Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	560597	560771	175	42 [0]	[0] 165	sfmD	predicted outer membrane export usher protein

AAATACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTGGC  >  W3110S.gb/560531‑560596                                                                  | aactACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTGGc  <  1:1456655/63‑1 (MQ=255) aaaTACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTGGc  <  1:743290/66‑1 (MQ=255) aaaTACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTGGc  <  1:257840/66‑1 (MQ=255) aaaTACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTGGc  <  1:264246/66‑1 (MQ=255) aaaTACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTGGc  <  1:349946/66‑1 (MQ=255) aaaTACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTGGc  <  1:360631/66‑1 (MQ=255) aaaTACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTGGc  <  1:387151/66‑1 (MQ=255) aaaTACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTGGc  <  1:505275/66‑1 (MQ=255) aaaTACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTGGc  <  1:5798/66‑1 (MQ=255) aaaTACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTGGc  <  1:580527/66‑1 (MQ=255) aaaTACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTGGc  <  1:697192/66‑1 (MQ=255) aaaTACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTGGc  <  1:204454/66‑1 (MQ=255) aaaTACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTGGc  <  1:786927/66‑1 (MQ=255) aaaTACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTGGc  <  1:799175/66‑1 (MQ=255) aaaTACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTGGc  <  1:809954/66‑1 (MQ=255) aaaTACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTGGc  <  1:81210/66‑1 (MQ=255) aaaTACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTGGc  <  1:844702/66‑1 (MQ=255) aaaTACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTGGc  <  1:863883/66‑1 (MQ=255) aaaTACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTGGc  <  1:97742/66‑1 (MQ=255) aaaTACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTGGc  <  1:97798/66‑1 (MQ=255) aaaTACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTGGc  <  1:989014/66‑1 (MQ=255) aaaTACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTGGc  <  1:99221/66‑1 (MQ=255) aaaTACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTGGc  <  1:1265802/66‑1 (MQ=255) aaaTACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTGGc  <  1:1021449/66‑1 (MQ=255) aaaTACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTGGc  <  1:106667/66‑1 (MQ=255) aaaTACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTGGc  <  1:111667/66‑1 (MQ=255) aaaTACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTGGc  <  1:1117003/66‑1 (MQ=255) aaaTACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTGGc  <  1:1122659/66‑1 (MQ=255) aaaTACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTGGc  <  1:11254/66‑1 (MQ=255) aaaTACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTGGc  <  1:1243243/66‑1 (MQ=255) aaaTACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTGGc  <  1:1257321/66‑1 (MQ=255) aaaTACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTGGc  <  1:1257729/66‑1 (MQ=255) aaaTACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTGGc  <  1:1000498/66‑1 (MQ=255) aaaTACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTGGc  <  1:1298613/66‑1 (MQ=255) aaaTACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTGGc  <  1:133355/66‑1 (MQ=255) aaaTACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTGGc  <  1:1397251/66‑1 (MQ=255) aaaTACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTGGc  <  1:1408030/66‑1 (MQ=255) aaaTACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTGGc  <  1:1574026/66‑1 (MQ=255) aaaTACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTGGc  <  1:160986/66‑1 (MQ=255) aaaTACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTGGc  <  1:167109/66‑1 (MQ=255) aaaTACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTGGc  <  1:183651/66‑1 (MQ=255) aaaTACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTGGc  <  1:192663/66‑1 (MQ=255)                                                                  | AAATACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTGGC  >  W3110S.gb/560531‑560596

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑