Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	4546527	4546664	138	40 [0]	[0] 67	fimB/fimE	tyrosine recombinase/inversion of on/off regulator of fimA/tyrosine recombinase/inversion of on/off regulator of fimA

GTTTCCGCACTTTTTTCTTTATTTTTTAAGCAACTGGAAGTTAATCCACTGCAATCTATTGTTATA  >  W3110S.gb/4546461‑4546526                                                                  | gTTTCCTCACTTTTTTCTTTATTTTTTAAGCAACTGGAAGTTAATCCACTGCAATCTATTGTtata  <  1:1478859/66‑1 (MQ=255) gTTTCCGCACTTTTTTCTTTATTTTTTAAGCAACTGGAAGTTAATCCACTGCAATCTATTGTtata  <  1:1012325/66‑1 (MQ=255) gTTTCCGCACTTTTTTCTTTATTTTTTAAGCAACTGGAAGTTAATCCACTGCAATCTATTGTtata  <  1:388639/66‑1 (MQ=255) gTTTCCGCACTTTTTTCTTTATTTTTTAAGCAACTGGAAGTTAATCCACTGCAATCTATTGTtata  <  1:428503/66‑1 (MQ=255) gTTTCCGCACTTTTTTCTTTATTTTTTAAGCAACTGGAAGTTAATCCACTGCAATCTATTGTtata  <  1:507387/66‑1 (MQ=255) gTTTCCGCACTTTTTTCTTTATTTTTTAAGCAACTGGAAGTTAATCCACTGCAATCTATTGTtata  <  1:515584/66‑1 (MQ=255) gTTTCCGCACTTTTTTCTTTATTTTTTAAGCAACTGGAAGTTAATCCACTGCAATCTATTGTtata  <  1:58449/66‑1 (MQ=255) gTTTCCGCACTTTTTTCTTTATTTTTTAAGCAACTGGAAGTTAATCCACTGCAATCTATTGTtata  <  1:596375/66‑1 (MQ=255) gTTTCCGCACTTTTTTCTTTATTTTTTAAGCAACTGGAAGTTAATCCACTGCAATCTATTGTtata  <  1:608290/66‑1 (MQ=255) gTTTCCGCACTTTTTTCTTTATTTTTTAAGCAACTGGAAGTTAATCCACTGCAATCTATTGTtata  <  1:610088/66‑1 (MQ=255) gTTTCCGCACTTTTTTCTTTATTTTTTAAGCAACTGGAAGTTAATCCACTGCAATCTATTGTtata  <  1:712915/66‑1 (MQ=255) gTTTCCGCACTTTTTTCTTTATTTTTTAAGCAACTGGAAGTTAATCCACTGCAATCTATTGTtata  <  1:755459/66‑1 (MQ=255) gTTTCCGCACTTTTTTCTTTATTTTTTAAGCAACTGGAAGTTAATCCACTGCAATCTATTGTtata  <  1:767794/66‑1 (MQ=255) gTTTCCGCACTTTTTTCTTTATTTTTTAAGCAACTGGAAGTTAATCCACTGCAATCTATTGTtata  <  1:789917/66‑1 (MQ=255) gTTTCCGCACTTTTTTCTTTATTTTTTAAGCAACTGGAAGTTAATCCACTGCAATCTATTGTtata  <  1:874648/66‑1 (MQ=255) gTTTCCGCACTTTTTTCTTTATTTTTTAAGCAACTGGAAGTTAATCCACTGCAATCTATTGTtata  <  1:877536/66‑1 (MQ=255) gTTTCCGCACTTTTTTCTTTATTTTTTAAGCAACTGGAAGTTAATCCACTGCAATCTATTGTtata  <  1:942369/66‑1 (MQ=255) gTTTCCGCACTTTTTTCTTTATTTTTTAAGCAACTGGAAGTTAATCCACTGCAATCTATTGTtata  <  1:960993/66‑1 (MQ=255) gTTTCCGCACTTTTTTCTTTATTTTTTAAGCAACTGGAAGTTAATCCACTGCAATCTATTGTtata  <  1:980977/66‑1 (MQ=255) gTTTCCGCACTTTTTTCTTTATTTTTTAAGCAACTGGAAGTTAATCCACTGCAATCTATTGTtata  <  1:993945/66‑1 (MQ=255) gTTTCCGCACTTTTTTCTTTATTTTTTAAGCAACTGGAAGTTAATCCACTGCAATCTATTGTtata  <  1:1486589/66‑1 (MQ=255) gTTTCCGCACTTTTTTCTTTATTTTTTAAGCAACTGGAAGTTAATCCACTGCAATCTATTGTtata  <  1:1044917/66‑1 (MQ=255) gTTTCCGCACTTTTTTCTTTATTTTTTAAGCAACTGGAAGTTAATCCACTGCAATCTATTGTtata  <  1:1109586/66‑1 (MQ=255) gTTTCCGCACTTTTTTCTTTATTTTTTAAGCAACTGGAAGTTAATCCACTGCAATCTATTGTtata  <  1:1110028/66‑1 (MQ=255) gTTTCCGCACTTTTTTCTTTATTTTTTAAGCAACTGGAAGTTAATCCACTGCAATCTATTGTtata  <  1:115602/66‑1 (MQ=255) gTTTCCGCACTTTTTTCTTTATTTTTTAAGCAACTGGAAGTTAATCCACTGCAATCTATTGTtata  <  1:1200502/66‑1 (MQ=255) gTTTCCGCACTTTTTTCTTTATTTTTTAAGCAACTGGAAGTTAATCCACTGCAATCTATTGTtata  <  1:1250411/66‑1 (MQ=255) gTTTCCGCACTTTTTTCTTTATTTTTTAAGCAACTGGAAGTTAATCCACTGCAATCTATTGTtata  <  1:1278409/66‑1 (MQ=255) gTTTCCGCACTTTTTTCTTTATTTTTTAAGCAACTGGAAGTTAATCCACTGCAATCTATTGTtata  <  1:1338232/66‑1 (MQ=255) gTTTCCGCACTTTTTTCTTTATTTTTTAAGCAACTGGAAGTTAATCCACTGCAATCTATTGTtata  <  1:1385518/66‑1 (MQ=255) gTTTCCGCACTTTTTTCTTTATTTTTTAAGCAACTGGAAGTTAATCCACTGCAATCTATTGTtata  <  1:230333/66‑1 (MQ=255) gTTTCCGCACTTTTTTCTTTATTTTTTAAGCAACTGGAAGTTAATCCACTGCAATCTATTGTtata  <  1:1505032/66‑1 (MQ=255) gTTTCCGCACTTTTTTCTTTATTTTTTAAGCAACTGGAAGTTAATCCACTGCAATCTATTGTtata  <  1:1567709/66‑1 (MQ=255) gTTTCCGCACTTTTTTCTTTATTTTTTAAGCAACTGGAAGTTAATCCACTGCAATCTATTGTtata  <  1:178384/66‑1 (MQ=255) gTTTCCGCACTTTTTTCTTTATTTTTTAAGCAACTGGAAGTTAATCCACTGCAATCTATTGTtata  <  1:181829/66‑1 (MQ=255) gTTTCCGCACTTTTTTCTTTATTTTTTAAGCAACTGGAAGTTAATCCACTGCAATCTATTGTtata  <  1:224420/66‑1 (MQ=255) gTTTCCGCACTTTTTTCTTTATTTTTTAAGCAACTGGAAGTTAATCCACTGCAATCTATTGTtata  <  1:225765/66‑1 (MQ=255)  tttCCGCACTTTTTTCTTTATTTTTTAAGCAACTGGAAGTTAATCCACTGCAATCTATTGTtata  <  1:1539951/65‑1 (MQ=255)  tttCCGCACTTTTTTCTTTATTTTTTAAGCAACTGGAAGTTAATCCACTGCAATCTATTGTtata  <  1:506522/65‑1 (MQ=255)                        ttttAAGCAACTGGAAGTTAATCCACTGCAATCTATTGTtata  <  1:43220/43‑1 (MQ=255)                                                                  | GTTTCCGCACTTTTTTCTTTATTTTTTAAGCAACTGGAAGTTAATCCACTGCAATCTATTGTTATA  >  W3110S.gb/4546461‑4546526

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑