Missing coverage evidence...
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GACGGAAGAAGCTACCCGGGATACGACCAGCAGCGTAGGTACGCTCCTGATAGTTAACGGTCAGTGGG  >  W3110S.gb/3310786‑3310853                                                                    | gacgGAAGAAGCTACCCGGGATACGACCAGCAGCGTAGGTACGCTCCTGATAGTTAACGGTCAGTggg  <  1:403677/68‑1 (MQ=255) gacgGAAGAAGCTACCCGGGATACGACCAGCAGCGTAGGTACGCTCCTGATAGTTAACGGTCAGTggg  <  1:993375/68‑1 (MQ=255) gacgGAAGAAGCTACCCGGGATACGACCAGCAGCGTAGGTACGCTCCTGATAGTTAACGGTCAGTggg  <  1:98216/68‑1 (MQ=255) gacgGAAGAAGCTACCCGGGATACGACCAGCAGCGTAGGTACGCTCCTGATAGTTAACGGTCAGTggg  <  1:938015/68‑1 (MQ=255) gacgGAAGAAGCTACCCGGGATACGACCAGCAGCGTAGGTACGCTCCTGATAGTTAACGGTCAGTggg  <  1:92512/68‑1 (MQ=255) gacgGAAGAAGCTACCCGGGATACGACCAGCAGCGTAGGTACGCTCCTGATAGTTAACGGTCAGTggg  <  1:889451/68‑1 (MQ=255) gacgGAAGAAGCTACCCGGGATACGACCAGCAGCGTAGGTACGCTCCTGATAGTTAACGGTCAGTggg  <  1:81015/68‑1 (MQ=255) gacgGAAGAAGCTACCCGGGATACGACCAGCAGCGTAGGTACGCTCCTGATAGTTAACGGTCAGTggg  <  1:722027/68‑1 (MQ=255) gacgGAAGAAGCTACCCGGGATACGACCAGCAGCGTAGGTACGCTCCTGATAGTTAACGGTCAGTggg  <  1:645837/68‑1 (MQ=255) gacgGAAGAAGCTACCCGGGATACGACCAGCAGCGTAGGTACGCTCCTGATAGTTAACGGTCAGTggg  <  1:628596/68‑1 (MQ=255) gacgGAAGAAGCTACCCGGGATACGACCAGCAGCGTAGGTACGCTCCTGATAGTTAACGGTCAGTggg  <  1:615319/68‑1 (MQ=255) gacgGAAGAAGCTACCCGGGATACGACCAGCAGCGTAGGTACGCTCCTGATAGTTAACGGTCAGTggg  <  1:533941/68‑1 (MQ=255) gacgGAAGAAGCTACCCGGGATACGACCAGCAGCGTAGGTACGCTCCTGATAGTTAACGGTCAGTggg  <  1:482061/68‑1 (MQ=255) gacgGAAGAAGCTACCCGGGATACGACCAGCAGCGTAGGTACGCTCCTGATAGTTAACGGTCAGTggg  <  1:438100/68‑1 (MQ=255) gacgGAAGAAGCTACCCGGGATACGACCAGCAGCGTAGGTACGCTCCTGATAGTTAACGGTCAGTggg  <  1:427424/68‑1 (MQ=255) gacgGAAGAAGCTACCCGGGATACGACCAGCAGCGTAGGTACGCTCCTGATAGTTAACGGTCAGTggg  <  1:1004008/68‑1 (MQ=255) gacgGAAGAAGCTACCCGGGATACGACCAGCAGCGTAGGTACGCTCCTGATAGTTAACGGTCAGTggg  <  1:388441/68‑1 (MQ=255) gacgGAAGAAGCTACCCGGGATACGACCAGCAGCGTAGGTACGCTCCTGATAGTTAACGGTCAGTggg  <  1:322179/68‑1 (MQ=255) gacgGAAGAAGCTACCCGGGATACGACCAGCAGCGTAGGTACGCTCCTGATAGTTAACGGTCAGTggg  <  1:306873/68‑1 (MQ=255) gacgGAAGAAGCTACCCGGGATACGACCAGCAGCGTAGGTACGCTCCTGATAGTTAACGGTCAGTggg  <  1:264751/68‑1 (MQ=255) gacgGAAGAAGCTACCCGGGATACGACCAGCAGCGTAGGTACGCTCCTGATAGTTAACGGTCAGTggg  <  1:151051/68‑1 (MQ=255) gacgGAAGAAGCTACCCGGGATACGACCAGCAGCGTAGGTACGCTCCTGATAGTTAACGGTCAGTggg  <  1:1313332/68‑1 (MQ=255) gacgGAAGAAGCTACCCGGGATACGACCAGCAGCGTAGGTACGCTCCTGATAGTTAACGGTCAGTggg  <  1:1234125/68‑1 (MQ=255) gacgGAAGAAGCTACCCGGGATACGACCAGCAGCGTAGGTACGCTCCTGATAGTTAACGGTCAGTggg  <  1:1215997/68‑1 (MQ=255) gacgGAAGAAGCTACCCGGGATACGACCAGCAGCGTAGGTACGCTCCTGATAGTTAACGGTCAGTggg  <  1:1195352/68‑1 (MQ=255) gacgGAAGAAGCTACCCGGGATACGACCAGCAGCGTAGGTACGCTCCTGATAGTTAACGGTCAGTggg  <  1:1188668/68‑1 (MQ=255) gacgGAAGAAGCTACCCGGGATACGACCAGCAGCGTAGGTACGCTCCTGATAGTTAACGGTCAGTggg  <  1:1184501/68‑1 (MQ=255) gacgGAAGAAGCTACCCGGGATACGACCAGCAGCGTAGGTACGCTCCTGATAGTTAACGGTCAGTggg  <  1:1137803/68‑1 (MQ=255)  acgGAAGAAGCTACCCGGGATACGACCAGCAGCGTAGTTACGCTCCTGATAGTTAACGGTCAGTggg  <  1:1014976/67‑1 (MQ=255)                   ggATACGACCAGCAGCGTAGGTACGCTCCTGATAGTTAACGGTCAGTggg  <  1:279178/50‑1 (MQ=255)                     aTACGACCAGCAGCGTAGGTACGCTCCTGATAGTTAACGGTCAGTggg  <  1:774855/48‑1 (MQ=255)                                                                    | GACGGAAGAAGCTACCCGGGATACGACCAGCAGCGTAGGTACGCTCCTGATAGTTAACGGTCAGTGGG  >  W3110S.gb/3310786‑3310853

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑