Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	3346649	3346726	78	95 [0]	[0] 48	ptsN	sugar‑specific enzyme IIA component of PTS

GGTTTTTGAAGCTATCCTGACGCGGGAAAAAATGGGCAGTACCGGTATCGGCAATGGTATTGCCATTCCG  >  W3110S.gb/3346579‑3346648                                                                      | ggtTTTTGAAGCTATCCTGACGC‑GGAAAAAATGGGCAGTACCGGTATCGGCAATGGTATTGCCATTCCg  <  1:766720/69‑1 (MQ=255)  ttttttGAAGCTATCCTGACGCGGGAAAAAATGGGCAGTACCGGTATCGGCAATGGTATTGCCATTCCg  <  1:1244689/68‑1 (MQ=255)  gtTTTTGAAGCTATCCTGACGCTGTAAAAAATGGGCAGTACCGGTATCGGCAATGGTATTGCCATTCCg  <  1:494068/69‑1 (MQ=255)  gtTTTTGAAGCTATCCTGACGCGGGAAAAAATGGGCAGTACCGGTATCGGCCATGGTATTGCCATTCCg  <  1:542962/69‑1 (MQ=255)  gtTTTTGAAGCTATCCTGACGCGGGAAAAAATGGGCAGTACCGGTATCGGCAATGGTATTGCCATTCCg  <  1:465548/69‑1 (MQ=255)  gtTTTTGAAGCTATCCTGACGCGGGAAAAAATGGGCAGTACCGGTATCGGCAATGGTATTGCCATTCCg  <  1:648050/69‑1 (MQ=255)  gtTTTTGAAGCTATCCTGACGCGGGAAAAAATGGGCAGTACCGGTATCGGCAATGGTATTGCCATTCCg  <  1:642994/69‑1 (MQ=255)  gtTTTTGAAGCTATCCTGACGCGGGAAAAAATGGGCAGTACCGGTATCGGCAATGGTATTGCCATTCCg  <  1:622179/69‑1 (MQ=255)  gtTTTTGAAGCTATCCTGACGCGGGAAAAAATGGGCAGTACCGGTATCGGCAATGGTATTGCCATTCCg  <  1:6149/69‑1 (MQ=255)  gtTTTTGAAGCTATCCTGACGCGGGAAAAAATGGGCAGTACCGGTATCGGCAATGGTATTGCCATTCCg  <  1:590577/69‑1 (MQ=255)  gtTTTTGAAGCTATCCTGACGCGGGAAAAAATGGGCAGTACCGGTATCGGCAATGGTATTGCCATTCCg  <  1:53294/69‑1 (MQ=255)  gtTTTTGAAGCTATCCTGACGCGGGAAAAAATGGGCAGTACCGGTATCGGCAATGGTATTGCCATTCCg  <  1:524977/69‑1 (MQ=255)  gtTTTTGAAGCTATCCTGACGCGGGAAAAAATGGGCAGTACCGGTATCGGCAATGGTATTGCCATTCCg  <  1:501791/69‑1 (MQ=255)  gtTTTTGAAGCTATCCTGACGCGGGAAAAAATGGGCAGTACCGGTATCGGCAATGGTATTGCCATTCCg  <  1:488641/69‑1 (MQ=255)  gtTTTTGAAGCTATCCTGACGCGGGAAAAAATGGGCAGTACCGGTATCGGCAATGGTATTGCCATTCCg  <  1:676962/69‑1 (MQ=255)  gtTTTTGAAGCTATCCTGACGCGGGAAAAAATGGGCAGTACCGGTATCGGCAATGGTATTGCCATTCCg  <  1:464877/69‑1 (MQ=255)  gtTTTTGAAGCTATCCTGACGCGGGAAAAAATGGGCAGTACCGGTATCGGCAATGGTATTGCCATTCCg  <  1:451248/69‑1 (MQ=255)  gtTTTTGAAGCTATCCTGACGCGGGAAAAAATGGGCAGTACCGGTATCGGCAATGGTATTGCCATTCCg  <  1:448099/69‑1 (MQ=255)  gtTTTTGAAGCTATCCTGACGCGGGAAAAAATGGGCAGTACCGGTATCGGCAATGGTATTGCCATTCCg  <  1:428136/69‑1 (MQ=255)  gtTTTTGAAGCTATCCTGACGCGGGAAAAAATGGGCAGTACCGGTATCGGCAATGGTATTGCCATTCCg  <  1:39219/69‑1 (MQ=255)  gtTTTTGAAGCTATCCTGACGCGGGAAAAAATGGGCAGTACCGGTATCGGCAATGGTATTGCCATTCCg  <  1:359129/69‑1 (MQ=255)  gtTTTTGAAGCTATCCTGACGCGGGAAAAAATGGGCAGTACCGGTATCGGCAATGGTATTGCCATTCCg  <  1:34819/69‑1 (MQ=255)  gtTTTTGAAGCTATCCTGACGCGGGAAAAAATGGGCAGTACCGGTATCGGCAATGGTATTGCCATTCCg  <  1:332679/69‑1 (MQ=255)  gtTTTTGAAGCTATCCTGACGCGGGAAAAAATGGGCAGTACCGGTATCGGCAATGGTATTGCCATTCCg  <  1:309766/69‑1 (MQ=255)  gtTTTTGAAGCTATCCTGACGCGGGAAAAAATGGGCAGTACCGGTATCGGCAATGGTATTGCCATTCCg  <  1:281621/69‑1 (MQ=255)  gtTTTTGAAGCTATCCTGACGCGGGAAAAAATGGGCAGTACCGGTATCGGCAATGGTATTGCCATTCCg  <  1:786607/69‑1 (MQ=255)  gtTTTTGAAGCTATCCTGACGCGGGAAAAAATGGGCAGTACCGGTATCGGCAATGGTATTGCCATTCCg  <  1:987755/69‑1 (MQ=255)  gtTTTTGAAGCTATCCTGACGCGGGAAAAAATGGGCAGTACCGGTATCGGCAATGGTATTGCCATTCCg  <  1:969422/69‑1 (MQ=255)  gtTTTTGAAGCTATCCTGACGCGGGAAAAAATGGGCAGTACCGGTATCGGCAATGGTATTGCCATTCCg  <  1:953115/69‑1 (MQ=255)  gtTTTTGAAGCTATCCTGACGCGGGAAAAAATGGGCAGTACCGGTATCGGCAATGGTATTGCCATTCCg  <  1:945504/69‑1 (MQ=255)  gtTTTTGAAGCTATCCTGACGCGGGAAAAAATGGGCAGTACCGGTATCGGCAATGGTATTGCCATTCCg  <  1:912698/69‑1 (MQ=255)  gtTTTTGAAGCTATCCTGACGCGGGAAAAAATGGGCAGTACCGGTATCGGCAATGGTATTGCCATTCCg  <  1:888306/69‑1 (MQ=255)  gtTTTTGAAGCTATCCTGACGCGGGAAAAAATGGGCAGTACCGGTATCGGCAATGGTATTGCCATTCCg  <  1:850745/69‑1 (MQ=255)  gtTTTTGAAGCTATCCTGACGCGGGAAAAAATGGGCAGTACCGGTATCGGCAATGGTATTGCCATTCCg  <  1:846489/69‑1 (MQ=255)  gtTTTTGAAGCTATCCTGACGCGGGAAAAAATGGGCAGTACCGGTATCGGCAATGGTATTGCCATTCCg  <  1:808370/69‑1 (MQ=255)  gtTTTTGAAGCTATCCTGACGCGGGAAAAAATGGGCAGTACCGGTATCGGCAATGGTATTGCCATTCCg  <  1:807343/69‑1 (MQ=255)  gtTTTTGAAGCTATCCTGACGCGGGAAAAAATGGGCAGTACCGGTATCGGCAATGGTATTGCCATTCCg  <  1:655753/69‑1 (MQ=255)  gtTTTTGAAGCTATCCTGACGCGGGAAAAAATGGGCAGTACCGGTATCGGCAATGGTATTGCCATTCCg  <  1:770475/69‑1 (MQ=255)  gtTTTTGAAGCTATCCTGACGCGGGAAAAAATGGGCAGTACCGGTATCGGCAATGGTATTGCCATTCCg  <  1:768199/69‑1 (MQ=255)  gtTTTTGAAGCTATCCTGACGCGGGAAAAAATGGGCAGTACCGGTATCGGCAATGGTATTGCCATTCCg  <  1:752132/69‑1 (MQ=255)  gtTTTTGAAGCTATCCTGACGCGGGAAAAAATGGGCAGTACCGGTATCGGCAATGGTATTGCCATTCCg  <  1:731056/69‑1 (MQ=255)  gtTTTTGAAGCTATCCTGACGCGGGAAAAAATGGGCAGTACCGGTATCGGCAATGGTATTGCCATTCCg  <  1:729547/69‑1 (MQ=255)  gtTTTTGAAGCTATCCTGACGCGGGAAAAAATGGGCAGTACCGGTATCGGCAATGGTATTGCCATTCCg  <  1:712473/69‑1 (MQ=255)  gtTTTTGAAGCTATCCTGACGCGGGAAAAAATGGGCAGTACCGGTATCGGCAATGGTATTGCCATTCCg  <  1:710581/69‑1 (MQ=255)  gtTTTTGAAGCTATCCTGACGCGGGAAAAAATGGGCAGTACCGGTATCGGCAATGGTATTGCCATTCCg  <  1:710565/69‑1 (MQ=255)  gtTTTTGAAGCTATCCTGACGCGGGAAAAAATGGGCAGTACCGGTATCGGCAATGGTATTGCCATTCCg  <  1:685672/69‑1 (MQ=255)  gtTTTTGAAGCTATCCTGACGCGGGAAAAAATGGGCAGTACCGGTATCGGCAATGGTATTGCCATTCCg  <  1:279327/69‑1 (MQ=255)  gtTTTTGAAGCTATCCTGACGCGGGAAAAAATGGGCAGTACCGGTATCGGCAATGGTATTGCCATTCCg  <  1:125215/69‑1 (MQ=255)  gtTTTTGAAGCTATCCTGACGCGGGAAAAAATGGGCAGTACCGGTATCGGCAATGGTATTGCCATTCCg  <  1:1026436/69‑1 (MQ=255)  gtTTTTGAAGCTATCCTGACGCGGGAAAAAATGGGCAGTACCGGTATCGGCAATGGTATTGCCATTCCg  <  1:1407892/69‑1 (MQ=255)  gtTTTTGAAGCTATCCTGACGCGGGAAAAAATGGGCAGTACCGGTATCGGCAATGGTATTGCCATTCCg  <  1:138612/69‑1 (MQ=255)  gtTTTTGAAGCTATCCTGACGCGGGAAAAAATGGGCAGTACCGGTATCGGCAATGGTATTGCCATTCCg  <  1:1367279/69‑1 (MQ=255)  gtTTTTGAAGCTATCCTGACGCGGGAAAAAATGGGCAGTACCGGTATCGGCAATGGTATTGCCATTCCg  <  1:1352392/69‑1 (MQ=255)  gtTTTTGAAGCTATCCTGACGCGGGAAAAAATGGGCAGTACCGGTATCGGCAATGGTATTGCCATTCCg  <  1:1336119/69‑1 (MQ=255)  gtTTTTGAAGCTATCCTGACGCGGGAAAAAATGGGCAGTACCGGTATCGGCAATGGTATTGCCATTCCg  <  1:1325036/69‑1 (MQ=255)  gtTTTTGAAGCTATCCTGACGCGGGAAAAAATGGGCAGTACCGGTATCGGCAATGGTATTGCCATTCCg  <  1:1315728/69‑1 (MQ=255)  gtTTTTGAAGCTATCCTGACGCGGGAAAAAATGGGCAGTACCGGTATCGGCAATGGTATTGCCATTCCg  <  1:1312135/69‑1 (MQ=255)  gtTTTTGAAGCTATCCTGACGCGGGAAAAAATGGGCAGTACCGGTATCGGCAATGGTATTGCCATTCCg  <  1:1256431/69‑1 (MQ=255)  gtTTTTGAAGCTATCCTGACGCGGGAAAAAATGGGCAGTACCGGTATCGGCAATGGTATTGCCATTCCg  <  1:1413833/69‑1 (MQ=255)  gtTTTTGAAGCTATCCTGACGCGGGAAAAAATGGGCAGTACCGGTATCGGCAATGGTATTGCCATTCCg  <  1:1238706/69‑1 (MQ=255)  gtTTTTGAAGCTATCCTGACGCGGGAAAAAATGGGCAGTACCGGTATCGGCAATGGTATTGCCATTCCg  <  1:1220826/69‑1 (MQ=255)  gtTTTTGAAGCTATCCTGACGCGGGAAAAAATGGGCAGTACCGGTATCGGCAATGGTATTGCCATTCCg  <  1:1190119/69‑1 (MQ=255)  gtTTTTGAAGCTATCCTGACGCGGGAAAAAATGGGCAGTACCGGTATCGGCAATGGTATTGCCATTCCg  <  1:1187113/69‑1 (MQ=255)  gtTTTTGAAGCTATCCTGACGCGGGAAAAAATGGGCAGTACCGGTATCGGCAATGGTATTGCCATTCCg  <  1:1185943/69‑1 (MQ=255)  gtTTTTGAAGCTATCCTGACGCGGGAAAAAATGGGCAGTACCGGTATCGGCAATGGTATTGCCATTCCg  <  1:1165191/69‑1 (MQ=255)  gtTTTTGAAGCTATCCTGACGCGGGAAAAAATGGGCAGTACCGGTATCGGCAATGGTATTGCCATTCCg  <  1:1116953/69‑1 (MQ=255)  gtTTTTGAAGCTATCCTGACGCGGGAAAAAATGGGCAGTACCGGTATCGGCAATGGTATTGCCATTCCg  <  1:1105069/69‑1 (MQ=255)  gtTTTTGAAGCTATCCTGACGCGGGAAAAAATGGGCAGTACCGGTATCGGCAATGGTATTGCCATTCCg  <  1:1103203/69‑1 (MQ=255)  gtTTTTGAAGCTATCCTGACGCGGGAAAAAATGGGCAGTACCGGTATCGGCAATGGTATTGCCATTCCg  <  1:1103200/69‑1 (MQ=255)  gtTTTTGAAGCTATCCTGACGCGGGAAAAAATGGGCAGTACCGGTATCGGCAATGGTATTGCCATTCCg  <  1:1526866/69‑1 (MQ=255)  gtTTTTGAAGCTATCCTGACGCGGGAAAAAATGGGCAGTACCGGTATCGGCAATGGTATTGCCATTCCg  <  1:278607/69‑1 (MQ=255)  gtTTTTGAAGCTATCCTGACGCGGGAAAAAATGGGCAGTACCGGTATCGGCAATGGTATTGCCATTCCg  <  1:273454/69‑1 (MQ=255)  gtTTTTGAAGCTATCCTGACGCGGGAAAAAATGGGCAGTACCGGTATCGGCAATGGTATTGCCATTCCg  <  1:271484/69‑1 (MQ=255)  gtTTTTGAAGCTATCCTGACGCGGGAAAAAATGGGCAGTACCGGTATCGGCAATGGTATTGCCATTCCg  <  1:266220/69‑1 (MQ=255)  gtTTTTGAAGCTATCCTGACGCGGGAAAAAATGGGCAGTACCGGTATCGGCAATGGTATTGCCATTCCg  <  1:251169/69‑1 (MQ=255)  gtTTTTGAAGCTATCCTGACGCGGGAAAAAATGGGCAGTACCGGTATCGGCAATGGTATTGCCATTCCg  <  1:236899/69‑1 (MQ=255)  gtTTTTGAAGCTATCCTGACGCGGGAAAAAATGGGCAGTACCGGTATCGGCAATGGTATTGCCATTCCg  <  1:206341/69‑1 (MQ=255)  gtTTTTGAAGCTATCCTGACGCGGGAAAAAATGGGCAGTACCGGTATCGGCAATGGTATTGCCATTCCg  <  1:190284/69‑1 (MQ=255)  gtTTTTGAAGCTATCCTGACGCGGGAAAAAATGGGCAGTACCGGTATCGGCAATGGTATTGCCATTCCg  <  1:176551/69‑1 (MQ=255)  gtTTTTGAAGCTATCCTGACGCGGGAAAAAATGGGCAGTACCGGTATCGGCAATGGTATTGCCATTCCg  <  1:1569709/69‑1 (MQ=255)  gtTTTTGAAGCTATCCTGACGCGGGAAAAAATGGGCAGTACCGGTATCGGCAATGGTATTGCCATTCCg  <  1:1560499/69‑1 (MQ=255)  gtTTTTGAAGCTATCCTGACGCGGGAAAAAATGGGCAGTACCGGTATCGGCAATGGTATTGCCATTCCg  <  1:1444997/69‑1 (MQ=255)  gtTTTTGAAGCTATCCTGACGCGGGAAAAAATGGGCAGTACCGGTATCGGCAATGGTATTGCCATTCCg  <  1:1525255/69‑1 (MQ=255)  gtTTTTGAAGCTATCCTGACGCGGGAAAAAATGGGCAGTACCGGTATCGGCAATGGTATTGCCATTCCg  <  1:1504064/69‑1 (MQ=255)  gtTTTTGAAGCTATCCTGACGCGGGAAAAAATGGGCAGTACCGGTATCGGCAATGGTATTGCCATTCCg  <  1:1487456/69‑1 (MQ=255)  gtTTTTGAAGCTATCCTGACGCGGGAAAAAATGGGCAGTACCGGTATCGGCAATGGTATTGCCATTCCg  <  1:1476929/69‑1 (MQ=255)  gtTTTTGAAGCTATCCTGACGCGGGAAAAAATGGGCAGTACCGGTATCGGCAATGGTATTGCCATTCCg  <  1:1467607/69‑1 (MQ=255)  gtTTTTGAAGCTATCCTGACGCGGGAAAAAATGGGCAGTACCGGTATCGGCAATGGTATTGCCATTCCg  <  1:1455951/69‑1 (MQ=255)  gtTTTTGAAGCTATCCTGACGCGGGAAAAAATGGGCAGTACCGGTATCGGCAATGGTATTGCCATTCCg  <  1:1445144/69‑1 (MQ=255)  gtTTTTGAAGCTATCCTGACGCGGGAAAAAATGCGCAGTACCGGTATCGGCAATGGTATTGCCATTCCg  <  1:1366903/69‑1 (MQ=255)  gtTTTTGAAGCTATCCTGACGCGGGAAAAAATGCGCAGTACCGGTATCGGCAATGGTATTGCCATTCCg  <  1:616711/69‑1 (MQ=255)   tttttGAAGCTATCCTGACGCGGGAAAAAATGGGCAGTACCGGTATCGGCAATGGTATTGCCATTCCg  <  1:765981/68‑1 (MQ=255)   tttttGAAGCTATCCTGACGCGGGAAAAAATGGGCAGTACCGGTATCGGCAATGGTATTGCCATTCCg  <  1:1417537/68‑1 (MQ=255)           gCTATCCTGACGCGGGAAAAAATGGGCAGTACCGGTATCGGCAATGGTATTGCCATTCCg  <  1:1336379/60‑1 (MQ=255)                          gAAAAAATGGGCAGTACCGGTATCGGCAATGGTATTGCCATTCCg  <  1:258937/45‑1 (MQ=255)                                                                      | GGTTTTTGAAGCTATCCTGACGCGGGAAAAAATGGGCAGTACCGGTATCGGCAATGGTATTGCCATTCCG  >  W3110S.gb/3346579‑3346648

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑