Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	2734176	2734560	385	84 [0]	[0] 96	rluD	23S rRNA pseudouridine synthase

CTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACG  >  W3110S.gb/2734107‑2734175                                                                     | cTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCCCg  >  1:421311/1‑69 (MQ=255) cTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACg  >  1:455742/1‑69 (MQ=255) cTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACg  >  1:584011/1‑69 (MQ=255) cTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACg  >  1:583370/1‑69 (MQ=255) cTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACg  >  1:57507/1‑69 (MQ=255) cTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACg  >  1:572219/1‑69 (MQ=255) cTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACg  >  1:536945/1‑69 (MQ=255) cTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACg  >  1:53465/1‑69 (MQ=255) cTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACg  >  1:518668/1‑69 (MQ=255) cTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACg  >  1:505389/1‑69 (MQ=255) cTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACg  >  1:478227/1‑69 (MQ=255) cTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACg  >  1:456798/1‑69 (MQ=255) cTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACg  >  1:663982/1‑69 (MQ=255) cTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACg  >  1:450784/1‑69 (MQ=255) cTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACg  >  1:395801/1‑69 (MQ=255) cTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACg  >  1:383870/1‑69 (MQ=255) cTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACg  >  1:383463/1‑69 (MQ=255) cTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACg  >  1:351865/1‑69 (MQ=255) cTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACg  >  1:309503/1‑69 (MQ=255) cTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACg  >  1:28719/1‑69 (MQ=255) cTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACg  >  1:1003034/1‑69 (MQ=255) cTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACg  >  1:794973/1‑69 (MQ=255) cTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACg  >  1:993545/1‑69 (MQ=255) cTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACg  >  1:987668/1‑69 (MQ=255) cTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACg  >  1:973457/1‑69 (MQ=255) cTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACg  >  1:970845/1‑69 (MQ=255) cTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACg  >  1:967319/1‑69 (MQ=255) cTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACg  >  1:956925/1‑69 (MQ=255) cTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACg  >  1:898309/1‑69 (MQ=255) cTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACg  >  1:897107/1‑69 (MQ=255) cTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACg  >  1:868505/1‑69 (MQ=255) cTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACg  >  1:833744/1‑69 (MQ=255) cTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACg  >  1:259035/1‑69 (MQ=255) cTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACg  >  1:757120/1‑69 (MQ=255) cTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACg  >  1:741417/1‑69 (MQ=255) cTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACg  >  1:73976/1‑69 (MQ=255) cTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACg  >  1:730638/1‑69 (MQ=255) cTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACg  >  1:730326/1‑69 (MQ=255) cTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACg  >  1:730102/1‑69 (MQ=255) cTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACg  >  1:723535/1‑69 (MQ=255) cTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACg  >  1:721502/1‑69 (MQ=255) cTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACg  >  1:712175/1‑69 (MQ=255) cTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACg  >  1:1286551/1‑69 (MQ=255) cTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACg  >  1:227349/1‑69 (MQ=255) cTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACg  >  1:1446232/1‑69 (MQ=255) cTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACg  >  1:1431944/1‑69 (MQ=255) cTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACg  >  1:1421353/1‑69 (MQ=255) cTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACg  >  1:1414845/1‑69 (MQ=255) cTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACg  >  1:1360896/1‑69 (MQ=255) cTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACg  >  1:1336638/1‑69 (MQ=255) cTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACg  >  1:133125/1‑69 (MQ=255) cTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACg  >  1:1302943/1‑69 (MQ=255) cTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACg  >  1:1474117/1‑69 (MQ=255) cTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACg  >  1:128623/1‑69 (MQ=255) cTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACg  >  1:1284528/1‑69 (MQ=255) cTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACg  >  1:1174797/1‑69 (MQ=255) cTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACg  >  1:1131060/1‑69 (MQ=255) cTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACg  >  1:1115877/1‑69 (MQ=255) cTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACg  >  1:1099587/1‑69 (MQ=255) cTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACg  >  1:1090763/1‑69 (MQ=255) cTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACg  >  1:1073297/1‑69 (MQ=255) cTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACg  >  1:1048462/1‑69 (MQ=255) cTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACg  >  1:150764/1‑69 (MQ=255) cTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACg  >  1:223546/1‑69 (MQ=255) cTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACg  >  1:193142/1‑69 (MQ=255) cTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACg  >  1:184721/1‑69 (MQ=255) cTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACg  >  1:183851/1‑69 (MQ=255) cTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACg  >  1:183172/1‑69 (MQ=255) cTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACg  >  1:172240/1‑69 (MQ=255) cTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACg  >  1:1605772/1‑69 (MQ=255) cTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACg  >  1:1605059/1‑69 (MQ=255) cTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACg  >  1:1598771/1‑69 (MQ=255) cTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACg  >  1:1597470/1‑69 (MQ=255) cTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACg  >  1:1587886/1‑69 (MQ=255) cTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACg  >  1:1575295/1‑69 (MQ=255) cTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACg  >  1:1573841/1‑69 (MQ=255) cTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACg  >  1:1569791/1‑69 (MQ=255) cTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACg  >  1:1541895/1‑69 (MQ=255) cTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACg  >  1:1534047/1‑69 (MQ=255) cTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACg  >  1:1524043/1‑69 (MQ=255) cTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACg  >  1:1520675/1‑69 (MQ=255) cTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCGTCATACTCACGAGTAATTTCACg  >  1:1296689/1‑69 (MQ=255) cTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATAGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACg  >  1:1042543/1‑69 (MQ=255) cTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATAAGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACg  >  1:686685/1‑69 (MQ=255)                                                                     | CTCGTCCACCGTGCCACCTGCGGTCATATGACCAATCGCCACCGCTTCATACTCACGAGTAATTTCACG  >  W3110S.gb/2734107‑2734175

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑