Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	4481608	4482050	443	74 [0]	[0] 18	[yjgL]–[argI]	[yjgL],[argI]

AGCATTTTAGTGAATGATATTTTTATGAATGATTTCTTTATGAAAAATC  >  W3110S.gb/4481559‑4481607                                                 | aGCATTTTAGTGAATGATATTTTTATGAATGATTTCTTTATGTAAAATc  <  1:769/49‑1 (MQ=255) aGCATTTTAGTGAATGATATTTTTATGAATGATTTCTTTATGAAAAATc  <  1:380583/49‑1 (MQ=255) aGCATTTTAGTGAATGATATTTTTATGAATGATTTCTTTATGAAAAATc  <  1:592901/49‑1 (MQ=255) aGCATTTTAGTGAATGATATTTTTATGAATGATTTCTTTATGAAAAATc  <  1:589198/49‑1 (MQ=255) aGCATTTTAGTGAATGATATTTTTATGAATGATTTCTTTATGAAAAATc  <  1:549049/49‑1 (MQ=255) aGCATTTTAGTGAATGATATTTTTATGAATGATTTCTTTATGAAAAATc  <  1:529777/49‑1 (MQ=255) aGCATTTTAGTGAATGATATTTTTATGAATGATTTCTTTATGAAAAATc  <  1:525504/49‑1 (MQ=255) aGCATTTTAGTGAATGATATTTTTATGAATGATTTCTTTATGAAAAATc  <  1:508225/49‑1 (MQ=255) aGCATTTTAGTGAATGATATTTTTATGAATGATTTCTTTATGAAAAATc  <  1:459627/49‑1 (MQ=255) aGCATTTTAGTGAATGATATTTTTATGAATGATTTCTTTATGAAAAATc  <  1:439388/49‑1 (MQ=255) aGCATTTTAGTGAATGATATTTTTATGAATGATTTCTTTATGAAAAATc  <  1:614490/49‑1 (MQ=255) aGCATTTTAGTGAATGATATTTTTATGAATGATTTCTTTATGAAAAATc  <  1:344504/49‑1 (MQ=255) aGCATTTTAGTGAATGATATTTTTATGAATGATTTCTTTATGAAAAATc  <  1:335844/49‑1 (MQ=255) aGCATTTTAGTGAATGATATTTTTATGAATGATTTCTTTATGAAAAATc  <  1:307805/49‑1 (MQ=255) aGCATTTTAGTGAATGATATTTTTATGAATGATTTCTTTATGAAAAATc  <  1:253809/49‑1 (MQ=255) aGCATTTTAGTGAATGATATTTTTATGAATGATTTCTTTATGAAAAATc  <  1:199530/49‑1 (MQ=255) aGCATTTTAGTGAATGATATTTTTATGAATGATTTCTTTATGAAAAATc  <  1:197837/49‑1 (MQ=255) aGCATTTTAGTGAATGATATTTTTATGAATGATTTCTTTATGAAAAATc  <  1:192175/49‑1 (MQ=255) aGCATTTTAGTGAATGATATTTTTATGAATGATTTCTTTATGAAAAATc  <  1:190263/49‑1 (MQ=255) aGCATTTTAGTGAATGATATTTTTATGAATGATTTCTTTATGAAAAATc  <  1:782416/49‑1 (MQ=255) aGCATTTTAGTGAATGATATTTTTATGAATGATTTCTTTATGAAAAATc  <  1:961658/49‑1 (MQ=255) aGCATTTTAGTGAATGATATTTTTATGAATGATTTCTTTATGAAAAATc  <  1:934923/49‑1 (MQ=255) aGCATTTTAGTGAATGATATTTTTATGAATGATTTCTTTATGAAAAATc  <  1:914988/49‑1 (MQ=255) aGCATTTTAGTGAATGATATTTTTATGAATGATTTCTTTATGAAAAATc  <  1:894756/49‑1 (MQ=255) aGCATTTTAGTGAATGATATTTTTATGAATGATTTCTTTATGAAAAATc  <  1:856761/49‑1 (MQ=255) aGCATTTTAGTGAATGATATTTTTATGAATGATTTCTTTATGAAAAATc  <  1:847688/49‑1 (MQ=255) aGCATTTTAGTGAATGATATTTTTATGAATGATTTCTTTATGAAAAATc  <  1:833921/49‑1 (MQ=255) aGCATTTTAGTGAATGATATTTTTATGAATGATTTCTTTATGAAAAATc  <  1:796963/49‑1 (MQ=255) aGCATTTTAGTGAATGATATTTTTATGAATGATTTCTTTATGAAAAATc  <  1:1001962/49‑1 (MQ=255) aGCATTTTAGTGAATGATATTTTTATGAATGATTTCTTTATGAAAAATc  <  1:747846/49‑1 (MQ=255) aGCATTTTAGTGAATGATATTTTTATGAATGATTTCTTTATGAAAAATc  <  1:746/49‑1 (MQ=255) aGCATTTTAGTGAATGATATTTTTATGAATGATTTCTTTATGAAAAATc  <  1:691088/49‑1 (MQ=255) aGCATTTTAGTGAATGATATTTTTATGAATGATTTCTTTATGAAAAATc  <  1:690079/49‑1 (MQ=255) aGCATTTTAGTGAATGATATTTTTATGAATGATTTCTTTATGAAAAATc  <  1:679913/49‑1 (MQ=255) aGCATTTTAGTGAATGATATTTTTATGAATGATTTCTTTATGAAAAATc  <  1:651655/49‑1 (MQ=255) aGCATTTTAGTGAATGATATTTTTATGAATGATTTCTTTATGAAAAATc  <  1:615729/49‑1 (MQ=255) aGCATTTTAGTGAATGATATTTTTATGAATGATTTCTTTATGAAAAATc  <  1:1106303/49‑1 (MQ=255) aGCATTTTAGTGAATGATATTTTTATGAATGATTTCTTTATGAAAAATc  <  1:1284215/49‑1 (MQ=255) aGCATTTTAGTGAATGATATTTTTATGAATGATTTCTTTATGAAAAATc  <  1:1563956/49‑1 (MQ=255) aGCATTTTAGTGAATGATATTTTTATGAATGATTTCTTTATGAAAAATc  <  1:1274592/49‑1 (MQ=255) aGCATTTTAGTGAATGATATTTTTATGAATGATTTCTTTATGAAAAATc  <  1:1274310/49‑1 (MQ=255) aGCATTTTAGTGAATGATATTTTTATGAATGATTTCTTTATGAAAAATc  <  1:1187236/49‑1 (MQ=255) aGCATTTTAGTGAATGATATTTTTATGAATGATTTCTTTATGAAAAATc  <  1:116113/49‑1 (MQ=255) aGCATTTTAGTGAATGATATTTTTATGAATGATTTCTTTATGAAAAATc  <  1:1159740/49‑1 (MQ=255) aGCATTTTAGTGAATGATATTTTTATGAATGATTTCTTTATGAAAAATc  <  1:1140469/49‑1 (MQ=255) aGCATTTTAGTGAATGATATTTTTATGAATGATTTCTTTATGAAAAATc  <  1:1283555/49‑1 (MQ=255) aGCATTTTAGTGAATGATATTTTTATGAATGATTTCTTTATGAAAAATc  <  1:1079087/49‑1 (MQ=255) aGCATTTTAGTGAATGATATTTTTATGAATGATTTCTTTATGAAAAATc  <  1:1076602/49‑1 (MQ=255) aGCATTTTAGTGAATGATATTTTTATGAATGATTTCTTTATGAAAAATc  <  1:1060913/49‑1 (MQ=255) aGCATTTTAGTGAATGATATTTTTATGAATGATTTCTTTATGAAAAATc  <  1:1039054/49‑1 (MQ=255) aGCATTTTAGTGAATGATATTTTTATGAATGATTTCTTTATGAAAAATc  <  1:1032609/49‑1 (MQ=255) aGCATTTTAGTGAATGATATTTTTATGAATGATTTCTTTATGAAAAATc  <  1:1009585/49‑1 (MQ=255) aGCATTTTAGTGAATGATATTTTTATGAATGATTTCTTTATGAAAAATc  <  1:1000679/49‑1 (MQ=255) aGCATTTTAGTGAATGATATTTTTATGAATGATTTCTTTATGAAAAATc  <  1:1315566/49‑1 (MQ=255) aGCATTTTAGTGAATGATATTTTTATGAATGATTTCTTTATGAAAAATc  <  1:1327011/49‑1 (MQ=255) aGCATTTTAGTGAATGATATTTTTATGAATGATTTCTTTATGAAAAATc  <  1:1340357/49‑1 (MQ=255) aGCATTTTAGTGAATGATATTTTTATGAATGATTTCTTTATGAAAAATc  <  1:135013/49‑1 (MQ=255) aGCATTTTAGTGAATGATATTTTTATGAATGATTTCTTTATGAAAAATc  <  1:1379031/49‑1 (MQ=255) aGCATTTTAGTGAATGATATTTTTATGAATGATTTCTTTATGAAAAATc  <  1:141175/49‑1 (MQ=255) aGCATTTTAGTGAATGATATTTTTATGAATGATTTCTTTATGAAAAATc  <  1:1453103/49‑1 (MQ=255) aGCATTTTAGTGAATGATATTTTTATGAATGATTTCTTTATGAAAAATc  <  1:1471185/49‑1 (MQ=255) aGCATTTTAGTGAATGATATTTTTATGAATGATTTCTTTATGAAAAATc  <  1:1486125/49‑1 (MQ=255) aGCATTTTAGTGAATGATATTTTTATGAATGATTTCTTTATGAAAAATc  <  1:1305386/49‑1 (MQ=255) aGCATTTTAGTGAATGATATTTTTATGAATGATTTCTTTATGAAAAATc  <  1:1556562/49‑1 (MQ=255) aGCATTTTAGTGAATGATATTTTTATGAATGATTTCTTTATGAAAAATc  <  1:1491100/49‑1 (MQ=255) aGCATTTTAGTGAATGATATTTTTATGAATGATTTCTTTATGAAAAATc  <  1:1532522/49‑1 (MQ=255) aGCATTTTAGTGAATGATATTTTTATGAATGATTTCTTTATGAAAAATc  <  1:1514323/49‑1 (MQ=255) aGCATTTTAGTGAATGATATTTTTATGAATGATTTCTTTATGAAAAATc  <  1:1530817/49‑1 (MQ=255) aGCATTTTAGTGAATGATATTTTTATGAATGATTTCTTTACGAAAAATc  <  1:1084795/49‑1 (MQ=255)  gCATTTTAGTGAATGATATTTTTATGAATGATTTCTTTATGAAAAATc  <  1:878985/48‑1 (MQ=255)  gCATTTTAGTGAATGATATTTTTATGAATGATTTCTTTATGAAAAATc  <  1:1506490/48‑1 (MQ=255)  gCATTTTAGTGAATGATATTTTTATGAATGATTTCTTTATGAAAAATc  <  1:1080357/48‑1 (MQ=255)  gCATTTTAGTGAATGATATTTTTATGAATGATTTCTTTATGAAAAATc  <  1:1007509/48‑1 (MQ=255)    aTTTTAGTGAATGATATTTTTATGAATGATTTCTTTATGAAAAATc  <  1:179356/46‑1 (MQ=255)                                                 | AGCATTTTAGTGAATGATATTTTTATGAATGATTTCTTTATGAAAAATC  >  W3110S.gb/4481559‑4481607

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑