAGCGTAAACGACTCATTGACCg < 1:1540508/63‑1 (MQ=255)ccTGATGGAAGGCCGTGAAGTGGTCAATGTACGCTATATGTAGCGTAAACGACTCATTGACCg < 1:1543742/63‑1 (MQ=255)ccTGATGGAAGGCCGTGAAGTGGTCAATGTACGCTATATGTAGCGTAAACGACTCATTGACCg < 1:591837/63‑1 (MQ=255)ccTGATGGAAGGCCGTGAAGTGGTCAATGTACGCTATATGTAGCGTAAACGACTCATTGACCg < 1:1706179/63‑1 (MQ=255)ccTGATGGAAGGCCGTGAAGTGGTCAATGTACGCTATATGTAGCGTAAACGACTCATTGACCg < 1:1697076/63‑1 (MQ=255)ccTGATGGAAGGCCGTGAAGTGGTCAATGTACGCTATATGTAGCGTAAACGACTCATTGACCg < 1:1695784/63‑1 (MQ=255)ccTGATGGAAGGCCGTGAAGTGGTCAATGTACGCTATATGTAGCGTAAACGACTCATTGACCg < 1:1642499/63‑1 (MQ=255)ccTGATGGAAGGCCGTGAAGTGGTCAATGTACGCTATATGTAGCGTAAACGACTCATTGACCg < 1:1144699/63‑1 (MQ=255)ccTGATGGAAGGCCGTGAAGTGGTCAATGTACGCTATATGTAGCGTAAACGACTCATTGACCg < 1:210173/63‑1 (MQ=255)ccTGATGGAAGGCCGTGAAGTGGTCAATGTACGCTATATGTAGCGTAAACGACTCATTGACCg < 1:233721/63‑1 (MQ=255)ccTGATGGAAGGCCGTGAAGTGGTCAATGTACGCTATATGTAGCGTAAACGACTCATTGACCg < 1:1051270/63‑1 (MQ=255)ccTGATGGAAGGCCGTGAAGTGGTCAATGTACGCTATATGTAGCGTAAACGACTCATTGACCg < 1:1090190/63‑1 (MQ=255)ccTGATGGAAGGCCGTGAAGTGGTCAATGTACGCTATATGTAGCGTAAACGACTCATTGACCg < 1:254350/63‑1 (MQ=255)ccTGATGGAAGGCCGTGAAGTGGTCAATGTACGCTATATGTAGCGTAAACGACTCATTGACCg < 1:1100220/63‑1 (MQ=255)ccTGATGGAAGGCCGTGAAGTGGTCAATGTACGCTATATGTAGCGTAAACGACTCATTGACCg < 1:1843670/63‑1 (MQ=255)ccTGATGGAAGGCCGTGAAGTGGTCAATGTACGCTATATGTAGCGTAAACGACTCATTGACCg < 1:1135287/63‑1 (MQ=255)ccTGATGGAAGGCCGTGAAGTGGTCAATGTACGCTATATGTAGCGTAAACGACTCATTGACCg < 1:1138470/63‑1 (MQ=255)ccTGATGGAAGGCCGTGAAGTGGTCAATGTACGCTATATGTAGCGTAAACGACTCATTGACCg < 1:1160723/63‑1 (MQ=255)ccTGATGGAAGGCCGTGAAGTGGTCAATGTACGCTATATGTAGCGTAAACGACTCATTGACCg < 1:182447/63‑1 (MQ=255)ccTGATGGAAGGCCGTGAAGTGGTCAATGTACGCTATATGTAGCGTAAACGACTCATTGACCg < 1:178039/63‑1 (MQ=255)ccTGATGGAAGGCCGTGAAGTGGTCAATGTACGCTATATGTAGCGTAAACGACTCATTGACCg < 1:174887/63‑1 (MQ=255)ccTGATGGAAGGCCGTGAAGTGGTCAATGTACGCTATATGTAGCGTAAACGACTCATTGACCg < 1:402283/63‑1 (MQ=255)ccTGATGGAAGGCCGTGAAGTGGTCAATGTACGCTATATGTAGCGTAAACGACTCATTGACCg < 1:1254108/63‑1 (MQ=255)ccTGATGGAAGGCCGTGAAGTGGTCAATGTACGCTATATGCAGCGTAAACGACTCATTGACCg < 1:1484645/63‑1 (MQ=255)ccTGATGGAAGGCCGTGAAGTGGTCAATGTACGCTATATGCAGCGTAAACGACTCATTGACCg < 1:301027/63‑1 (MQ=255)ccTGATGGAAGGCCGTGAAGTGGTCAATGTACGCTATATGCAGCGTAAACGACTCATTGACCg < 1:292633/63‑1 (MQ=255)ccTGATGGAAGGCCGTGAAGTGGTCAATGTACGCTATATGCAGCGTAAACGACTCATTGACCg < 1:333689/63‑1 (MQ=255)ccTGATGGAAGGCCGTGAAGTGGTCAATGTACGCTATATGCAGCGTAAACGACTCATTGACCg < 1:420570/63‑1 (MQ=255)ccTGATGGAAGGCCGTGAAGTGGTCAATGTACGCTATATGCAGCGTAAACGACTCATTGACCg < 1:1725639/63‑1 (MQ=255)ccTGATGGAAGGCCGTGAAGTGGTCAATGTACGCTATATGCAGCGTAAACGACTCATTGACCg < 1:1205864/63‑1 (MQ=255)ccTGATGGAAGGCCGTGAAGTGGTCAATGTACGCTATATGCAGCGTAAACGACTCATTGACCg < 1:1027533/63‑1 (MQ=255)ccTGATGGAAGGCCGTGAAGTGGTCAATGTACGCTATATGCAGCGTAAACGACTCATTGACCg < 1:103503/63‑1 (MQ=255)ccTGATGGAAGGCCGTGAAGTGGTCAATGTACGCTATATGCAGCGTAAACGACTCATTGACCg < 1:1015533/63‑1 (MQ=255)ccTGATGGAAGGCCGTGAAGTGGTCAATGTACGCTATATGCAGCGTAAACGACTCATTGACCg < 1:1110127/63‑1 (MQ=255)ccTGATGGAAGGCCGTGAAGTGGTCAATGTACGCTATATGCAGCGTAAACGACTCATTGACCg < 1:1114005/63‑1 (MQ=255)ccTGATGGAAGGCCGTGAAGTGGTCAATGTACGCTATATGCAGCGTAAACGACTCATTGACCg < 1:117406/63‑1 (MQ=255)ccTGATGGAAGGCCGTGAAGTGGTCAATGTACGCTATATGCAGCGTAAACGACTCATTGACCg < 1:1177393/63‑1 (MQ=255)ccTGATGGAAGGCCGTGAAGTGGTCAATGTACGCTATATGCAGCGTAAACGACTCATTGACCg < 1:959610/63‑1 (MQ=255)ccTGATGGAAGGCCGTGAAGTGGTCAATGTACGCTATATGCAGCGTAAACGACTCATTGACCg < 1:1663465/63‑1 (MQ=255)ccTGATGGAAGGCCGTGAAGTGGTCAATGTACGCTATATGCAGCGTAAACGACTCATTGACCg < 1:1249413/63‑1 (MQ=255)ccTGATGGAAGGCCGTGAAGTGGTCAATGTACGCTATATGCAGCGTAAACGACTCATTGACCg < 1:1251580/63‑1 (MQ=255)ccTGATGGAAGGCCGTGAAGTGGTCAATGTACGCTATATGCAGCGTAAACGACTCATTGACCg < 1:900896/63‑1 (MQ=255)ccTGATGGAAGGCCGTGAAGTGGTCAATGTACGCTATATGCAGCGTAAACGACTCATTGACCg < 1:1388433/63‑1 (MQ=255)ccTGATGGAAGGCCGTGAAGTGGTCAATGTACGCTATATGCAGCGTAAACGACTCATTGACCg < 1:1464675/63‑1 (MQ=255)ccTGATGGAAGGCCGTGAAGTGGTCAATGTACGCTATATGCAGCGTAAACGACTCATTGACCg < 1:578564/63‑1 (MQ=255)ccTGATGGAAGGCCGTGAAGTGGTCAATGTACGCTATATGCAGCGTAAACGACTCATTGACCg < 1:532051/63‑1 (MQ=255)ccTGATGGAAGGCCGTGAAGTGGTCAATGTACGCTATATGCAGCGTAAACGACTCATTGACCg < 1:1634444/63‑1 (MQ=255)ccTGATGGAAGGCCGTGAAGTGGTCAATATACGCTATATGCAGCGTAAACGACTCATTGACCg < 1:945253/63‑1 (MQ=255)ccTGATGGAAGGCCGTGAAGTGGGCAATGTACGCTATATGTAGCGTAAACGACTCATTGACCg < 1:962216/63‑1 (MQ=255)ccTGATGGAAGGCCGTGAAGTGGGCAATGTACGCTATATGCAGCGTAAACGACTCATTGACCg < 1:748913/63‑1 (MQ=255)ccTGATGGAAGGCCGTGAAGGGGTCAATGTACGCTATATGTAGCGTAAACGACTCATTGACCg < 1:1583103/63‑1 (MQ=255)ccTGATGGAAGACCGTGAAGTGGTCAATGTACGCTATATGCAGCGTAAACGACTCATTGACCg < 1:495729/63‑1 (MQ=255) cTGATGGAAGGCCGTGAAGTGGTCAATGTACGCTATATGTAGCGTAAACGACTCATTGACCg < 1:1519738/62‑1 (MQ=255) cTGATGGAAGGCCGTGAAGTGGTCAATGTACGCTATATGTAGCGTAAACGACTCATTGACCg < 1:299323/62‑1 (MQ=255) cTGATGGAAGGCCGTGAAGTGGTCAATGTACGCTATATGTAGCGTAAACGACTCATTGACCg < 1:1827209/62‑1 (MQ=255) cTGATGGAAGGCCGTGAAGTGGTCAATGTACGCTATATGTAGCGTAAACGACTCATTGACCg < 1:488327/62‑1 (MQ=255) cTGATGGAAGGCCGTGAAGTGGTCAATGTACGCTATATGTAGCGTAAACGACTCATTGACCg < 1:698092/62‑1 (MQ=255) cTGATGGAAGGCCGTGAAGTGGTCAATGTACGCTATATGTAGCGTAAACGACTCATTGACCg < 1:1803106/62‑1 (MQ=255) cTGATGGAAGGCCGTGAAGTGGTCAATGTACGCTATATGTAGCGTAAACGACTCATTGACCg < 1:1435551/62‑1 (MQ=255) cTGATGGAAGGCCGTGAAGTGGTCAATGTACGCTATATGTAGCGTAAACGACTCATTGACCg < 1:1747614/62‑1 (MQ=255) cTGATGGAAGGCCGTGAAGTGGTCAATGTACGCTATATGTAGCGTAAACGACTCATTGACCg < 1:1737001/62‑1 (MQ=255) cTGATGGAAGGCCGTGAAGTGGTCAATGTACGCTATATGCAGCGTAAACGACTCATTGACCg < 1:1392590/62‑1 (MQ=255) cTGATGGAAGGCCGTGAAGTGGTCAATGTACGCTATATGCAGCGTAAACGACTCATTGACCg < 1:1588698/62‑1 (MQ=255) cTGATGGAAGGCCGTGAAGTGGTCAATGTACGCTATATGCAGCGTAAACGACTCATTGACCg < 1:44464/62‑1 (MQ=255) cTGATGGAAGGCCGTGAAGTGGTCAATGTACGCTATATGCAGCGTAAACGACTCATTGACCg < 1:897835/62‑1 (MQ=255) cTGATGGAAGGCCGTGAAGTGGTCAATGTACGCTATATGCAGCGTAAACGACTCATTGACCg < 1:1829825/62‑1 (MQ=255) cTGATGGAAGGCCGTGAAGTGGTCAATGTACGCTATATGCAGCGTAAACGACTCATTGACCg < 1:1301667/62‑1 (MQ=255) cTGATGGAAGGCCGTGAAGTGGTCAATGTACGCTATATGCAGCGTAAACGACTCATTGACCg < 1:1855006/62‑1 (MQ=255) tGATGGAAGGCCGTGAAGTGGTCAATGTACGCTATATGTAGCGTAAACGACTCATTGACCg < 1:360654/61‑1 (MQ=255) tGATGGAAGGCCGTGAAGTGGTCAATGTACGCTATATGTAGCGTAAACGACTCATTGACCg < 1:301433/61‑1 (MQ=255) tGATGGAAGGCCGTGAAGTGGTCAATGTACGCTATATGTAGCGTAAACGACTCATTGACCg < 1:217668/61‑1 (MQ=255) tGATGGAAGGCCGTGAAGTGGTCAATGTACGCTATATGCAGCGTAAACGACTCATTGACCg < 1:1094838/61‑1 (MQ=255) tGATGGAAGGCCGTGAAGTGGTCAATGTACGCTATATGCAGCGTAAACGACTCATTGACCg < 1:472818/61‑1 (MQ=255) tGGAAGGCCGTGAAGTGGTCAATGTACGCTATATGCAGCGTAAACGACTCATTGACCg < 1:373770/58‑1 (MQ=255) gAAGGCCGTGAAGTGGTCAATGTACGCTATATGTAGCGTAAACGACTCATTGACCg < 1:1195304/56‑1 (MQ=255) gAAGGCCGTGAAGTGGTCAATGTACGCTATATGTAGCGTAAACGACTCATTGACCg < 1:1193642/56‑1 (MQ=255) aGGCCGTGAAGTGGTCAATGTACGCTATATGTAGCGTAAACGACTCATTGACCg < 1:1519622/54‑1 (MQ=255) aGGCCGTGAAGTGGTCAATGAACGCTATATGTAGCGTAAACGACTCATTGACCg < 1:208245/54‑1 (MQ=255) gCCGTGAAGTGGGCAATGTACGCTATATGTAGCGTAAACGACTCATTGACCg < 1:1719681/52‑1 (MQ=255) gTGAAGTGGTCAATGTACGCTATATGTAGCGTAAACGACTCATTGACCg < 1:291308/49‑1 (MQ=255) aaGTGTTCAATGTACGCTATATGTAGCGTAAACGACTCATTGACCg < 1:579967/46‑1 (MQ=255) cAATGTACGCTATATGTAGCGTAAACGACTCATTGACCg < 1:468766/39‑1 (MQ=255) cAATGTACGCTATATGCAGCGTAAACGACTCATTGACCg < 1:1619711/39‑1 (MQ=255) aaTGTACGCTATATGCAGCGTAAACGACTCATTGACCg < 1:62527/38‑1 (MQ=255) aaTGTACGCTATATGCAGCGTAAACGACTCATTGACCg < 1:315379/38‑1 (MQ=255) | CCTGATGGAAGGCCGTGAAGTGGTCAATGTACGCTATATGCAGCGTAAACGACTCATTGACCG > W3110S.gb/1331954‑1332016 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |