Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	1137971	1138084	114	35 [0]	[0] 112	flgI	predicted flagellar basal body protein

CAGGCTGAGCGTATTCGCGATCTCACCAGTGTTCAGGGGGTAAGGCAAAACTCACTGATTGGCTATGGT  >  W3110S.gb/1137902‑1137970                                                                     | cAGGCTGAGCGTATTCGCGCTCTCACCAGTGTTCAGGGGGTAAGGCAAAACTCACTGATTGGCTATGGt  >  1:97600/1‑69 (MQ=255) cAGGCTGAGCGTATTCGCGATCTCACCAGTGTTCAGGGGGTAAGGCAAAACTCACTGATTGGCTATGGt  >  1:286090/1‑69 (MQ=255) cAGGCTGAGCGTATTCGCGATCTCACCAGTGTTCAGGGGGTAAGGCAAAACTCACTGATTGGCTATGGt  >  1:250555/1‑69 (MQ=255) cAGGCTGAGCGTATTCGCGATCTCACCAGTGTTCAGGGGGTAAGGCAAAACTCACTGATTGGCTATGGt  >  1:292202/1‑69 (MQ=255) cAGGCTGAGCGTATTCGCGATCTCACCAGTGTTCAGGGGGTAAGGCAAAACTCACTGATTGGCTATGGt  >  1:29317/1‑69 (MQ=255) cAGGCTGAGCGTATTCGCGATCTCACCAGTGTTCAGGGGGTAAGGCAAAACTCACTGATTGGCTATGGt  >  1:304157/1‑69 (MQ=255) cAGGCTGAGCGTATTCGCGATCTCACCAGTGTTCAGGGGGTAAGGCAAAACTCACTGATTGGCTATGGt  >  1:329926/1‑69 (MQ=255) cAGGCTGAGCGTATTCGCGATCTCACCAGTGTTCAGGGGGTAAGGCAAAACTCACTGATTGGCTATGGt  >  1:394154/1‑69 (MQ=255) cAGGCTGAGCGTATTCGCGATCTCACCAGTGTTCAGGGGGTAAGGCAAAACTCACTGATTGGCTATGGt  >  1:430550/1‑69 (MQ=255) cAGGCTGAGCGTATTCGCGATCTCACCAGTGTTCAGGGGGTAAGGCAAAACTCACTGATTGGCTATGGt  >  1:439156/1‑69 (MQ=255) cAGGCTGAGCGTATTCGCGATCTCACCAGTGTTCAGGGGGTAAGGCAAAACTCACTGATTGGCTATGGt  >  1:502329/1‑69 (MQ=255) cAGGCTGAGCGTATTCGCGATCTCACCAGTGTTCAGGGGGTAAGGCAAAACTCACTGATTGGCTATGGt  >  1:590510/1‑69 (MQ=255) cAGGCTGAGCGTATTCGCGATCTCACCAGTGTTCAGGGGGTAAGGCAAAACTCACTGATTGGCTATGGt  >  1:656524/1‑69 (MQ=255) cAGGCTGAGCGTATTCGCGATCTCACCAGTGTTCAGGGGGTAAGGCAAAACTCACTGATTGGCTATGGt  >  1:662695/1‑69 (MQ=255) cAGGCTGAGCGTATTCGCGATCTCACCAGTGTTCAGGGGGTAAGGCAAAACTCACTGATTGGCTATGGt  >  1:731787/1‑69 (MQ=255) cAGGCTGAGCGTATTCGCGATCTCACCAGTGTTCAGGGGGTAAGGCAAAACTCACTGATTGGCTATGGt  >  1:822133/1‑69 (MQ=255) cAGGCTGAGCGTATTCGCGATCTCACCAGTGTTCAGGGGGTAAGGCAAAACTCACTGATTGGCTATGGt  >  1:907814/1‑69 (MQ=255) cAGGCTGAGCGTATTCGCGATCTCACCAGTGTTCAGGGGGTAAGGCAAAACTCACTGATTGGCTATGGt  >  1:924503/1‑69 (MQ=255) cAGGCTGAGCGTATTCGCGATCTCACCAGTGTTCAGGGGGTAAGGCAAAACTCACTGATTGGCTATGGt  >  1:1450898/1‑69 (MQ=255) cAGGCTGAGCGTATTCGCGATCTCACCAGTGTTCAGGGGGTAAGGCAAAACTCACTGATTGGCTATGGt  >  1:1116162/1‑69 (MQ=255) cAGGCTGAGCGTATTCGCGATCTCACCAGTGTTCAGGGGGTAAGGCAAAACTCACTGATTGGCTATGGt  >  1:1189314/1‑69 (MQ=255) cAGGCTGAGCGTATTCGCGATCTCACCAGTGTTCAGGGGGTAAGGCAAAACTCACTGATTGGCTATGGt  >  1:119553/1‑69 (MQ=255) cAGGCTGAGCGTATTCGCGATCTCACCAGTGTTCAGGGGGTAAGGCAAAACTCACTGATTGGCTATGGt  >  1:1250400/1‑69 (MQ=255) cAGGCTGAGCGTATTCGCGATCTCACCAGTGTTCAGGGGGTAAGGCAAAACTCACTGATTGGCTATGGt  >  1:1260633/1‑69 (MQ=255) cAGGCTGAGCGTATTCGCGATCTCACCAGTGTTCAGGGGGTAAGGCAAAACTCACTGATTGGCTATGGt  >  1:128931/1‑69 (MQ=255) cAGGCTGAGCGTATTCGCGATCTCACCAGTGTTCAGGGGGTAAGGCAAAACTCACTGATTGGCTATGGt  >  1:135409/1‑69 (MQ=255) cAGGCTGAGCGTATTCGCGATCTCACCAGTGTTCAGGGGGTAAGGCAAAACTCACTGATTGGCTATGGt  >  1:1417541/1‑69 (MQ=255) cAGGCTGAGCGTATTCGCGATCTCACCAGTGTTCAGGGGGTAAGGCAAAACTCACTGATTGGCTATGGt  >  1:1017490/1‑69 (MQ=255) cAGGCTGAGCGTATTCGCGATCTCACCAGTGTTCAGGGGGTAAGGCAAAACTCACTGATTGGCTATGGt  >  1:1451967/1‑69 (MQ=255) cAGGCTGAGCGTATTCGCGATCTCACCAGTGTTCAGGGGGTAAGGCAAAACTCACTGATTGGCTATGGt  >  1:147174/1‑69 (MQ=255) cAGGCTGAGCGTATTCGCGATCTCACCAGTGTTCAGGGGGTAAGGCAAAACTCACTGATTGGCTATGGt  >  1:1480068/1‑69 (MQ=255) cAGGCTGAGCGTATTCGCGATCTCACCAGTGTTCAGGGGGTAAGGCAAAACTCACTGATTGGCTATGGt  >  1:1522022/1‑69 (MQ=255) cAGGCTGAGCGTATTCGCGATCTCACCAGTGTTCAGGGGGTAAGGCAAAACTCACTGATTGGCTATGGt  >  1:1588778/1‑69 (MQ=255) cAGGCTGAGCGTATTCGCGATCTCACCAGTGTTCAGGGGGTAAGGCAAAACTCACTGATTGGCTATGGt  >  1:1592416/1‑69 (MQ=255) cAGGCTGAGCGTATTCGCGATCTCACCAGTGTTCAGGGGGTAAGGCAAAACTCACTGATTGGCTATGGt  >  1:201294/1‑69 (MQ=255)                                                                     | CAGGCTGAGCGTATTCGCGATCTCACCAGTGTTCAGGGGGTAAGGCAAAACTCACTGATTGGCTATGGT  >  W3110S.gb/1137902‑1137970

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑