Missing coverage evidence...
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GCTTGAGTGTAGACCTTAAGCGAGGAGCAGGATCTTCTTTCAG  >  W3110S.gb/856293‑856335                                           | gCTTGAGTGTAGACCTTAAGCGAGGAGCAGGATCTTCTTTCAg  >  1:685458/1‑43 (MQ=255) gCTTGAGTGTAGACCTTAAGCGAGGAGCAGGATCTTCTTTCAg  >  1:1036277/1‑43 (MQ=255) gCTTGAGTGTAGACCTTAAGCGAGGAGCAGGATCTTCTTTCAg  >  1:202072/1‑43 (MQ=255) gCTTGAGTGTAGACCTTAAGCGAGGAGCAGGATCTTCTTTCAg  >  1:236075/1‑43 (MQ=255) gCTTGAGTGTAGACCTTAAGCGAGGAGCAGGATCTTCTTTCAg  >  1:326511/1‑43 (MQ=255) gCTTGAGTGTAGACCTTAAGCGAGGAGCAGGATCTTCTTTCAg  >  1:383766/1‑43 (MQ=255) gCTTGAGTGTAGACCTTAAGCGAGGAGCAGGATCTTCTTTCAg  >  1:473009/1‑43 (MQ=255) gCTTGAGTGTAGACCTTAAGCGAGGAGCAGGATCTTCTTTCAg  >  1:475221/1‑43 (MQ=255) gCTTGAGTGTAGACCTTAAGCGAGGAGCAGGATCTTCTTTCAg  >  1:48802/1‑43 (MQ=255) gCTTGAGTGTAGACCTTAAGCGAGGAGCAGGATCTTCTTTCAg  >  1:533268/1‑43 (MQ=255) gCTTGAGTGTAGACCTTAAGCGAGGAGCAGGATCTTCTTTCAg  >  1:1463757/1‑43 (MQ=255) gCTTGAGTGTAGACCTTAAGCGAGGAGCAGGATCTTCTTTCAg  >  1:814478/1‑43 (MQ=255) gCTTGAGTGTAGACCTTAAGCGAGGAGCAGGATCTTCTTTCAg  >  1:84841/1‑43 (MQ=255) gCTTGAGTGTAGACCTTAAGCGAGGAGCAGGATCTTCTTTCAg  >  1:87050/1‑43 (MQ=255) gCTTGAGTGTAGACCTTAAGCGAGGAGCAGGATCTTCTTTCAg  >  1:877931/1‑43 (MQ=255) gCTTGAGTGTAGACCTTAAGCGAGGAGCAGGATCTTCTTTCAg  >  1:88114/1‑43 (MQ=255) gCTTGAGTGTAGACCTTAAGCGAGGAGCAGGATCTTCTTTCAg  >  1:911621/1‑43 (MQ=255) gCTTGAGTGTAGACCTTAAGCGAGGAGCAGGATCTTCTTTCAg  >  1:944416/1‑43 (MQ=255) gCTTGAGTGTAGACCTTAAGCGAGGAGCAGGATCTTCTTTCAg  >  1:945385/1‑43 (MQ=255) gCTTGAGTGTAGACCTTAAGCGAGGAGCAGGATCTTCTTTCAg  >  1:956203/1‑43 (MQ=255) gCTTGAGTGTAGACCTTAAGCGAGGAGCAGGATCTTCTTTCAg  >  1:1164747/1‑43 (MQ=255) gCTTGAGTGTAGACCTTAAGCGAGGAGCAGGATCTTCTTTCAg  >  1:1045146/1‑43 (MQ=255) gCTTGAGTGTAGACCTTAAGCGAGGAGCAGGATCTTCTTTCAg  >  1:1051129/1‑43 (MQ=255) gCTTGAGTGTAGACCTTAAGCGAGGAGCAGGATCTTCTTTCAg  >  1:1062659/1‑43 (MQ=255) gCTTGAGTGTAGACCTTAAGCGAGGAGCAGGATCTTCTTTCAg  >  1:1066076/1‑43 (MQ=255) gCTTGAGTGTAGACCTTAAGCGAGGAGCAGGATCTTCTTTCAg  >  1:1087150/1‑43 (MQ=255) gCTTGAGTGTAGACCTTAAGCGAGGAGCAGGATCTTCTTTCAg  >  1:1100165/1‑43 (MQ=255) gCTTGAGTGTAGACCTTAAGCGAGGAGCAGGATCTTCTTTCAg  >  1:1102560/1‑43 (MQ=255) gCTTGAGTGTAGACCTTAAGCGAGGAGCAGGATCTTCTTTCAg  >  1:1107701/1‑43 (MQ=255) gCTTGAGTGTAGACCTTAAGCGAGGAGCAGGATCTTCTTTCAg  >  1:1108158/1‑43 (MQ=255) gCTTGAGTGTAGACCTTAAGCGAGGAGCAGGATCTTCTTTCAg  >  1:144146/1‑43 (MQ=255) gCTTGAGTGTAGACCTTAAGCGAGGAGCAGGATCTTCTTTCAg  >  1:1177292/1‑43 (MQ=255) gCTTGAGTGTAGACCTTAAGCGAGGAGCAGGATCTTCTTTCAg  >  1:1279644/1‑43 (MQ=255) gCTTGAGTGTAGACCTTAAGCGAGGAGCAGGATCTTCTTTCAg  >  1:12828/1‑43 (MQ=255) gCTTGAGTGTAGACCTTAAGCGAGGAGCAGGATCTTCTTTCAg  >  1:1304063/1‑43 (MQ=255) gCTTGAGTGTAGACCTTAAGCGAGGAGCAGGATCTTCTTTCAg  >  1:1320426/1‑43 (MQ=255) gCTTGAGTGTAGACCTTAAGCGAGGAGCAGGATCTTCTTTCAg  >  1:1367016/1‑43 (MQ=255) gCTTGAGTGTAGACCTTAAGCGAGGAGCAGGATCTTCTTTCAg  >  1:1395080/1‑43 (MQ=255) gCTTGAGTGTAGACCTTAAGCGAGGAGCAGGATCTTCTTTCAg  >  1:141009/1‑43 (MQ=255) gCTTGAGTGTAGACCTTAAGCGAGGACCAGCATCTTCTTTCAg  >  1:306157/1‑43 (MQ=37)                                           | GCTTGAGTGTAGACCTTAAGCGAGGAGCAGGATCTTCTTTCAG  >  W3110S.gb/856293‑856335

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑