Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	2756262	2756277	16	70 [0]	[0] 148	intA/yfjH	integrase/hypothetical protein

GGGTGTTGCTCCTTTTGCAACGTATCACTTGTCAATAAATAGAAAGTGTAGATGT  >  W3110S.gb/2756207‑2756261                                                       | tggTGTTGCTCCTTTTGCAACGTATCACTTGTCAATAAATAGAAAGTGTAGATGt  <  1:1013188/54‑1 (MQ=255) gggTGTTGCTCCTTTTGCAACGTATCACTTGTCAATAAATAGAAAGTGTAGATGt  <  1:611591/55‑1 (MQ=255) gggTGTTGCTCCTTTTGCAACGTATCACTTGTCAATAAATAGAAAGTGTAGATGt  <  1:411530/55‑1 (MQ=255) gggTGTTGCTCCTTTTGCAACGTATCACTTGTCAATAAATAGAAAGTGTAGATGt  <  1:60898/55‑1 (MQ=255) gggTGTTGCTCCTTTTGCAACGTATCACTTGTCAATAAATAGAAAGTGTAGATGt  <  1:588862/55‑1 (MQ=255) gggTGTTGCTCCTTTTGCAACGTATCACTTGTCAATAAATAGAAAGTGTAGATGt  <  1:556579/55‑1 (MQ=255) gggTGTTGCTCCTTTTGCAACGTATCACTTGTCAATAAATAGAAAGTGTAGATGt  <  1:554486/55‑1 (MQ=255) gggTGTTGCTCCTTTTGCAACGTATCACTTGTCAATAAATAGAAAGTGTAGATGt  <  1:549227/55‑1 (MQ=255) gggTGTTGCTCCTTTTGCAACGTATCACTTGTCAATAAATAGAAAGTGTAGATGt  <  1:508692/55‑1 (MQ=255) gggTGTTGCTCCTTTTGCAACGTATCACTTGTCAATAAATAGAAAGTGTAGATGt  <  1:480132/55‑1 (MQ=255) gggTGTTGCTCCTTTTGCAACGTATCACTTGTCAATAAATAGAAAGTGTAGATGt  <  1:46877/55‑1 (MQ=255) gggTGTTGCTCCTTTTGCAACGTATCACTTGTCAATAAATAGAAAGTGTAGATGt  <  1:455588/55‑1 (MQ=255) gggTGTTGCTCCTTTTGCAACGTATCACTTGTCAATAAATAGAAAGTGTAGATGt  <  1:443879/55‑1 (MQ=255) gggTGTTGCTCCTTTTGCAACGTATCACTTGTCAATAAATAGAAAGTGTAGATGt  <  1:435985/55‑1 (MQ=255) gggTGTTGCTCCTTTTGCAACGTATCACTTGTCAATAAATAGAAAGTGTAGATGt  <  1:422999/55‑1 (MQ=255) gggTGTTGCTCCTTTTGCAACGTATCACTTGTCAATAAATAGAAAGTGTAGATGt  <  1:422625/55‑1 (MQ=255) gggTGTTGCTCCTTTTGCAACGTATCACTTGTCAATAAATAGAAAGTGTAGATGt  <  1:997523/55‑1 (MQ=255) gggTGTTGCTCCTTTTGCAACGTATCACTTGTCAATAAATAGAAAGTGTAGATGt  <  1:648679/55‑1 (MQ=255) gggTGTTGCTCCTTTTGCAACGTATCACTTGTCAATAAATAGAAAGTGTAGATGt  <  1:658935/55‑1 (MQ=255) gggTGTTGCTCCTTTTGCAACGTATCACTTGTCAATAAATAGAAAGTGTAGATGt  <  1:719246/55‑1 (MQ=255) gggTGTTGCTCCTTTTGCAACGTATCACTTGTCAATAAATAGAAAGTGTAGATGt  <  1:727742/55‑1 (MQ=255) gggTGTTGCTCCTTTTGCAACGTATCACTTGTCAATAAATAGAAAGTGTAGATGt  <  1:728172/55‑1 (MQ=255) gggTGTTGCTCCTTTTGCAACGTATCACTTGTCAATAAATAGAAAGTGTAGATGt  <  1:732673/55‑1 (MQ=255) gggTGTTGCTCCTTTTGCAACGTATCACTTGTCAATAAATAGAAAGTGTAGATGt  <  1:793702/55‑1 (MQ=255) gggTGTTGCTCCTTTTGCAACGTATCACTTGTCAATAAATAGAAAGTGTAGATGt  <  1:809681/55‑1 (MQ=255) gggTGTTGCTCCTTTTGCAACGTATCACTTGTCAATAAATAGAAAGTGTAGATGt  <  1:847677/55‑1 (MQ=255) gggTGTTGCTCCTTTTGCAACGTATCACTTGTCAATAAATAGAAAGTGTAGATGt  <  1:908026/55‑1 (MQ=255) gggTGTTGCTCCTTTTGCAACGTATCACTTGTCAATAAATAGAAAGTGTAGATGt  <  1:923872/55‑1 (MQ=255) gggTGTTGCTCCTTTTGCAACGTATCACTTGTCAATAAATAGAAAGTGTAGATGt  <  1:941138/55‑1 (MQ=255) gggTGTTGCTCCTTTTGCAACGTATCACTTGTCAATAAATAGAAAGTGTAGATGt  <  1:956667/55‑1 (MQ=255) gggTGTTGCTCCTTTTGCAACGTATCACTTGTCAATAAATAGAAAGTGTAGATGt  <  1:959368/55‑1 (MQ=255) gggTGTTGCTCCTTTTGCAACGTATCACTTGTCAATAAATAGAAAGTGTAGATGt  <  1:97183/55‑1 (MQ=255) gggTGTTGCTCCTTTTGCAACGTATCACTTGTCAATAAATAGAAAGTGTAGATGt  <  1:1012884/55‑1 (MQ=255) gggTGTTGCTCCTTTTGCAACGTATCACTTGTCAATAAATAGAAAGTGTAGATGt  <  1:1345127/55‑1 (MQ=255) gggTGTTGCTCCTTTTGCAACGTATCACTTGTCAATAAATAGAAAGTGTAGATGt  <  1:1026557/55‑1 (MQ=255) gggTGTTGCTCCTTTTGCAACGTATCACTTGTCAATAAATAGAAAGTGTAGATGt  <  1:1026857/55‑1 (MQ=255) gggTGTTGCTCCTTTTGCAACGTATCACTTGTCAATAAATAGAAAGTGTAGATGt  <  1:1085198/55‑1 (MQ=255) gggTGTTGCTCCTTTTGCAACGTATCACTTGTCAATAAATAGAAAGTGTAGATGt  <  1:1130575/55‑1 (MQ=255) gggTGTTGCTCCTTTTGCAACGTATCACTTGTCAATAAATAGAAAGTGTAGATGt  <  1:1136263/55‑1 (MQ=255) gggTGTTGCTCCTTTTGCAACGTATCACTTGTCAATAAATAGAAAGTGTAGATGt  <  1:1169461/55‑1 (MQ=255) gggTGTTGCTCCTTTTGCAACGTATCACTTGTCAATAAATAGAAAGTGTAGATGt  <  1:117957/55‑1 (MQ=255) gggTGTTGCTCCTTTTGCAACGTATCACTTGTCAATAAATAGAAAGTGTAGATGt  <  1:1195350/55‑1 (MQ=255) gggTGTTGCTCCTTTTGCAACGTATCACTTGTCAATAAATAGAAAGTGTAGATGt  <  1:1210813/55‑1 (MQ=255) gggTGTTGCTCCTTTTGCAACGTATCACTTGTCAATAAATAGAAAGTGTAGATGt  <  1:1253588/55‑1 (MQ=255) gggTGTTGCTCCTTTTGCAACGTATCACTTGTCAATAAATAGAAAGTGTAGATGt  <  1:1257301/55‑1 (MQ=255) gggTGTTGCTCCTTTTGCAACGTATCACTTGTCAATAAATAGAAAGTGTAGATGt  <  1:13175/55‑1 (MQ=255) gggTGTTGCTCCTTTTGCAACGTATCACTTGTCAATAAATAGAAAGTGTAGATGt  <  1:1338025/55‑1 (MQ=255) gggTGTTGCTCCTTTTGCAACGTATCACTTGTCAATAAATAGAAAGTGTAGATGt  <  1:366238/55‑1 (MQ=255) gggTGTTGCTCCTTTTGCAACGTATCACTTGTCAATAAATAGAAAGTGTAGATGt  <  1:1457544/55‑1 (MQ=255) gggTGTTGCTCCTTTTGCAACGTATCACTTGTCAATAAATAGAAAGTGTAGATGt  <  1:1516600/55‑1 (MQ=255) gggTGTTGCTCCTTTTGCAACGTATCACTTGTCAATAAATAGAAAGTGTAGATGt  <  1:277195/55‑1 (MQ=255) gggTGTTGCTCCTTTTGCAACGTATCACTTGTCAATAAATAGAAAGTGTAGATGt  <  1:179275/55‑1 (MQ=255) gggTGTTGCTCCTTTTGCAACGTATCACTTGTCAATAAATAGAAAGTGTAGATGt  <  1:1607011/55‑1 (MQ=255) gggTGTTGCTCCTTTTGCAACGTATCACTTGTCAATAAATAGAAAGTGTAGATGt  <  1:1586471/55‑1 (MQ=255) gggTGTTGCTCCTTTTGCAACGTATCACTTGTCAATAAATAGAAAGTGTAGATGt  <  1:1559672/55‑1 (MQ=255) gggTGTTGCTCCTTTTGCAACGTATCACTTGTCAATAAATAGAAAGTGTAGATGt  <  1:1501709/55‑1 (MQ=255) gggTGTTGCTCCTTTTGCAACGTATCACTTGTCAATAAATAGAAAGTGTAGATGt  <  1:1492127/55‑1 (MQ=255) gggTGTTGCTCCTTTTGCAACGTATCACTTGTCAATAAATAGAAAGTGTAGATGt  <  1:299260/55‑1 (MQ=255) gggTGTTGCTCCTTTTGCAACGTATCACTTGTCAATAAATAGAAAGTGTAGATGt  <  1:1457700/55‑1 (MQ=255) gggTGTTGCTCCTTTTGCAACGTATCACTTGTCAATAAATAGAAAGTGGAGATGt  <  1:2955/55‑1 (MQ=255) gggTGTTGCTCCTTCTGCAACGTATCACTTGTCAATAAATAGAAAGTGTAGATGt  <  1:1329290/55‑1 (MQ=255) gggTGTTACTCCTTTTGCAACGTATCACTTGTCAATAAATAGAAAGTGTAGATGt  <  1:1308542/55‑1 (MQ=255)  ggTGTTGCTCCTTTTGCTACGTATCACTTGTCAATAAATAGAAAGTGTAGATGt  <  1:582068/54‑1 (MQ=255)  ggTGTTGCTCCTTTTGCAACGTATCACTTGTCAATAAATAGAAAGTGTAGATGt  <  1:1197941/54‑1 (MQ=255)  ggTGTTGCTCCTTTTGCAACGTATCACTTGTCAATAAATAGAAAGTGTAGATGt  <  1:1397112/54‑1 (MQ=255)     gtTGCTCCTTTTGCAACGTATCACTTGTCAATAAATAGAAAGTGTAGATGt  <  1:737661/51‑1 (MQ=255)      ttGCTCCTTTTGCAACGTATCACTTGTCAATAAATAGAAAGTGTAGATGt  <  1:384810/50‑1 (MQ=255)               ttGCAACGTATCACTTGTCAATAAATAGAAAGTGTAGATGt  <  1:478029/41‑1 (MQ=255)                tGCAACGTATCACTTGTCAATAAATAGAAAGTGTAGATGt  <  1:344024/40‑1 (MQ=255)                    aCGTATCACTTGTCAATAAATAGAAAGTGTAGATGt  <  1:632620/36‑1 (MQ=255)                                                       | GGGTGTTGCTCCTTTTGCAACGTATCACTTGTCAATAAATAGAAAGTGTAGATGT  >  W3110S.gb/2756207‑2756261

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑