Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	W3110S.gb	1,419,604	T→C	K40R (AAA→AGA)	ydaE ←	conserved hypothetical protein

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	W3110S.gb	1,419,604	0	T	C	100.0%	373.7 / NA	98	K40R (AAA→AGA)	ydaE	conserved hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  new base C (0/98);  total (0/98)

GGCACAAGCTTCACTGCAATATTTTCTCGGTTCGTCTTTTGATAAAATCCCGTGCATGAAGTGA  >  W3110S.gb/1419582‑1419645                       |                                          ggCTCAAGCTTCACTGCAATATCTTCTCGGTTCGTCTTTTGATAAAATCCCGTGCAtgaagtga  <  1:196700/64‑1 (MQ=255) ggCGCAAGCTTCACTGCAATATCTTCTCGGTTCGTCTTTTGATAAAATCCCGTGCAtgaagtga  <  1:1612751/64‑1 (MQ=255) ggCACAAGCTTCACTGCAATATCTTCTCGGTTCGTCTTTTGATAAAATCCCGTGCAtgaagtga  <  1:253357/64‑1 (MQ=255) ggCACAAGCTTCACTGCAATATCTTCTCGGTTCGTCTTTTGATAAAATCCCGTGCAtgaagtga  <  1:452850/64‑1 (MQ=255) ggCACAAGCTTCACTGCAATATCTTCTCGGTTCGTCTTTTGATAAAATCCCGTGCAtgaagtga  <  1:438302/64‑1 (MQ=255) ggCACAAGCTTCACTGCAATATCTTCTCGGTTCGTCTTTTGATAAAATCCCGTGCAtgaagtga  <  1:407220/64‑1 (MQ=255) ggCACAAGCTTCACTGCAATATCTTCTCGGTTCGTCTTTTGATAAAATCCCGTGCAtgaagtga  <  1:397511/64‑1 (MQ=255) ggCACAAGCTTCACTGCAATATCTTCTCGGTTCGTCTTTTGATAAAATCCCGTGCAtgaagtga  <  1:345920/64‑1 (MQ=255) ggCACAAGCTTCACTGCAATATCTTCTCGGTTCGTCTTTTGATAAAATCCCGTGCAtgaagtga  <  1:334076/64‑1 (MQ=255) ggCACAAGCTTCACTGCAATATCTTCTCGGTTCGTCTTTTGATAAAATCCCGTGCAtgaagtga  <  1:312401/64‑1 (MQ=255) ggCACAAGCTTCACTGCAATATCTTCTCGGTTCGTCTTTTGATAAAATCCCGTGCAtgaagtga  <  1:300080/64‑1 (MQ=255) ggCACAAGCTTCACTGCAATATCTTCTCGGTTCGTCTTTTGATAAAATCCCGTGCAtgaagtga  <  1:283415/64‑1 (MQ=255) ggCACAAGCTTCACTGCAATATCTTCTCGGTTCGTCTTTTGATAAAATCCCGTGCAtgaagtga  <  1:278740/64‑1 (MQ=255) ggCACAAGCTTCACTGCAATATCTTCTCGGTTCGTCTTTTGATAAAATCCCGTGCAtgaagtga  <  1:489155/64‑1 (MQ=255) ggCACAAGCTTCACTGCAATATCTTCTCGGTTCGTCTTTTGATAAAATCCCGTGCAtgaagtga  <  1:245443/64‑1 (MQ=255) ggCACAAGCTTCACTGCAATATCTTCTCGGTTCGTCTTTTGATAAAATCCCGTGCAtgaagtga  <  1:228496/64‑1 (MQ=255) ggCACAAGCTTCACTGCAATATCTTCTCGGTTCGTCTTTTGATAAAATCCCGTGCAtgaagtga  <  1:226318/64‑1 (MQ=255) ggCACAAGCTTCACTGCAATATCTTCTCGGTTCGTCTTTTGATAAAATCCCGTGCAtgaagtga  <  1:210337/64‑1 (MQ=255) ggCACAAGCTTCACTGCAATATCTTCTCGGTTCGTCTTTTGATAAAATCCCGTGCAtgaagtga  <  1:209998/64‑1 (MQ=255) ggCACAAGCTTCACTGCAATATCTTCTCGGTTCGTCTTTTGATAAAATCCCGTGCAtgaagtga  <  1:20982/64‑1 (MQ=255) ggCACAAGCTTCACTGCAATATCTTCTCGGTTCGTCTTTTGATAAAATCCCGTGCAtgaagtga  <  1:1845562/64‑1 (MQ=255) ggCACAAGCTTCACTGCAATATCTTCTCGGTTCGTCTTTTGATAAAATCCCGTGCAtgaagtga  <  1:1834522/64‑1 (MQ=255) ggCACAAGCTTCACTGCAATATCTTCTCGGTTCGTCTTTTGATAAAATCCCGTGCAtgaagtga  <  1:1821551/64‑1 (MQ=255) ggCACAAGCTTCACTGCAATATCTTCTCGGTTCGTCTTTTGATAAAATCCCGTGCAtgaagtga  <  1:1806131/64‑1 (MQ=255) ggCACAAGCTTCACTGCAATATCTTCTCGGTTCGTCTTTTGATAAAATCCCGTGCAtgaagtga  <  1:740988/64‑1 (MQ=255) ggCACAAGCTTCACTGCAATATCTTCTCGGTTCGTCTTTTGATAAAATCCCGTGCAtgaagtga  <  1:998469/64‑1 (MQ=255) ggCACAAGCTTCACTGCAATATCTTCTCGGTTCGTCTTTTGATAAAATCCCGTGCAtgaagtga  <  1:968735/64‑1 (MQ=255) ggCACAAGCTTCACTGCAATATCTTCTCGGTTCGTCTTTTGATAAAATCCCGTGCAtgaagtga  <  1:96492/64‑1 (MQ=255) ggCACAAGCTTCACTGCAATATCTTCTCGGTTCGTCTTTTGATAAAATCCCGTGCAtgaagtga  <  1:960460/64‑1 (MQ=255) ggCACAAGCTTCACTGCAATATCTTCTCGGTTCGTCTTTTGATAAAATCCCGTGCAtgaagtga  <  1:936354/64‑1 (MQ=255) ggCACAAGCTTCACTGCAATATCTTCTCGGTTCGTCTTTTGATAAAATCCCGTGCAtgaagtga  <  1:926914/64‑1 (MQ=255) ggCACAAGCTTCACTGCAATATCTTCTCGGTTCGTCTTTTGATAAAATCCCGTGCAtgaagtga  <  1:876655/64‑1 (MQ=255) ggCACAAGCTTCACTGCAATATCTTCTCGGTTCGTCTTTTGATAAAATCCCGTGCAtgaagtga  <  1:828384/64‑1 (MQ=255) ggCACAAGCTTCACTGCAATATCTTCTCGGTTCGTCTTTTGATAAAATCCCGTGCAtgaagtga  <  1:78746/64‑1 (MQ=255) ggCACAAGCTTCACTGCAATATCTTCTCGGTTCGTCTTTTGATAAAATCCCGTGCAtgaagtga  <  1:778546/64‑1 (MQ=255) ggCACAAGCTTCACTGCAATATCTTCTCGGTTCGTCTTTTGATAAAATCCCGTGCAtgaagtga  <  1:754755/64‑1 (MQ=255) ggCACAAGCTTCACTGCAATATCTTCTCGGTTCGTCTTTTGATAAAATCCCGTGCAtgaagtga  <  1:1819711/64‑1 (MQ=255) ggCACAAGCTTCACTGCAATATCTTCTCGGTTCGTCTTTTGATAAAATCCCGTGCAtgaagtga  <  1:717577/64‑1 (MQ=255) ggCACAAGCTTCACTGCAATATCTTCTCGGTTCGTCTTTTGATAAAATCCCGTGCAtgaagtga  <  1:708710/64‑1 (MQ=255) ggCACAAGCTTCACTGCAATATCTTCTCGGTTCGTCTTTTGATAAAATCCCGTGCAtgaagtga  <  1:697123/64‑1 (MQ=255) ggCACAAGCTTCACTGCAATATCTTCTCGGTTCGTCTTTTGATAAAATCCCGTGCAtgaagtga  <  1:615197/64‑1 (MQ=255) ggCACAAGCTTCACTGCAATATCTTCTCGGTTCGTCTTTTGATAAAATCCCGTGCAtgaagtga  <  1:576896/64‑1 (MQ=255) ggCACAAGCTTCACTGCAATATCTTCTCGGTTCGTCTTTTGATAAAATCCCGTGCAtgaagtga  <  1:571426/64‑1 (MQ=255) ggCACAAGCTTCACTGCAATATCTTCTCGGTTCGTCTTTTGATAAAATCCCGTGCAtgaagtga  <  1:559175/64‑1 (MQ=255) ggCACAAGCTTCACTGCAATATCTTCTCGGTTCGTCTTTTGATAAAATCCCGTGCAtgaagtga  <  1:542635/64‑1 (MQ=255) ggCACAAGCTTCACTGCAATATCTTCTCGGTTCGTCTTTTGATAAAATCCCGTGCAtgaagtga  <  1:528818/64‑1 (MQ=255) ggCACAAGCTTCACTGCAATATCTTCTCGGTTCGTCTTTTGATAAAATCCCGTGCAtgaagtga  <  1:507138/64‑1 (MQ=255) ggCACAAGCTTCACTGCAATATCTTCTCGGTTCGTCTTTTGATAAAATCCCGTGCAtgaagtga  <  1:130319/64‑1 (MQ=255) ggCACAAGCTTCACTGCAATATCTTCTCGGTTCGTCTTTTGATAAAATCCCGTGCAtgaagtga  <  1:1443068/64‑1 (MQ=255) ggCACAAGCTTCACTGCAATATCTTCTCGGTTCGTCTTTTGATAAAATCCCGTGCAtgaagtga  <  1:1427278/64‑1 (MQ=255) ggCACAAGCTTCACTGCAATATCTTCTCGGTTCGTCTTTTGATAAAATCCCGTGCAtgaagtga  <  1:1804372/64‑1 (MQ=255) ggCACAAGCTTCACTGCAATATCTTCTCGGTTCGTCTTTTGATAAAATCCCGTGCAtgaagtga  <  1:141393/64‑1 (MQ=255) ggCACAAGCTTCACTGCAATATCTTCTCGGTTCGTCTTTTGATAAAATCCCGTGCAtgaagtga  <  1:1366177/64‑1 (MQ=255) ggCACAAGCTTCACTGCAATATCTTCTCGGTTCGTCTTTTGATAAAATCCCGTGCAtgaagtga  <  1:1360537/64‑1 (MQ=255) ggCACAAGCTTCACTGCAATATCTTCTCGGTTCGTCTTTTGATAAAATCCCGTGCAtgaagtga  <  1:1360199/64‑1 (MQ=255) ggCACAAGCTTCACTGCAATATCTTCTCGGTTCGTCTTTTGATAAAATCCCGTGCAtgaagtga  <  1:1349155/64‑1 (MQ=255) ggCACAAGCTTCACTGCAATATCTTCTCGGTTCGTCTTTTGATAAAATCCCGTGCAtgaagtga  <  1:1339186/64‑1 (MQ=255) ggCACAAGCTTCACTGCAATATCTTCTCGGTTCGTCTTTTGATAAAATCCCGTGCAtgaagtga  <  1:1306195/64‑1 (MQ=255) ggCACAAGCTTCACTGCAATATCTTCTCGGTTCGTCTTTTGATAAAATCCCGTGCAtgaagtga  <  1:1425996/64‑1 (MQ=255) ggCACAAGCTTCACTGCAATATCTTCTCGGTTCGTCTTTTGATAAAATCCCGTGCAtgaagtga  <  1:1277475/64‑1 (MQ=255) ggCACAAGCTTCACTGCAATATCTTCTCGGTTCGTCTTTTGATAAAATCCCGTGCAtgaagtga  <  1:1252532/64‑1 (MQ=255) ggCACAAGCTTCACTGCAATATCTTCTCGGTTCGTCTTTTGATAAAATCCCGTGCAtgaagtga  <  1:1228548/64‑1 (MQ=255) ggCACAAGCTTCACTGCAATATCTTCTCGGTTCGTCTTTTGATAAAATCCCGTGCAtgaagtga  <  1:1203690/64‑1 (MQ=255) ggCACAAGCTTCACTGCAATATCTTCTCGGTTCGTCTTTTGATAAAATCCCGTGCAtgaagtga  <  1:119353/64‑1 (MQ=255) ggCACAAGCTTCACTGCAATATCTTCTCGGTTCGTCTTTTGATAAAATCCCGTGCAtgaagtga  <  1:116054/64‑1 (MQ=255) ggCACAAGCTTCACTGCAATATCTTCTCGGTTCGTCTTTTGATAAAATCCCGTGCAtgaagtga  <  1:1152930/64‑1 (MQ=255) ggCACAAGCTTCACTGCAATATCTTCTCGGTTCGTCTTTTGATAAAATCCCGTGCAtgaagtga  <  1:1134709/64‑1 (MQ=255) ggCACAAGCTTCACTGCAATATCTTCTCGGTTCGTCTTTTGATAAAATCCCGTGCAtgaagtga  <  1:1056371/64‑1 (MQ=255) ggCACAAGCTTCACTGCAATATCTTCTCGGTTCGTCTTTTGATAAAATCCCGTGCAtgaagtga  <  1:1037664/64‑1 (MQ=255) ggCACAAGCTTCACTGCAATATCTTCTCGGTTCGTCTTTTGATAAAATCCCGTGCAtgaagtga  <  1:1659918/64‑1 (MQ=255) ggCACAAGCTTCACTGCAATATCTTCTCGGTTCGTCTTTTGATAAAATCCCGTGCAtgaagtga  <  1:1792703/64‑1 (MQ=255) ggCACAAGCTTCACTGCAATATCTTCTCGGTTCGTCTTTTGATAAAATCCCGTGCAtgaagtga  <  1:1779122/64‑1 (MQ=255) ggCACAAGCTTCACTGCAATATCTTCTCGGTTCGTCTTTTGATAAAATCCCGTGCAtgaagtga  <  1:1731068/64‑1 (MQ=255) ggCACAAGCTTCACTGCAATATCTTCTCGGTTCGTCTTTTGATAAAATCCCGTGCAtgaagtga  <  1:1730819/64‑1 (MQ=255) ggCACAAGCTTCACTGCAATATCTTCTCGGTTCGTCTTTTGATAAAATCCCGTGCAtgaagtga  <  1:171522/64‑1 (MQ=255) ggCACAAGCTTCACTGCAATATCTTCTCGGTTCGTCTTTTGATAAAATCCCGTGCAtgaagtga  <  1:1690266/64‑1 (MQ=255) ggCACAAGCTTCACTGCAATATCTTCTCGGTTCGTCTTTTGATAAAATCCCGTGCAtgaagtga  <  1:1684114/64‑1 (MQ=255) ggCACAAGCTTCACTGCAATATCTTCTCGGTTCGTCTTTTGATAAAATCCCGTGCAtgaagtga  <  1:1457928/64‑1 (MQ=255) ggCACAAGCTTCACTGCAATATCTTCTCGGTTCGTCTTTTGATAAAATCCCGTGCAtgaagtga  <  1:1648357/64‑1 (MQ=255) ggCACAAGCTTCACTGCAATATCTTCTCGGTTCGTCTTTTGATAAAATCCCGTGCAtgaagtga  <  1:1637573/64‑1 (MQ=255) ggCACAAGCTTCACTGCAATATCTTCTCGGTTCGTCTTTTGATAAAATCCCGTGCAtgaagtga  <  1:1628233/64‑1 (MQ=255) ggCACAAGCTTCACTGCAATATCTTCTCGGTTCGTCTTTTGATAAAATCCCGTGCAtgaagtga  <  1:1608098/64‑1 (MQ=255) ggCACAAGCTTCACTGCAATATCTTCTCGGTTCGTCTTTTGATAAAATCCCGTGCAtgaagtga  <  1:1466751/64‑1 (MQ=255) ggCACAAGCTTCACTGCAATATCTTCTCGGTTCGTCTTTTGATAAAATCCCGTGCAtgaagtga  <  1:1552696/64‑1 (MQ=255) ggCACAAGCTTCACTGCAATATCTTCTCGGTTCGTCTTTTGATAAAATCCCGTGCAtgaagtga  <  1:1496250/64‑1 (MQ=255) ggCACAAGCTGCACTGCAATATCTTCTCGGTTCGTCTTTTGATAAAATCCCGTGCAtgaagtga  <  1:1104475/64‑1 (MQ=255)  gCACACGCTTCACTGCAATATCTTCTCGGTTCGTCTTTTGATAAAATCCCGTGCAtgaagtga  <  1:1410721/63‑1 (MQ=255)  gCACAAGCTTCACTGCAATATCTTCTCGGTTCGTCTTTTGATAAAATCCCGTGCAtgaagtga  <  1:143912/63‑1 (MQ=255)  gCACAAGCTTCACTGCAATATCTTCTCGGTTCGTCTTTTGATAAAATCCCGTGCAtgaagtga  <  1:1756811/63‑1 (MQ=255)  gCACAAGCTTCACTGCAATATCTTCTCGGTTCGTCTTTTGATAAAATCCCGTGCAtgaagtga  <  1:1499247/63‑1 (MQ=255)  gCACAAGCTTCACTGCAATATCTTCTCGGTTCGTCTTTTGATAAAATCCCGTGCAtgaagtga  <  1:1227856/63‑1 (MQ=255)  gCACAAGCTTCACTGCAATATCTTCTCGGTTCGTCTTTTGATAAAATCCCGTGCAtgaagtga  <  1:1257343/63‑1 (MQ=255)  gCACAAGCTTCACTGCAATATCTTCTCGGTTCGTCTTTTGATAAAATCCCGTGCAtgaagtga  <  1:714142/63‑1 (MQ=255)  gCACAAGCTTCACTGCAATATCTTCTCGGTTCGTCTTTTGATAAAATCCCGTGCAtgaagtga  <  1:704479/63‑1 (MQ=255)  gCACAAGCTTCACTGCAATATCTTCTCGGTTCGTCTTTTGATAAAATCCCGTGCAtgaagtga  <  1:1327032/63‑1 (MQ=255)   cacaAGCTTCACTGCAATATCTTCTCGGTTCGTCTTTTGATAAAATCCCGTGCAtgaagtga  <  1:1865559/62‑1 (MQ=255)   cacaAGCTTCACTGCAATATCTTCTCGGTTCGTCTTTTGATAAAATCCCGTGCAtgaagtga  <  1:285188/62‑1 (MQ=255)   cacaAGCTTCACTGCAATATCTTCTCGGTTCGTCTTTTGATAAAATCCCGTGCAtgaagtga  <  1:1013477/62‑1 (MQ=255)                       |                                          GGCACAAGCTTCACTGCAATATTTTCTCGGTTCGTCTTTTGATAAAATCCCGTGCATGAAGTGA  >  W3110S.gb/1419582‑1419645

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑