Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	3345476	3345664	189	87 [0]	[0] 106	rpoN	RNA polymerase, sigma 54 (sigma N) factor

TAAGCATAACGGTCACTGGACGGTAGAACTCAACAGTGACAGCATTCCGCGTCTGCAAATCAACCAGC  >  W3110S.gb/3345408‑3345475                                                                    | taggCATAACGGTCACTGGACGGTAGAACTCAACAGTGACAGCATTCCGCGTCTGCAAATCAACCAGc  <  1:1211236/65‑1 (MQ=255) tAAGCCTAACGGTCACTGGACGGTAGAACTCAACAGTGACAGCATTCCGCGTCTGCAAATCAACCAGc  <  1:1564987/68‑1 (MQ=255) tAAGCATAACGGTCACTGGACGGTATAACTCAACAGTGACAGCATTCCGCGTCTGCAAATCAACCAGc  <  1:57710/68‑1 (MQ=255) tAAGCATAACGGTCACTGGACGGTAGAACTCAACAGTGACAGCATTCCGCGTCTGCAAATCCACCAGc  <  1:207519/68‑1 (MQ=255) tAAGCATAACGGTCACTGGACGGTAGAACTCAACAGTGACAGCATTCCGCGTCTGCAAATCAACCAGc  <  1:525467/68‑1 (MQ=255) tAAGCATAACGGTCACTGGACGGTAGAACTCAACAGTGACAGCATTCCGCGTCTGCAAATCAACCAGc  <  1:633663/68‑1 (MQ=255) tAAGCATAACGGTCACTGGACGGTAGAACTCAACAGTGACAGCATTCCGCGTCTGCAAATCAACCAGc  <  1:61306/68‑1 (MQ=255) tAAGCATAACGGTCACTGGACGGTAGAACTCAACAGTGACAGCATTCCGCGTCTGCAAATCAACCAGc  <  1:611760/68‑1 (MQ=255) tAAGCATAACGGTCACTGGACGGTAGAACTCAACAGTGACAGCATTCCGCGTCTGCAAATCAACCAGc  <  1:600984/68‑1 (MQ=255) tAAGCATAACGGTCACTGGACGGTAGAACTCAACAGTGACAGCATTCCGCGTCTGCAAATCAACCAGc  <  1:571514/68‑1 (MQ=255) tAAGCATAACGGTCACTGGACGGTAGAACTCAACAGTGACAGCATTCCGCGTCTGCAAATCAACCAGc  <  1:556545/68‑1 (MQ=255) tAAGCATAACGGTCACTGGACGGTAGAACTCAACAGTGACAGCATTCCGCGTCTGCAAATCAACCAGc  <  1:546095/68‑1 (MQ=255) tAAGCATAACGGTCACTGGACGGTAGAACTCAACAGTGACAGCATTCCGCGTCTGCAAATCAACCAGc  <  1:533007/68‑1 (MQ=255) tAAGCATAACGGTCACTGGACGGTAGAACTCAACAGTGACAGCATTCCGCGTCTGCAAATCAACCAGc  <  1:678283/68‑1 (MQ=255) tAAGCATAACGGTCACTGGACGGTAGAACTCAACAGTGACAGCATTCCGCGTCTGCAAATCAACCAGc  <  1:51287/68‑1 (MQ=255) tAAGCATAACGGTCACTGGACGGTAGAACTCAACAGTGACAGCATTCCGCGTCTGCAAATCAACCAGc  <  1:512197/68‑1 (MQ=255) tAAGCATAACGGTCACTGGACGGTAGAACTCAACAGTGACAGCATTCCGCGTCTGCAAATCAACCAGc  <  1:496711/68‑1 (MQ=255) tAAGCATAACGGTCACTGGACGGTAGAACTCAACAGTGACAGCATTCCGCGTCTGCAAATCAACCAGc  <  1:484731/68‑1 (MQ=255) tAAGCATAACGGTCACTGGACGGTAGAACTCAACAGTGACAGCATTCCGCGTCTGCAAATCAACCAGc  <  1:482827/68‑1 (MQ=255) tAAGCATAACGGTCACTGGACGGTAGAACTCAACAGTGACAGCATTCCGCGTCTGCAAATCAACCAGc  <  1:447286/68‑1 (MQ=255) tAAGCATAACGGTCACTGGACGGTAGAACTCAACAGTGACAGCATTCCGCGTCTGCAAATCAACCAGc  <  1:389851/68‑1 (MQ=255) tAAGCATAACGGTCACTGGACGGTAGAACTCAACAGTGACAGCATTCCGCGTCTGCAAATCAACCAGc  <  1:341670/68‑1 (MQ=255) tAAGCATAACGGTCACTGGACGGTAGAACTCAACAGTGACAGCATTCCGCGTCTGCAAATCAACCAGc  <  1:334272/68‑1 (MQ=255) tAAGCATAACGGTCACTGGACGGTAGAACTCAACAGTGACAGCATTCCGCGTCTGCAAATCAACCAGc  <  1:755147/68‑1 (MQ=255) tAAGCATAACGGTCACTGGACGGTAGAACTCAACAGTGACAGCATTCCGCGTCTGCAAATCAACCAGc  <  1:97038/68‑1 (MQ=255) tAAGCATAACGGTCACTGGACGGTAGAACTCAACAGTGACAGCATTCCGCGTCTGCAAATCAACCAGc  <  1:915724/68‑1 (MQ=255) tAAGCATAACGGTCACTGGACGGTAGAACTCAACAGTGACAGCATTCCGCGTCTGCAAATCAACCAGc  <  1:888503/68‑1 (MQ=255) tAAGCATAACGGTCACTGGACGGTAGAACTCAACAGTGACAGCATTCCGCGTCTGCAAATCAACCAGc  <  1:883194/68‑1 (MQ=255) tAAGCATAACGGTCACTGGACGGTAGAACTCAACAGTGACAGCATTCCGCGTCTGCAAATCAACCAGc  <  1:881347/68‑1 (MQ=255) tAAGCATAACGGTCACTGGACGGTAGAACTCAACAGTGACAGCATTCCGCGTCTGCAAATCAACCAGc  <  1:847696/68‑1 (MQ=255) tAAGCATAACGGTCACTGGACGGTAGAACTCAACAGTGACAGCATTCCGCGTCTGCAAATCAACCAGc  <  1:826481/68‑1 (MQ=255) tAAGCATAACGGTCACTGGACGGTAGAACTCAACAGTGACAGCATTCCGCGTCTGCAAATCAACCAGc  <  1:824803/68‑1 (MQ=255) tAAGCATAACGGTCACTGGACGGTAGAACTCAACAGTGACAGCATTCCGCGTCTGCAAATCAACCAGc  <  1:79897/68‑1 (MQ=255) tAAGCATAACGGTCACTGGACGGTAGAACTCAACAGTGACAGCATTCCGCGTCTGCAAATCAACCAGc  <  1:765037/68‑1 (MQ=255) tAAGCATAACGGTCACTGGACGGTAGAACTCAACAGTGACAGCATTCCGCGTCTGCAAATCAACCAGc  <  1:645345/68‑1 (MQ=255) tAAGCATAACGGTCACTGGACGGTAGAACTCAACAGTGACAGCATTCCGCGTCTGCAAATCAACCAGc  <  1:748137/68‑1 (MQ=255) tAAGCATAACGGTCACTGGACGGTAGAACTCAACAGTGACAGCATTCCGCGTCTGCAAATCAACCAGc  <  1:737166/68‑1 (MQ=255) tAAGCATAACGGTCACTGGACGGTAGAACTCAACAGTGACAGCATTCCGCGTCTGCAAATCAACCAGc  <  1:731473/68‑1 (MQ=255) tAAGCATAACGGTCACTGGACGGTAGAACTCAACAGTGACAGCATTCCGCGTCTGCAAATCAACCAGc  <  1:723882/68‑1 (MQ=255) tAAGCATAACGGTCACTGGACGGTAGAACTCAACAGTGACAGCATTCCGCGTCTGCAAATCAACCAGc  <  1:717455/68‑1 (MQ=255) tAAGCATAACGGTCACTGGACGGTAGAACTCAACAGTGACAGCATTCCGCGTCTGCAAATCAACCAGc  <  1:714285/68‑1 (MQ=255) tAAGCATAACGGTCACTGGACGGTAGAACTCAACAGTGACAGCATTCCGCGTCTGCAAATCAACCAGc  <  1:704324/68‑1 (MQ=255) tAAGCATAACGGTCACTGGACGGTAGAACTCAACAGTGACAGCATTCCGCGTCTGCAAATCAACCAGc  <  1:703588/68‑1 (MQ=255) tAAGCATAACGGTCACTGGACGGTAGAACTCAACAGTGACAGCATTCCGCGTCTGCAAATCAACCAGc  <  1:703406/68‑1 (MQ=255) tAAGCATAACGGTCACTGGACGGTAGAACTCAACAGTGACAGCATTCCGCGTCTGCAAATCAACCAGc  <  1:30945/68‑1 (MQ=255) tAAGCATAACGGTCACTGGACGGTAGAACTCAACAGTGACAGCATTCCGCGTCTGCAAATCAACCAGc  <  1:1177259/68‑1 (MQ=255) tAAGCATAACGGTCACTGGACGGTAGAACTCAACAGTGACAGCATTCCGCGTCTGCAAATCAACCAGc  <  1:1375651/68‑1 (MQ=255) tAAGCATAACGGTCACTGGACGGTAGAACTCAACAGTGACAGCATTCCGCGTCTGCAAATCAACCAGc  <  1:1369821/68‑1 (MQ=255) tAAGCATAACGGTCACTGGACGGTAGAACTCAACAGTGACAGCATTCCGCGTCTGCAAATCAACCAGc  <  1:1366073/68‑1 (MQ=255) tAAGCATAACGGTCACTGGACGGTAGAACTCAACAGTGACAGCATTCCGCGTCTGCAAATCAACCAGc  <  1:1346816/68‑1 (MQ=255) tAAGCATAACGGTCACTGGACGGTAGAACTCAACAGTGACAGCATTCCGCGTCTGCAAATCAACCAGc  <  1:1325187/68‑1 (MQ=255) tAAGCATAACGGTCACTGGACGGTAGAACTCAACAGTGACAGCATTCCGCGTCTGCAAATCAACCAGc  <  1:1317149/68‑1 (MQ=255) tAAGCATAACGGTCACTGGACGGTAGAACTCAACAGTGACAGCATTCCGCGTCTGCAAATCAACCAGc  <  1:1302088/68‑1 (MQ=255) tAAGCATAACGGTCACTGGACGGTAGAACTCAACAGTGACAGCATTCCGCGTCTGCAAATCAACCAGc  <  1:1293582/68‑1 (MQ=255) tAAGCATAACGGTCACTGGACGGTAGAACTCAACAGTGACAGCATTCCGCGTCTGCAAATCAACCAGc  <  1:1268785/68‑1 (MQ=255) tAAGCATAACGGTCACTGGACGGTAGAACTCAACAGTGACAGCATTCCGCGTCTGCAAATCAACCAGc  <  1:1209238/68‑1 (MQ=255) tAAGCATAACGGTCACTGGACGGTAGAACTCAACAGTGACAGCATTCCGCGTCTGCAAATCAACCAGc  <  1:1378376/68‑1 (MQ=255) tAAGCATAACGGTCACTGGACGGTAGAACTCAACAGTGACAGCATTCCGCGTCTGCAAATCAACCAGc  <  1:1161007/68‑1 (MQ=255) tAAGCATAACGGTCACTGGACGGTAGAACTCAACAGTGACAGCATTCCGCGTCTGCAAATCAACCAGc  <  1:1085750/68‑1 (MQ=255) tAAGCATAACGGTCACTGGACGGTAGAACTCAACAGTGACAGCATTCCGCGTCTGCAAATCAACCAGc  <  1:1081260/68‑1 (MQ=255) tAAGCATAACGGTCACTGGACGGTAGAACTCAACAGTGACAGCATTCCGCGTCTGCAAATCAACCAGc  <  1:1073761/68‑1 (MQ=255) tAAGCATAACGGTCACTGGACGGTAGAACTCAACAGTGACAGCATTCCGCGTCTGCAAATCAACCAGc  <  1:1073038/68‑1 (MQ=255) tAAGCATAACGGTCACTGGACGGTAGAACTCAACAGTGACAGCATTCCGCGTCTGCAAATCAACCAGc  <  1:1064389/68‑1 (MQ=255) tAAGCATAACGGTCACTGGACGGTAGAACTCAACAGTGACAGCATTCCGCGTCTGCAAATCAACCAGc  <  1:1063313/68‑1 (MQ=255) tAAGCATAACGGTCACTGGACGGTAGAACTCAACAGTGACAGCATTCCGCGTCTGCAAATCAACCAGc  <  1:1041460/68‑1 (MQ=255) tAAGCATAACGGTCACTGGACGGTAGAACTCAACAGTGACAGCATTCCGCGTCTGCAAATCAACCAGc  <  1:1017358/68‑1 (MQ=255) tAAGCATAACGGTCACTGGACGGTAGAACTCAACAGTGACAGCATTCCGCGTCTGCAAATCAACCAGc  <  1:1592626/68‑1 (MQ=255) tAAGCATAACGGTCACTGGACGGTAGAACTCAACAGTGACAGCATTCCGCGTCTGCAAATCAACCAGc  <  1:1000335/68‑1 (MQ=255) tAAGCATAACGGTCACTGGACGGTAGAACTCAACAGTGACAGCATTCCGCGTCTGCAAATCAACCAGc  <  1:30610/68‑1 (MQ=255) tAAGCATAACGGTCACTGGACGGTAGAACTCAACAGTGACAGCATTCCGCGTCTGCAAATCAACCAGc  <  1:277329/68‑1 (MQ=255) tAAGCATAACGGTCACTGGACGGTAGAACTCAACAGTGACAGCATTCCGCGTCTGCAAATCAACCAGc  <  1:246428/68‑1 (MQ=255) tAAGCATAACGGTCACTGGACGGTAGAACTCAACAGTGACAGCATTCCGCGTCTGCAAATCAACCAGc  <  1:230382/68‑1 (MQ=255) tAAGCATAACGGTCACTGGACGGTAGAACTCAACAGTGACAGCATTCCGCGTCTGCAAATCAACCAGc  <  1:219348/68‑1 (MQ=255) tAAGCATAACGGTCACTGGACGGTAGAACTCAACAGTGACAGCATTCCGCGTCTGCAAATCAACCAGc  <  1:215787/68‑1 (MQ=255) tAAGCATAACGGTCACTGGACGGTAGAACTCAACAGTGACAGCATTCCGCGTCTGCAAATCAACCAGc  <  1:170298/68‑1 (MQ=255) tAAGCATAACGGTCACTGGACGGTAGAACTCAACAGTGACAGCATTCCGCGTCTGCAAATCAACCAGc  <  1:327264/68‑1 (MQ=255) tAAGCATAACGGTCACTGGACGGTAGAACTCAACAGTGACAGCATTCCGCGTCTGCAAATCAACCAGc  <  1:157654/68‑1 (MQ=255) tAAGCATAACGGTCACTGGACGGTAGAACTCAACAGTGACAGCATTCCGCGTCTGCAAATCAACCAGc  <  1:1575488/68‑1 (MQ=255) tAAGCATAACGGTCACTGGACGGTAGAACTCAACAGTGACAGCATTCCGCGTCTGCAAATCAACCAGc  <  1:1548243/68‑1 (MQ=255) tAAGCATAACGGTCACTGGACGGTAGAACTCAACAGTGACAGCATTCCGCGTCTGCAAATCAACCAGc  <  1:1520432/68‑1 (MQ=255) tAAGCATAACGGTCACTGGACGGTAGAACTCAACAGTGACAGCATTCCGCGTCTGCAAATCAACCAGc  <  1:15166/68‑1 (MQ=255) tAAGCATAACGGTCACTGGACGGTAGAACTCAACAGTGACAGCATTCCGCGTCTGCAAATCAACCAGc  <  1:1477265/68‑1 (MQ=255) tAAGCATAACGGTCACTGGACGGTAGAACTCAACAGTGACAGCATTCCGCGTCTGCAAATCAACCAGc  <  1:147131/68‑1 (MQ=255) tAAGCATAACGGTCACTGGACGGTAGAACTCAACAGTGACAGCATTCCGCGTCTGCAAATCAACCAGc  <  1:145631/68‑1 (MQ=255) tAAGCATAACGGTCACTGGACGGTAGAACTCAACAGTGACAGCATTCCGCGTCTGCAAATCAACCAGc  <  1:141932/68‑1 (MQ=255)   aGCATAACGGTCACTGGACGGTAGAACTCAACAGTGACAGCATTCCGCGTCTGCAAATCAACCAGc  <  1:371546/66‑1 (MQ=255)           ggTCACTGGACGGTAGAACTCAACAGTGACAGCATTCCGCGTCTGCAAATCAACCAGc  <  1:19916/58‑1 (MQ=255)                                                                    | TAAGCATAACGGTCACTGGACGGTAGAACTCAACAGTGACAGCATTCCGCGTCTGCAAATCAACCAGC  >  W3110S.gb/3345408‑3345475

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑