Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	2756061	2756206	146	40 [0]	[0] 61	intA/yfjH	integrase/hypothetical protein

AAAAGCAGCAGATAGTGGTAGCATCGTTTTAACTCATTTGAGCAAAATTCGTCTTGTCGGATAAAATA  >  W3110S.gb/2755993‑2756060                                                                    | aaaaGCAGCAGATAGTGGTAGCATCGTTTTACCTCATTTGAGCAAAATTCGTCTTGTCGGATAAAata  >  1:487528/1‑68 (MQ=255) aaaaGCAGCAGATAGTGGTAGCATCGTTTTAACTCATTTGAGCAAAATTCGTCTTGTCGGATAAAata  >  1:524854/1‑68 (MQ=255) aaaaGCAGCAGATAGTGGTAGCATCGTTTTAACTCATTTGAGCAAAATTCGTCTTGTCGGATAAAata  >  1:348428/1‑68 (MQ=255) aaaaGCAGCAGATAGTGGTAGCATCGTTTTAACTCATTTGAGCAAAATTCGTCTTGTCGGATAAAata  >  1:359568/1‑68 (MQ=255) aaaaGCAGCAGATAGTGGTAGCATCGTTTTAACTCATTTGAGCAAAATTCGTCTTGTCGGATAAAata  >  1:39581/1‑68 (MQ=255) aaaaGCAGCAGATAGTGGTAGCATCGTTTTAACTCATTTGAGCAAAATTCGTCTTGTCGGATAAAata  >  1:398629/1‑68 (MQ=255) aaaaGCAGCAGATAGTGGTAGCATCGTTTTAACTCATTTGAGCAAAATTCGTCTTGTCGGATAAAata  >  1:404382/1‑68 (MQ=255) aaaaGCAGCAGATAGTGGTAGCATCGTTTTAACTCATTTGAGCAAAATTCGTCTTGTCGGATAAAata  >  1:407824/1‑68 (MQ=255) aaaaGCAGCAGATAGTGGTAGCATCGTTTTAACTCATTTGAGCAAAATTCGTCTTGTCGGATAAAata  >  1:461668/1‑68 (MQ=255) aaaaGCAGCAGATAGTGGTAGCATCGTTTTAACTCATTTGAGCAAAATTCGTCTTGTCGGATAAAata  >  1:478091/1‑68 (MQ=255) aaaaGCAGCAGATAGTGGTAGCATCGTTTTAACTCATTTGAGCAAAATTCGTCTTGTCGGATAAAata  >  1:332272/1‑68 (MQ=255) aaaaGCAGCAGATAGTGGTAGCATCGTTTTAACTCATTTGAGCAAAATTCGTCTTGTCGGATAAAata  >  1:579848/1‑68 (MQ=255) aaaaGCAGCAGATAGTGGTAGCATCGTTTTAACTCATTTGAGCAAAATTCGTCTTGTCGGATAAAata  >  1:640029/1‑68 (MQ=255) aaaaGCAGCAGATAGTGGTAGCATCGTTTTAACTCATTTGAGCAAAATTCGTCTTGTCGGATAAAata  >  1:645739/1‑68 (MQ=255) aaaaGCAGCAGATAGTGGTAGCATCGTTTTAACTCATTTGAGCAAAATTCGTCTTGTCGGATAAAata  >  1:665707/1‑68 (MQ=255) aaaaGCAGCAGATAGTGGTAGCATCGTTTTAACTCATTTGAGCAAAATTCGTCTTGTCGGATAAAata  >  1:708291/1‑68 (MQ=255) aaaaGCAGCAGATAGTGGTAGCATCGTTTTAACTCATTTGAGCAAAATTCGTCTTGTCGGATAAAata  >  1:713591/1‑68 (MQ=255) aaaaGCAGCAGATAGTGGTAGCATCGTTTTAACTCATTTGAGCAAAATTCGTCTTGTCGGATAAAata  >  1:842083/1‑68 (MQ=255) aaaaGCAGCAGATAGTGGTAGCATCGTTTTAACTCATTTGAGCAAAATTCGTCTTGTCGGATAAAata  >  1:898586/1‑68 (MQ=255) aaaaGCAGCAGATAGTGGTAGCATCGTTTTAACTCATTTGAGCAAAATTCGTCTTGTCGGATAAAata  >  1:994973/1‑68 (MQ=255) aaaaGCAGCAGATAGTGGTAGCATCGTTTTAACTCATTTGAGCAAAATTCGTCTTGTCGGATAAAata  >  1:1489762/1‑68 (MQ=255) aaaaGCAGCAGATAGTGGTAGCATCGTTTTAACTCATTTGAGCAAAATTCGTCTTGTCGGATAAAata  >  1:1074444/1‑68 (MQ=255) aaaaGCAGCAGATAGTGGTAGCATCGTTTTAACTCATTTGAGCAAAATTCGTCTTGTCGGATAAAata  >  1:1154328/1‑68 (MQ=255) aaaaGCAGCAGATAGTGGTAGCATCGTTTTAACTCATTTGAGCAAAATTCGTCTTGTCGGATAAAata  >  1:1193948/1‑68 (MQ=255) aaaaGCAGCAGATAGTGGTAGCATCGTTTTAACTCATTTGAGCAAAATTCGTCTTGTCGGATAAAata  >  1:1288857/1‑68 (MQ=255) aaaaGCAGCAGATAGTGGTAGCATCGTTTTAACTCATTTGAGCAAAATTCGTCTTGTCGGATAAAata  >  1:1339957/1‑68 (MQ=255) aaaaGCAGCAGATAGTGGTAGCATCGTTTTAACTCATTTGAGCAAAATTCGTCTTGTCGGATAAAata  >  1:1386289/1‑68 (MQ=255) aaaaGCAGCAGATAGTGGTAGCATCGTTTTAACTCATTTGAGCAAAATTCGTCTTGTCGGATAAAata  >  1:1405198/1‑68 (MQ=255) aaaaGCAGCAGATAGTGGTAGCATCGTTTTAACTCATTTGAGCAAAATTCGTCTTGTCGGATAAAata  >  1:1406935/1‑68 (MQ=255) aaaaGCAGCAGATAGTGGTAGCATCGTTTTAACTCATTTGAGCAAAATTCGTCTTGTCGGATAAAata  >  1:1455735/1‑68 (MQ=255) aaaaGCAGCAGATAGTGGTAGCATCGTTTTAACTCATTTGAGCAAAATTCGTCTTGTCGGATAAAata  >  1:1041184/1‑68 (MQ=255) aaaaGCAGCAGATAGTGGTAGCATCGTTTTAACTCATTTGAGCAAAATTCGTCTTGTCGGATAAAata  >  1:1509425/1‑68 (MQ=255) aaaaGCAGCAGATAGTGGTAGCATCGTTTTAACTCATTTGAGCAAAATTCGTCTTGTCGGATAAAata  >  1:1546903/1‑68 (MQ=255) aaaaGCAGCAGATAGTGGTAGCATCGTTTTAACTCATTTGAGCAAAATTCGTCTTGTCGGATAAAata  >  1:158375/1‑68 (MQ=255) aaaaGCAGCAGATAGTGGTAGCATCGTTTTAACTCATTTGAGCAAAATTCGTCTTGTCGGATAAAata  >  1:1587958/1‑68 (MQ=255) aaaaGCAGCAGATAGTGGTAGCATCGTTTTAACTCATTTGAGCAAAATTCGTCTTGTCGGATAAAata  >  1:174428/1‑68 (MQ=255) aaaaGCAGCAGATAGTGGTAGCATCGTTTTAACTCATTTGAGCAAAATTCGTCTTGTCGGATAAAata  >  1:238503/1‑68 (MQ=255) aaaaGCAGCAGATAGTGGTAGCATCGTTTTAACTCATTTGAGCAAAATTCGTCTTGTCGGATAAAata  >  1:276808/1‑68 (MQ=255) aaaaGCAGCAGATAGTGGTAGCATCGTTTTAACTCATTTGAGCAAAATTCGTCTTGTCGGATAAAata  >  1:278359/1‑68 (MQ=255) aaaaGCAGCAGATAGTGGTAGCATCGTTTTAACTCATTTGAGCAAAATTCGTCTTGTCGGATAAAata  >  1:281495/1‑68 (MQ=255)                                                                    | AAAAGCAGCAGATAGTGGTAGCATCGTTTTAACTCATTTGAGCAAAATTCGTCTTGTCGGATAAAATA  >  W3110S.gb/2755993‑2756060

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑