Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	402246	402470	225	90 [0]	[0] 87	[phoA]	[phoA]

ACCAAAGCTCCGGGCCTCACCCAGGCGCTAAATACCAAAGATGGCGCAGTGATGGTGATGAGTTACGGG  >  W3110S.gb/402177‑402245                                                                     | aCCAAAGCTCCGGGCCTCACCCAGGCGCTAAATACCAAAGATGGCGCAGTGATGGTGATGTGTTACggg  <  1:539380/69‑1 (MQ=255) aCCAAAGCTCCGGGCCTCACCCAGGCGCTAAATACCAAAGATGGCGCAGTGATGGTGATGAGTTACggg  <  1:473916/69‑1 (MQ=255) aCCAAAGCTCCGGGCCTCACCCAGGCGCTAAATACCAAAGATGGCGCAGTGATGGTGATGAGTTACggg  <  1:620388/69‑1 (MQ=255) aCCAAAGCTCCGGGCCTCACCCAGGCGCTAAATACCAAAGATGGCGCAGTGATGGTGATGAGTTACggg  <  1:608944/69‑1 (MQ=255) aCCAAAGCTCCGGGCCTCACCCAGGCGCTAAATACCAAAGATGGCGCAGTGATGGTGATGAGTTACggg  <  1:604833/69‑1 (MQ=255) aCCAAAGCTCCGGGCCTCACCCAGGCGCTAAATACCAAAGATGGCGCAGTGATGGTGATGAGTTACggg  <  1:599824/69‑1 (MQ=255) aCCAAAGCTCCGGGCCTCACCCAGGCGCTAAATACCAAAGATGGCGCAGTGATGGTGATGAGTTACggg  <  1:595949/69‑1 (MQ=255) aCCAAAGCTCCGGGCCTCACCCAGGCGCTAAATACCAAAGATGGCGCAGTGATGGTGATGAGTTACggg  <  1:593565/69‑1 (MQ=255) aCCAAAGCTCCGGGCCTCACCCAGGCGCTAAATACCAAAGATGGCGCAGTGATGGTGATGAGTTACggg  <  1:59030/69‑1 (MQ=255) aCCAAAGCTCCGGGCCTCACCCAGGCGCTAAATACCAAAGATGGCGCAGTGATGGTGATGAGTTACggg  <  1:532472/69‑1 (MQ=255) aCCAAAGCTCCGGGCCTCACCCAGGCGCTAAATACCAAAGATGGCGCAGTGATGGTGATGAGTTACggg  <  1:5136/69‑1 (MQ=255) aCCAAAGCTCCGGGCCTCACCCAGGCGCTAAATACCAAAGATGGCGCAGTGATGGTGATGAGTTACggg  <  1:629084/69‑1 (MQ=255) aCCAAAGCTCCGGGCCTCACCCAGGCGCTAAATACCAAAGATGGCGCAGTGATGGTGATGAGTTACggg  <  1:466605/69‑1 (MQ=255) aCCAAAGCTCCGGGCCTCACCCAGGCGCTAAATACCAAAGATGGCGCAGTGATGGTGATGAGTTACggg  <  1:466093/69‑1 (MQ=255) aCCAAAGCTCCGGGCCTCACCCAGGCGCTAAATACCAAAGATGGCGCAGTGATGGTGATGAGTTACggg  <  1:46397/69‑1 (MQ=255) aCCAAAGCTCCGGGCCTCACCCAGGCGCTAAATACCAAAGATGGCGCAGTGATGGTGATGAGTTACggg  <  1:444592/69‑1 (MQ=255) aCCAAAGCTCCGGGCCTCACCCAGGCGCTAAATACCAAAGATGGCGCAGTGATGGTGATGAGTTACggg  <  1:438377/69‑1 (MQ=255) aCCAAAGCTCCGGGCCTCACCCAGGCGCTAAATACCAAAGATGGCGCAGTGATGGTGATGAGTTACggg  <  1:417324/69‑1 (MQ=255) aCCAAAGCTCCGGGCCTCACCCAGGCGCTAAATACCAAAGATGGCGCAGTGATGGTGATGAGTTACggg  <  1:402204/69‑1 (MQ=255) aCCAAAGCTCCGGGCCTCACCCAGGCGCTAAATACCAAAGATGGCGCAGTGATGGTGATGAGTTACggg  <  1:376947/69‑1 (MQ=255) aCCAAAGCTCCGGGCCTCACCCAGGCGCTAAATACCAAAGATGGCGCAGTGATGGTGATGAGTTACggg  <  1:1052130/69‑1 (MQ=255) aCCAAAGCTCCGGGCCTCACCCAGGCGCTAAATACCAAAGATGGCGCAGTGATGGTGATGAGTTACggg  <  1:344615/69‑1 (MQ=255) aCCAAAGCTCCGGGCCTCACCCAGGCGCTAAATACCAAAGATGGCGCAGTGATGGTGATGAGTTACggg  <  1:815988/69‑1 (MQ=255) aCCAAAGCTCCGGGCCTCACCCAGGCGCTAAATACCAAAGATGGCGCAGTGATGGTGATGAGTTACggg  <  1:990581/69‑1 (MQ=255) aCCAAAGCTCCGGGCCTCACCCAGGCGCTAAATACCAAAGATGGCGCAGTGATGGTGATGAGTTACggg  <  1:985296/69‑1 (MQ=255) aCCAAAGCTCCGGGCCTCACCCAGGCGCTAAATACCAAAGATGGCGCAGTGATGGTGATGAGTTACggg  <  1:984342/69‑1 (MQ=255) aCCAAAGCTCCGGGCCTCACCCAGGCGCTAAATACCAAAGATGGCGCAGTGATGGTGATGAGTTACggg  <  1:962290/69‑1 (MQ=255) aCCAAAGCTCCGGGCCTCACCCAGGCGCTAAATACCAAAGATGGCGCAGTGATGGTGATGAGTTACggg  <  1:957480/69‑1 (MQ=255) aCCAAAGCTCCGGGCCTCACCCAGGCGCTAAATACCAAAGATGGCGCAGTGATGGTGATGAGTTACggg  <  1:943736/69‑1 (MQ=255) aCCAAAGCTCCGGGCCTCACCCAGGCGCTAAATACCAAAGATGGCGCAGTGATGGTGATGAGTTACggg  <  1:926237/69‑1 (MQ=255) aCCAAAGCTCCGGGCCTCACCCAGGCGCTAAATACCAAAGATGGCGCAGTGATGGTGATGAGTTACggg  <  1:90886/69‑1 (MQ=255) aCCAAAGCTCCGGGCCTCACCCAGGCGCTAAATACCAAAGATGGCGCAGTGATGGTGATGAGTTACggg  <  1:885742/69‑1 (MQ=255) aCCAAAGCTCCGGGCCTCACCCAGGCGCTAAATACCAAAGATGGCGCAGTGATGGTGATGAGTTACggg  <  1:857838/69‑1 (MQ=255) aCCAAAGCTCCGGGCCTCACCCAGGCGCTAAATACCAAAGATGGCGCAGTGATGGTGATGAGTTACggg  <  1:373332/69‑1 (MQ=255) aCCAAAGCTCCGGGCCTCACCCAGGCGCTAAATACCAAAGATGGCGCAGTGATGGTGATGAGTTACggg  <  1:788951/69‑1 (MQ=255) aCCAAAGCTCCGGGCCTCACCCAGGCGCTAAATACCAAAGATGGCGCAGTGATGGTGATGAGTTACggg  <  1:781311/69‑1 (MQ=255) aCCAAAGCTCCGGGCCTCACCCAGGCGCTAAATACCAAAGATGGCGCAGTGATGGTGATGAGTTACggg  <  1:722021/69‑1 (MQ=255) aCCAAAGCTCCGGGCCTCACCCAGGCGCTAAATACCAAAGATGGCGCAGTGATGGTGATGAGTTACggg  <  1:712031/69‑1 (MQ=255) aCCAAAGCTCCGGGCCTCACCCAGGCGCTAAATACCAAAGATGGCGCAGTGATGGTGATGAGTTACggg  <  1:710258/69‑1 (MQ=255) aCCAAAGCTCCGGGCCTCACCCAGGCGCTAAATACCAAAGATGGCGCAGTGATGGTGATGAGTTACggg  <  1:708587/69‑1 (MQ=255) aCCAAAGCTCCGGGCCTCACCCAGGCGCTAAATACCAAAGATGGCGCAGTGATGGTGATGAGTTACggg  <  1:708197/69‑1 (MQ=255) aCCAAAGCTCCGGGCCTCACCCAGGCGCTAAATACCAAAGATGGCGCAGTGATGGTGATGAGTTACggg  <  1:67266/69‑1 (MQ=255) aCCAAAGCTCCGGGCCTCACCCAGGCGCTAAATACCAAAGATGGCGCAGTGATGGTGATGAGTTACggg  <  1:65628/69‑1 (MQ=255) aCCAAAGCTCCGGGCCTCACCCAGGCGCTAAATACCAAAGATGGCGCAGTGATGGTGATGAGTTACggg  <  1:649107/69‑1 (MQ=255) aCCAAAGCTCCGGGCCTCACCCAGGCGCTAAATACCAAAGATGGCGCAGTGATGGTGATGAGTTACggg  <  1:1270990/69‑1 (MQ=255) aCCAAAGCTCCGGGCCTCACCCAGGCGCTAAATACCAAAGATGGCGCAGTGATGGTGATGAGTTACggg  <  1:343054/69‑1 (MQ=255) aCCAAAGCTCCGGGCCTCACCCAGGCGCTAAATACCAAAGATGGCGCAGTGATGGTGATGAGTTACggg  <  1:1372889/69‑1 (MQ=255) aCCAAAGCTCCGGGCCTCACCCAGGCGCTAAATACCAAAGATGGCGCAGTGATGGTGATGAGTTACggg  <  1:1369065/69‑1 (MQ=255) aCCAAAGCTCCGGGCCTCACCCAGGCGCTAAATACCAAAGATGGCGCAGTGATGGTGATGAGTTACggg  <  1:1332655/69‑1 (MQ=255) aCCAAAGCTCCGGGCCTCACCCAGGCGCTAAATACCAAAGATGGCGCAGTGATGGTGATGAGTTACggg  <  1:1326551/69‑1 (MQ=255) aCCAAAGCTCCGGGCCTCACCCAGGCGCTAAATACCAAAGATGGCGCAGTGATGGTGATGAGTTACggg  <  1:1324054/69‑1 (MQ=255) aCCAAAGCTCCGGGCCTCACCCAGGCGCTAAATACCAAAGATGGCGCAGTGATGGTGATGAGTTACggg  <  1:1316628/69‑1 (MQ=255) aCCAAAGCTCCGGGCCTCACCCAGGCGCTAAATACCAAAGATGGCGCAGTGATGGTGATGAGTTACggg  <  1:1308708/69‑1 (MQ=255) aCCAAAGCTCCGGGCCTCACCCAGGCGCTAAATACCAAAGATGGCGCAGTGATGGTGATGAGTTACggg  <  1:1300490/69‑1 (MQ=255) aCCAAAGCTCCGGGCCTCACCCAGGCGCTAAATACCAAAGATGGCGCAGTGATGGTGATGAGTTACggg  <  1:1283384/69‑1 (MQ=255) aCCAAAGCTCCGGGCCTCACCCAGGCGCTAAATACCAAAGATGGCGCAGTGATGGTGATGAGTTACggg  <  1:1275631/69‑1 (MQ=255) aCCAAAGCTCCGGGCCTCACCCAGGCGCTAAATACCAAAGATGGCGCAGTGATGGTGATGAGTTACggg  <  1:1385230/69‑1 (MQ=255) aCCAAAGCTCCGGGCCTCACCCAGGCGCTAAATACCAAAGATGGCGCAGTGATGGTGATGAGTTACggg  <  1:1246738/69‑1 (MQ=255) aCCAAAGCTCCGGGCCTCACCCAGGCGCTAAATACCAAAGATGGCGCAGTGATGGTGATGAGTTACggg  <  1:1243492/69‑1 (MQ=255) aCCAAAGCTCCGGGCCTCACCCAGGCGCTAAATACCAAAGATGGCGCAGTGATGGTGATGAGTTACggg  <  1:1227362/69‑1 (MQ=255) aCCAAAGCTCCGGGCCTCACCCAGGCGCTAAATACCAAAGATGGCGCAGTGATGGTGATGAGTTACggg  <  1:1226782/69‑1 (MQ=255) aCCAAAGCTCCGGGCCTCACCCAGGCGCTAAATACCAAAGATGGCGCAGTGATGGTGATGAGTTACggg  <  1:1190244/69‑1 (MQ=255) aCCAAAGCTCCGGGCCTCACCCAGGCGCTAAATACCAAAGATGGCGCAGTGATGGTGATGAGTTACggg  <  1:1186419/69‑1 (MQ=255) aCCAAAGCTCCGGGCCTCACCCAGGCGCTAAATACCAAAGATGGCGCAGTGATGGTGATGAGTTACggg  <  1:1140895/69‑1 (MQ=255) aCCAAAGCTCCGGGCCTCACCCAGGCGCTAAATACCAAAGATGGCGCAGTGATGGTGATGAGTTACggg  <  1:1138764/69‑1 (MQ=255) aCCAAAGCTCCGGGCCTCACCCAGGCGCTAAATACCAAAGATGGCGCAGTGATGGTGATGAGTTACggg  <  1:1124879/69‑1 (MQ=255) aCCAAAGCTCCGGGCCTCACCCAGGCGCTAAATACCAAAGATGGCGCAGTGATGGTGATGAGTTACggg  <  1:1059479/69‑1 (MQ=255) aCCAAAGCTCCGGGCCTCACCCAGGCGCTAAATACCAAAGATGGCGCAGTGATGGTGATGAGTTACggg  <  1:1528923/69‑1 (MQ=255) aCCAAAGCTCCGGGCCTCACCCAGGCGCTAAATACCAAAGATGGCGCAGTGATGGTGATGAGTTACggg  <  1:334904/69‑1 (MQ=255) aCCAAAGCTCCGGGCCTCACCCAGGCGCTAAATACCAAAGATGGCGCAGTGATGGTGATGAGTTACggg  <  1:246597/69‑1 (MQ=255) aCCAAAGCTCCGGGCCTCACCCAGGCGCTAAATACCAAAGATGGCGCAGTGATGGTGATGAGTTACggg  <  1:237115/69‑1 (MQ=255) aCCAAAGCTCCGGGCCTCACCCAGGCGCTAAATACCAAAGATGGCGCAGTGATGGTGATGAGTTACggg  <  1:189517/69‑1 (MQ=255) aCCAAAGCTCCGGGCCTCACCCAGGCGCTAAATACCAAAGATGGCGCAGTGATGGTGATGAGTTACggg  <  1:169586/69‑1 (MQ=255) aCCAAAGCTCCGGGCCTCACCCAGGCGCTAAATACCAAAGATGGCGCAGTGATGGTGATGAGTTACggg  <  1:1606400/69‑1 (MQ=255) aCCAAAGCTCCGGGCCTCACCCAGGCGCTAAATACCAAAGATGGCGCAGTGATGGTGATGAGTTACggg  <  1:1592860/69‑1 (MQ=255) aCCAAAGCTCCGGGCCTCACCCAGGCGCTAAATACCAAAGATGGCGCAGTGATGGTGATGAGTTACggg  <  1:1590516/69‑1 (MQ=255) aCCAAAGCTCCGGGCCTCACCCAGGCGCTAAATACCAAAGATGGCGCAGTGATGGTGATGAGTTACggg  <  1:1554043/69‑1 (MQ=255) aCCAAAGCTCCGGGCCTCACCCAGGCGCTAAATACCAAAGATGGCGCAGTGATGGTGATGAGTTACggg  <  1:1424693/69‑1 (MQ=255) aCCAAAGCTCCGGGCCTCACCCAGGCGCTAAATACCAAAGATGGCGCAGTGATGGTGATGAGTTACggg  <  1:151651/69‑1 (MQ=255) aCCAAAGCTCCGGGCCTCACCCAGGCGCTAAATACCAAAGATGGCGCAGTGATGGTGATGAGTTACggg  <  1:1496125/69‑1 (MQ=255) aCCAAAGCTCCGGGCCTCACCCAGGCGCTAAATACCAAAGATGGCGCAGTGATGGTGATGAGTTACggg  <  1:1475788/69‑1 (MQ=255) aCCAAAGCTCCGGGCCTCACCCAGGCGCTAAATACCAAAGATGGCGCAGTGATGGTGATGAGTTACggg  <  1:1473224/69‑1 (MQ=255) aCCAAAGCTCCGGGCCTCACCCAGGCGCTAAATACCAAAGATGGCGCAGTGATGGTGATGAGTTACggg  <  1:1471244/69‑1 (MQ=255) aCCAAAGCTCCGGGCCTCACCCAGGCGCTAAATACCAAAGATGGCGCAGTGATGGTGATGAGTTACggg  <  1:1459572/69‑1 (MQ=255) aCCAAAGCTCCGGGCCTCACCCAGGCGCTAAATACCAAAGATGGCGCAGTGAGGGTGATGAGTTACggg  <  1:1366368/69‑1 (MQ=255) aCCAAAGCTCCGGGCCTCACACAGGCGCTAAATACCAAAGATGGCGCAGTGATGGTGATGAGTTACggg  <  1:321039/69‑1 (MQ=255)  ccAAAGCTCCGGGCCTCACCCAGGCGCTAAATACCAAAGATGGCGCAGTGATTGTGATGAGTTACggg  <  1:1446320/68‑1 (MQ=255)  ccAAAGCTCCGGGCCTCACCCAGGCGCTAAATACCAAAGATGGCGCAGTGATGGTGATGAGTTACggg  <  1:4502/68‑1 (MQ=255)          ccGGGCCTCACCCAGGCGCTAAATACCAAAGATGGCGCAGTGATGGTGATGAGTTACggg  <  1:603449/60‑1 (MQ=255)             ggCCTCACCCAGGCGCTAAATACCAAAGATGGCGCAGTGATGGTGATGAGTTACggg  <  1:568182/57‑1 (MQ=255)                                                                     | ACCAAAGCTCCGGGCCTCACCCAGGCGCTAAATACCAAAGATGGCGCAGTGATGGTGATGAGTTACGGG  >  W3110S.gb/402177‑402245

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑