Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 4,435,908 T→C L455L (TTG→CTG)  cycA → D‑alanine/D‑serine/glycine transporter

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb4,435,9080TC98.4% 443.3 / ‑3.1 121L455L (TTG→CTG) cycAD‑alanine/D‑serine/glycine transporter
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (2/0);  new base C (119/0);  total (121/0)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

Only 100 of 123 total aligned reads displayed.

GGCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGTTGGGCTGGCTGTTTATTGGTAAGAAGCGG  >  W3110S.gb/4435868‑4435937
                                        |                             
ggagctgctGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaaga       >  1:240214/4‑65 (MQ=255)
ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGgctgggctgg                       >  1:1311170/1‑49 (MQ=255)
ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGggctggc                      >  1:282877/1‑50 (MQ=255)
ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGt                   >  1:638364/1‑53 (MQ=255)
ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTg             >  1:626512/1‑59 (MQ=255)
ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaaga       >  1:364925/1‑65 (MQ=255)
ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaaga       >  1:609786/1‑65 (MQ=255)
ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaaga       >  1:505627/1‑65 (MQ=255)
ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaaga       >  1:495244/1‑65 (MQ=255)
ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaaga       >  1:47759/1‑65 (MQ=255)
ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaaga       >  1:476957/1‑65 (MQ=255)
ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaaga       >  1:476281/1‑65 (MQ=255)
ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaaga       >  1:462474/1‑65 (MQ=255)
ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaaga       >  1:430018/1‑65 (MQ=255)
ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaaga       >  1:41557/1‑65 (MQ=255)
ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaaga       >  1:414291/1‑65 (MQ=255)
ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaaga       >  1:628445/1‑65 (MQ=255)
ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaaga       >  1:355808/1‑65 (MQ=255)
ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaaga       >  1:347888/1‑65 (MQ=255)
ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaaga       >  1:23592/1‑65 (MQ=255)
ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaaga       >  1:205201/1‑65 (MQ=255)
ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaaga       >  1:202942/1‑65 (MQ=255)
ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaaga       >  1:187579/1‑65 (MQ=255)
ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaaga       >  1:1870268/1‑65 (MQ=255)
ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaaga       >  1:1870152/1‑65 (MQ=255)
ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaaga       >  1:1864809/1‑65 (MQ=255)
ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaaga       >  1:74422/1‑65 (MQ=255)
ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaaga       >  1:935078/1‑65 (MQ=255)
ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaaga       >  1:934331/1‑65 (MQ=255)
ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaaga       >  1:829702/1‑65 (MQ=255)
ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaaga       >  1:829211/1‑65 (MQ=255)
ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaaga       >  1:826256/1‑65 (MQ=255)
ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaaga       >  1:814289/1‑65 (MQ=255)
ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaaga       >  1:780121/1‑65 (MQ=255)
ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaaga       >  1:771956/1‑65 (MQ=255)
ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaaga       >  1:770158/1‑65 (MQ=255)
ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaaga       >  1:755765/1‑65 (MQ=255)
ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaaga       >  1:1038862/1‑65 (MQ=255)
ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaaga       >  1:734739/1‑65 (MQ=255)
ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaaga       >  1:731496/1‑65 (MQ=255)
ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaaga       >  1:724190/1‑65 (MQ=255)
ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaaga       >  1:691114/1‑65 (MQ=255)
ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaaga       >  1:688270/1‑65 (MQ=255)
ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaaga       >  1:676107/1‑65 (MQ=255)
ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaaga       >  1:672639/1‑65 (MQ=255)
ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaaga       >  1:647000/1‑65 (MQ=255)
ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaaga       >  1:64671/1‑65 (MQ=255)
ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaaga       >  1:636468/1‑65 (MQ=255)
ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaaga       >  1:1305369/1‑65 (MQ=255)
ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaaga       >  1:1496604/1‑65 (MQ=255)
ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaaga       >  1:1494939/1‑65 (MQ=255)
ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaaga       >  1:1471228/1‑65 (MQ=255)
ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaaga       >  1:1462759/1‑65 (MQ=255)
ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaaga       >  1:1400491/1‑65 (MQ=255)
ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaaga       >  1:139684/1‑65 (MQ=255)
ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaaga       >  1:1392078/1‑65 (MQ=255)
ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaaga       >  1:1383963/1‑65 (MQ=255)
ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaaga       >  1:1346491/1‑65 (MQ=255)
ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaaga       >  1:131990/1‑65 (MQ=255)
ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaaga       >  1:1317965/1‑65 (MQ=255)
ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaaga       >  1:1822740/1‑65 (MQ=255)
ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaaga       >  1:1303258/1‑65 (MQ=255)
ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaaga       >  1:1242905/1‑65 (MQ=255)
ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaaga       >  1:1221988/1‑65 (MQ=255)
ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaaga       >  1:1191507/1‑65 (MQ=255)
ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaaga       >  1:112461/1‑65 (MQ=255)
ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaaga       >  1:1116930/1‑65 (MQ=255)
ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaaga       >  1:1089055/1‑65 (MQ=255)
ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaaga       >  1:1073692/1‑65 (MQ=255)
ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaaga       >  1:1056843/1‑65 (MQ=255)
ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaaga       >  1:1007622/1‑65 (MQ=255)
ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaaga       >  1:1778775/1‑65 (MQ=255)
ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaaga       >  1:1732505/1‑65 (MQ=255)
ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaaga       >  1:1696347/1‑65 (MQ=255)
ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaaga       >  1:1695230/1‑65 (MQ=255)
ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaaga       >  1:1695129/1‑65 (MQ=255)
ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaaga       >  1:1680635/1‑65 (MQ=255)
ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaaga       >  1:1675390/1‑65 (MQ=255)
ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaaga       >  1:1734069/1‑65 (MQ=255)
ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaaga       >  1:1736258/1‑65 (MQ=255)
ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaaga       >  1:1658467/1‑65 (MQ=255)
ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaaga       >  1:1656103/1‑65 (MQ=255)
ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaaga       >  1:1783108/1‑65 (MQ=255)
ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaaga       >  1:1647353/1‑65 (MQ=255)
ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaaga       >  1:1640066/1‑65 (MQ=255)
ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaaga       >  1:1819039/1‑65 (MQ=255)
ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaaga       >  1:1614263/1‑65 (MQ=255)
ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaaga       >  1:185771/1‑65 (MQ=255)
ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaaga       >  1:1576307/1‑65 (MQ=255)
ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaaga       >  1:1505017/1‑65 (MQ=255)
ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaag        >  1:96682/1‑64 (MQ=255)
ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaag        >  1:1335589/1‑64 (MQ=255)
ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaag        >  1:446125/1‑64 (MQ=255)
ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaag        >  1:1602064/1‑64 (MQ=255)
ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaag        >  1:150281/1‑64 (MQ=255)
ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaa         >  1:1762277/1‑63 (MQ=255)
ggCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGCTGGGCTGGCTGTTTATTGGTa          >  1:429748/1‑62 (MQ=255)
ggCGCTGCTGGTTACACCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGgctgggctgg                       >  1:96524/1‑49 (MQ=38)
     tgctgGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGTTGGGCTGGCTGTTTATTGGTAAGAAGCgg  >  1:710907/1‑65 (MQ=255)
     tgctgGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGTTGGGCTGGCTGTTTATTGGTAAGAAGCgg  >  1:1468472/1‑65 (MQ=255)
                                        |                             
GGCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGTTGGGCTGGCTGTTTATTGGTAAGAAGCGG  >  W3110S.gb/4435868‑4435937

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: