Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 3,730,586 Δ1 bp coding (471/837 nt) bglG → transcriptional antiterminator of the bgl operon

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb3,730,5850T.75.6% 351.4 / 191.1 172coding (470/837 nt)bglGtranscriptional antiterminator of the bgl operon
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (42/0);  new base . (130/0);  total (172/0)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.92e-01

Only 100 of 173 total aligned reads displayed.

CATTATTGATAAACGGTTGGGCGTGCAGTTACCGAAAGATGAAGTGGGCTTTATTGCCATGCATCTGGTCAGTG  >  W3110S.gb/3730532‑3730605
                                                     |                    
cATTATTGATAAACGGTTGGGCGTGTAGTTACCGAAAGATGAAGTGGGCTTTATGCCATGCATCTGGTc      >  1:92049/1‑69 (MQ=255)
cATTATTGATAAACGGTTGGGCGTGCAGTTACCGAAAGATGAAGTGGGCTTTATGCCATGc              >  1:1207170/1‑61 (MQ=255)
cATTATTGATAAACGGTTGGGCGTGCAGTTACCGAAAGATGAAGTGGGCTTTATGCCATGCATCTg         >  1:1015314/1‑66 (MQ=255)
cATTATTGATAAACGGTTGGGCGTGCAGTTACCGAAAGATGAAGTGGGCTTTATGCCATGCATCTGGt       >  1:1606730/1‑68 (MQ=255)
cATTATTGATAAACGGTTGGGCGTGCAGTTACCGAAAGATGAAGTGGGCTTTATGCCATGCATCTGGt       >  1:236678/1‑68 (MQ=255)
cATTATTGATAAACGGTTGGGCGTGCAGTTACCGAAAGATGAAGTGGGCTTTATGCCATGCATCTGGt       >  1:396759/1‑68 (MQ=255)
cATTATTGATAAACGGTTGGGCGTGCAGTTACCGAAAGATGAAGTGGGCTTTATGCCATGCATCTGGt       >  1:123485/1‑68 (MQ=255)
cATTATTGATAAACGGTTGGGCGTGCAGTTACCGAAAGATGAAGTGGGCTTTATGCCATGCATCTGGTc      >  1:340416/1‑69 (MQ=255)
cATTATTGATAAACGGTTGGGCGTGCAGTTACCGAAAGATGAAGTGGGCTTTATGCCATGCATCTGGTc      >  1:518147/1‑69 (MQ=255)
cATTATTGATAAACGGTTGGGCGTGCAGTTACCGAAAGATGAAGTGGGCTTTATGCCATGCATCTGGTc      >  1:514825/1‑69 (MQ=255)
cATTATTGATAAACGGTTGGGCGTGCAGTTACCGAAAGATGAAGTGGGCTTTATGCCATGCATCTGGTc      >  1:508572/1‑69 (MQ=255)
cATTATTGATAAACGGTTGGGCGTGCAGTTACCGAAAGATGAAGTGGGCTTTATGCCATGCATCTGGTc      >  1:501961/1‑69 (MQ=255)
cATTATTGATAAACGGTTGGGCGTGCAGTTACCGAAAGATGAAGTGGGCTTTATGCCATGCATCTGGTc      >  1:471674/1‑69 (MQ=255)
cATTATTGATAAACGGTTGGGCGTGCAGTTACCGAAAGATGAAGTGGGCTTTATGCCATGCATCTGGTc      >  1:453721/1‑69 (MQ=255)
cATTATTGATAAACGGTTGGGCGTGCAGTTACCGAAAGATGAAGTGGGCTTTATGCCATGCATCTGGTc      >  1:444028/1‑69 (MQ=255)
cATTATTGATAAACGGTTGGGCGTGCAGTTACCGAAAGATGAAGTGGGCTTTATGCCATGCATCTGGTc      >  1:371041/1‑69 (MQ=255)
cATTATTGATAAACGGTTGGGCGTGCAGTTACCGAAAGATGAAGTGGGCTTTATGCCATGCATCTGGTc      >  1:53799/1‑69 (MQ=255)
cATTATTGATAAACGGTTGGGCGTGCAGTTACCGAAAGATGAAGTGGGCTTTATGCCATGCATCTGGTc      >  1:340146/1‑69 (MQ=255)
cATTATTGATAAACGGTTGGGCGTGCAGTTACCGAAAGATGAAGTGGGCTTTATGCCATGCATCTGGTc      >  1:335335/1‑69 (MQ=255)
cATTATTGATAAACGGTTGGGCGTGCAGTTACCGAAAGATGAAGTGGGCTTTATGCCATGCATCTGGTc      >  1:290623/1‑69 (MQ=255)
cATTATTGATAAACGGTTGGGCGTGCAGTTACCGAAAGATGAAGTGGGCTTTATGCCATGCATCTGGTc      >  1:274476/1‑69 (MQ=255)
cATTATTGATAAACGGTTGGGCGTGCAGTTACCGAAAGATGAAGTGGGCTTTATGCCATGCATCTGGTc      >  1:239676/1‑69 (MQ=255)
cATTATTGATAAACGGTTGGGCGTGCAGTTACCGAAAGATGAAGTGGGCTTTATGCCATGCATCTGGTc      >  1:197721/1‑69 (MQ=255)
cATTATTGATAAACGGTTGGGCGTGCAGTTACCGAAAGATGAAGTGGGCTTTATGCCATGCATCTGGTc      >  1:193699/1‑69 (MQ=255)
cATTATTGATAAACGGTTGGGCGTGCAGTTACCGAAAGATGAAGTGGGCTTTATGCCATGCATCTGGTc      >  1:71180/1‑69 (MQ=255)
cATTATTGATAAACGGTTGGGCGTGCAGTTACCGAAAGATGAAGTGGGCTTTATGCCATGCATCTGGTc      >  1:996495/1‑69 (MQ=255)
cATTATTGATAAACGGTTGGGCGTGCAGTTACCGAAAGATGAAGTGGGCTTTATGCCATGCATCTGGTc      >  1:981484/1‑69 (MQ=255)
cATTATTGATAAACGGTTGGGCGTGCAGTTACCGAAAGATGAAGTGGGCTTTATGCCATGCATCTGGTc      >  1:96460/1‑69 (MQ=255)
cATTATTGATAAACGGTTGGGCGTGCAGTTACCGAAAGATGAAGTGGGCTTTATGCCATGCATCTGGTc      >  1:906082/1‑69 (MQ=255)
cATTATTGATAAACGGTTGGGCGTGCAGTTACCGAAAGATGAAGTGGGCTTTATGCCATGCATCTGGTc      >  1:899646/1‑69 (MQ=255)
cATTATTGATAAACGGTTGGGCGTGCAGTTACCGAAAGATGAAGTGGGCTTTATGCCATGCATCTGGTc      >  1:891595/1‑69 (MQ=255)
cATTATTGATAAACGGTTGGGCGTGCAGTTACCGAAAGATGAAGTGGGCTTTATGCCATGCATCTGGTc      >  1:830463/1‑69 (MQ=255)
cATTATTGATAAACGGTTGGGCGTGCAGTTACCGAAAGATGAAGTGGGCTTTATGCCATGCATCTGGTc      >  1:795857/1‑69 (MQ=255)
cATTATTGATAAACGGTTGGGCGTGCAGTTACCGAAAGATGAAGTGGGCTTTATGCCATGCATCTGGTc      >  1:746004/1‑69 (MQ=255)
cATTATTGATAAACGGTTGGGCGTGCAGTTACCGAAAGATGAAGTGGGCTTTATGCCATGCATCTGGTc      >  1:522188/1‑69 (MQ=255)
cATTATTGATAAACGGTTGGGCGTGCAGTTACCGAAAGATGAAGTGGGCTTTATGCCATGCATCTGGTc      >  1:699639/1‑69 (MQ=255)
cATTATTGATAAACGGTTGGGCGTGCAGTTACCGAAAGATGAAGTGGGCTTTATGCCATGCATCTGGTc      >  1:694269/1‑69 (MQ=255)
cATTATTGATAAACGGTTGGGCGTGCAGTTACCGAAAGATGAAGTGGGCTTTATGCCATGCATCTGGTc      >  1:685299/1‑69 (MQ=255)
cATTATTGATAAACGGTTGGGCGTGCAGTTACCGAAAGATGAAGTGGGCTTTATGCCATGCATCTGGTc      >  1:664637/1‑69 (MQ=255)
cATTATTGATAAACGGTTGGGCGTGCAGTTACCGAAAGATGAAGTGGGCTTTATGCCATGCATCTGGTc      >  1:625040/1‑69 (MQ=255)
cATTATTGATAAACGGTTGGGCGTGCAGTTACCGAAAGATGAAGTGGGCTTTATGCCATGCATCTGGTc      >  1:597470/1‑69 (MQ=255)
cATTATTGATAAACGGTTGGGCGTGCAGTTACCGAAAGATGAAGTGGGCTTTATGCCATGCATCTGGTc      >  1:570331/1‑69 (MQ=255)
cATTATTGATAAACGGTTGGGCGTGCAGTTACCGAAAGATGAAGTGGGCTTTATGCCATGCATCTGGTc      >  1:549563/1‑69 (MQ=255)
cATTATTGATAAACGGTTGGGCGTGCAGTTACCGAAAGATGAAGTGGGCTTTATGCCATGCATCTGGTc      >  1:250521/1‑69 (MQ=255)
cATTATTGATAAACGGTTGGGCGTGCAGTTACCGAAAGATGAAGTGGGCTTTATGCCATGCATCTGGTc      >  1:1245369/1‑69 (MQ=255)
cATTATTGATAAACGGTTGGGCGTGCAGTTACCGAAAGATGAAGTGGGCTTTATGCCATGCATCTGGTc      >  1:1393032/1‑69 (MQ=255)
cATTATTGATAAACGGTTGGGCGTGCAGTTACCGAAAGATGAAGTGGGCTTTATGCCATGCATCTGGTc      >  1:1385443/1‑69 (MQ=255)
cATTATTGATAAACGGTTGGGCGTGCAGTTACCGAAAGATGAAGTGGGCTTTATGCCATGCATCTGGTc      >  1:1383181/1‑69 (MQ=255)
cATTATTGATAAACGGTTGGGCGTGCAGTTACCGAAAGATGAAGTGGGCTTTATGCCATGCATCTGGTc      >  1:1380056/1‑69 (MQ=255)
cATTATTGATAAACGGTTGGGCGTGCAGTTACCGAAAGATGAAGTGGGCTTTATGCCATGCATCTGGTc      >  1:1377168/1‑69 (MQ=255)
cATTATTGATAAACGGTTGGGCGTGCAGTTACCGAAAGATGAAGTGGGCTTTATGCCATGCATCTGGTc      >  1:1370240/1‑69 (MQ=255)
cATTATTGATAAACGGTTGGGCGTGCAGTTACCGAAAGATGAAGTGGGCTTTATGCCATGCATCTGGTc      >  1:1318287/1‑69 (MQ=255)
cATTATTGATAAACGGTTGGGCGTGCAGTTACCGAAAGATGAAGTGGGCTTTATGCCATGCATCTGGTc      >  1:1284559/1‑69 (MQ=255)
cATTATTGATAAACGGTTGGGCGTGCAGTTACCGAAAGATGAAGTGGGCTTTATGCCATGCATCTGGTc      >  1:1273214/1‑69 (MQ=255)
cATTATTGATAAACGGTTGGGCGTGCAGTTACCGAAAGATGAAGTGGGCTTTATGCCATGCATCTGGTc      >  1:1356510/1‑69 (MQ=255)
cATTATTGATAAACGGTTGGGCGTGCAGTTACCGAAAGATGAAGTGGGCTTTATGCCATGCATCTGGTc      >  1:1171574/1‑69 (MQ=255)
cATTATTGATAAACGGTTGGGCGTGCAGTTACCGAAAGATGAAGTGGGCTTTATGCCATGCATCTGGTc      >  1:1151006/1‑69 (MQ=255)
cATTATTGATAAACGGTTGGGCGTGCAGTTACCGAAAGATGAAGTGGGCTTTATGCCATGCATCTGGTc      >  1:1126312/1‑69 (MQ=255)
cATTATTGATAAACGGTTGGGCGTGCAGTTACCGAAAGATGAAGTGGGCTTTATGCCATGCATCTGGTc      >  1:1087386/1‑69 (MQ=255)
cATTATTGATAAACGGTTGGGCGTGCAGTTACCGAAAGATGAAGTGGGCTTTATGCCATGCATCTGGTc      >  1:1077459/1‑69 (MQ=255)
cATTATTGATAAACGGTTGGGCGTGCAGTTACCGAAAGATGAAGTGGGCTTTATGCCATGCATCTGGTc      >  1:1070191/1‑69 (MQ=255)
cATTATTGATAAACGGTTGGGCGTGCAGTTACCGAAAGATGAAGTGGGCTTTATGCCATGCATCTGGTc      >  1:1068529/1‑69 (MQ=255)
cATTATTGATAAACGGTTGGGCGTGCAGTTACCGAAAGATGAAGTGGGCTTTATGCCATGCATCTGGTc      >  1:1052395/1‑69 (MQ=255)
cATTATTGATAAACGGTTGGGCGTGCAGTTACCGAAAGATGAAGTGGGCTTTATGCCATGCATCTGGTc      >  1:1027044/1‑69 (MQ=255)
cATTATTGATAAACGGTTGGGCGTGCAGTTACCGAAAGATGAAGTGGGCTTTATGCCATGCATCTGGTc      >  1:177045/1‑69 (MQ=255)
cATTATTGATAAACGGTTGGGCGTGCAGTTACCGAAAGATGAAGTGGGCTTTATGCCATGCATCTGGTc      >  1:146651/1‑69 (MQ=255)
cATTATTGATAAACGGTTGGGCGTGCAGTTACCGAAAGATGAAGTGGGCTTTATGCCATGCATCTGGTc      >  1:1455444/1‑69 (MQ=255)
cATTATTGATAAACGGTTGGGCGTGCAGTTACCGAAAGATGAAGTGGGCTTTATGCCATGCATCTGGTc      >  1:1525905/1‑69 (MQ=255)
cATTATTGATAAACGGTTGGGCGTGCAGTTACCGAAAGATGAAGTGGGCTTTATGCCATGCATCTGGTc      >  1:1558251/1‑69 (MQ=255)
cATTATTGATAAACGGTTGGGCGTGCAGTTACCGAAAGATGAAGTGGGCTTTATGCCATGCATCTGGTc      >  1:1445376/1‑69 (MQ=255)
cATTATTGATAAACGGTTGGGCGTGCAGTTACCGAAAGATGAAGTGGGCTTTATGCCATGCATCTGGTc      >  1:1562560/1‑69 (MQ=255)
cATTATTGATAAACGGTTGGGCGTGCAGTTACCGAAAGATGAAGTGGGCTTTATGCCATGCATCTGGTc      >  1:1569734/1‑69 (MQ=255)
cATTATTGATAAACGGTTGGGCGTGCAGTTACCGAAAGATGAAGTGGGCTTTATGCCAAGCATCTGGTc      >  1:1433181/1‑69 (MQ=255)
cATTATTGATAAACGGTTGGGCGTGCAGTTACCGAAAGATGAAGAGGGCTTTATGCCATGc              >  1:1507793/1‑61 (MQ=255)
cATTATTGAAAAACGGTTGGGCGTGCAGTTACCGAAAGATGAAGTGGGCTTTATGCCATGCATCTGGTc      >  1:329181/1‑69 (MQ=255)
cATTATAGATAAACGGTTGGGCGTGCAGTTACCGAAAGATGAAGTGGGCTTTATGCCATGCATCTGGTc      >  1:502/1‑69 (MQ=255)
      tGATAAACGGTTGGGCGTGCAGTTACCGAAAGATGAAGTGTGCTTTATTGCCTTGCATCTGGTCAGTg  >  1:369598/1‑68 (MQ=255)
      tGATAAACGGTTGGGCGTGCAGTTACCGAAAGATGAAGTGGGCTTTATTGCCATGCATCTGGTCAGt   >  1:94165/1‑67 (MQ=255)
      tGATAAACGGTTGGGCGTGCAGTTACCGAAAGATGAAGTGGGCTTTATTGCCATGCATCTGGTCAGTg  >  1:96117/1‑68 (MQ=255)
      tGATAAACGGTTGGGCGTGCAGTTACCGAAAGATGAAGTGGGCTTTATTGCCATGCATCTGGTCAGTg  >  1:238928/1‑68 (MQ=255)
      tGATAAACGGTTGGGCGTGCAGTTACCGAAAGATGAAGTGGGCTTTATTGCCATGCATCTGGTCAGTg  >  1:1120589/1‑68 (MQ=255)
      tGATAAACGGTTGGGCGTGCAGTTACCGAAAGATGAAGTGGGCTTTATTGCCATGCATCTGGTCAGTg  >  1:860222/1‑68 (MQ=255)
      tGATAAACGGTTGGGCGTGCAGTTACCGAAAGATGAAGTGGGCTTTATTGCCATGCATCTGGTCAGTg  >  1:2720/1‑68 (MQ=255)
      tGATAAACGGTTGGGCGTGCAGTTACCGAAAGATGAAGTGGGCTTTATTGCCATGCATCTGGTCAGTg  >  1:812868/1‑68 (MQ=255)
      tGATAAACGGTTGGGCGTGCAGTTACCGAAAGATGAAGTGGGCTTTATTGCCATGCATCTGGTCAGTg  >  1:1145888/1‑68 (MQ=255)
      tGATAAACGGTTGGGCGTGCAGTTACCGAAAGATGAAGTGGGCTTTATTGCCATGCATCTGGTCAGTg  >  1:316737/1‑68 (MQ=255)
      tGATAAACGGTTGGGCGTGCAGTTACCGAAAGATGAAGTGGGCTTTATTGCCATGCATCTGGTCAGTg  >  1:1171035/1‑68 (MQ=255)
      tGATAAACGGTTGGGCGTGCAGTTACCGAAAGATGAAGTGGGCTTTATTGCCATGCATCTGGTCAGTg  >  1:122544/1‑68 (MQ=255)
      tGATAAACGGTTGGGCGTGCAGTTACCGAAAGATGAAGTGGGCTTTATTGCCATGCATCTGGTCAGTg  >  1:461358/1‑68 (MQ=255)
      tGATAAACGGTTGGGCGTGCAGTTACCGAAAGATGAAGTGGGCTTTATTGCCATGCATCTGGTCAGTg  >  1:1259157/1‑68 (MQ=255)
      tGATAAACGGTTGGGCGTGCAGTTACCGAAAGATGAAGTGGGCTTTATTGCCATGCATCTGGTCAGTg  >  1:651190/1‑68 (MQ=255)
      tGATAAACGGTTGGGCGTGCAGTTACCGAAAGATGAAGTGGGCTTTATTGCCATGCATCTGGTCAGTg  >  1:594520/1‑68 (MQ=255)
      tGATAAACGGTTGGGCGTGCAGTTACCGAAAGATGAAGTGGGCTTTATTGCCATGCATCTGGTCAGTg  >  1:580139/1‑68 (MQ=255)
      tGATAAACGGTTGGGCGTGCAGTTACCGAAAGATGAAGTGGGCTTTATTGCCATGCATCTGGTCAGTg  >  1:1296575/1‑68 (MQ=255)
      tGATAAACGGTTGGGCGTGCAGTTACCGAAAGATGAAGTGGGCTTTATTGCCATGCATCTGGTCAGTg  >  1:563202/1‑68 (MQ=255)
      tGATAAACGGTTGGGCGTGCAGTTACCGAAAGATGAAGTGGGCTTTATTGCCATGCATCTGGTCAGTg  >  1:179154/1‑68 (MQ=255)
      tGATAAACGGTTGGGCGTGCAGTTACCGAAAGATGAAGTGGGCTTTATTGCCATGCATCTGGTCAGTg  >  1:1443526/1‑68 (MQ=255)
      tGATAAACGGTTGGGCGTGCAGTTACCGAAAGATGAAGTGGGCTTTATTGCCATGCATCTGGTCAGTg  >  1:1428785/1‑68 (MQ=255)
      tGATAAACGGTTGGGCGTGCAGTTACCGAAAGATGAAGTGGGCTTTATTGCCATGCATCTGGTCAGTg  >  1:1411801/1‑68 (MQ=255)
      tGATAAACGGTTGGGCGTCCAGTTACCGAAAGATGAAGTGGGCTTTATTGCCATGCATCTGGTCAGt   >  1:1400971/1‑67 (MQ=255)
                                                     |                    
CATTATTGATAAACGGTTGGGCGTGCAGTTACCGAAAGATGAAGTGGGCTTTATTGCCATGCATCTGGTCAGTG  >  W3110S.gb/3730532‑3730605

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: