| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 4,435,908 | T→C | L455L (TTG→CTG) | cycA → | D‑alanine/D‑serine/glycine transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 4,435,908 | 0 | T | C | 98.4% | 443.3 / ‑3.1 | 121 | L455L (TTG→CTG) | cycA | D‑alanine/D‑serine/glycine transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/0); new base C (119/0); total (121/0) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 123 total aligned reads displayed.
GGCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGTTGGGCTGGCTGTTTATTGGTAAGAAGCGG > W3110S.gb/4435868‑4435937 | ggagctgctGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaaga > 1:240214/4‑65 (MQ=255)ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGgctgggctgg > 1:1311170/1‑49 (MQ=255)ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGggctggc > 1:282877/1‑50 (MQ=255)ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGt > 1:638364/1‑53 (MQ=255)ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTg > 1:626512/1‑59 (MQ=255)ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaaga > 1:364925/1‑65 (MQ=255)ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaaga > 1:609786/1‑65 (MQ=255)ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaaga > 1:505627/1‑65 (MQ=255)ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaaga > 1:495244/1‑65 (MQ=255)ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaaga > 1:47759/1‑65 (MQ=255)ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaaga > 1:476957/1‑65 (MQ=255)ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaaga > 1:476281/1‑65 (MQ=255)ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaaga > 1:462474/1‑65 (MQ=255)ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaaga > 1:430018/1‑65 (MQ=255)ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaaga > 1:41557/1‑65 (MQ=255)ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaaga > 1:414291/1‑65 (MQ=255)ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaaga > 1:628445/1‑65 (MQ=255)ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaaga > 1:355808/1‑65 (MQ=255)ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaaga > 1:347888/1‑65 (MQ=255)ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaaga > 1:23592/1‑65 (MQ=255)ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaaga > 1:205201/1‑65 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(MQ=255)ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaaga > 1:185771/1‑65 (MQ=255)ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaaga > 1:1576307/1‑65 (MQ=255)ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaaga > 1:1505017/1‑65 (MQ=255)ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaag > 1:96682/1‑64 (MQ=255)ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaag > 1:1335589/1‑64 (MQ=255)ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaag > 1:446125/1‑64 (MQ=255)ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaag > 1:1602064/1‑64 (MQ=255)ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaag > 1:150281/1‑64 (MQ=255)ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaa > 1:1762277/1‑63 (MQ=255)ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTa > 1:429748/1‑62 (MQ=255)ggCGCTGCTGGTTACACCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGgctgggctgg > 1:96524/1‑49 (MQ=38) tgctgGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGTTGGGCTGGCTGTTTATTGGTAAGAAGCgg > 1:710907/1‑65 (MQ=255) tgctgGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGTTGGGCTGGCTGTTTATTGGTAAGAAGCgg > 1:1468472/1‑65 (MQ=255) | GGCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGTTGGGCTGGCTGTTTATTGGTAAGAAGCGG > W3110S.gb/4435868‑4435937 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |