Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	1141142	1141184	43	31 [0]	[0] 27	flgK	flagellar hook‑filament junction protein 1

CACCCGCCTTGCCAGCAATACCACTTTTACGGTGACGCCGGATGCCAACGGTAAAGTGGCATTTGATGG  >  W3110S.gb/1141073‑1141141                                                                     | cgcccGCCTTGCCAGCAATACCACTTTTACGGTGACGCCGGATGCCAACGGTAAAGTGGCATTTGATgg  >  1:421609/3‑69 (MQ=255) cACCCGCCTTGCCAGCAATACCACTTTTACGGTGCCGCCGGATGCCAACGGTAAAGTGGCATTTGATgg  >  1:1557450/1‑69 (MQ=255) cACCCGCCTTGCCAGCAATACCACTTTTACGGTGACGCCGGATGCCAACGGTAAAGTGGCATTTGATgg  >  1:244532/1‑69 (MQ=255) cACCCGCCTTGCCAGCAATACCACTTTTACGGTGACGCCGGATGCCAACGGTAAAGTGGCATTTGATgg  >  1:978409/1‑69 (MQ=255) cACCCGCCTTGCCAGCAATACCACTTTTACGGTGACGCCGGATGCCAACGGTAAAGTGGCATTTGATgg  >  1:968286/1‑69 (MQ=255) cACCCGCCTTGCCAGCAATACCACTTTTACGGTGACGCCGGATGCCAACGGTAAAGTGGCATTTGATgg  >  1:948079/1‑69 (MQ=255) cACCCGCCTTGCCAGCAATACCACTTTTACGGTGACGCCGGATGCCAACGGTAAAGTGGCATTTGATgg  >  1:934185/1‑69 (MQ=255) cACCCGCCTTGCCAGCAATACCACTTTTACGGTGACGCCGGATGCCAACGGTAAAGTGGCATTTGATgg  >  1:822480/1‑69 (MQ=255) cACCCGCCTTGCCAGCAATACCACTTTTACGGTGACGCCGGATGCCAACGGTAAAGTGGCATTTGATgg  >  1:715992/1‑69 (MQ=255) cACCCGCCTTGCCAGCAATACCACTTTTACGGTGACGCCGGATGCCAACGGTAAAGTGGCATTTGATgg  >  1:709961/1‑69 (MQ=255) cACCCGCCTTGCCAGCAATACCACTTTTACGGTGACGCCGGATGCCAACGGTAAAGTGGCATTTGATgg  >  1:663940/1‑69 (MQ=255) cACCCGCCTTGCCAGCAATACCACTTTTACGGTGACGCCGGATGCCAACGGTAAAGTGGCATTTGATgg  >  1:663620/1‑69 (MQ=255) cACCCGCCTTGCCAGCAATACCACTTTTACGGTGACGCCGGATGCCAACGGTAAAGTGGCATTTGATgg  >  1:618436/1‑69 (MQ=255) cACCCGCCTTGCCAGCAATACCACTTTTACGGTGACGCCGGATGCCAACGGTAAAGTGGCATTTGATgg  >  1:614572/1‑69 (MQ=255) cACCCGCCTTGCCAGCAATACCACTTTTACGGTGACGCCGGATGCCAACGGTAAAGTGGCATTTGATgg  >  1:592398/1‑69 (MQ=255) cACCCGCCTTGCCAGCAATACCACTTTTACGGTGACGCCGGATGCCAACGGTAAAGTGGCATTTGATgg  >  1:405486/1‑69 (MQ=255) cACCCGCCTTGCCAGCAATACCACTTTTACGGTGACGCCGGATGCCAACGGTAAAGTGGCATTTGATgg  >  1:286231/1‑69 (MQ=255) cACCCGCCTTGCCAGCAATACCACTTTTACGGTGACGCCGGATGCCAACGGTAAAGTGGCATTTGATgg  >  1:1040122/1‑69 (MQ=255) cACCCGCCTTGCCAGCAATACCACTTTTACGGTGACGCCGGATGCCAACGGTAAAGTGGCATTTGATgg  >  1:175380/1‑69 (MQ=255) cACCCGCCTTGCCAGCAATACCACTTTTACGGTGACGCCGGATGCCAACGGTAAAGTGGCATTTGATgg  >  1:1538085/1‑69 (MQ=255) cACCCGCCTTGCCAGCAATACCACTTTTACGGTGACGCCGGATGCCAACGGTAAAGTGGCATTTGATgg  >  1:1486378/1‑69 (MQ=255) cACCCGCCTTGCCAGCAATACCACTTTTACGGTGACGCCGGATGCCAACGGTAAAGTGGCATTTGATgg  >  1:1456416/1‑69 (MQ=255) cACCCGCCTTGCCAGCAATACCACTTTTACGGTGACGCCGGATGCCAACGGTAAAGTGGCATTTGATgg  >  1:1442953/1‑69 (MQ=255) cACCCGCCTTGCCAGCAATACCACTTTTACGGTGACGCCGGATGCCAACGGTAAAGTGGCATTTGATgg  >  1:1378211/1‑69 (MQ=255) cACCCGCCTTGCCAGCAATACCACTTTTACGGTGACGCCGGATGCCAACGGTAAAGTGGCATTTGATgg  >  1:1374470/1‑69 (MQ=255) cACCCGCCTTGCCAGCAATACCACTTTTACGGTGACGCCGGATGCCAACGGTAAAGTGGCATTTGATgg  >  1:1372552/1‑69 (MQ=255) cACCCGCCTTGCCAGCAATACCACTTTTACGGTGACGCCGGATGCCAACGGTAAAGTGGCATTTGATgg  >  1:1274316/1‑69 (MQ=255) cACCCGCCTTGCCAGCAATACCACTTTTACGGTGACGCCGGATGCCAACGGTAAAGTGGCATTTGATgg  >  1:1135880/1‑69 (MQ=255) cACCCGCCTTGCCAGCAATACCACTTTTACGGTGACGCCGGATGCCAACGGTAAAGTGGCATTTGATgg  >  1:1126725/1‑69 (MQ=255) cACCCGCCTTGCCAGCAATACCACTTTTACGGTGACGCCGGATGCCAACGGTAAAGTGGCATTTGATgg  >  1:1126/1‑69 (MQ=255) cACCCGCCTTGCCAGCAATACCACTTTTACGGTGACGCCGGATGCCAACGGTAAAGTGGCATTTGATgg  >  1:1087722/1‑69 (MQ=255)                                                                     | CACCCGCCTTGCCAGCAATACCACTTTTACGGTGACGCCGGATGCCAACGGTAAAGTGGCATTTGATGG  >  W3110S.gb/1141073‑1141141

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑