Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	4553000	4553215	216	53 [0]	[0] 117	fimG	minor component of type 1 fimbriae

ACCTTCACTCTTGAATATCAGTAACTGGAGATGCTCATGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTGGCG  >  W3110S.gb/4552931‑4552999                                                                     | aCCTTCACTCTTGAATATCAGTAACTGGAGATGCTCATGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTgtcg  <  1:506416/69‑1 (MQ=255) aCCTTCACTCTTGAATATCAGTAACTGGAGATGCTCATGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTggcg  <  1:668120/69‑1 (MQ=255) aCCTTCACTCTTGAATATCAGTAACTGGAGATGCTCATGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTggcg  <  1:1000067/69‑1 (MQ=255) aCCTTCACTCTTGAATATCAGTAACTGGAGATGCTCATGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTggcg  <  1:343859/69‑1 (MQ=255) aCCTTCACTCTTGAATATCAGTAACTGGAGATGCTCATGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTggcg  <  1:347071/69‑1 (MQ=255) aCCTTCACTCTTGAATATCAGTAACTGGAGATGCTCATGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTggcg  <  1:356831/69‑1 (MQ=255) aCCTTCACTCTTGAATATCAGTAACTGGAGATGCTCATGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTggcg  <  1:366712/69‑1 (MQ=255) aCCTTCACTCTTGAATATCAGTAACTGGAGATGCTCATGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTggcg  <  1:412977/69‑1 (MQ=255) aCCTTCACTCTTGAATATCAGTAACTGGAGATGCTCATGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTggcg  <  1:469313/69‑1 (MQ=255) aCCTTCACTCTTGAATATCAGTAACTGGAGATGCTCATGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTggcg  <  1:479946/69‑1 (MQ=255) aCCTTCACTCTTGAATATCAGTAACTGGAGATGCTCATGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTggcg  <  1:515027/69‑1 (MQ=255) aCCTTCACTCTTGAATATCAGTAACTGGAGATGCTCATGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTggcg  <  1:604019/69‑1 (MQ=255) aCCTTCACTCTTGAATATCAGTAACTGGAGATGCTCATGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTggcg  <  1:665637/69‑1 (MQ=255) aCCTTCACTCTTGAATATCAGTAACTGGAGATGCTCATGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTggcg  <  1:332436/69‑1 (MQ=255) aCCTTCACTCTTGAATATCAGTAACTGGAGATGCTCATGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTggcg  <  1:696951/69‑1 (MQ=255) aCCTTCACTCTTGAATATCAGTAACTGGAGATGCTCATGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTggcg  <  1:697492/69‑1 (MQ=255) aCCTTCACTCTTGAATATCAGTAACTGGAGATGCTCATGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTggcg  <  1:746293/69‑1 (MQ=255) aCCTTCACTCTTGAATATCAGTAACTGGAGATGCTCATGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTggcg  <  1:746750/69‑1 (MQ=255) aCCTTCACTCTTGAATATCAGTAACTGGAGATGCTCATGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTggcg  <  1:750368/69‑1 (MQ=255) aCCTTCACTCTTGAATATCAGTAACTGGAGATGCTCATGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTggcg  <  1:823844/69‑1 (MQ=255) aCCTTCACTCTTGAATATCAGTAACTGGAGATGCTCATGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTggcg  <  1:848732/69‑1 (MQ=255) aCCTTCACTCTTGAATATCAGTAACTGGAGATGCTCATGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTggcg  <  1:863223/69‑1 (MQ=255) aCCTTCACTCTTGAATATCAGTAACTGGAGATGCTCATGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTggcg  <  1:868266/69‑1 (MQ=255) aCCTTCACTCTTGAATATCAGTAACTGGAGATGCTCATGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTggcg  <  1:917751/69‑1 (MQ=255) aCCTTCACTCTTGAATATCAGTAACTGGAGATGCTCATGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTggcg  <  1:924474/69‑1 (MQ=255) aCCTTCACTCTTGAATATCAGTAACTGGAGATGCTCATGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTggcg  <  1:972862/69‑1 (MQ=255) aCCTTCACTCTTGAATATCAGTAACTGGAGATGCTCATGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTggcg  <  1:28522/69‑1 (MQ=255) aCCTTCACTCTTGAATATCAGTAACTGGAGATGCTCATGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTggcg  <  1:1002296/69‑1 (MQ=255) aCCTTCACTCTTGAATATCAGTAACTGGAGATGCTCATGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTggcg  <  1:1028349/69‑1 (MQ=255) aCCTTCACTCTTGAATATCAGTAACTGGAGATGCTCATGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTggcg  <  1:1069335/69‑1 (MQ=255) aCCTTCACTCTTGAATATCAGTAACTGGAGATGCTCATGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTggcg  <  1:1100356/69‑1 (MQ=255) aCCTTCACTCTTGAATATCAGTAACTGGAGATGCTCATGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTggcg  <  1:1226161/69‑1 (MQ=255) aCCTTCACTCTTGAATATCAGTAACTGGAGATGCTCATGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTggcg  <  1:1248659/69‑1 (MQ=255) aCCTTCACTCTTGAATATCAGTAACTGGAGATGCTCATGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTggcg  <  1:1303795/69‑1 (MQ=255) aCCTTCACTCTTGAATATCAGTAACTGGAGATGCTCATGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTggcg  <  1:1330428/69‑1 (MQ=255) aCCTTCACTCTTGAATATCAGTAACTGGAGATGCTCATGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTggcg  <  1:1357901/69‑1 (MQ=255) aCCTTCACTCTTGAATATCAGTAACTGGAGATGCTCATGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTggcg  <  1:136518/69‑1 (MQ=255) aCCTTCACTCTTGAATATCAGTAACTGGAGATGCTCATGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTggcg  <  1:1452724/69‑1 (MQ=255) aCCTTCACTCTTGAATATCAGTAACTGGAGATGCTCATGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTggcg  <  1:146011/69‑1 (MQ=255) aCCTTCACTCTTGAATATCAGTAACTGGAGATGCTCATGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTggcg  <  1:1497857/69‑1 (MQ=255) aCCTTCACTCTTGAATATCAGTAACTGGAGATGCTCATGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTggcg  <  1:1507618/69‑1 (MQ=255) aCCTTCACTCTTGAATATCAGTAACTGGAGATGCTCATGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTggcg  <  1:1514989/69‑1 (MQ=255) aCCTTCACTCTTGAATATCAGTAACTGGAGATGCTCATGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTggcg  <  1:1521442/69‑1 (MQ=255) aCCTTCACTCTTGAATATCAGTAACTGGAGATGCTCATGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTggcg  <  1:180920/69‑1 (MQ=255) aCCTTCACTCTTGAATATCAGTAACTGGAGATGCTCATGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTggcg  <  1:185616/69‑1 (MQ=255) aCCTTCACTCTTGAATATCAGTAACTGGAGATGCTCATGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTggcg  <  1:229260/69‑1 (MQ=255) aCCTTCACTCTTGAATATCAGTAACTGGAGATGCTCATGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTggcg  <  1:264958/69‑1 (MQ=255) aCCTTCACTCTTGAATATCAGTAACTGGAGATGCTCATGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTggcg  <  1:272693/69‑1 (MQ=255) aCCTTCACTCTTGAATATCAGTAACTGGAGATGCTCATGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTggcg  <  1:330272/69‑1 (MQ=255) aCCTTCACTCTTGAATATCAGTAACTGGAGATGCACATGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTggcg  <  1:1340963/69‑1 (MQ=255)  ccTTCACTCTTGAATATCAGTAACTGGAGATGCTCATGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTggcg  <  1:1238980/68‑1 (MQ=255)    ttCACTCTTGAATATCAGTAACTGGAGATGCTCATGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTggcg  <  1:740720/66‑1 (MQ=255)                             agaTGCTCATGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTggcg  <  1:669964/41‑1 (MQ=255)                                                                     | ACCTTCACTCTTGAATATCAGTAACTGGAGATGCTCATGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTGGCG  >  W3110S.gb/4552931‑4552999

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑